# TARGET T0389 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2363 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.192 0.303 0.069 0.131 0.022 0.054 0.047 0.023 0.038 0.001 2 I 0.177 0.192 0.335 0.148 0.046 0.023 0.036 0.011 0.017 0.013 0.002 3 G 0.107 0.071 0.244 0.063 0.182 0.015 0.062 0.141 0.007 0.106 0.002 4 T 0.313 0.234 0.235 0.132 0.050 0.013 0.007 0.003 0.008 0.003 0.001 5 Q 0.096 0.382 0.330 0.049 0.065 0.037 0.012 0.003 0.019 0.005 0.002 6 I 0.048 0.563 0.319 0.009 0.029 0.020 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 7 V 0.016 0.137 0.671 0.001 0.018 0.099 0.001 0.001 0.055 0.002 0.001 8 T 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.983 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.948 0.001 0.003 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.893 0.005 0.020 0.072 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 S 0.238 0.010 0.038 0.690 0.004 0.004 0.007 0.003 0.006 0.001 0.001 18 G 0.037 0.011 0.107 0.029 0.034 0.009 0.217 0.429 0.010 0.118 0.001 19 T 0.165 0.112 0.333 0.169 0.030 0.089 0.058 0.009 0.026 0.007 0.002 20 E 0.273 0.108 0.219 0.269 0.063 0.019 0.022 0.015 0.006 0.007 0.001 21 K 0.051 0.338 0.216 0.197 0.063 0.055 0.029 0.003 0.045 0.001 0.001 22 V 0.002 0.620 0.312 0.002 0.022 0.018 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 23 L 0.005 0.714 0.212 0.001 0.005 0.034 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 24 L 0.003 0.488 0.440 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 25 I 0.009 0.778 0.104 0.003 0.018 0.041 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 26 D 0.016 0.370 0.287 0.017 0.024 0.204 0.014 0.001 0.065 0.001 0.001 27 S 0.125 0.275 0.254 0.144 0.091 0.042 0.017 0.005 0.031 0.011 0.004 28 R 0.052 0.291 0.419 0.003 0.067 0.034 0.023 0.001 0.103 0.005 0.002 29 P 0.104 0.004 0.773 0.003 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.062 30 F 0.855 0.019 0.059 0.026 0.008 0.013 0.006 0.007 0.003 0.002 0.002 31 V 0.896 0.028 0.020 0.030 0.008 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 32 E 0.867 0.033 0.020 0.059 0.008 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 33 Y 0.791 0.022 0.026 0.131 0.008 0.007 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 34 N 0.791 0.025 0.031 0.078 0.007 0.020 0.030 0.005 0.010 0.001 0.001 35 T 0.618 0.097 0.052 0.173 0.030 0.008 0.009 0.004 0.005 0.002 0.001 36 S 0.438 0.105 0.155 0.131 0.086 0.015 0.038 0.014 0.011 0.008 0.001 37 H 0.245 0.260 0.157 0.115 0.099 0.035 0.039 0.010 0.033 0.006 0.001 38 I 0.149 0.343 0.261 0.017 0.016 0.093 0.008 0.001 0.112 0.001 0.001 39 L 0.488 0.048 0.335 0.084 0.002 0.033 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 40 E 0.107 0.091 0.044 0.082 0.167 0.014 0.384 0.086 0.019 0.006 0.001 41 A 0.152 0.336 0.293 0.044 0.119 0.020 0.008 0.005 0.012 0.004 0.006 42 I 0.054 0.819 0.040 0.019 0.043 0.008 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 43 N 0.050 0.219 0.263 0.051 0.019 0.240 0.063 0.001 0.087 0.004 0.002 44 I 0.046 0.616 0.157 0.029 0.063 0.033 0.002 0.001 0.053 0.001 0.001 45 N 0.013 0.031 0.384 0.006 0.012 0.499 0.004 0.001 0.044 0.003 0.003 46 C 0.828 0.006 0.013 0.111 0.002 0.021 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 47 S 0.968 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.950 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 49 L 0.951 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 M 0.957 0.003 0.010 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.882 0.005 0.018 0.084 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 52 R 0.727 0.024 0.106 0.099 0.009 0.006 0.016 0.005 0.006 0.002 0.001 53 R 0.773 0.023 0.070 0.092 0.005 0.012 0.016 0.003 0.005 0.001 0.001 54 L 0.456 0.097 0.176 0.165 0.016 0.044 0.013 0.004 0.025 0.003 0.001 55 Q 0.422 0.088 0.167 0.211 0.022 0.036 0.026 0.007 0.014 0.006 0.001 56 Q 0.540 0.078 0.119 0.139 0.032 0.015 0.031 0.012 0.020 0.013 0.001 57 D 0.336 0.041 0.141 0.367 0.011 0.035 0.043 0.007 0.014 0.002 0.001 58 K 0.245 0.049 0.122 0.172 0.038 0.028 0.250 0.067 0.016 0.012 0.001 59 V 0.313 0.215 0.303 0.091 0.015 0.032 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 60 L 0.145 0.219 0.463 0.035 0.011 0.070 0.011 0.001 0.042 0.001 0.001 61 I 0.171 0.093 0.625 0.044 0.006 0.048 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 62 T 0.100 0.109 0.625 0.016 0.066 0.043 0.003 0.002 0.027 0.008 0.001 63 E 0.965 0.002 0.010 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 64 L 0.956 0.002 0.008 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 I 0.939 0.004 0.009 0.040 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 66 Q 0.930 0.005 0.025 0.025 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 67 H 0.933 0.007 0.018 0.031 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 68 S 0.935 0.007 0.014 0.032 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.937 0.006 0.011 0.036 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 K 0.881 0.013 0.019 0.071 0.003 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 71 H 0.703 0.029 0.039 0.158 0.017 0.008 0.027 0.010 0.005 0.004 0.001 72 K 0.544 0.047 0.120 0.175 0.010 0.041 0.043 0.002 0.015 0.001 0.003 73 V 0.258 0.214 0.113 0.343 0.028 0.017 0.005 0.002 0.019 0.001 0.001 74 D 0.028 0.040 0.109 0.074 0.018 0.232 0.411 0.004 0.082 0.002 0.001 75 I 0.169 0.295 0.311 0.153 0.023 0.028 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 76 D 0.072 0.142 0.385 0.128 0.029 0.147 0.017 0.003 0.073 0.003 0.001 77 C 0.372 0.039 0.120 0.330 0.024 0.013 0.062 0.023 0.007 0.011 0.001 78 S 0.179 0.039 0.099 0.545 0.018 0.011 0.036 0.061 0.008 0.004 0.001 79 Q 0.006 0.417 0.472 0.011 0.032 0.014 0.005 0.001 0.043 0.001 0.001 80 K 0.002 0.093 0.867 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 81 V 0.002 0.604 0.330 0.001 0.006 0.026 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 82 V 0.002 0.633 0.293 0.001 0.003 0.046 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 83 V 0.004 0.418 0.433 0.002 0.003 0.109 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 84 Y 0.018 0.635 0.151 0.015 0.065 0.062 0.004 0.001 0.049 0.001 0.001 85 D 0.031 0.235 0.319 0.029 0.133 0.174 0.011 0.002 0.057 0.007 0.001 86 Q 0.381 0.050 0.058 0.408 0.035 0.027 0.015 0.006 0.014 0.005 0.001 87 S 0.259 0.126 0.177 0.279 0.089 0.018 0.019 0.010 0.013 0.010 0.001 88 S 0.322 0.071 0.165 0.170 0.095 0.017 0.029 0.070 0.014 0.044 0.002 89 Q 0.413 0.078 0.163 0.165 0.061 0.022 0.036 0.024 0.017 0.019 0.001 90 D 0.291 0.071 0.199 0.149 0.030 0.112 0.065 0.010 0.062 0.008 0.003 91 V 0.724 0.027 0.043 0.168 0.004 0.015 0.009 0.002 0.005 0.001 0.001 92 A 0.795 0.018 0.046 0.097 0.008 0.009 0.017 0.004 0.003 0.003 0.001 93 S 0.592 0.034 0.065 0.221 0.015 0.022 0.027 0.005 0.016 0.001 0.001 94 L 0.628 0.028 0.088 0.192 0.006 0.024 0.022 0.003 0.007 0.001 0.001 95 S 0.766 0.028 0.054 0.118 0.007 0.008 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 96 S 0.787 0.019 0.045 0.105 0.010 0.005 0.010 0.007 0.003 0.007 0.001 97 D 0.933 0.005 0.034 0.014 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 98 C 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 K 0.972 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.194 0.001 0.004 0.798 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.041 0.001 0.006 0.028 0.003 0.008 0.811 0.090 0.005 0.006 0.001 109 K 0.132 0.313 0.331 0.080 0.055 0.042 0.015 0.003 0.024 0.005 0.001 110 S 0.228 0.114 0.285 0.182 0.054 0.055 0.043 0.014 0.012 0.010 0.003 111 F 0.170 0.212 0.155 0.087 0.166 0.036 0.051 0.028 0.060 0.033 0.001 112 N 0.333 0.095 0.154 0.280 0.031 0.032 0.047 0.006 0.016 0.003 0.002 113 S 0.102 0.277 0.203 0.199 0.082 0.056 0.047 0.007 0.022 0.002 0.001 114 V 0.020 0.685 0.229 0.009 0.026 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 115 H 0.033 0.777 0.080 0.010 0.041 0.021 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 116 L 0.019 0.578 0.301 0.004 0.016 0.054 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 117 L 0.058 0.478 0.256 0.024 0.028 0.080 0.006 0.001 0.067 0.001 0.001 118 A 0.079 0.323 0.401 0.032 0.064 0.038 0.026 0.005 0.021 0.009 0.002 119 G 0.088 0.025 0.100 0.056 0.239 0.003 0.139 0.187 0.003 0.159 0.001 120 G 0.107 0.033 0.310 0.035 0.181 0.028 0.019 0.049 0.006 0.229 0.003 121 F 0.890 0.022 0.050 0.016 0.005 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 122 A 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.975 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 F 0.975 0.002 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 S 0.964 0.007 0.007 0.015 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.942 0.007 0.007 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 C 0.505 0.019 0.023 0.439 0.003 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 128 F 0.061 0.113 0.235 0.004 0.021 0.009 0.048 0.002 0.503 0.004 0.001 129 P 0.312 0.002 0.565 0.015 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 130 G 0.283 0.050 0.323 0.061 0.122 0.016 0.012 0.073 0.004 0.055 0.001 131 L 0.312 0.239 0.218 0.147 0.037 0.027 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 132 C 0.159 0.381 0.203 0.130 0.048 0.039 0.006 0.002 0.029 0.002 0.001 133 E 0.099 0.338 0.268 0.158 0.065 0.018 0.014 0.002 0.035 0.002 0.001 134 G 0.052 0.022 0.142 0.035 0.130 0.010 0.062 0.344 0.005 0.195 0.003 135 K 0.123 0.291 0.403 0.070 0.042 0.022 0.006 0.002 0.037 0.002 0.001 136 S 0.142 0.124 0.546 0.066 0.037 0.037 0.016 0.008 0.010 0.010 0.003 137 T 0.091 0.387 0.328 0.070 0.044 0.038 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 138 L 0.060 0.288 0.535 0.024 0.021 0.039 0.003 0.001 0.025 0.001 0.002 139 V 0.021 0.220 0.570 0.002 0.012 0.027 0.004 0.001 0.141 0.001 0.001 140 P 0.128 0.009 0.781 0.010 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 141 T 0.213 0.185 0.257 0.130 0.116 0.028 0.023 0.022 0.017 0.009 0.001 142 C 0.116 0.258 0.241 0.133 0.142 0.037 0.022 0.014 0.028 0.009 0.001 143 I 0.150 0.320 0.327 0.091 0.049 0.029 0.008 0.003 0.019 0.003 0.001 144 S 0.153 0.191 0.362 0.142 0.034 0.062 0.015 0.006 0.028 0.004 0.003 145 Q 0.038 0.303 0.399 0.003 0.069 0.016 0.012 0.001 0.154 0.003 0.001 146 P 0.150 0.009 0.662 0.012 0.001 0.034 0.001 0.001 0.003 0.001 0.130 147 A 0.279 0.128 0.394 0.076 0.059 0.031 0.006 0.010 0.009 0.006 0.003 148 H 0.219 0.285 0.185 0.155 0.057 0.048 0.013 0.003 0.031 0.002 0.001 149 H 0.149 0.337 0.265 0.120 0.027 0.045 0.008 0.001 0.047 0.001 0.001 150 H 0.235 0.243 0.277 0.122 0.042 0.040 0.013 0.004 0.021 0.003 0.001 151 H 0.164 0.234 0.198 0.142 0.085 0.065 0.053 0.013 0.039 0.006 0.001 152 H 0.181 0.292 0.243 0.153 0.041 0.035 0.012 0.005 0.035 0.003 0.001 153 H 0.186 0.214 0.302 0.103 0.063 0.038 0.034 0.015 0.027 0.018 0.001