# TARGET T0389 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2363 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.003 0.003 0.005 0.130 0.844 2 I 0.050 0.013 0.005 0.009 0.137 0.786 3 G 0.096 0.016 0.008 0.004 0.247 0.630 4 T 0.261 0.008 0.011 0.003 0.231 0.486 5 Q 0.762 0.029 0.005 0.002 0.052 0.150 6 I 0.690 0.035 0.001 0.001 0.044 0.229 7 V 0.246 0.007 0.001 0.001 0.033 0.713 8 T 0.005 0.001 0.013 0.947 0.010 0.025 9 E 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.012 0.984 0.002 0.001 11 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 12 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.002 15 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.002 16 E 0.001 0.001 0.004 0.977 0.012 0.006 17 S 0.001 0.001 0.009 0.793 0.058 0.138 18 G 0.001 0.002 0.006 0.007 0.270 0.714 19 T 0.005 0.005 0.041 0.002 0.593 0.355 20 E 0.029 0.002 0.047 0.001 0.693 0.227 21 K 0.427 0.010 0.014 0.001 0.354 0.195 22 V 0.934 0.003 0.001 0.001 0.016 0.046 23 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 24 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 25 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 26 D 0.847 0.002 0.001 0.001 0.048 0.102 27 S 0.268 0.006 0.002 0.002 0.203 0.519 28 R 0.062 0.011 0.005 0.002 0.353 0.567 29 P 0.042 0.015 0.005 0.011 0.388 0.538 30 F 0.005 0.002 0.276 0.502 0.156 0.058 31 V 0.020 0.004 0.272 0.561 0.116 0.027 32 E 0.026 0.006 0.278 0.555 0.115 0.019 33 Y 0.044 0.013 0.079 0.653 0.141 0.070 34 N 0.056 0.014 0.063 0.558 0.205 0.104 35 T 0.044 0.008 0.048 0.453 0.284 0.163 36 S 0.082 0.016 0.035 0.226 0.290 0.351 37 H 0.149 0.047 0.048 0.196 0.201 0.359 38 I 0.171 0.038 0.040 0.112 0.343 0.295 39 L 0.119 0.012 0.077 0.138 0.401 0.254 40 E 0.136 0.011 0.103 0.111 0.348 0.292 41 A 0.278 0.016 0.183 0.155 0.228 0.140 42 I 0.342 0.022 0.096 0.222 0.138 0.180 43 N 0.330 0.024 0.046 0.134 0.146 0.321 44 I 0.171 0.033 0.005 0.043 0.114 0.633 45 N 0.060 0.010 0.003 0.037 0.103 0.787 46 C 0.006 0.001 0.040 0.831 0.050 0.072 47 S 0.003 0.001 0.069 0.875 0.035 0.017 48 K 0.002 0.001 0.092 0.859 0.039 0.007 49 L 0.005 0.002 0.063 0.854 0.056 0.019 50 M 0.007 0.003 0.048 0.860 0.058 0.024 51 K 0.009 0.002 0.061 0.790 0.081 0.057 52 R 0.012 0.004 0.058 0.660 0.120 0.146 53 R 0.017 0.009 0.069 0.542 0.162 0.201 54 L 0.020 0.011 0.054 0.380 0.249 0.286 55 Q 0.020 0.008 0.053 0.292 0.305 0.323 56 Q 0.024 0.007 0.069 0.292 0.307 0.301 57 D 0.033 0.008 0.082 0.268 0.298 0.311 58 K 0.062 0.012 0.104 0.201 0.280 0.342 59 V 0.140 0.030 0.059 0.168 0.224 0.379 60 L 0.112 0.033 0.029 0.160 0.177 0.490 61 I 0.066 0.028 0.012 0.134 0.139 0.621 62 T 0.027 0.009 0.006 0.162 0.138 0.658 63 E 0.004 0.001 0.017 0.869 0.047 0.063 64 L 0.004 0.001 0.015 0.936 0.026 0.018 65 I 0.007 0.002 0.018 0.930 0.029 0.013 66 Q 0.012 0.003 0.012 0.913 0.025 0.035 67 H 0.009 0.002 0.013 0.936 0.019 0.021 68 S 0.006 0.001 0.016 0.930 0.026 0.021 69 A 0.002 0.001 0.016 0.940 0.024 0.017 70 K 0.002 0.001 0.025 0.922 0.028 0.021 71 H 0.004 0.001 0.037 0.881 0.036 0.040 72 K 0.007 0.003 0.048 0.662 0.101 0.180 73 V 0.015 0.008 0.037 0.283 0.182 0.476 74 D 0.039 0.007 0.014 0.017 0.215 0.708 75 I 0.093 0.034 0.030 0.014 0.218 0.611 76 D 0.080 0.031 0.029 0.005 0.807 0.048 77 C 0.016 0.003 0.098 0.003 0.858 0.022 78 S 0.011 0.001 0.032 0.001 0.913 0.042 79 Q 0.314 0.012 0.009 0.001 0.616 0.049 80 K 0.787 0.004 0.001 0.001 0.037 0.173 81 V 0.990 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 82 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 83 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 84 Y 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 85 D 0.722 0.003 0.001 0.001 0.087 0.186 86 Q 0.248 0.011 0.005 0.011 0.408 0.317 87 S 0.060 0.012 0.014 0.015 0.608 0.291 88 S 0.035 0.014 0.019 0.030 0.678 0.224 89 Q 0.034 0.018 0.054 0.127 0.505 0.262 90 D 0.054 0.032 0.063 0.175 0.446 0.230 91 V 0.024 0.014 0.105 0.358 0.383 0.116 92 A 0.028 0.011 0.084 0.340 0.376 0.161 93 S 0.020 0.007 0.081 0.517 0.261 0.115 94 L 0.016 0.009 0.045 0.524 0.210 0.197 95 S 0.011 0.015 0.021 0.561 0.110 0.281 96 S 0.007 0.006 0.013 0.730 0.046 0.198 97 D 0.003 0.002 0.005 0.882 0.019 0.089 98 C 0.001 0.001 0.002 0.977 0.005 0.014 99 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 103 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 104 L 0.001 0.001 0.008 0.981 0.007 0.003 105 G 0.001 0.001 0.025 0.958 0.009 0.007 106 K 0.001 0.001 0.036 0.919 0.022 0.021 107 L 0.001 0.003 0.034 0.842 0.041 0.079 108 E 0.002 0.004 0.011 0.076 0.154 0.753 109 K 0.008 0.019 0.054 0.066 0.464 0.389 110 S 0.022 0.013 0.039 0.042 0.729 0.155 111 F 0.020 0.006 0.035 0.044 0.771 0.125 112 N 0.018 0.006 0.021 0.023 0.671 0.262 113 S 0.152 0.028 0.011 0.017 0.409 0.382 114 V 0.616 0.025 0.006 0.026 0.100 0.227 115 H 0.884 0.008 0.005 0.025 0.029 0.050 116 L 0.923 0.006 0.005 0.031 0.014 0.022 117 L 0.859 0.007 0.007 0.054 0.028 0.045 118 A 0.512 0.005 0.012 0.100 0.165 0.206 119 G 0.161 0.009 0.022 0.162 0.304 0.343 120 G 0.072 0.022 0.039 0.341 0.171 0.356 121 F 0.012 0.002 0.046 0.888 0.029 0.023 122 A 0.006 0.001 0.046 0.907 0.028 0.012 123 E 0.004 0.001 0.042 0.925 0.021 0.007 124 F 0.003 0.001 0.034 0.934 0.020 0.007 125 S 0.004 0.001 0.063 0.884 0.037 0.011 126 R 0.004 0.002 0.039 0.888 0.045 0.023 127 C 0.005 0.004 0.025 0.820 0.063 0.083 128 F 0.008 0.011 0.016 0.106 0.287 0.572 129 P 0.015 0.007 0.045 0.047 0.421 0.465 130 G 0.069 0.017 0.097 0.056 0.495 0.265 131 L 0.153 0.039 0.083 0.072 0.432 0.222 132 C 0.159 0.044 0.044 0.072 0.519 0.162 133 E 0.135 0.024 0.023 0.050 0.564 0.205 134 G 0.070 0.011 0.015 0.023 0.621 0.261 135 K 0.105 0.026 0.018 0.014 0.486 0.350 136 S 0.160 0.038 0.021 0.012 0.225 0.545 137 T 0.164 0.036 0.019 0.012 0.209 0.560 138 L 0.100 0.035 0.009 0.009 0.143 0.704 139 V 0.090 0.027 0.006 0.005 0.136 0.736 140 P 0.101 0.020 0.022 0.011 0.210 0.637 141 T 0.108 0.025 0.032 0.014 0.262 0.559 142 C 0.119 0.028 0.039 0.013 0.342 0.459 143 I 0.119 0.024 0.027 0.016 0.322 0.491 144 S 0.089 0.018 0.014 0.011 0.331 0.537 145 Q 0.069 0.017 0.012 0.011 0.347 0.544 146 P 0.073 0.015 0.015 0.008 0.311 0.577 147 A 0.130 0.029 0.031 0.012 0.265 0.533 148 H 0.210 0.052 0.036 0.022 0.224 0.457 149 H 0.246 0.034 0.047 0.024 0.266 0.384 150 H 0.206 0.018 0.026 0.021 0.273 0.455 151 H 0.119 0.014 0.020 0.021 0.261 0.565 152 H 0.088 0.025 0.007 0.015 0.162 0.703 153 H 0.036 0.009 0.002 0.006 0.076 0.870