# TARGET T0389 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 510 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.697 0.185 0.079 0.029 0.008 0.002 0.001 2 I 0.594 0.170 0.097 0.078 0.043 0.016 0.002 3 G 0.512 0.185 0.103 0.094 0.065 0.034 0.007 4 T 0.630 0.177 0.092 0.058 0.029 0.012 0.003 5 Q 0.551 0.218 0.117 0.068 0.031 0.012 0.003 6 I 0.468 0.202 0.113 0.099 0.071 0.039 0.008 7 V 0.369 0.186 0.159 0.145 0.093 0.043 0.005 8 T 0.432 0.250 0.145 0.104 0.051 0.017 0.001 9 E 0.471 0.304 0.127 0.065 0.026 0.007 0.001 10 R 0.267 0.215 0.205 0.190 0.096 0.026 0.002 11 L 0.326 0.199 0.167 0.183 0.099 0.025 0.001 12 V 0.551 0.280 0.106 0.046 0.014 0.003 0.001 13 A 0.449 0.273 0.149 0.084 0.035 0.008 0.001 14 L 0.243 0.215 0.204 0.205 0.103 0.028 0.002 15 L 0.227 0.226 0.202 0.185 0.114 0.043 0.004 16 E 0.341 0.290 0.177 0.124 0.051 0.014 0.001 17 S 0.340 0.240 0.177 0.149 0.073 0.020 0.001 18 G 0.462 0.260 0.139 0.093 0.037 0.008 0.001 19 T 0.412 0.296 0.162 0.093 0.032 0.005 0.001 20 E 0.306 0.398 0.187 0.087 0.020 0.002 0.001 21 K 0.051 0.320 0.367 0.208 0.048 0.006 0.001 22 V 0.001 0.006 0.028 0.159 0.442 0.346 0.018 23 L 0.001 0.004 0.021 0.103 0.322 0.477 0.072 24 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.045 0.379 0.566 25 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.232 0.744 26 D 0.001 0.001 0.004 0.015 0.057 0.315 0.607 27 S 0.001 0.003 0.010 0.034 0.120 0.425 0.408 28 R 0.003 0.016 0.039 0.121 0.305 0.380 0.136 29 P 0.023 0.117 0.210 0.266 0.222 0.128 0.034 30 F 0.094 0.183 0.215 0.226 0.176 0.086 0.019 31 V 0.197 0.291 0.208 0.162 0.090 0.043 0.008 32 E 0.125 0.194 0.219 0.225 0.153 0.073 0.011 33 Y 0.046 0.068 0.132 0.235 0.311 0.183 0.024 34 N 0.221 0.281 0.206 0.156 0.089 0.042 0.007 35 T 0.235 0.291 0.219 0.147 0.072 0.030 0.006 36 S 0.112 0.145 0.153 0.206 0.219 0.135 0.030 37 H 0.046 0.092 0.129 0.204 0.245 0.217 0.066 38 I 0.035 0.033 0.055 0.122 0.219 0.358 0.179 39 L 0.076 0.122 0.163 0.213 0.198 0.161 0.067 40 E 0.091 0.118 0.142 0.171 0.184 0.197 0.097 41 A 0.044 0.044 0.059 0.117 0.219 0.340 0.177 42 I 0.048 0.069 0.100 0.168 0.206 0.286 0.123 43 N 0.063 0.089 0.115 0.170 0.211 0.260 0.092 44 I 0.035 0.051 0.077 0.147 0.253 0.324 0.113 45 N 0.095 0.181 0.215 0.231 0.161 0.095 0.022 46 C 0.075 0.125 0.172 0.243 0.234 0.125 0.026 47 S 0.291 0.330 0.195 0.110 0.049 0.020 0.004 48 K 0.288 0.333 0.198 0.111 0.048 0.019 0.003 49 L 0.055 0.082 0.156 0.257 0.282 0.156 0.013 50 M 0.091 0.156 0.201 0.242 0.203 0.100 0.007 51 K 0.224 0.266 0.207 0.158 0.096 0.045 0.005 52 R 0.145 0.204 0.220 0.214 0.143 0.069 0.006 53 R 0.100 0.144 0.189 0.244 0.204 0.110 0.009 54 L 0.188 0.196 0.192 0.196 0.151 0.070 0.006 55 Q 0.352 0.277 0.175 0.117 0.056 0.021 0.002 56 Q 0.352 0.218 0.173 0.147 0.080 0.028 0.002 57 D 0.512 0.244 0.122 0.073 0.035 0.013 0.001 58 K 0.493 0.219 0.129 0.090 0.047 0.018 0.002 59 V 0.429 0.206 0.144 0.122 0.069 0.027 0.004 60 L 0.384 0.228 0.161 0.116 0.073 0.033 0.005 61 I 0.305 0.213 0.167 0.155 0.104 0.048 0.007 62 T 0.275 0.205 0.178 0.162 0.115 0.058 0.007 63 E 0.259 0.209 0.174 0.174 0.119 0.058 0.007 64 L 0.198 0.169 0.156 0.182 0.170 0.111 0.014 65 I 0.204 0.197 0.186 0.195 0.142 0.068 0.007 66 Q 0.259 0.238 0.188 0.162 0.101 0.045 0.006 67 H 0.400 0.237 0.147 0.120 0.066 0.027 0.004 68 S 0.461 0.228 0.134 0.095 0.054 0.024 0.004 69 A 0.370 0.231 0.159 0.127 0.075 0.033 0.005 70 K 0.342 0.235 0.163 0.134 0.083 0.038 0.005 71 H 0.287 0.241 0.181 0.150 0.091 0.043 0.006 72 K 0.266 0.225 0.172 0.167 0.111 0.051 0.007 73 V 0.160 0.163 0.176 0.226 0.177 0.083 0.015 74 D 0.254 0.264 0.200 0.156 0.084 0.035 0.006 75 I 0.236 0.215 0.173 0.194 0.130 0.047 0.006 76 D 0.234 0.222 0.180 0.190 0.128 0.043 0.004 77 C 0.231 0.300 0.225 0.161 0.067 0.015 0.001 78 S 0.084 0.292 0.304 0.224 0.083 0.012 0.001 79 Q 0.012 0.124 0.262 0.349 0.205 0.047 0.001 80 K 0.001 0.015 0.079 0.291 0.404 0.202 0.008 81 V 0.001 0.001 0.001 0.013 0.116 0.628 0.241 82 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.047 0.398 0.547 83 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.168 0.820 84 Y 0.001 0.001 0.002 0.011 0.047 0.279 0.660 85 D 0.001 0.001 0.005 0.023 0.111 0.416 0.445 86 Q 0.001 0.012 0.038 0.101 0.248 0.382 0.218 87 S 0.011 0.042 0.088 0.183 0.270 0.291 0.115 88 S 0.048 0.114 0.155 0.198 0.231 0.200 0.054 89 Q 0.127 0.150 0.171 0.204 0.181 0.131 0.035 90 D 0.228 0.214 0.170 0.147 0.113 0.091 0.038 91 V 0.200 0.174 0.165 0.164 0.143 0.109 0.045 92 A 0.374 0.236 0.150 0.106 0.068 0.046 0.020 93 S 0.329 0.248 0.161 0.117 0.072 0.047 0.026 94 L 0.231 0.156 0.155 0.167 0.154 0.102 0.035 95 S 0.227 0.166 0.146 0.154 0.144 0.118 0.044 96 S 0.302 0.189 0.151 0.150 0.109 0.072 0.027 97 D 0.278 0.207 0.161 0.144 0.109 0.073 0.029 98 C 0.117 0.093 0.100 0.152 0.194 0.226 0.118 99 F 0.066 0.075 0.087 0.131 0.189 0.270 0.181 100 L 0.102 0.139 0.158 0.190 0.181 0.166 0.065 101 T 0.071 0.118 0.138 0.193 0.213 0.198 0.069 102 V 0.036 0.045 0.061 0.119 0.222 0.359 0.158 103 L 0.039 0.055 0.081 0.156 0.243 0.326 0.100 104 L 0.099 0.174 0.179 0.197 0.184 0.142 0.026 105 G 0.077 0.142 0.169 0.228 0.211 0.148 0.024 106 K 0.054 0.079 0.116 0.209 0.274 0.231 0.038 107 L 0.136 0.189 0.202 0.221 0.161 0.081 0.009 108 E 0.352 0.293 0.161 0.113 0.056 0.022 0.003 109 K 0.326 0.250 0.181 0.145 0.074 0.021 0.002 110 S 0.313 0.296 0.203 0.123 0.049 0.015 0.001 111 F 0.156 0.219 0.221 0.230 0.138 0.035 0.002 112 N 0.207 0.281 0.209 0.183 0.093 0.025 0.002 113 S 0.100 0.250 0.262 0.235 0.110 0.040 0.002 114 V 0.019 0.025 0.061 0.165 0.345 0.345 0.040 115 H 0.030 0.103 0.170 0.270 0.274 0.140 0.013 116 L 0.019 0.074 0.176 0.289 0.250 0.169 0.023 117 L 0.004 0.009 0.021 0.088 0.308 0.466 0.105 118 A 0.037 0.210 0.320 0.255 0.125 0.045 0.008 119 G 0.062 0.192 0.253 0.252 0.157 0.072 0.012 120 G 0.029 0.077 0.096 0.184 0.288 0.279 0.048 121 F 0.009 0.034 0.094 0.258 0.383 0.204 0.018 122 A 0.139 0.404 0.267 0.125 0.047 0.015 0.002 123 E 0.091 0.283 0.327 0.211 0.067 0.019 0.002 124 F 0.016 0.034 0.069 0.215 0.412 0.239 0.015 125 S 0.073 0.216 0.294 0.276 0.116 0.023 0.001 126 R 0.426 0.377 0.127 0.048 0.015 0.005 0.001 127 C 0.138 0.291 0.314 0.181 0.061 0.014 0.001 128 F 0.106 0.159 0.213 0.264 0.194 0.060 0.004 129 P 0.253 0.262 0.202 0.161 0.091 0.029 0.003 130 G 0.400 0.314 0.161 0.084 0.031 0.009 0.001 131 L 0.152 0.179 0.208 0.241 0.160 0.057 0.004 132 C 0.131 0.169 0.198 0.246 0.189 0.063 0.004 133 E 0.374 0.260 0.174 0.124 0.052 0.014 0.002 134 G 0.512 0.274 0.123 0.062 0.022 0.006 0.001 135 K 0.424 0.287 0.154 0.090 0.035 0.009 0.001 136 S 0.310 0.286 0.193 0.129 0.061 0.020 0.002 137 T 0.167 0.165 0.201 0.230 0.166 0.066 0.006 138 L 0.301 0.229 0.186 0.156 0.092 0.034 0.003 139 V 0.366 0.250 0.178 0.130 0.059 0.016 0.001 140 P 0.377 0.226 0.168 0.138 0.070 0.019 0.002 141 T 0.500 0.258 0.127 0.076 0.031 0.007 0.001 142 C 0.635 0.234 0.086 0.035 0.009 0.002 0.001 143 I 0.704 0.190 0.066 0.030 0.008 0.001 0.001 144 S 0.788 0.157 0.039 0.012 0.003 0.001 0.001 145 Q 0.690 0.186 0.080 0.036 0.008 0.001 0.001 146 P 0.762 0.174 0.045 0.015 0.003 0.001 0.001 147 A 0.653 0.206 0.086 0.040 0.013 0.002 0.001 148 H 0.608 0.245 0.096 0.038 0.011 0.002 0.001 149 H 0.414 0.253 0.168 0.113 0.043 0.009 0.001 150 H 0.419 0.283 0.154 0.088 0.043 0.013 0.001 151 H 0.437 0.238 0.148 0.105 0.051 0.019 0.003 152 H 0.465 0.209 0.133 0.117 0.054 0.019 0.003 153 H 0.502 0.186 0.108 0.100 0.072 0.027 0.005