# TARGET T0389 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 510 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.105 0.065 0.197 0.098 0.106 0.028 0.226 0.125 0.020 0.029 0.001 2 I 0.146 0.376 0.321 0.095 0.033 0.015 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 3 G 0.094 0.163 0.238 0.049 0.280 0.019 0.009 0.015 0.007 0.125 0.001 4 T 0.618 0.122 0.083 0.127 0.032 0.007 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 5 Q 0.463 0.217 0.176 0.046 0.034 0.023 0.009 0.003 0.026 0.002 0.001 6 I 0.553 0.172 0.214 0.011 0.003 0.028 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 7 V 0.795 0.057 0.095 0.012 0.003 0.026 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 8 T 0.960 0.012 0.014 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.989 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.987 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.974 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.956 0.003 0.008 0.026 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.878 0.009 0.024 0.077 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 17 S 0.349 0.013 0.057 0.555 0.006 0.003 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 18 G 0.041 0.003 0.029 0.037 0.019 0.005 0.238 0.554 0.004 0.070 0.001 19 T 0.172 0.132 0.421 0.163 0.029 0.043 0.015 0.004 0.015 0.005 0.001 20 E 0.236 0.094 0.236 0.310 0.054 0.019 0.024 0.015 0.005 0.006 0.001 21 K 0.042 0.482 0.223 0.096 0.081 0.031 0.015 0.001 0.028 0.001 0.001 22 V 0.002 0.764 0.175 0.001 0.022 0.011 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 23 L 0.004 0.708 0.226 0.001 0.003 0.033 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 24 L 0.003 0.520 0.391 0.001 0.003 0.052 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 25 I 0.010 0.775 0.110 0.003 0.017 0.043 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 26 D 0.018 0.344 0.294 0.017 0.026 0.211 0.015 0.001 0.072 0.001 0.001 27 S 0.168 0.215 0.269 0.174 0.069 0.044 0.017 0.004 0.028 0.009 0.004 28 R 0.060 0.260 0.447 0.003 0.063 0.030 0.024 0.001 0.104 0.005 0.003 29 P 0.140 0.004 0.743 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 30 F 0.772 0.033 0.094 0.035 0.014 0.019 0.010 0.013 0.005 0.002 0.003 31 V 0.790 0.073 0.045 0.042 0.017 0.014 0.009 0.003 0.005 0.002 0.001 32 E 0.811 0.061 0.043 0.053 0.012 0.009 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 33 Y 0.760 0.033 0.037 0.129 0.014 0.010 0.008 0.002 0.006 0.002 0.001 34 N 0.779 0.026 0.029 0.087 0.007 0.023 0.031 0.005 0.011 0.001 0.001 35 T 0.551 0.155 0.051 0.182 0.033 0.010 0.007 0.003 0.007 0.001 0.001 36 S 0.389 0.139 0.169 0.094 0.125 0.013 0.033 0.017 0.009 0.010 0.001 37 H 0.210 0.289 0.149 0.089 0.136 0.036 0.035 0.010 0.039 0.006 0.001 38 I 0.210 0.322 0.234 0.018 0.018 0.102 0.006 0.001 0.089 0.001 0.001 39 L 0.674 0.031 0.170 0.091 0.001 0.027 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 40 E 0.195 0.156 0.042 0.107 0.204 0.012 0.225 0.037 0.017 0.003 0.001 41 A 0.167 0.402 0.201 0.041 0.132 0.017 0.011 0.003 0.018 0.003 0.004 42 I 0.062 0.806 0.041 0.023 0.040 0.008 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 43 N 0.055 0.178 0.203 0.059 0.016 0.293 0.084 0.001 0.105 0.005 0.002 44 I 0.050 0.596 0.155 0.037 0.061 0.037 0.002 0.001 0.061 0.001 0.001 45 N 0.014 0.024 0.358 0.009 0.010 0.532 0.006 0.001 0.038 0.004 0.005 46 C 0.838 0.006 0.017 0.087 0.003 0.025 0.005 0.001 0.016 0.001 0.002 47 S 0.978 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.964 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 49 L 0.976 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 M 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.978 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.932 0.005 0.009 0.048 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.938 0.004 0.010 0.040 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 54 L 0.817 0.018 0.041 0.096 0.004 0.009 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 55 Q 0.665 0.031 0.059 0.204 0.007 0.014 0.012 0.002 0.005 0.001 0.001 56 Q 0.508 0.068 0.123 0.209 0.024 0.018 0.017 0.005 0.023 0.004 0.001 57 D 0.220 0.066 0.386 0.106 0.029 0.098 0.045 0.005 0.038 0.005 0.002 58 K 0.761 0.020 0.036 0.125 0.005 0.012 0.025 0.009 0.004 0.001 0.001 59 V 0.618 0.114 0.133 0.087 0.012 0.013 0.006 0.002 0.014 0.001 0.001 60 L 0.618 0.090 0.194 0.043 0.006 0.025 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 61 I 0.658 0.077 0.155 0.046 0.008 0.036 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 62 T 0.810 0.055 0.038 0.071 0.012 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 63 E 0.597 0.111 0.107 0.071 0.058 0.013 0.021 0.004 0.016 0.003 0.001 64 L 0.630 0.090 0.115 0.116 0.009 0.020 0.004 0.001 0.014 0.001 0.002 65 I 0.466 0.192 0.176 0.069 0.020 0.041 0.008 0.001 0.026 0.002 0.001 66 Q 0.395 0.116 0.251 0.113 0.016 0.059 0.014 0.004 0.026 0.004 0.001 67 H 0.425 0.104 0.202 0.140 0.029 0.036 0.024 0.008 0.025 0.005 0.001 68 S 0.607 0.058 0.138 0.074 0.026 0.020 0.034 0.013 0.016 0.015 0.001 69 A 0.804 0.022 0.047 0.078 0.007 0.011 0.017 0.005 0.004 0.003 0.001 70 K 0.628 0.050 0.074 0.189 0.011 0.014 0.020 0.004 0.009 0.001 0.001 71 H 0.365 0.099 0.115 0.268 0.037 0.022 0.059 0.015 0.017 0.003 0.001 72 K 0.331 0.161 0.178 0.121 0.029 0.050 0.089 0.005 0.032 0.003 0.001 73 V 0.245 0.332 0.197 0.132 0.041 0.026 0.004 0.001 0.020 0.002 0.001 74 D 0.084 0.162 0.280 0.111 0.041 0.165 0.076 0.003 0.075 0.002 0.001 75 I 0.289 0.229 0.255 0.142 0.033 0.025 0.005 0.002 0.017 0.002 0.001 76 D 0.114 0.130 0.356 0.139 0.029 0.115 0.031 0.006 0.076 0.003 0.001 77 C 0.460 0.058 0.158 0.245 0.019 0.016 0.025 0.008 0.008 0.005 0.001 78 S 0.218 0.054 0.145 0.481 0.017 0.017 0.030 0.023 0.009 0.003 0.001 79 Q 0.011 0.450 0.405 0.013 0.046 0.015 0.009 0.001 0.049 0.001 0.001 80 K 0.004 0.116 0.834 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 81 V 0.003 0.639 0.293 0.001 0.009 0.024 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 82 V 0.003 0.665 0.254 0.001 0.004 0.048 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 83 V 0.004 0.468 0.385 0.002 0.003 0.100 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 84 Y 0.014 0.592 0.180 0.013 0.060 0.082 0.005 0.001 0.053 0.001 0.001 85 D 0.019 0.204 0.405 0.015 0.092 0.192 0.007 0.001 0.059 0.005 0.001 86 Q 0.558 0.029 0.042 0.302 0.022 0.020 0.011 0.005 0.007 0.003 0.001 87 S 0.333 0.079 0.131 0.333 0.057 0.018 0.020 0.009 0.012 0.007 0.001 88 S 0.382 0.065 0.171 0.196 0.070 0.020 0.024 0.035 0.016 0.019 0.001 89 Q 0.666 0.045 0.091 0.122 0.020 0.012 0.021 0.009 0.008 0.006 0.001 90 D 0.533 0.050 0.131 0.162 0.016 0.050 0.029 0.006 0.021 0.002 0.001 91 V 0.706 0.047 0.042 0.177 0.006 0.009 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 92 A 0.755 0.044 0.083 0.057 0.023 0.008 0.013 0.004 0.005 0.008 0.001 93 S 0.779 0.022 0.072 0.084 0.010 0.014 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 94 L 0.638 0.037 0.052 0.235 0.007 0.011 0.009 0.003 0.007 0.001 0.001 95 S 0.611 0.069 0.126 0.108 0.022 0.014 0.012 0.005 0.017 0.016 0.001 96 S 0.856 0.012 0.054 0.037 0.010 0.005 0.007 0.006 0.002 0.012 0.001 97 D 0.788 0.007 0.026 0.119 0.005 0.017 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 98 C 0.950 0.005 0.007 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.981 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.975 0.003 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.965 0.001 0.004 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 G 0.886 0.003 0.007 0.059 0.004 0.001 0.012 0.025 0.001 0.003 0.001 106 K 0.917 0.005 0.011 0.051 0.002 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 107 L 0.823 0.016 0.041 0.101 0.002 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 108 E 0.764 0.028 0.043 0.122 0.007 0.012 0.018 0.002 0.003 0.001 0.001 109 K 0.526 0.045 0.064 0.278 0.021 0.010 0.037 0.009 0.008 0.002 0.001 110 S 0.286 0.068 0.106 0.300 0.044 0.022 0.110 0.036 0.016 0.012 0.001 111 F 0.220 0.141 0.256 0.099 0.074 0.046 0.068 0.027 0.046 0.023 0.001 112 N 0.478 0.050 0.130 0.272 0.025 0.011 0.018 0.006 0.004 0.006 0.001 113 S 0.127 0.353 0.179 0.152 0.108 0.033 0.025 0.006 0.015 0.002 0.001 114 V 0.023 0.752 0.159 0.010 0.025 0.015 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 115 H 0.028 0.803 0.067 0.006 0.036 0.019 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 116 L 0.025 0.513 0.345 0.003 0.010 0.072 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 117 L 0.092 0.430 0.267 0.036 0.024 0.096 0.005 0.001 0.048 0.001 0.001 118 A 0.065 0.482 0.223 0.037 0.103 0.027 0.022 0.003 0.028 0.008 0.001 119 G 0.081 0.024 0.098 0.055 0.256 0.004 0.151 0.149 0.003 0.179 0.001 120 G 0.094 0.029 0.267 0.035 0.188 0.025 0.021 0.062 0.005 0.270 0.003 121 F 0.896 0.019 0.049 0.016 0.005 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 122 A 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 F 0.986 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 S 0.982 0.004 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.979 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 C 0.656 0.010 0.010 0.318 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 F 0.088 0.072 0.186 0.012 0.016 0.009 0.036 0.002 0.575 0.004 0.001 129 P 0.528 0.002 0.397 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 130 G 0.477 0.020 0.193 0.077 0.069 0.009 0.010 0.072 0.002 0.072 0.001 131 L 0.410 0.073 0.176 0.266 0.028 0.027 0.004 0.002 0.012 0.001 0.002 132 C 0.227 0.251 0.204 0.190 0.042 0.046 0.010 0.003 0.026 0.002 0.001 133 E 0.102 0.294 0.288 0.190 0.058 0.020 0.013 0.003 0.029 0.003 0.001 134 G 0.059 0.024 0.165 0.041 0.135 0.009 0.041 0.302 0.005 0.216 0.002 135 K 0.154 0.244 0.400 0.065 0.051 0.031 0.009 0.004 0.037 0.003 0.001 136 S 0.206 0.121 0.426 0.130 0.028 0.042 0.018 0.006 0.015 0.004 0.003 137 T 0.136 0.297 0.324 0.098 0.060 0.038 0.011 0.003 0.030 0.002 0.001 138 L 0.124 0.288 0.395 0.068 0.030 0.051 0.007 0.002 0.031 0.002 0.003 139 V 0.044 0.240 0.479 0.011 0.021 0.036 0.012 0.001 0.153 0.002 0.001 140 P 0.127 0.018 0.773 0.014 0.004 0.028 0.002 0.002 0.002 0.002 0.027 141 T 0.214 0.181 0.352 0.112 0.053 0.041 0.012 0.009 0.020 0.004 0.002 142 C 0.162 0.184 0.381 0.081 0.085 0.033 0.019 0.011 0.029 0.013 0.002 143 I 0.353 0.104 0.379 0.102 0.020 0.021 0.005 0.003 0.008 0.003 0.001 144 S 0.207 0.093 0.291 0.226 0.043 0.055 0.032 0.021 0.021 0.008 0.003 145 Q 0.043 0.227 0.482 0.006 0.031 0.022 0.011 0.001 0.174 0.003 0.001 146 P 0.117 0.006 0.795 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.003 0.058 147 A 0.499 0.028 0.316 0.084 0.012 0.027 0.007 0.009 0.004 0.003 0.011 148 H 0.232 0.199 0.139 0.239 0.111 0.023 0.020 0.015 0.015 0.006 0.001 149 H 0.145 0.214 0.184 0.224 0.099 0.042 0.042 0.009 0.034 0.007 0.001 150 H 0.203 0.331 0.182 0.123 0.073 0.033 0.011 0.005 0.035 0.004 0.001 151 H 0.165 0.186 0.224 0.119 0.030 0.140 0.042 0.003 0.087 0.002 0.002 152 H 0.227 0.122 0.181 0.245 0.015 0.099 0.039 0.006 0.059 0.003 0.002 153 H 0.217 0.121 0.205 0.174 0.075 0.055 0.072 0.026 0.029 0.024 0.001