# TARGET T0389 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2363 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.398 0.146 0.086 0.110 0.069 0.058 0.049 0.032 0.025 0.017 0.009 2 I 0.310 0.185 0.055 0.142 0.109 0.066 0.064 0.032 0.020 0.011 0.006 3 G 0.185 0.094 0.031 0.093 0.128 0.111 0.137 0.098 0.070 0.036 0.017 4 T 0.274 0.189 0.055 0.154 0.121 0.082 0.066 0.028 0.016 0.010 0.005 5 Q 0.106 0.090 0.093 0.261 0.188 0.119 0.092 0.026 0.015 0.006 0.002 6 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.022 0.095 0.187 0.260 0.249 0.169 7 V 0.009 0.578 0.145 0.176 0.051 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 8 T 0.005 0.009 0.006 0.045 0.144 0.244 0.281 0.137 0.080 0.035 0.014 9 E 0.935 0.046 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.001 0.013 0.019 0.287 0.280 0.205 0.147 0.033 0.011 0.003 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.064 0.198 0.331 0.385 12 V 0.001 0.001 0.022 0.100 0.236 0.373 0.201 0.041 0.017 0.006 0.002 13 A 0.005 0.026 0.795 0.129 0.032 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.058 0.325 0.257 0.175 0.117 0.056 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.074 0.164 0.257 0.280 0.213 16 E 0.009 0.055 0.442 0.238 0.144 0.066 0.032 0.008 0.003 0.001 0.001 17 S 0.149 0.169 0.271 0.189 0.096 0.075 0.037 0.008 0.003 0.001 0.001 18 G 0.393 0.106 0.022 0.060 0.045 0.068 0.104 0.070 0.054 0.045 0.035 19 T 0.246 0.190 0.037 0.102 0.080 0.086 0.105 0.055 0.040 0.027 0.030 20 E 0.428 0.220 0.096 0.122 0.065 0.035 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 21 K 0.084 0.122 0.068 0.273 0.213 0.130 0.072 0.021 0.010 0.004 0.002 22 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.025 0.094 0.209 0.247 0.232 0.174 23 L 0.001 0.001 0.002 0.026 0.088 0.193 0.318 0.203 0.108 0.041 0.019 24 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.062 0.154 0.234 0.274 0.257 25 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.053 0.146 0.246 0.300 0.243 26 D 0.001 0.002 0.001 0.010 0.014 0.023 0.096 0.165 0.263 0.233 0.192 27 S 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.014 0.057 0.115 0.214 0.300 0.282 28 R 0.003 0.010 0.007 0.057 0.115 0.143 0.236 0.205 0.126 0.065 0.034 29 P 0.074 0.202 0.051 0.194 0.170 0.111 0.098 0.051 0.028 0.015 0.006 30 F 0.125 0.089 0.046 0.205 0.183 0.139 0.099 0.050 0.036 0.019 0.009 31 V 0.376 0.141 0.046 0.128 0.090 0.069 0.062 0.032 0.028 0.016 0.012 32 E 0.077 0.096 0.049 0.144 0.128 0.134 0.163 0.094 0.065 0.032 0.018 33 Y 0.015 0.013 0.011 0.030 0.043 0.084 0.168 0.173 0.184 0.161 0.118 34 N 0.073 0.123 0.116 0.186 0.146 0.122 0.114 0.053 0.036 0.020 0.012 35 T 0.084 0.083 0.129 0.266 0.176 0.107 0.074 0.036 0.023 0.014 0.007 36 S 0.173 0.094 0.056 0.124 0.108 0.101 0.109 0.078 0.070 0.051 0.035 37 H 0.014 0.046 0.047 0.141 0.154 0.178 0.198 0.102 0.068 0.034 0.018 38 I 0.004 0.004 0.006 0.011 0.017 0.026 0.078 0.127 0.197 0.226 0.303 39 L 0.073 0.102 0.128 0.233 0.188 0.121 0.088 0.035 0.020 0.008 0.004 40 E 0.118 0.115 0.094 0.208 0.154 0.117 0.108 0.042 0.026 0.012 0.006 41 A 0.004 0.002 0.002 0.005 0.006 0.011 0.035 0.075 0.175 0.269 0.415 42 I 0.012 0.024 0.025 0.084 0.102 0.153 0.242 0.146 0.110 0.065 0.037 43 N 0.013 0.035 0.044 0.095 0.090 0.106 0.185 0.151 0.131 0.089 0.060 44 I 0.004 0.004 0.005 0.010 0.016 0.030 0.100 0.144 0.208 0.247 0.232 45 N 0.053 0.209 0.078 0.210 0.176 0.102 0.078 0.039 0.026 0.018 0.011 46 C 0.006 0.013 0.007 0.031 0.046 0.063 0.125 0.139 0.216 0.202 0.153 47 S 0.381 0.189 0.112 0.152 0.088 0.043 0.024 0.006 0.004 0.001 0.001 48 K 0.251 0.152 0.134 0.264 0.105 0.049 0.029 0.008 0.004 0.002 0.001 49 L 0.012 0.008 0.011 0.016 0.020 0.046 0.124 0.150 0.211 0.222 0.180 50 M 0.008 0.011 0.039 0.067 0.083 0.178 0.259 0.148 0.110 0.063 0.034 51 K 0.017 0.047 0.543 0.195 0.096 0.047 0.032 0.012 0.006 0.003 0.001 52 R 0.022 0.045 0.234 0.127 0.108 0.141 0.153 0.071 0.049 0.033 0.018 53 R 0.046 0.031 0.067 0.074 0.071 0.090 0.169 0.129 0.146 0.116 0.062 54 L 0.024 0.029 0.066 0.056 0.063 0.102 0.201 0.138 0.135 0.110 0.075 55 Q 0.104 0.150 0.293 0.195 0.113 0.065 0.043 0.018 0.011 0.006 0.002 56 Q 0.365 0.126 0.113 0.103 0.082 0.067 0.065 0.030 0.025 0.016 0.009 57 D 0.255 0.136 0.066 0.122 0.084 0.077 0.102 0.058 0.050 0.033 0.017 58 K 0.199 0.109 0.066 0.163 0.142 0.115 0.099 0.047 0.035 0.017 0.007 59 V 0.162 0.150 0.081 0.140 0.104 0.083 0.104 0.068 0.057 0.033 0.017 60 L 0.038 0.036 0.037 0.079 0.087 0.110 0.171 0.152 0.130 0.106 0.055 61 I 0.017 0.036 0.029 0.080 0.115 0.145 0.192 0.144 0.129 0.076 0.038 62 T 0.115 0.255 0.161 0.182 0.123 0.067 0.048 0.025 0.017 0.007 0.002 63 E 0.458 0.119 0.106 0.151 0.078 0.043 0.026 0.010 0.006 0.003 0.001 64 L 0.297 0.087 0.079 0.090 0.069 0.064 0.091 0.066 0.071 0.054 0.033 65 I 0.029 0.027 0.041 0.064 0.064 0.122 0.237 0.163 0.132 0.081 0.040 66 Q 0.044 0.083 0.192 0.185 0.131 0.116 0.120 0.062 0.039 0.020 0.008 67 H 0.083 0.073 0.461 0.118 0.070 0.062 0.054 0.027 0.024 0.016 0.010 68 S 0.137 0.113 0.197 0.155 0.117 0.086 0.083 0.041 0.036 0.022 0.012 69 A 0.037 0.020 0.037 0.047 0.055 0.093 0.195 0.152 0.155 0.127 0.082 70 K 0.033 0.064 0.142 0.177 0.173 0.151 0.140 0.060 0.037 0.017 0.006 71 H 0.032 0.059 0.417 0.155 0.107 0.081 0.068 0.034 0.024 0.013 0.009 72 K 0.125 0.125 0.144 0.224 0.160 0.095 0.071 0.027 0.016 0.008 0.004 73 V 0.031 0.023 0.024 0.044 0.062 0.106 0.216 0.169 0.155 0.109 0.061 74 D 0.477 0.244 0.083 0.120 0.044 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 75 I 0.006 0.004 0.004 0.010 0.013 0.031 0.102 0.129 0.200 0.215 0.285 76 D 0.252 0.441 0.102 0.126 0.041 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 77 C 0.062 0.059 0.035 0.105 0.106 0.154 0.192 0.108 0.091 0.054 0.035 78 S 0.450 0.220 0.079 0.129 0.066 0.027 0.015 0.006 0.004 0.002 0.002 79 Q 0.015 0.062 0.066 0.219 0.234 0.157 0.149 0.060 0.025 0.008 0.003 80 K 0.002 0.016 0.015 0.135 0.243 0.284 0.190 0.067 0.027 0.013 0.008 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.046 0.155 0.253 0.301 0.238 82 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.048 0.203 0.261 0.211 0.153 0.105 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.052 0.163 0.341 0.430 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.028 0.127 0.200 0.249 0.220 0.157 85 D 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.030 0.119 0.203 0.250 0.230 0.143 86 Q 0.018 0.038 0.023 0.194 0.215 0.165 0.168 0.095 0.049 0.026 0.009 87 S 0.062 0.098 0.045 0.171 0.151 0.133 0.157 0.089 0.053 0.030 0.012 88 S 0.176 0.096 0.034 0.133 0.126 0.097 0.111 0.081 0.067 0.050 0.028 89 Q 0.234 0.205 0.042 0.120 0.103 0.088 0.084 0.051 0.035 0.023 0.015 90 D 0.119 0.237 0.054 0.153 0.117 0.093 0.084 0.050 0.041 0.031 0.021 91 V 0.149 0.063 0.026 0.098 0.116 0.127 0.138 0.097 0.089 0.062 0.036 92 A 0.397 0.152 0.090 0.166 0.095 0.042 0.028 0.012 0.010 0.005 0.003 93 S 0.223 0.165 0.122 0.184 0.107 0.070 0.064 0.028 0.019 0.011 0.006 94 L 0.055 0.026 0.015 0.054 0.073 0.123 0.177 0.146 0.137 0.112 0.082 95 S 0.099 0.152 0.062 0.123 0.130 0.129 0.124 0.071 0.057 0.034 0.019 96 S 0.017 0.053 0.052 0.096 0.105 0.115 0.152 0.120 0.127 0.094 0.068 97 D 0.007 0.012 0.006 0.024 0.050 0.079 0.174 0.158 0.200 0.161 0.128 98 C 0.018 0.014 0.015 0.049 0.068 0.106 0.168 0.143 0.173 0.140 0.106 99 F 0.002 0.007 0.014 0.063 0.110 0.162 0.221 0.165 0.139 0.075 0.042 100 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.006 0.037 0.096 0.225 0.299 0.327 101 T 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.026 0.092 0.123 0.203 0.255 0.281 102 V 0.001 0.001 0.053 0.043 0.044 0.075 0.184 0.149 0.175 0.153 0.123 103 L 0.001 0.001 0.003 0.008 0.017 0.050 0.218 0.228 0.206 0.165 0.105 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.064 0.187 0.337 0.384 105 G 0.001 0.001 0.007 0.029 0.067 0.139 0.274 0.201 0.162 0.083 0.038 106 K 0.002 0.011 0.066 0.094 0.126 0.212 0.251 0.116 0.081 0.031 0.011 107 L 0.001 0.002 0.003 0.011 0.020 0.071 0.256 0.219 0.201 0.147 0.068 108 E 0.333 0.180 0.053 0.143 0.075 0.062 0.072 0.038 0.024 0.012 0.007 109 K 0.046 0.068 0.048 0.115 0.112 0.118 0.144 0.128 0.104 0.075 0.042 110 S 0.308 0.315 0.067 0.168 0.074 0.035 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 111 F 0.029 0.028 0.012 0.058 0.084 0.113 0.199 0.170 0.135 0.091 0.081 112 N 0.179 0.190 0.053 0.185 0.143 0.103 0.079 0.034 0.019 0.009 0.004 113 S 0.090 0.130 0.060 0.269 0.212 0.135 0.069 0.020 0.011 0.004 0.002 114 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.035 0.098 0.218 0.296 0.338 115 H 0.002 0.013 0.023 0.118 0.192 0.229 0.230 0.106 0.052 0.022 0.013 116 L 0.001 0.004 0.005 0.015 0.021 0.035 0.121 0.190 0.242 0.211 0.155 117 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.036 0.122 0.172 0.216 0.220 0.208 118 A 0.060 0.084 0.048 0.195 0.164 0.112 0.137 0.080 0.068 0.034 0.018 119 G 0.041 0.058 0.037 0.143 0.125 0.130 0.176 0.110 0.086 0.061 0.032 120 G 0.005 0.026 0.014 0.045 0.047 0.058 0.131 0.151 0.186 0.185 0.152 121 F 0.001 0.003 0.003 0.017 0.046 0.097 0.220 0.187 0.192 0.133 0.102 122 A 0.170 0.153 0.245 0.232 0.107 0.047 0.027 0.009 0.006 0.002 0.001 123 E 0.021 0.042 0.039 0.199 0.209 0.211 0.179 0.059 0.027 0.010 0.005 124 F 0.002 0.001 0.003 0.004 0.005 0.010 0.047 0.117 0.258 0.290 0.264 125 S 0.006 0.011 0.028 0.136 0.196 0.232 0.215 0.090 0.053 0.024 0.010 126 R 0.026 0.072 0.590 0.177 0.075 0.033 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 127 C 0.009 0.019 0.018 0.064 0.107 0.192 0.311 0.154 0.078 0.036 0.013 128 F 0.035 0.026 0.009 0.030 0.038 0.068 0.177 0.198 0.190 0.141 0.088 129 P 0.145 0.181 0.085 0.162 0.127 0.106 0.091 0.047 0.031 0.018 0.008 130 G 0.509 0.171 0.064 0.095 0.063 0.040 0.029 0.014 0.009 0.005 0.002 131 L 0.034 0.037 0.019 0.069 0.079 0.091 0.163 0.158 0.156 0.118 0.076 132 C 0.030 0.046 0.027 0.065 0.085 0.124 0.184 0.143 0.131 0.094 0.071 133 E 0.171 0.233 0.127 0.198 0.123 0.061 0.046 0.022 0.011 0.005 0.002 134 G 0.464 0.137 0.051 0.090 0.072 0.059 0.058 0.031 0.019 0.012 0.007 135 K 0.169 0.184 0.091 0.195 0.132 0.079 0.070 0.034 0.024 0.014 0.008 136 S 0.287 0.149 0.063 0.141 0.100 0.075 0.076 0.040 0.033 0.022 0.014 137 T 0.170 0.143 0.074 0.152 0.119 0.094 0.107 0.060 0.042 0.024 0.015 138 L 0.098 0.067 0.034 0.070 0.077 0.102 0.156 0.122 0.110 0.093 0.071 139 V 0.103 0.148 0.059 0.145 0.124 0.103 0.115 0.073 0.061 0.042 0.026 140 P 0.225 0.099 0.057 0.118 0.102 0.094 0.098 0.069 0.061 0.046 0.029 141 T 0.181 0.146 0.069 0.151 0.127 0.088 0.096 0.055 0.041 0.027 0.019 142 C 0.100 0.085 0.050 0.134 0.111 0.100 0.133 0.102 0.086 0.063 0.036 143 I 0.088 0.059 0.044 0.105 0.116 0.123 0.154 0.113 0.092 0.064 0.042 144 S 0.231 0.202 0.125 0.177 0.098 0.059 0.050 0.025 0.017 0.009 0.005 145 Q 0.109 0.072 0.041 0.086 0.084 0.102 0.153 0.121 0.110 0.082 0.040 146 P 0.337 0.213 0.074 0.147 0.088 0.050 0.040 0.019 0.016 0.009 0.005 147 A 0.161 0.064 0.033 0.055 0.048 0.054 0.101 0.109 0.149 0.127 0.099 148 H 0.157 0.136 0.070 0.160 0.124 0.097 0.107 0.062 0.047 0.027 0.015 149 H 0.117 0.108 0.061 0.126 0.109 0.106 0.131 0.096 0.074 0.048 0.024 150 H 0.169 0.135 0.082 0.146 0.126 0.098 0.095 0.064 0.045 0.028 0.012 151 H 0.345 0.143 0.091 0.138 0.092 0.063 0.054 0.031 0.023 0.014 0.006 152 H 0.226 0.134 0.066 0.120 0.096 0.084 0.102 0.067 0.054 0.036 0.018 153 H 0.357 0.184 0.063 0.114 0.080 0.054 0.054 0.038 0.029 0.019 0.010