# TARGET T0389 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2363 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.009 0.700 0.007 0.010 0.008 0.001 0.001 0.003 0.166 0.072 0.010 0.015 2 I 0.001 0.015 0.621 0.010 0.015 0.006 0.001 0.001 0.008 0.154 0.141 0.008 0.021 3 G 0.001 0.014 0.541 0.006 0.007 0.004 0.001 0.001 0.028 0.328 0.030 0.023 0.016 4 T 0.002 0.009 0.540 0.007 0.007 0.004 0.003 0.001 0.147 0.150 0.026 0.022 0.084 5 Q 0.003 0.081 0.327 0.003 0.003 0.003 0.011 0.002 0.377 0.041 0.011 0.026 0.113 6 I 0.001 0.102 0.335 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.331 0.033 0.001 0.169 0.022 7 V 0.001 0.019 0.816 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.065 0.011 0.001 0.001 0.085 8 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.888 0.001 0.001 0.001 0.005 0.089 0.001 0.001 16 E 0.001 0.002 0.018 0.001 0.036 0.506 0.001 0.001 0.001 0.014 0.424 0.001 0.001 17 S 0.001 0.001 0.136 0.001 0.034 0.128 0.001 0.001 0.001 0.094 0.606 0.001 0.001 18 G 0.001 0.005 0.508 0.001 0.066 0.028 0.001 0.001 0.001 0.151 0.240 0.001 0.001 19 T 0.001 0.004 0.705 0.001 0.061 0.009 0.001 0.001 0.006 0.152 0.060 0.001 0.001 20 E 0.001 0.003 0.115 0.010 0.032 0.002 0.001 0.002 0.029 0.712 0.094 0.001 0.001 21 K 0.001 0.002 0.221 0.058 0.006 0.001 0.008 0.076 0.362 0.197 0.061 0.003 0.006 22 V 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.021 0.497 0.446 0.001 0.001 0.002 0.002 23 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.836 0.146 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.903 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 25 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.031 0.819 0.141 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.002 0.001 0.061 0.007 0.001 0.001 0.025 0.267 0.612 0.016 0.001 0.005 0.004 27 S 0.001 0.004 0.436 0.007 0.003 0.001 0.005 0.064 0.331 0.114 0.013 0.004 0.015 28 R 0.001 0.015 0.457 0.001 0.007 0.006 0.001 0.003 0.085 0.395 0.017 0.008 0.005 29 P 0.001 0.007 0.741 0.001 0.009 0.027 0.001 0.001 0.011 0.182 0.016 0.001 0.005 30 F 0.001 0.004 0.160 0.001 0.106 0.582 0.001 0.001 0.002 0.055 0.089 0.001 0.001 31 V 0.001 0.003 0.044 0.001 0.125 0.739 0.001 0.001 0.001 0.028 0.058 0.001 0.001 32 E 0.001 0.003 0.021 0.001 0.154 0.740 0.001 0.001 0.001 0.015 0.061 0.001 0.002 33 Y 0.001 0.005 0.033 0.001 0.123 0.725 0.001 0.001 0.001 0.019 0.089 0.002 0.002 34 N 0.002 0.006 0.046 0.001 0.117 0.558 0.001 0.001 0.001 0.021 0.239 0.002 0.006 35 T 0.001 0.004 0.052 0.001 0.147 0.297 0.001 0.001 0.001 0.032 0.459 0.003 0.004 36 S 0.001 0.008 0.167 0.001 0.077 0.202 0.001 0.001 0.004 0.122 0.406 0.004 0.007 37 H 0.001 0.030 0.299 0.007 0.047 0.095 0.001 0.002 0.011 0.233 0.257 0.006 0.011 38 I 0.001 0.024 0.626 0.003 0.033 0.059 0.001 0.002 0.023 0.129 0.058 0.026 0.015 39 L 0.002 0.011 0.206 0.019 0.106 0.051 0.002 0.008 0.027 0.122 0.417 0.008 0.020 40 E 0.009 0.004 0.144 0.034 0.090 0.024 0.005 0.009 0.053 0.221 0.375 0.016 0.017 41 A 0.032 0.014 0.310 0.009 0.042 0.018 0.033 0.030 0.288 0.030 0.039 0.015 0.141 42 I 0.033 0.022 0.103 0.011 0.013 0.019 0.074 0.029 0.382 0.061 0.054 0.162 0.035 43 N 0.026 0.016 0.229 0.022 0.005 0.011 0.049 0.045 0.339 0.073 0.040 0.014 0.131 44 I 0.004 0.027 0.424 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.168 0.111 0.005 0.226 0.013 45 N 0.001 0.021 0.763 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.076 0.035 0.004 0.001 0.087 46 C 0.001 0.003 0.075 0.001 0.059 0.762 0.001 0.001 0.004 0.022 0.070 0.001 0.002 47 S 0.001 0.001 0.008 0.001 0.049 0.908 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.054 0.921 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.029 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 50 M 0.001 0.003 0.016 0.002 0.019 0.920 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.001 0.002 51 K 0.001 0.002 0.017 0.001 0.018 0.900 0.001 0.001 0.001 0.012 0.046 0.001 0.003 52 R 0.001 0.001 0.058 0.001 0.015 0.790 0.001 0.001 0.001 0.043 0.083 0.002 0.004 53 R 0.001 0.005 0.081 0.001 0.024 0.759 0.001 0.001 0.001 0.038 0.083 0.003 0.004 54 L 0.001 0.011 0.150 0.001 0.031 0.660 0.001 0.001 0.002 0.069 0.062 0.004 0.009 55 Q 0.003 0.009 0.149 0.002 0.047 0.577 0.001 0.001 0.003 0.047 0.138 0.014 0.011 56 Q 0.002 0.010 0.137 0.002 0.045 0.412 0.001 0.001 0.005 0.081 0.288 0.005 0.012 57 D 0.001 0.011 0.308 0.003 0.038 0.286 0.001 0.001 0.008 0.115 0.214 0.007 0.008 58 K 0.002 0.016 0.239 0.005 0.061 0.252 0.001 0.001 0.011 0.219 0.166 0.012 0.016 59 V 0.006 0.023 0.221 0.004 0.054 0.273 0.003 0.002 0.025 0.183 0.142 0.021 0.044 60 L 0.003 0.041 0.362 0.002 0.030 0.250 0.002 0.003 0.045 0.131 0.073 0.025 0.032 61 I 0.001 0.059 0.486 0.001 0.010 0.185 0.001 0.001 0.027 0.154 0.040 0.013 0.020 62 T 0.001 0.008 0.704 0.001 0.004 0.173 0.001 0.001 0.005 0.077 0.014 0.002 0.011 63 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 65 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 66 Q 0.001 0.001 0.014 0.001 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 67 H 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 68 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.010 0.928 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.001 0.001 70 K 0.001 0.002 0.015 0.001 0.031 0.879 0.001 0.001 0.001 0.012 0.059 0.001 0.001 71 H 0.001 0.001 0.023 0.001 0.041 0.765 0.001 0.001 0.001 0.014 0.153 0.001 0.001 72 K 0.001 0.003 0.051 0.001 0.080 0.585 0.001 0.001 0.001 0.029 0.245 0.002 0.003 73 V 0.001 0.009 0.165 0.001 0.055 0.301 0.001 0.001 0.002 0.136 0.323 0.002 0.005 74 D 0.001 0.007 0.253 0.003 0.039 0.035 0.001 0.001 0.001 0.112 0.539 0.006 0.005 75 I 0.001 0.035 0.745 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.173 0.020 0.005 0.007 76 D 0.001 0.015 0.935 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.009 0.002 0.003 77 C 0.001 0.004 0.138 0.005 0.179 0.004 0.001 0.001 0.002 0.083 0.579 0.001 0.004 78 S 0.001 0.001 0.098 0.045 0.080 0.001 0.001 0.001 0.003 0.157 0.612 0.002 0.001 79 Q 0.001 0.003 0.473 0.003 0.031 0.001 0.001 0.004 0.062 0.376 0.015 0.025 0.007 80 K 0.007 0.002 0.282 0.028 0.001 0.001 0.025 0.084 0.409 0.056 0.002 0.007 0.097 81 V 0.054 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.141 0.529 0.194 0.002 0.001 0.052 0.010 82 V 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.687 0.088 0.001 0.001 0.002 0.005 83 V 0.200 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.366 0.334 0.065 0.001 0.001 0.021 0.009 84 Y 0.181 0.001 0.046 0.006 0.001 0.001 0.168 0.176 0.329 0.002 0.001 0.033 0.057 85 D 0.015 0.003 0.441 0.015 0.001 0.001 0.014 0.010 0.336 0.043 0.003 0.051 0.068 86 Q 0.002 0.010 0.355 0.012 0.010 0.001 0.001 0.001 0.040 0.390 0.131 0.012 0.034 87 S 0.001 0.011 0.255 0.002 0.025 0.006 0.001 0.001 0.017 0.344 0.327 0.005 0.008 88 S 0.001 0.016 0.247 0.002 0.059 0.012 0.001 0.001 0.003 0.380 0.273 0.003 0.004 89 Q 0.001 0.017 0.280 0.001 0.066 0.022 0.001 0.001 0.003 0.331 0.264 0.005 0.010 90 D 0.003 0.084 0.319 0.002 0.125 0.045 0.001 0.001 0.005 0.196 0.171 0.014 0.034 91 V 0.003 0.041 0.231 0.005 0.326 0.097 0.001 0.001 0.002 0.094 0.170 0.008 0.022 92 A 0.003 0.013 0.178 0.004 0.315 0.134 0.001 0.001 0.002 0.116 0.210 0.011 0.012 93 S 0.003 0.018 0.193 0.003 0.214 0.173 0.001 0.001 0.003 0.145 0.225 0.007 0.017 94 L 0.001 0.027 0.360 0.002 0.060 0.204 0.001 0.001 0.003 0.176 0.152 0.006 0.009 95 S 0.001 0.026 0.485 0.001 0.028 0.173 0.001 0.001 0.002 0.161 0.116 0.004 0.005 96 S 0.001 0.016 0.329 0.001 0.037 0.334 0.001 0.001 0.003 0.186 0.089 0.001 0.005 97 D 0.001 0.002 0.099 0.001 0.011 0.800 0.001 0.001 0.001 0.063 0.024 0.001 0.001 98 C 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 99 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 106 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.544 0.001 0.001 0.001 0.009 0.428 0.001 0.001 108 E 0.001 0.002 0.055 0.001 0.009 0.030 0.001 0.001 0.001 0.032 0.872 0.001 0.001 109 K 0.001 0.006 0.779 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.152 0.039 0.002 0.002 110 S 0.001 0.028 0.591 0.003 0.033 0.013 0.001 0.001 0.005 0.180 0.133 0.004 0.009 111 F 0.001 0.018 0.357 0.007 0.100 0.020 0.001 0.001 0.008 0.223 0.240 0.008 0.017 112 N 0.001 0.006 0.349 0.055 0.073 0.019 0.001 0.001 0.012 0.299 0.169 0.007 0.010 113 S 0.005 0.008 0.308 0.032 0.095 0.060 0.006 0.012 0.097 0.192 0.118 0.029 0.038 114 V 0.045 0.014 0.099 0.008 0.009 0.044 0.053 0.167 0.351 0.022 0.006 0.031 0.151 115 H 0.086 0.010 0.027 0.006 0.002 0.021 0.074 0.269 0.316 0.006 0.002 0.162 0.019 116 L 0.055 0.009 0.034 0.003 0.002 0.030 0.067 0.305 0.368 0.002 0.002 0.012 0.111 117 L 0.045 0.010 0.190 0.065 0.019 0.074 0.035 0.127 0.251 0.016 0.036 0.085 0.047 118 A 0.007 0.006 0.113 0.013 0.059 0.121 0.004 0.012 0.057 0.126 0.432 0.022 0.029 119 G 0.001 0.005 0.107 0.003 0.037 0.048 0.001 0.001 0.009 0.222 0.549 0.009 0.007 120 G 0.002 0.030 0.409 0.001 0.032 0.142 0.001 0.001 0.014 0.208 0.130 0.008 0.023 121 F 0.002 0.022 0.121 0.002 0.030 0.701 0.001 0.002 0.007 0.041 0.050 0.006 0.016 122 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.027 0.930 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.001 0.002 123 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.050 0.911 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.010 0.001 0.066 0.901 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 125 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.064 0.860 0.001 0.001 0.001 0.004 0.064 0.001 0.001 126 R 0.001 0.002 0.007 0.001 0.048 0.767 0.001 0.001 0.001 0.005 0.167 0.001 0.001 127 C 0.001 0.004 0.033 0.001 0.041 0.659 0.001 0.001 0.001 0.024 0.236 0.001 0.002 128 F 0.001 0.012 0.573 0.001 0.014 0.089 0.001 0.001 0.001 0.264 0.042 0.002 0.001 129 P 0.001 0.004 0.385 0.005 0.098 0.050 0.001 0.001 0.001 0.138 0.316 0.001 0.002 130 G 0.001 0.008 0.144 0.002 0.152 0.049 0.001 0.001 0.004 0.122 0.508 0.004 0.006 131 L 0.003 0.048 0.379 0.003 0.148 0.077 0.002 0.003 0.023 0.163 0.101 0.012 0.039 132 C 0.005 0.066 0.464 0.010 0.045 0.063 0.006 0.003 0.048 0.114 0.067 0.048 0.061 133 E 0.003 0.020 0.218 0.017 0.041 0.049 0.002 0.003 0.019 0.152 0.418 0.030 0.029 134 G 0.002 0.014 0.280 0.012 0.022 0.013 0.001 0.001 0.007 0.189 0.421 0.013 0.025 135 K 0.002 0.022 0.655 0.005 0.011 0.009 0.001 0.001 0.012 0.175 0.038 0.041 0.031 136 S 0.003 0.028 0.594 0.012 0.016 0.012 0.002 0.001 0.021 0.120 0.065 0.024 0.101 137 T 0.006 0.034 0.570 0.010 0.017 0.010 0.005 0.001 0.023 0.133 0.055 0.080 0.056 138 L 0.006 0.070 0.566 0.007 0.010 0.009 0.005 0.001 0.021 0.124 0.019 0.032 0.131 139 V 0.001 0.017 0.761 0.005 0.005 0.006 0.001 0.001 0.014 0.100 0.012 0.054 0.024 140 P 0.002 0.018 0.684 0.006 0.018 0.015 0.001 0.001 0.010 0.078 0.068 0.008 0.092 141 T 0.005 0.031 0.493 0.013 0.039 0.015 0.002 0.001 0.009 0.164 0.117 0.084 0.027 142 C 0.007 0.026 0.483 0.010 0.051 0.016 0.003 0.001 0.010 0.176 0.080 0.021 0.116 143 I 0.005 0.023 0.495 0.010 0.033 0.021 0.003 0.001 0.010 0.200 0.088 0.072 0.039 144 S 0.006 0.031 0.529 0.007 0.029 0.020 0.003 0.001 0.010 0.166 0.073 0.025 0.101 145 Q 0.002 0.021 0.544 0.006 0.014 0.017 0.001 0.001 0.007 0.255 0.043 0.065 0.024 146 P 0.002 0.019 0.739 0.006 0.014 0.019 0.001 0.001 0.007 0.048 0.051 0.010 0.083 147 A 0.009 0.033 0.538 0.010 0.052 0.037 0.003 0.001 0.009 0.112 0.093 0.052 0.054 148 H 0.025 0.032 0.429 0.009 0.062 0.037 0.006 0.001 0.012 0.124 0.075 0.087 0.099 149 H 0.022 0.028 0.355 0.009 0.103 0.063 0.006 0.002 0.014 0.115 0.073 0.059 0.151 150 H 0.017 0.021 0.369 0.027 0.061 0.058 0.005 0.001 0.011 0.136 0.124 0.082 0.087 151 H 0.010 0.019 0.410 0.012 0.044 0.040 0.003 0.001 0.011 0.160 0.147 0.064 0.078 152 H 0.006 0.022 0.625 0.006 0.015 0.027 0.002 0.001 0.006 0.132 0.058 0.028 0.074 153 H 0.001 0.012 0.864 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.003 0.050 0.012 0.021 0.019