# TARGET T0389 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2363 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.001 0.001 0.009 0.007 0.007 0.964 2 I 0.068 0.033 0.011 0.058 0.030 0.053 0.748 3 G 0.103 0.018 0.032 0.041 0.257 0.083 0.466 4 T 0.170 0.004 0.021 0.023 0.178 0.068 0.536 5 Q 0.478 0.038 0.007 0.012 0.038 0.025 0.402 6 I 0.403 0.081 0.001 0.005 0.049 0.001 0.461 7 V 0.128 0.022 0.001 0.008 0.036 0.001 0.804 8 T 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.002 0.003 9 E 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.002 0.001 10 R 0.001 0.001 0.022 0.973 0.001 0.002 0.003 11 L 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.003 0.002 12 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.003 0.001 13 A 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.012 0.001 14 L 0.001 0.001 0.008 0.969 0.001 0.017 0.004 15 L 0.002 0.002 0.029 0.899 0.014 0.041 0.013 16 E 0.001 0.002 0.034 0.697 0.016 0.237 0.013 17 S 0.001 0.001 0.023 0.261 0.024 0.666 0.025 18 G 0.002 0.001 0.029 0.066 0.159 0.422 0.320 19 T 0.015 0.009 0.064 0.014 0.115 0.133 0.650 20 E 0.046 0.008 0.063 0.005 0.350 0.235 0.294 21 K 0.264 0.002 0.023 0.001 0.347 0.109 0.253 22 V 0.822 0.004 0.002 0.001 0.007 0.002 0.162 23 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 24 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 25 I 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 26 D 0.839 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 0.130 27 S 0.299 0.007 0.006 0.001 0.207 0.038 0.442 28 R 0.091 0.010 0.003 0.002 0.491 0.011 0.391 29 P 0.034 0.013 0.006 0.009 0.218 0.013 0.707 30 F 0.004 0.002 0.185 0.614 0.017 0.115 0.063 31 V 0.006 0.001 0.153 0.727 0.018 0.075 0.020 32 E 0.013 0.004 0.169 0.703 0.012 0.038 0.061 33 Y 0.033 0.015 0.095 0.685 0.028 0.078 0.065 34 N 0.029 0.005 0.085 0.490 0.040 0.275 0.077 35 T 0.024 0.003 0.070 0.273 0.088 0.497 0.046 36 S 0.060 0.009 0.052 0.131 0.148 0.440 0.159 37 H 0.115 0.087 0.047 0.053 0.206 0.127 0.365 38 I 0.089 0.048 0.063 0.108 0.123 0.093 0.476 39 L 0.051 0.009 0.115 0.145 0.094 0.389 0.197 40 E 0.121 0.017 0.120 0.138 0.070 0.412 0.123 41 A 0.235 0.054 0.083 0.146 0.038 0.050 0.393 42 I 0.434 0.032 0.072 0.089 0.077 0.090 0.206 43 N 0.412 0.027 0.076 0.058 0.085 0.090 0.252 44 I 0.289 0.072 0.027 0.061 0.166 0.044 0.342 45 N 0.101 0.029 0.017 0.045 0.072 0.026 0.710 46 C 0.003 0.001 0.110 0.770 0.009 0.044 0.062 47 S 0.001 0.001 0.046 0.938 0.002 0.010 0.003 48 K 0.001 0.001 0.042 0.949 0.001 0.006 0.002 49 L 0.001 0.001 0.018 0.969 0.001 0.010 0.002 50 M 0.002 0.001 0.011 0.964 0.002 0.018 0.003 51 K 0.002 0.001 0.011 0.950 0.003 0.029 0.004 52 R 0.002 0.001 0.012 0.899 0.010 0.058 0.019 53 R 0.005 0.003 0.022 0.767 0.023 0.135 0.046 54 L 0.014 0.011 0.037 0.597 0.056 0.166 0.119 55 Q 0.021 0.005 0.048 0.451 0.059 0.235 0.182 56 Q 0.018 0.007 0.051 0.318 0.145 0.242 0.218 57 D 0.017 0.007 0.063 0.188 0.099 0.362 0.265 58 K 0.043 0.013 0.080 0.124 0.198 0.262 0.280 59 V 0.091 0.028 0.032 0.091 0.200 0.079 0.479 60 L 0.135 0.044 0.018 0.077 0.080 0.044 0.601 61 I 0.064 0.024 0.012 0.099 0.072 0.018 0.712 62 T 0.038 0.012 0.023 0.149 0.072 0.017 0.689 63 E 0.005 0.001 0.080 0.805 0.020 0.053 0.036 64 L 0.004 0.002 0.074 0.814 0.007 0.069 0.031 65 I 0.006 0.005 0.072 0.748 0.013 0.065 0.091 66 Q 0.009 0.005 0.027 0.760 0.020 0.047 0.133 67 H 0.008 0.002 0.045 0.756 0.027 0.064 0.099 68 S 0.007 0.004 0.046 0.724 0.022 0.090 0.106 69 A 0.007 0.003 0.042 0.726 0.030 0.090 0.103 70 K 0.013 0.006 0.063 0.670 0.036 0.121 0.091 71 H 0.011 0.003 0.063 0.496 0.036 0.283 0.107 72 K 0.010 0.005 0.074 0.388 0.051 0.269 0.203 73 V 0.022 0.010 0.030 0.168 0.198 0.212 0.359 74 D 0.036 0.016 0.015 0.024 0.088 0.129 0.692 75 I 0.039 0.050 0.007 0.014 0.107 0.023 0.760 76 D 0.024 0.009 0.015 0.006 0.042 0.034 0.871 77 C 0.007 0.004 0.084 0.010 0.101 0.749 0.044 78 S 0.026 0.004 0.053 0.003 0.117 0.650 0.147 79 Q 0.122 0.012 0.003 0.001 0.312 0.010 0.542 80 K 0.497 0.007 0.001 0.001 0.043 0.005 0.447 81 V 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 82 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 83 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 84 Y 0.937 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.055 85 D 0.466 0.010 0.003 0.001 0.058 0.034 0.429 86 Q 0.069 0.007 0.014 0.002 0.312 0.396 0.199 87 S 0.045 0.017 0.035 0.008 0.327 0.310 0.258 88 S 0.032 0.018 0.125 0.030 0.262 0.244 0.289 89 Q 0.021 0.024 0.164 0.051 0.229 0.230 0.280 90 D 0.034 0.020 0.183 0.057 0.174 0.177 0.355 91 V 0.023 0.016 0.297 0.260 0.075 0.127 0.201 92 A 0.016 0.008 0.267 0.264 0.100 0.173 0.173 93 S 0.010 0.005 0.251 0.295 0.075 0.261 0.103 94 L 0.013 0.014 0.065 0.498 0.083 0.113 0.214 95 S 0.011 0.016 0.027 0.369 0.044 0.080 0.453 96 S 0.003 0.003 0.016 0.760 0.025 0.070 0.123 97 D 0.001 0.001 0.003 0.954 0.007 0.008 0.027 98 C 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.003 99 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 105 G 0.001 0.001 0.006 0.970 0.001 0.022 0.001 106 K 0.001 0.001 0.010 0.892 0.003 0.091 0.003 107 L 0.001 0.001 0.019 0.504 0.023 0.430 0.023 108 E 0.001 0.002 0.011 0.073 0.048 0.774 0.092 109 K 0.010 0.009 0.012 0.014 0.146 0.072 0.738 110 S 0.039 0.018 0.029 0.009 0.204 0.120 0.580 111 F 0.073 0.025 0.041 0.006 0.253 0.127 0.476 112 N 0.085 0.006 0.022 0.007 0.287 0.097 0.496 113 S 0.308 0.010 0.019 0.014 0.094 0.076 0.478 114 V 0.734 0.025 0.005 0.012 0.011 0.004 0.209 115 H 0.890 0.007 0.003 0.011 0.019 0.003 0.066 116 L 0.909 0.007 0.008 0.019 0.012 0.006 0.039 117 L 0.801 0.011 0.007 0.027 0.018 0.013 0.123 118 A 0.459 0.011 0.018 0.049 0.179 0.089 0.196 119 G 0.164 0.018 0.019 0.060 0.357 0.124 0.258 120 G 0.106 0.020 0.020 0.220 0.126 0.066 0.442 121 F 0.004 0.001 0.030 0.917 0.005 0.017 0.025 122 A 0.002 0.001 0.026 0.956 0.003 0.008 0.005 123 E 0.001 0.001 0.030 0.961 0.001 0.005 0.001 124 F 0.003 0.001 0.043 0.937 0.002 0.014 0.002 125 S 0.001 0.001 0.043 0.919 0.002 0.033 0.001 126 R 0.001 0.001 0.042 0.820 0.002 0.132 0.003 127 C 0.003 0.002 0.028 0.660 0.053 0.220 0.034 128 F 0.006 0.009 0.011 0.059 0.409 0.036 0.470 129 P 0.003 0.005 0.087 0.083 0.117 0.528 0.177 130 G 0.014 0.010 0.114 0.046 0.133 0.544 0.140 131 L 0.088 0.022 0.099 0.078 0.213 0.157 0.344 132 C 0.175 0.050 0.042 0.074 0.137 0.104 0.419 133 E 0.137 0.050 0.027 0.064 0.200 0.286 0.235 134 G 0.070 0.015 0.016 0.017 0.208 0.229 0.447 135 K 0.091 0.022 0.011 0.011 0.154 0.046 0.666 136 S 0.145 0.028 0.018 0.007 0.122 0.047 0.632 137 T 0.196 0.042 0.012 0.006 0.125 0.028 0.592 138 L 0.141 0.039 0.004 0.004 0.058 0.008 0.746 139 V 0.152 0.028 0.004 0.003 0.048 0.007 0.758 140 P 0.143 0.026 0.032 0.012 0.076 0.039 0.671 141 T 0.143 0.033 0.068 0.018 0.160 0.096 0.482 142 C 0.176 0.030 0.072 0.019 0.156 0.100 0.446 143 I 0.175 0.037 0.034 0.019 0.183 0.101 0.451 144 S 0.146 0.026 0.035 0.017 0.202 0.085 0.490 145 Q 0.096 0.012 0.018 0.012 0.417 0.026 0.419 146 P 0.112 0.019 0.027 0.013 0.076 0.044 0.709 147 A 0.121 0.025 0.049 0.015 0.105 0.051 0.634 148 H 0.250 0.033 0.054 0.033 0.076 0.072 0.482 149 H 0.293 0.020 0.066 0.067 0.105 0.065 0.383 150 H 0.260 0.014 0.053 0.047 0.159 0.133 0.333 151 H 0.168 0.017 0.043 0.025 0.243 0.170 0.334 152 H 0.087 0.020 0.011 0.021 0.090 0.036 0.735 153 H 0.015 0.003 0.003 0.004 0.012 0.005 0.958