# TARGET T0389 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2363 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.257 0.169 0.027 0.229 0.014 0.027 0.062 0.039 0.051 0.033 2 I 0.095 0.211 0.079 0.021 0.173 0.019 0.063 0.120 0.090 0.077 0.051 3 G 0.072 0.231 0.159 0.046 0.171 0.021 0.019 0.054 0.081 0.098 0.049 4 T 0.075 0.245 0.053 0.006 0.305 0.009 0.035 0.131 0.075 0.036 0.028 5 Q 0.223 0.204 0.054 0.001 0.339 0.002 0.007 0.030 0.019 0.052 0.070 6 I 0.086 0.436 0.104 0.005 0.307 0.003 0.005 0.009 0.004 0.012 0.028 7 V 0.018 0.678 0.215 0.001 0.084 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.807 0.188 0.003 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.018 0.005 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.047 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.016 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.930 0.056 0.008 0.001 15 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.858 0.119 0.009 0.001 16 E 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.010 0.117 0.660 0.141 0.060 0.003 17 S 0.002 0.509 0.402 0.015 0.048 0.005 0.009 0.005 0.002 0.004 0.001 18 G 0.080 0.008 0.010 0.010 0.011 0.003 0.006 0.018 0.027 0.390 0.439 19 T 0.107 0.208 0.092 0.043 0.204 0.043 0.060 0.044 0.054 0.091 0.054 20 E 0.041 0.100 0.019 0.029 0.140 0.058 0.082 0.139 0.152 0.192 0.049 21 K 0.333 0.057 0.014 0.012 0.359 0.014 0.024 0.011 0.019 0.076 0.079 22 V 0.142 0.098 0.005 0.001 0.749 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 23 L 0.080 0.042 0.001 0.001 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 24 L 0.343 0.018 0.001 0.001 0.611 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 25 I 0.195 0.116 0.009 0.003 0.581 0.005 0.004 0.002 0.001 0.011 0.073 26 D 0.296 0.081 0.009 0.001 0.519 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.080 27 S 0.136 0.141 0.072 0.011 0.186 0.006 0.008 0.030 0.079 0.217 0.114 28 R 0.014 0.332 0.380 0.058 0.081 0.022 0.050 0.033 0.020 0.007 0.003 29 P 0.038 0.449 0.201 0.011 0.117 0.003 0.010 0.076 0.049 0.028 0.018 30 F 0.015 0.029 0.008 0.003 0.024 0.006 0.017 0.349 0.488 0.047 0.014 31 V 0.012 0.032 0.010 0.004 0.026 0.009 0.024 0.513 0.305 0.054 0.011 32 E 0.033 0.030 0.006 0.003 0.037 0.006 0.037 0.464 0.178 0.188 0.018 33 Y 0.064 0.051 0.019 0.008 0.072 0.010 0.022 0.363 0.176 0.172 0.043 34 N 0.028 0.049 0.035 0.022 0.040 0.032 0.056 0.431 0.204 0.077 0.028 35 T 0.024 0.051 0.017 0.010 0.045 0.015 0.087 0.380 0.229 0.120 0.022 36 S 0.062 0.125 0.056 0.021 0.125 0.015 0.045 0.178 0.155 0.168 0.050 37 H 0.131 0.080 0.030 0.014 0.140 0.016 0.046 0.134 0.103 0.224 0.082 38 I 0.235 0.142 0.044 0.009 0.350 0.005 0.007 0.046 0.043 0.051 0.068 39 L 0.021 0.018 0.008 0.035 0.033 0.228 0.327 0.248 0.061 0.014 0.008 40 E 0.121 0.112 0.056 0.056 0.209 0.018 0.031 0.095 0.068 0.162 0.072 41 A 0.215 0.099 0.017 0.011 0.417 0.013 0.016 0.077 0.044 0.042 0.047 42 I 0.091 0.202 0.026 0.006 0.457 0.013 0.021 0.086 0.034 0.026 0.036 43 N 0.375 0.038 0.005 0.001 0.273 0.001 0.003 0.011 0.006 0.079 0.210 44 I 0.032 0.543 0.166 0.006 0.208 0.004 0.005 0.007 0.003 0.015 0.010 45 N 0.198 0.333 0.088 0.001 0.356 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.019 46 C 0.004 0.012 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.444 0.484 0.038 0.003 47 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.878 0.107 0.004 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.921 0.064 0.010 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.924 0.058 0.011 0.001 50 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.824 0.121 0.039 0.002 51 K 0.003 0.011 0.005 0.002 0.008 0.004 0.020 0.672 0.168 0.103 0.004 52 R 0.013 0.084 0.038 0.005 0.043 0.006 0.045 0.491 0.139 0.126 0.009 53 R 0.036 0.064 0.029 0.009 0.056 0.013 0.075 0.439 0.140 0.117 0.022 54 L 0.064 0.115 0.044 0.021 0.103 0.019 0.063 0.305 0.131 0.105 0.029 55 Q 0.046 0.104 0.083 0.042 0.077 0.041 0.063 0.266 0.136 0.112 0.031 56 Q 0.033 0.156 0.102 0.042 0.086 0.030 0.039 0.232 0.138 0.117 0.024 57 D 0.065 0.129 0.044 0.015 0.138 0.019 0.059 0.197 0.137 0.147 0.048 58 K 0.071 0.104 0.038 0.009 0.147 0.008 0.025 0.169 0.168 0.207 0.053 59 V 0.095 0.218 0.055 0.005 0.285 0.006 0.032 0.133 0.075 0.061 0.035 60 L 0.097 0.326 0.152 0.008 0.212 0.005 0.016 0.070 0.030 0.047 0.036 61 I 0.071 0.417 0.143 0.011 0.199 0.005 0.014 0.068 0.022 0.022 0.028 62 T 0.013 0.567 0.240 0.005 0.061 0.002 0.002 0.076 0.019 0.011 0.004 63 E 0.002 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.004 0.783 0.179 0.010 0.002 64 L 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.911 0.064 0.007 0.001 65 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.905 0.061 0.022 0.001 66 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.057 0.011 0.001 67 H 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.882 0.093 0.008 0.001 68 S 0.003 0.005 0.004 0.001 0.004 0.003 0.022 0.848 0.082 0.027 0.002 69 A 0.004 0.008 0.005 0.002 0.006 0.003 0.016 0.779 0.135 0.039 0.003 70 K 0.015 0.031 0.007 0.006 0.026 0.014 0.052 0.657 0.152 0.034 0.007 71 H 0.019 0.037 0.016 0.009 0.021 0.009 0.061 0.449 0.256 0.098 0.024 72 K 0.032 0.034 0.016 0.004 0.048 0.010 0.096 0.401 0.230 0.113 0.017 73 V 0.058 0.518 0.097 0.005 0.240 0.004 0.007 0.018 0.016 0.019 0.019 74 D 0.209 0.063 0.045 0.016 0.126 0.015 0.012 0.020 0.027 0.248 0.219 75 I 0.187 0.280 0.072 0.011 0.293 0.006 0.011 0.029 0.023 0.036 0.054 76 D 0.168 0.155 0.123 0.036 0.245 0.022 0.021 0.029 0.037 0.069 0.093 77 C 0.049 0.101 0.052 0.030 0.097 0.027 0.060 0.192 0.291 0.073 0.029 78 S 0.037 0.014 0.009 0.005 0.029 0.012 0.047 0.073 0.191 0.504 0.078 79 Q 0.036 0.530 0.162 0.005 0.215 0.002 0.004 0.005 0.007 0.027 0.007 80 K 0.296 0.069 0.009 0.001 0.601 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 81 V 0.134 0.117 0.012 0.001 0.728 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 82 V 0.176 0.055 0.001 0.001 0.756 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 83 V 0.372 0.046 0.006 0.001 0.529 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 84 Y 0.193 0.191 0.041 0.014 0.383 0.008 0.013 0.005 0.003 0.041 0.108 85 D 0.044 0.312 0.320 0.028 0.256 0.004 0.003 0.010 0.005 0.006 0.010 86 Q 0.018 0.025 0.018 0.010 0.016 0.023 0.063 0.354 0.338 0.116 0.019 87 S 0.027 0.220 0.150 0.054 0.096 0.038 0.150 0.118 0.053 0.077 0.018 88 S 0.087 0.269 0.116 0.027 0.236 0.008 0.010 0.032 0.030 0.117 0.067 89 Q 0.050 0.073 0.069 0.020 0.056 0.021 0.046 0.219 0.169 0.196 0.081 90 D 0.122 0.170 0.064 0.014 0.196 0.014 0.030 0.213 0.061 0.062 0.054 91 V 0.064 0.071 0.023 0.015 0.093 0.013 0.018 0.281 0.209 0.170 0.043 92 A 0.032 0.075 0.043 0.023 0.052 0.033 0.059 0.413 0.172 0.075 0.023 93 S 0.076 0.090 0.045 0.015 0.112 0.012 0.029 0.370 0.109 0.104 0.036 94 L 0.037 0.069 0.020 0.010 0.062 0.014 0.029 0.386 0.210 0.134 0.029 95 S 0.023 0.045 0.023 0.010 0.034 0.023 0.053 0.513 0.171 0.081 0.024 96 S 0.014 0.084 0.044 0.009 0.028 0.005 0.018 0.478 0.171 0.138 0.010 97 D 0.006 0.036 0.018 0.003 0.013 0.002 0.004 0.778 0.112 0.026 0.003 98 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.906 0.087 0.002 0.001 99 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.038 0.003 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.062 0.013 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.013 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.026 0.004 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.904 0.086 0.005 0.001 105 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.823 0.153 0.004 0.001 106 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.089 0.764 0.094 0.043 0.001 107 L 0.018 0.348 0.124 0.018 0.117 0.020 0.067 0.170 0.056 0.052 0.012 108 E 0.103 0.040 0.017 0.016 0.052 0.017 0.024 0.105 0.104 0.343 0.178 109 K 0.076 0.144 0.089 0.028 0.124 0.022 0.057 0.183 0.128 0.114 0.034 110 S 0.044 0.129 0.077 0.034 0.092 0.046 0.116 0.162 0.112 0.149 0.039 111 F 0.106 0.185 0.106 0.065 0.170 0.022 0.032 0.051 0.067 0.114 0.082 112 N 0.029 0.082 0.062 0.067 0.059 0.088 0.091 0.171 0.140 0.170 0.041 113 S 0.171 0.145 0.040 0.009 0.310 0.005 0.014 0.051 0.049 0.137 0.069 114 V 0.321 0.098 0.008 0.001 0.500 0.002 0.003 0.011 0.009 0.010 0.037 115 H 0.078 0.267 0.030 0.004 0.560 0.004 0.007 0.022 0.008 0.007 0.012 116 L 0.399 0.096 0.011 0.002 0.375 0.002 0.006 0.027 0.006 0.012 0.064 117 L 0.208 0.078 0.038 0.054 0.204 0.072 0.052 0.075 0.027 0.079 0.113 118 A 0.045 0.091 0.050 0.120 0.086 0.153 0.173 0.149 0.041 0.052 0.039 119 G 0.014 0.085 0.226 0.237 0.025 0.059 0.023 0.086 0.049 0.158 0.036 120 G 0.040 0.115 0.099 0.070 0.054 0.022 0.017 0.251 0.074 0.213 0.046 121 F 0.014 0.025 0.005 0.002 0.026 0.002 0.005 0.684 0.191 0.033 0.011 122 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.022 0.879 0.080 0.003 0.001 123 E 0.006 0.005 0.005 0.002 0.005 0.002 0.011 0.837 0.097 0.026 0.003 124 F 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.007 0.733 0.199 0.042 0.004 125 S 0.004 0.019 0.004 0.003 0.009 0.013 0.053 0.624 0.250 0.018 0.003 126 R 0.009 0.011 0.004 0.005 0.011 0.009 0.137 0.490 0.172 0.140 0.013 127 C 0.040 0.049 0.027 0.013 0.065 0.050 0.244 0.138 0.100 0.242 0.032 128 F 0.221 0.147 0.090 0.037 0.198 0.011 0.011 0.046 0.033 0.082 0.122 129 P 0.015 0.108 0.105 0.113 0.039 0.099 0.155 0.187 0.129 0.042 0.009 130 G 0.040 0.117 0.108 0.067 0.087 0.034 0.031 0.098 0.107 0.259 0.053 131 L 0.158 0.139 0.034 0.008 0.274 0.018 0.054 0.107 0.082 0.068 0.058 132 C 0.131 0.140 0.106 0.034 0.242 0.039 0.051 0.072 0.041 0.082 0.062 133 E 0.037 0.147 0.107 0.129 0.085 0.100 0.157 0.094 0.052 0.069 0.022 134 G 0.036 0.053 0.137 0.146 0.043 0.045 0.014 0.034 0.053 0.359 0.080 135 K 0.041 0.355 0.193 0.030 0.185 0.013 0.021 0.063 0.044 0.038 0.018 136 S 0.085 0.281 0.106 0.012 0.271 0.010 0.024 0.068 0.052 0.056 0.036 137 T 0.087 0.311 0.142 0.009 0.283 0.008 0.025 0.044 0.031 0.035 0.025 138 L 0.121 0.301 0.168 0.010 0.261 0.007 0.018 0.028 0.018 0.030 0.037 139 V 0.026 0.427 0.359 0.015 0.129 0.005 0.010 0.015 0.005 0.003 0.006 140 P 0.079 0.325 0.106 0.011 0.210 0.017 0.036 0.088 0.066 0.033 0.031 141 T 0.057 0.210 0.105 0.019 0.157 0.020 0.044 0.102 0.135 0.110 0.040 142 C 0.143 0.166 0.065 0.014 0.244 0.012 0.028 0.095 0.075 0.097 0.061 143 I 0.092 0.206 0.070 0.016 0.213 0.016 0.044 0.112 0.099 0.093 0.038 144 S 0.122 0.161 0.134 0.028 0.168 0.019 0.033 0.061 0.059 0.149 0.066 145 Q 0.045 0.375 0.279 0.021 0.146 0.008 0.019 0.059 0.022 0.014 0.013 146 P 0.071 0.302 0.157 0.026 0.163 0.019 0.029 0.100 0.053 0.043 0.038 147 A 0.085 0.193 0.064 0.017 0.177 0.027 0.049 0.159 0.130 0.061 0.038 148 H 0.091 0.150 0.062 0.018 0.180 0.027 0.049 0.173 0.100 0.101 0.048 149 H 0.144 0.145 0.047 0.015 0.211 0.013 0.030 0.133 0.086 0.122 0.054 150 H 0.084 0.147 0.046 0.027 0.162 0.044 0.074 0.184 0.114 0.080 0.039 151 H 0.113 0.108 0.056 0.026 0.154 0.019 0.041 0.131 0.100 0.167 0.085 152 H 0.115 0.161 0.065 0.019 0.194 0.016 0.037 0.158 0.095 0.092 0.048 153 H 0.089 0.179 0.074 0.028 0.165 0.027 0.049 0.179 0.091 0.078 0.040