# TARGET T0389 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 510 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.141 0.068 0.031 0.222 0.019 0.031 0.085 0.075 0.148 0.065 2 I 0.133 0.213 0.081 0.024 0.259 0.015 0.019 0.053 0.041 0.087 0.076 3 G 0.091 0.252 0.144 0.048 0.239 0.020 0.019 0.069 0.043 0.044 0.031 4 T 0.037 0.074 0.041 0.020 0.076 0.016 0.038 0.360 0.210 0.103 0.024 5 Q 0.072 0.105 0.027 0.004 0.156 0.007 0.041 0.382 0.115 0.059 0.033 6 I 0.052 0.142 0.032 0.009 0.142 0.013 0.028 0.408 0.094 0.055 0.026 7 V 0.072 0.198 0.064 0.006 0.137 0.005 0.013 0.402 0.055 0.026 0.023 8 T 0.006 0.006 0.003 0.002 0.007 0.003 0.005 0.800 0.149 0.016 0.005 9 E 0.004 0.010 0.004 0.002 0.006 0.002 0.005 0.906 0.056 0.004 0.002 10 R 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.918 0.056 0.007 0.001 11 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.910 0.066 0.009 0.001 12 V 0.002 0.007 0.003 0.002 0.003 0.003 0.007 0.865 0.089 0.017 0.003 13 A 0.002 0.007 0.003 0.002 0.006 0.004 0.012 0.838 0.100 0.024 0.002 14 L 0.005 0.010 0.005 0.004 0.010 0.005 0.034 0.739 0.143 0.040 0.005 15 L 0.011 0.022 0.005 0.002 0.021 0.008 0.058 0.601 0.200 0.061 0.011 16 E 0.019 0.031 0.003 0.004 0.032 0.012 0.074 0.481 0.190 0.138 0.017 17 S 0.032 0.190 0.102 0.024 0.094 0.034 0.076 0.198 0.136 0.093 0.020 18 G 0.110 0.032 0.024 0.020 0.052 0.015 0.029 0.104 0.141 0.310 0.165 19 T 0.097 0.200 0.054 0.022 0.200 0.020 0.025 0.097 0.130 0.112 0.044 20 E 0.015 0.042 0.023 0.071 0.034 0.117 0.188 0.186 0.191 0.119 0.015 21 K 0.120 0.098 0.062 0.039 0.165 0.017 0.041 0.062 0.100 0.224 0.073 22 V 0.178 0.133 0.007 0.001 0.665 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 23 L 0.116 0.052 0.003 0.001 0.818 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 24 L 0.344 0.029 0.002 0.001 0.598 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 25 I 0.207 0.117 0.012 0.010 0.552 0.018 0.011 0.005 0.003 0.009 0.056 26 D 0.380 0.061 0.018 0.003 0.366 0.002 0.003 0.005 0.005 0.021 0.135 27 S 0.098 0.196 0.078 0.015 0.220 0.008 0.020 0.045 0.063 0.194 0.063 28 R 0.066 0.343 0.211 0.042 0.196 0.024 0.029 0.034 0.015 0.020 0.021 29 P 0.043 0.380 0.188 0.032 0.140 0.016 0.017 0.086 0.048 0.034 0.017 30 F 0.019 0.017 0.010 0.007 0.032 0.006 0.019 0.470 0.363 0.045 0.011 31 V 0.008 0.022 0.013 0.003 0.016 0.007 0.028 0.637 0.231 0.030 0.005 32 E 0.018 0.016 0.006 0.004 0.031 0.009 0.053 0.611 0.168 0.073 0.012 33 Y 0.046 0.045 0.021 0.021 0.055 0.020 0.046 0.484 0.156 0.077 0.029 34 N 0.033 0.040 0.028 0.025 0.048 0.027 0.083 0.449 0.157 0.090 0.020 35 T 0.042 0.115 0.048 0.044 0.072 0.031 0.113 0.252 0.121 0.136 0.026 36 S 0.047 0.227 0.155 0.099 0.098 0.027 0.038 0.078 0.056 0.130 0.045 37 H 0.131 0.200 0.087 0.026 0.172 0.011 0.029 0.108 0.066 0.102 0.069 38 I 0.194 0.179 0.072 0.012 0.224 0.010 0.015 0.108 0.063 0.055 0.070 39 L 0.019 0.027 0.016 0.052 0.030 0.294 0.270 0.174 0.079 0.028 0.011 40 E 0.105 0.114 0.120 0.037 0.200 0.005 0.009 0.092 0.098 0.152 0.066 41 A 0.102 0.188 0.060 0.026 0.251 0.027 0.043 0.145 0.085 0.048 0.025 42 I 0.058 0.215 0.032 0.007 0.433 0.010 0.030 0.086 0.060 0.047 0.022 43 N 0.334 0.037 0.006 0.002 0.247 0.002 0.009 0.020 0.032 0.159 0.151 44 I 0.038 0.435 0.176 0.017 0.228 0.006 0.010 0.018 0.017 0.039 0.015 45 N 0.087 0.435 0.172 0.006 0.229 0.002 0.002 0.008 0.005 0.015 0.039 46 C 0.014 0.042 0.020 0.007 0.063 0.008 0.012 0.398 0.391 0.037 0.008 47 S 0.004 0.010 0.006 0.003 0.008 0.007 0.026 0.741 0.173 0.018 0.003 48 K 0.002 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.762 0.153 0.055 0.002 49 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.834 0.113 0.029 0.003 50 M 0.003 0.010 0.003 0.002 0.008 0.002 0.014 0.801 0.124 0.030 0.003 51 K 0.005 0.015 0.008 0.004 0.009 0.008 0.047 0.755 0.107 0.037 0.006 52 R 0.019 0.047 0.019 0.006 0.033 0.005 0.035 0.588 0.144 0.083 0.020 53 R 0.020 0.047 0.017 0.007 0.039 0.011 0.046 0.509 0.197 0.087 0.019 54 L 0.022 0.055 0.022 0.009 0.045 0.012 0.053 0.478 0.196 0.090 0.018 55 Q 0.023 0.053 0.023 0.014 0.042 0.021 0.123 0.430 0.128 0.127 0.017 56 Q 0.039 0.236 0.137 0.038 0.108 0.030 0.043 0.144 0.064 0.128 0.031 57 D 0.076 0.214 0.112 0.031 0.153 0.018 0.031 0.169 0.078 0.072 0.044 58 K 0.057 0.080 0.051 0.018 0.086 0.017 0.035 0.256 0.164 0.190 0.046 59 V 0.076 0.184 0.081 0.018 0.160 0.012 0.030 0.237 0.086 0.081 0.034 60 L 0.054 0.237 0.076 0.012 0.142 0.013 0.025 0.263 0.096 0.059 0.023 61 I 0.098 0.095 0.034 0.011 0.179 0.011 0.026 0.327 0.133 0.053 0.031 62 T 0.063 0.082 0.036 0.020 0.119 0.027 0.047 0.371 0.149 0.062 0.024 63 E 0.088 0.108 0.036 0.010 0.185 0.010 0.029 0.264 0.125 0.102 0.043 64 L 0.093 0.158 0.064 0.019 0.189 0.015 0.031 0.201 0.099 0.093 0.039 65 I 0.067 0.254 0.130 0.023 0.191 0.014 0.025 0.145 0.058 0.063 0.030 66 Q 0.079 0.235 0.123 0.023 0.168 0.016 0.026 0.182 0.067 0.049 0.032 67 H 0.028 0.128 0.075 0.035 0.073 0.031 0.052 0.321 0.158 0.079 0.020 68 S 0.043 0.075 0.050 0.024 0.073 0.018 0.040 0.372 0.161 0.107 0.037 69 A 0.034 0.066 0.028 0.009 0.055 0.011 0.026 0.399 0.203 0.143 0.026 70 K 0.041 0.058 0.018 0.010 0.071 0.013 0.032 0.436 0.193 0.102 0.025 71 H 0.038 0.088 0.033 0.015 0.065 0.016 0.046 0.427 0.167 0.081 0.023 72 K 0.064 0.050 0.021 0.012 0.092 0.015 0.052 0.349 0.153 0.155 0.037 73 V 0.082 0.144 0.043 0.023 0.135 0.028 0.051 0.245 0.122 0.091 0.037 74 D 0.090 0.109 0.049 0.032 0.138 0.024 0.041 0.157 0.108 0.187 0.066 75 I 0.081 0.132 0.060 0.033 0.119 0.031 0.060 0.201 0.134 0.104 0.044 76 D 0.072 0.149 0.110 0.041 0.165 0.021 0.025 0.141 0.114 0.123 0.039 77 C 0.045 0.082 0.032 0.031 0.093 0.037 0.095 0.256 0.190 0.110 0.027 78 S 0.114 0.060 0.037 0.023 0.114 0.017 0.041 0.065 0.084 0.359 0.085 79 Q 0.035 0.454 0.190 0.037 0.184 0.016 0.021 0.017 0.012 0.022 0.010 80 K 0.266 0.095 0.013 0.001 0.598 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.019 81 V 0.136 0.120 0.006 0.003 0.720 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 82 V 0.213 0.038 0.002 0.001 0.733 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 83 V 0.323 0.059 0.005 0.001 0.558 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.045 84 Y 0.193 0.207 0.035 0.012 0.417 0.006 0.004 0.007 0.004 0.023 0.092 85 D 0.144 0.265 0.179 0.040 0.234 0.014 0.014 0.028 0.017 0.022 0.044 86 Q 0.025 0.040 0.040 0.059 0.030 0.061 0.110 0.274 0.239 0.094 0.027 87 S 0.026 0.282 0.170 0.092 0.089 0.043 0.054 0.089 0.065 0.069 0.020 88 S 0.047 0.114 0.071 0.050 0.087 0.024 0.023 0.128 0.139 0.234 0.083 89 Q 0.046 0.094 0.046 0.016 0.085 0.036 0.074 0.262 0.174 0.131 0.036 90 D 0.112 0.084 0.040 0.014 0.145 0.015 0.042 0.229 0.127 0.121 0.072 91 V 0.048 0.116 0.055 0.032 0.079 0.029 0.054 0.279 0.172 0.107 0.029 92 A 0.036 0.109 0.084 0.039 0.075 0.023 0.038 0.333 0.174 0.067 0.023 93 S 0.027 0.042 0.023 0.010 0.039 0.011 0.040 0.491 0.217 0.077 0.023 94 L 0.028 0.057 0.035 0.013 0.044 0.012 0.039 0.442 0.173 0.135 0.023 95 S 0.029 0.105 0.054 0.014 0.058 0.010 0.022 0.458 0.150 0.083 0.017 96 S 0.010 0.047 0.020 0.009 0.024 0.015 0.039 0.658 0.143 0.029 0.006 97 D 0.011 0.022 0.013 0.007 0.018 0.009 0.031 0.680 0.129 0.068 0.013 98 C 0.011 0.029 0.013 0.003 0.020 0.003 0.009 0.754 0.108 0.043 0.008 99 F 0.004 0.007 0.002 0.001 0.006 0.002 0.005 0.865 0.095 0.011 0.002 100 L 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.916 0.056 0.005 0.001 101 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.943 0.038 0.006 0.001 102 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.045 0.005 0.001 103 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.055 0.004 0.001 104 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.925 0.054 0.006 0.001 105 G 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.888 0.079 0.012 0.001 106 K 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 0.016 0.842 0.107 0.017 0.002 107 L 0.004 0.008 0.003 0.002 0.007 0.005 0.042 0.676 0.213 0.035 0.005 108 E 0.010 0.038 0.010 0.010 0.019 0.019 0.160 0.530 0.125 0.072 0.007 109 K 0.019 0.368 0.200 0.032 0.086 0.033 0.054 0.074 0.045 0.078 0.012 110 S 0.095 0.055 0.046 0.059 0.060 0.029 0.042 0.062 0.058 0.330 0.164 111 F 0.127 0.177 0.108 0.046 0.192 0.017 0.018 0.045 0.051 0.132 0.087 112 N 0.045 0.243 0.069 0.062 0.160 0.083 0.096 0.111 0.062 0.047 0.021 113 S 0.221 0.099 0.025 0.011 0.393 0.009 0.019 0.050 0.032 0.081 0.060 114 V 0.376 0.046 0.004 0.002 0.495 0.002 0.004 0.014 0.006 0.010 0.042 115 H 0.114 0.150 0.017 0.003 0.661 0.004 0.008 0.021 0.004 0.004 0.013 116 L 0.363 0.078 0.011 0.001 0.468 0.001 0.003 0.012 0.004 0.006 0.053 117 L 0.230 0.095 0.043 0.041 0.225 0.066 0.047 0.089 0.035 0.052 0.080 118 A 0.033 0.103 0.074 0.153 0.053 0.171 0.138 0.117 0.057 0.073 0.029 119 G 0.022 0.141 0.165 0.175 0.046 0.026 0.017 0.110 0.065 0.164 0.069 120 G 0.012 0.106 0.176 0.154 0.024 0.028 0.013 0.266 0.090 0.101 0.029 121 F 0.014 0.020 0.008 0.001 0.025 0.001 0.005 0.738 0.175 0.010 0.004 122 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.864 0.121 0.004 0.001 123 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.903 0.072 0.007 0.001 124 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.823 0.140 0.027 0.001 125 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.674 0.278 0.015 0.001 126 R 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.172 0.662 0.138 0.011 0.001 127 C 0.007 0.020 0.012 0.007 0.014 0.032 0.380 0.230 0.115 0.176 0.008 128 F 0.214 0.088 0.047 0.009 0.143 0.003 0.009 0.050 0.045 0.138 0.254 129 P 0.020 0.143 0.089 0.034 0.061 0.033 0.036 0.267 0.262 0.041 0.015 130 G 0.014 0.044 0.022 0.009 0.048 0.014 0.065 0.359 0.307 0.107 0.011 131 L 0.053 0.030 0.014 0.005 0.068 0.011 0.067 0.257 0.214 0.249 0.032 132 C 0.091 0.102 0.032 0.015 0.158 0.015 0.047 0.145 0.098 0.240 0.058 133 E 0.042 0.154 0.113 0.097 0.127 0.052 0.071 0.152 0.078 0.091 0.023 134 G 0.065 0.158 0.116 0.049 0.145 0.021 0.037 0.106 0.079 0.171 0.053 135 K 0.069 0.239 0.134 0.031 0.185 0.014 0.035 0.103 0.077 0.079 0.033 136 S 0.091 0.214 0.125 0.028 0.198 0.015 0.038 0.081 0.060 0.097 0.055 137 T 0.077 0.311 0.164 0.022 0.225 0.009 0.021 0.054 0.035 0.049 0.033 138 L 0.073 0.326 0.202 0.019 0.199 0.011 0.019 0.052 0.030 0.039 0.029 139 V 0.054 0.311 0.226 0.028 0.160 0.017 0.029 0.079 0.042 0.032 0.023 140 P 0.080 0.246 0.154 0.026 0.165 0.020 0.035 0.099 0.071 0.068 0.038 141 T 0.061 0.286 0.164 0.034 0.149 0.017 0.030 0.091 0.067 0.066 0.033 142 C 0.080 0.244 0.114 0.022 0.182 0.012 0.023 0.102 0.095 0.087 0.039 143 I 0.056 0.209 0.125 0.037 0.129 0.024 0.048 0.143 0.118 0.079 0.032 144 S 0.078 0.207 0.134 0.029 0.159 0.016 0.041 0.104 0.083 0.103 0.047 145 Q 0.055 0.296 0.190 0.040 0.131 0.018 0.027 0.084 0.071 0.057 0.031 146 P 0.064 0.279 0.208 0.033 0.149 0.017 0.027 0.082 0.062 0.044 0.035 147 A 0.066 0.132 0.062 0.028 0.130 0.037 0.068 0.166 0.180 0.091 0.039 148 H 0.066 0.083 0.049 0.037 0.106 0.028 0.061 0.132 0.146 0.227 0.065 149 H 0.093 0.101 0.044 0.030 0.162 0.026 0.039 0.097 0.099 0.230 0.080 150 H 0.089 0.099 0.040 0.036 0.159 0.032 0.052 0.115 0.113 0.192 0.073 151 H 0.098 0.135 0.135 0.057 0.200 0.024 0.030 0.088 0.066 0.108 0.059 152 H 0.064 0.133 0.068 0.035 0.114 0.031 0.054 0.195 0.135 0.122 0.049 153 H 0.089 0.115 0.074 0.026 0.165 0.018 0.031 0.135 0.108 0.178 0.061