# TARGET T0389 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 408 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 I 0.071 0.036 0.008 0.186 0.004 0.023 0.674 3 G 0.064 0.013 0.025 0.253 0.080 0.057 0.508 4 T 0.069 0.005 0.059 0.363 0.076 0.157 0.271 5 Q 0.087 0.009 0.062 0.338 0.140 0.128 0.236 6 I 0.101 0.019 0.034 0.370 0.131 0.042 0.303 7 V 0.062 0.009 0.017 0.392 0.076 0.026 0.418 8 T 0.008 0.002 0.020 0.895 0.017 0.025 0.033 9 E 0.004 0.002 0.010 0.927 0.014 0.024 0.019 10 R 0.002 0.001 0.005 0.952 0.008 0.016 0.015 11 L 0.003 0.001 0.003 0.945 0.009 0.016 0.022 12 V 0.005 0.001 0.004 0.938 0.011 0.026 0.015 13 A 0.007 0.001 0.006 0.929 0.011 0.025 0.021 14 L 0.005 0.002 0.014 0.916 0.011 0.032 0.021 15 L 0.008 0.002 0.023 0.868 0.013 0.060 0.025 16 E 0.007 0.002 0.034 0.790 0.021 0.113 0.034 17 S 0.006 0.002 0.030 0.523 0.059 0.323 0.058 18 G 0.007 0.004 0.036 0.144 0.123 0.502 0.184 19 T 0.021 0.007 0.057 0.031 0.158 0.268 0.459 20 E 0.033 0.006 0.050 0.008 0.334 0.378 0.191 21 K 0.110 0.002 0.022 0.002 0.401 0.219 0.244 22 V 0.676 0.007 0.001 0.001 0.025 0.006 0.284 23 L 0.975 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 24 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 25 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 26 D 0.906 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.083 27 S 0.451 0.007 0.005 0.002 0.072 0.023 0.440 28 R 0.166 0.028 0.003 0.003 0.335 0.016 0.449 29 P 0.030 0.006 0.007 0.015 0.157 0.020 0.766 30 F 0.003 0.003 0.124 0.670 0.068 0.072 0.061 31 V 0.005 0.002 0.103 0.725 0.048 0.082 0.034 32 E 0.007 0.002 0.092 0.745 0.049 0.055 0.052 33 Y 0.010 0.005 0.044 0.781 0.051 0.053 0.057 34 N 0.018 0.007 0.054 0.619 0.048 0.175 0.079 35 T 0.011 0.004 0.057 0.432 0.041 0.399 0.056 36 S 0.014 0.004 0.031 0.214 0.065 0.579 0.091 37 H 0.037 0.036 0.037 0.119 0.125 0.294 0.352 38 I 0.044 0.026 0.051 0.044 0.107 0.042 0.686 39 L 0.040 0.012 0.170 0.053 0.150 0.410 0.165 40 E 0.048 0.005 0.147 0.034 0.133 0.498 0.135 41 A 0.273 0.037 0.048 0.037 0.058 0.051 0.497 42 I 0.570 0.022 0.028 0.044 0.074 0.060 0.203 43 N 0.566 0.015 0.014 0.032 0.086 0.055 0.232 44 I 0.322 0.027 0.009 0.036 0.108 0.021 0.477 45 N 0.109 0.027 0.002 0.029 0.055 0.014 0.763 46 C 0.012 0.004 0.048 0.483 0.057 0.098 0.297 47 S 0.004 0.001 0.084 0.638 0.058 0.154 0.061 48 K 0.003 0.002 0.126 0.695 0.040 0.092 0.043 49 L 0.005 0.005 0.064 0.806 0.028 0.040 0.051 50 M 0.012 0.006 0.040 0.772 0.033 0.077 0.060 51 K 0.015 0.004 0.043 0.706 0.033 0.133 0.066 52 R 0.014 0.006 0.043 0.656 0.064 0.113 0.104 53 R 0.018 0.009 0.064 0.600 0.066 0.113 0.130 54 L 0.017 0.005 0.073 0.519 0.071 0.173 0.142 55 Q 0.010 0.007 0.063 0.446 0.085 0.213 0.176 56 Q 0.010 0.007 0.043 0.327 0.146 0.154 0.312 57 D 0.014 0.007 0.040 0.273 0.113 0.169 0.385 58 K 0.019 0.006 0.060 0.424 0.103 0.179 0.210 59 V 0.036 0.007 0.069 0.460 0.095 0.110 0.222 60 L 0.065 0.010 0.071 0.516 0.082 0.087 0.170 61 I 0.116 0.010 0.070 0.571 0.047 0.064 0.121 62 T 0.189 0.011 0.074 0.521 0.040 0.063 0.103 63 E 0.277 0.010 0.058 0.449 0.038 0.070 0.099 64 L 0.278 0.016 0.038 0.380 0.070 0.065 0.153 65 I 0.204 0.019 0.022 0.343 0.105 0.056 0.250 66 Q 0.083 0.009 0.018 0.288 0.082 0.058 0.461 67 H 0.022 0.005 0.047 0.512 0.077 0.127 0.210 68 S 0.016 0.004 0.072 0.555 0.074 0.171 0.108 69 A 0.021 0.005 0.093 0.548 0.075 0.133 0.125 70 K 0.040 0.009 0.087 0.537 0.079 0.115 0.133 71 H 0.067 0.009 0.098 0.446 0.084 0.146 0.151 72 K 0.084 0.013 0.106 0.412 0.080 0.139 0.166 73 V 0.090 0.015 0.097 0.356 0.092 0.144 0.206 74 D 0.089 0.015 0.108 0.238 0.101 0.210 0.240 75 I 0.056 0.017 0.110 0.141 0.158 0.185 0.333 76 D 0.039 0.012 0.123 0.089 0.148 0.227 0.363 77 C 0.038 0.012 0.099 0.051 0.188 0.411 0.202 78 S 0.071 0.008 0.051 0.015 0.236 0.337 0.282 79 Q 0.209 0.007 0.009 0.003 0.290 0.035 0.447 80 K 0.577 0.008 0.002 0.001 0.083 0.007 0.323 81 V 0.927 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.057 82 V 0.974 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 83 V 0.957 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 84 Y 0.868 0.011 0.001 0.001 0.015 0.003 0.102 85 D 0.389 0.011 0.003 0.003 0.063 0.023 0.508 86 Q 0.056 0.005 0.025 0.011 0.236 0.501 0.166 87 S 0.026 0.009 0.036 0.025 0.307 0.468 0.130 88 S 0.030 0.012 0.045 0.051 0.376 0.232 0.254 89 Q 0.046 0.024 0.036 0.099 0.278 0.146 0.371 90 D 0.086 0.066 0.068 0.148 0.169 0.140 0.323 91 V 0.051 0.019 0.121 0.258 0.120 0.152 0.279 92 A 0.036 0.009 0.144 0.284 0.132 0.175 0.222 93 S 0.018 0.008 0.180 0.369 0.096 0.165 0.164 94 L 0.012 0.010 0.138 0.382 0.117 0.121 0.221 95 S 0.007 0.005 0.082 0.457 0.085 0.092 0.272 96 S 0.004 0.002 0.058 0.600 0.063 0.165 0.108 97 D 0.003 0.002 0.035 0.683 0.065 0.134 0.078 98 C 0.003 0.004 0.013 0.788 0.050 0.043 0.099 99 F 0.002 0.001 0.005 0.944 0.010 0.018 0.021 100 L 0.003 0.001 0.003 0.963 0.006 0.015 0.010 101 T 0.003 0.001 0.002 0.972 0.004 0.012 0.007 102 V 0.003 0.001 0.001 0.979 0.004 0.005 0.007 103 L 0.003 0.001 0.001 0.983 0.003 0.006 0.005 104 L 0.003 0.001 0.002 0.979 0.003 0.010 0.004 105 G 0.002 0.001 0.002 0.976 0.003 0.011 0.006 106 K 0.002 0.001 0.004 0.965 0.005 0.018 0.006 107 L 0.003 0.001 0.006 0.922 0.009 0.048 0.010 108 E 0.003 0.002 0.016 0.790 0.022 0.143 0.024 109 K 0.003 0.001 0.013 0.332 0.098 0.496 0.057 110 S 0.005 0.003 0.009 0.051 0.108 0.679 0.145 111 F 0.036 0.010 0.009 0.013 0.161 0.074 0.698 112 N 0.113 0.016 0.022 0.016 0.234 0.108 0.491 113 S 0.283 0.018 0.040 0.022 0.233 0.105 0.299 114 V 0.728 0.018 0.016 0.016 0.024 0.015 0.183 115 H 0.907 0.005 0.004 0.012 0.012 0.006 0.055 116 L 0.924 0.007 0.004 0.012 0.010 0.006 0.036 117 L 0.841 0.010 0.006 0.021 0.014 0.023 0.084 118 A 0.455 0.008 0.018 0.078 0.109 0.153 0.179 119 G 0.087 0.014 0.027 0.130 0.286 0.236 0.219 120 G 0.027 0.013 0.022 0.284 0.253 0.112 0.289 121 F 0.003 0.001 0.020 0.921 0.018 0.018 0.018 122 A 0.001 0.001 0.012 0.968 0.004 0.011 0.004 123 E 0.001 0.001 0.014 0.967 0.002 0.015 0.002 124 F 0.001 0.001 0.013 0.968 0.002 0.014 0.002 125 S 0.001 0.001 0.018 0.961 0.002 0.015 0.002 126 R 0.001 0.001 0.020 0.905 0.003 0.067 0.003 127 C 0.001 0.001 0.024 0.810 0.015 0.134 0.015 128 F 0.005 0.013 0.033 0.252 0.207 0.072 0.419 129 P 0.002 0.003 0.214 0.230 0.038 0.433 0.081 130 G 0.004 0.002 0.282 0.148 0.038 0.472 0.056 131 L 0.019 0.014 0.348 0.197 0.076 0.197 0.149 132 C 0.088 0.036 0.084 0.192 0.185 0.130 0.283 133 E 0.109 0.023 0.042 0.090 0.222 0.141 0.373 134 G 0.083 0.020 0.022 0.041 0.295 0.147 0.393 135 K 0.076 0.016 0.016 0.030 0.244 0.098 0.521 136 S 0.112 0.049 0.018 0.024 0.179 0.062 0.557 137 T 0.109 0.044 0.028 0.034 0.162 0.057 0.566 138 L 0.079 0.035 0.030 0.030 0.147 0.075 0.603 139 V 0.071 0.031 0.052 0.051 0.200 0.136 0.458 140 P 0.058 0.025 0.050 0.041 0.171 0.135 0.520 141 T 0.046 0.033 0.066 0.039 0.174 0.116 0.526 142 C 0.054 0.031 0.070 0.041 0.145 0.134 0.526 143 I 0.048 0.023 0.061 0.036 0.171 0.155 0.506 144 S 0.041 0.032 0.041 0.031 0.169 0.127 0.559 145 Q 0.023 0.028 0.027 0.029 0.245 0.070 0.579 146 P 0.024 0.034 0.029 0.032 0.119 0.108 0.654 147 A 0.026 0.013 0.049 0.040 0.207 0.196 0.469 148 H 0.043 0.028 0.051 0.044 0.233 0.180 0.421 149 H 0.051 0.033 0.047 0.050 0.231 0.079 0.509 150 H 0.072 0.028 0.043 0.054 0.205 0.077 0.521 151 H 0.075 0.038 0.043 0.051 0.163 0.113 0.516 152 H 0.040 0.023 0.023 0.036 0.025 0.105 0.747 153 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.994