# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 384 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.018 0.367 0.019 0.018 0.031 0.006 0.003 0.028 0.108 0.043 0.264 0.060 2 I 0.017 0.009 0.414 0.015 0.026 0.043 0.006 0.002 0.032 0.107 0.175 0.015 0.141 3 G 0.013 0.008 0.331 0.026 0.035 0.084 0.004 0.003 0.019 0.178 0.216 0.058 0.024 4 T 0.029 0.010 0.329 0.014 0.060 0.127 0.013 0.005 0.048 0.125 0.103 0.039 0.099 5 Q 0.054 0.022 0.207 0.011 0.040 0.205 0.024 0.013 0.065 0.089 0.074 0.084 0.111 6 I 0.040 0.038 0.266 0.010 0.017 0.290 0.018 0.012 0.050 0.058 0.033 0.065 0.103 7 V 0.007 0.006 0.410 0.004 0.012 0.391 0.003 0.003 0.032 0.036 0.015 0.035 0.045 8 T 0.001 0.001 0.024 0.001 0.016 0.932 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.001 0.007 9 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.028 0.001 0.024 0.806 0.001 0.001 0.001 0.010 0.124 0.002 0.002 16 E 0.002 0.002 0.079 0.001 0.061 0.598 0.001 0.001 0.001 0.044 0.203 0.003 0.006 17 S 0.001 0.005 0.155 0.001 0.054 0.187 0.001 0.001 0.001 0.132 0.457 0.004 0.004 18 G 0.001 0.005 0.345 0.002 0.023 0.024 0.001 0.001 0.002 0.154 0.438 0.003 0.003 19 T 0.001 0.005 0.592 0.003 0.038 0.009 0.001 0.001 0.009 0.172 0.160 0.004 0.008 20 E 0.001 0.006 0.309 0.023 0.034 0.002 0.001 0.001 0.034 0.367 0.201 0.009 0.013 21 K 0.007 0.006 0.291 0.029 0.010 0.001 0.008 0.019 0.257 0.251 0.049 0.036 0.036 22 V 0.036 0.003 0.097 0.010 0.001 0.001 0.081 0.214 0.458 0.013 0.001 0.020 0.066 23 L 0.051 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.263 0.430 0.189 0.001 0.001 0.046 0.008 24 L 0.068 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.176 0.663 0.059 0.001 0.001 0.004 0.025 25 I 0.111 0.001 0.011 0.067 0.001 0.001 0.170 0.470 0.106 0.002 0.001 0.048 0.012 26 D 0.041 0.002 0.182 0.007 0.004 0.001 0.049 0.071 0.458 0.032 0.006 0.044 0.104 27 S 0.026 0.014 0.434 0.012 0.010 0.004 0.015 0.006 0.100 0.191 0.048 0.024 0.114 28 R 0.002 0.012 0.569 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.265 0.010 0.105 0.010 29 P 0.002 0.016 0.573 0.002 0.066 0.028 0.002 0.001 0.011 0.113 0.064 0.005 0.116 30 F 0.002 0.013 0.166 0.011 0.265 0.309 0.001 0.001 0.007 0.101 0.085 0.025 0.014 31 V 0.002 0.005 0.056 0.002 0.347 0.457 0.001 0.001 0.010 0.036 0.053 0.009 0.021 32 E 0.005 0.014 0.090 0.003 0.170 0.491 0.003 0.004 0.018 0.034 0.121 0.018 0.030 33 Y 0.006 0.020 0.151 0.004 0.083 0.483 0.003 0.007 0.022 0.067 0.093 0.026 0.037 34 N 0.005 0.009 0.235 0.010 0.072 0.375 0.002 0.002 0.011 0.076 0.175 0.015 0.014 35 T 0.003 0.006 0.101 0.005 0.115 0.394 0.001 0.001 0.004 0.067 0.288 0.006 0.010 36 S 0.005 0.009 0.137 0.003 0.125 0.271 0.002 0.002 0.006 0.127 0.286 0.015 0.013 37 H 0.011 0.031 0.228 0.008 0.105 0.168 0.003 0.003 0.009 0.146 0.243 0.018 0.025 38 I 0.011 0.017 0.429 0.008 0.083 0.140 0.003 0.004 0.014 0.126 0.091 0.032 0.041 39 L 0.007 0.009 0.165 0.028 0.146 0.151 0.003 0.004 0.015 0.134 0.295 0.015 0.029 40 E 0.006 0.005 0.119 0.024 0.077 0.083 0.003 0.003 0.020 0.129 0.499 0.020 0.013 41 A 0.019 0.011 0.290 0.009 0.122 0.138 0.014 0.040 0.094 0.095 0.066 0.020 0.081 42 I 0.025 0.032 0.178 0.028 0.043 0.086 0.036 0.097 0.216 0.097 0.073 0.067 0.022 43 N 0.027 0.033 0.237 0.015 0.021 0.050 0.062 0.092 0.204 0.081 0.086 0.017 0.074 44 I 0.008 0.032 0.557 0.007 0.011 0.040 0.018 0.034 0.092 0.103 0.035 0.040 0.023 45 N 0.001 0.016 0.750 0.003 0.014 0.027 0.002 0.003 0.060 0.067 0.035 0.004 0.018 46 C 0.001 0.008 0.430 0.003 0.101 0.250 0.001 0.001 0.012 0.115 0.065 0.004 0.008 47 S 0.001 0.002 0.078 0.002 0.155 0.646 0.001 0.001 0.003 0.055 0.056 0.001 0.002 48 K 0.001 0.002 0.027 0.001 0.112 0.799 0.001 0.001 0.002 0.020 0.035 0.001 0.002 49 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.042 0.914 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 0.001 0.002 50 M 0.001 0.002 0.017 0.001 0.039 0.904 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.002 0.003 51 K 0.001 0.001 0.016 0.001 0.037 0.901 0.001 0.001 0.002 0.006 0.030 0.001 0.003 52 R 0.001 0.002 0.029 0.001 0.031 0.872 0.001 0.001 0.002 0.012 0.041 0.004 0.004 53 R 0.001 0.002 0.066 0.001 0.030 0.798 0.001 0.001 0.004 0.017 0.070 0.003 0.006 54 L 0.001 0.005 0.118 0.001 0.045 0.647 0.001 0.001 0.003 0.040 0.124 0.007 0.008 55 Q 0.001 0.005 0.166 0.001 0.055 0.476 0.001 0.001 0.003 0.061 0.220 0.003 0.008 56 Q 0.001 0.006 0.237 0.002 0.059 0.358 0.001 0.001 0.003 0.127 0.199 0.004 0.005 57 D 0.001 0.004 0.320 0.002 0.042 0.328 0.001 0.001 0.005 0.125 0.164 0.004 0.005 58 K 0.001 0.005 0.178 0.002 0.059 0.487 0.001 0.001 0.005 0.113 0.135 0.004 0.011 59 V 0.003 0.009 0.168 0.005 0.057 0.573 0.001 0.002 0.011 0.075 0.059 0.020 0.019 60 L 0.009 0.010 0.129 0.006 0.079 0.572 0.004 0.003 0.023 0.037 0.040 0.025 0.062 61 I 0.009 0.005 0.087 0.010 0.056 0.672 0.003 0.006 0.038 0.019 0.041 0.020 0.034 62 T 0.015 0.004 0.066 0.012 0.056 0.672 0.005 0.006 0.035 0.019 0.046 0.030 0.034 63 E 0.027 0.006 0.067 0.008 0.063 0.593 0.009 0.007 0.040 0.025 0.060 0.037 0.058 64 L 0.031 0.013 0.128 0.008 0.041 0.469 0.009 0.007 0.036 0.042 0.086 0.060 0.070 65 I 0.021 0.017 0.265 0.009 0.036 0.316 0.005 0.004 0.026 0.071 0.105 0.054 0.071 66 Q 0.007 0.013 0.341 0.004 0.058 0.256 0.002 0.001 0.013 0.093 0.139 0.025 0.048 67 H 0.002 0.010 0.271 0.005 0.076 0.250 0.001 0.001 0.005 0.145 0.199 0.015 0.022 68 S 0.001 0.008 0.317 0.004 0.095 0.228 0.001 0.001 0.004 0.150 0.166 0.012 0.014 69 A 0.001 0.006 0.189 0.003 0.161 0.353 0.001 0.001 0.004 0.085 0.173 0.009 0.015 70 K 0.003 0.013 0.167 0.006 0.193 0.336 0.001 0.001 0.007 0.083 0.149 0.012 0.029 71 H 0.007 0.014 0.207 0.008 0.151 0.289 0.002 0.001 0.014 0.114 0.102 0.054 0.037 72 K 0.012 0.017 0.330 0.008 0.094 0.180 0.003 0.001 0.021 0.075 0.113 0.041 0.105 73 V 0.018 0.028 0.365 0.011 0.062 0.126 0.003 0.001 0.019 0.105 0.091 0.078 0.094 74 D 0.018 0.021 0.456 0.009 0.053 0.078 0.003 0.001 0.014 0.104 0.084 0.072 0.088 75 I 0.010 0.020 0.405 0.005 0.130 0.090 0.001 0.001 0.010 0.103 0.108 0.034 0.082 76 D 0.004 0.012 0.630 0.006 0.062 0.031 0.002 0.001 0.009 0.094 0.105 0.024 0.022 77 C 0.003 0.008 0.332 0.013 0.137 0.031 0.001 0.001 0.013 0.181 0.223 0.019 0.036 78 S 0.003 0.006 0.395 0.025 0.057 0.006 0.001 0.001 0.026 0.204 0.237 0.016 0.021 79 Q 0.006 0.004 0.401 0.025 0.018 0.001 0.003 0.003 0.067 0.344 0.061 0.038 0.030 80 K 0.024 0.005 0.278 0.019 0.003 0.001 0.024 0.039 0.375 0.102 0.013 0.033 0.085 81 V 0.063 0.002 0.032 0.008 0.001 0.001 0.141 0.353 0.317 0.006 0.001 0.048 0.028 82 V 0.058 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.252 0.537 0.123 0.001 0.001 0.012 0.010 83 V 0.050 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.153 0.685 0.089 0.001 0.001 0.009 0.009 84 Y 0.037 0.002 0.020 0.010 0.001 0.001 0.099 0.464 0.327 0.002 0.001 0.014 0.023 85 D 0.013 0.004 0.307 0.013 0.003 0.002 0.019 0.048 0.443 0.056 0.010 0.032 0.050 86 Q 0.005 0.014 0.344 0.014 0.040 0.015 0.005 0.006 0.070 0.257 0.167 0.018 0.045 87 S 0.001 0.014 0.249 0.009 0.046 0.018 0.001 0.001 0.012 0.289 0.342 0.011 0.007 88 S 0.001 0.023 0.297 0.002 0.067 0.054 0.001 0.001 0.005 0.285 0.246 0.006 0.012 89 Q 0.002 0.033 0.214 0.003 0.097 0.160 0.001 0.001 0.004 0.247 0.207 0.013 0.016 90 D 0.004 0.040 0.282 0.004 0.129 0.183 0.001 0.001 0.007 0.140 0.164 0.018 0.026 91 V 0.003 0.012 0.146 0.003 0.218 0.385 0.001 0.001 0.004 0.103 0.090 0.010 0.023 92 A 0.003 0.009 0.117 0.007 0.244 0.374 0.001 0.001 0.005 0.079 0.130 0.020 0.010 93 S 0.004 0.015 0.109 0.001 0.251 0.313 0.001 0.001 0.005 0.049 0.223 0.007 0.020 94 L 0.002 0.020 0.216 0.002 0.081 0.318 0.001 0.001 0.005 0.148 0.186 0.011 0.010 95 S 0.001 0.010 0.440 0.001 0.041 0.248 0.001 0.001 0.003 0.148 0.101 0.004 0.004 96 S 0.001 0.002 0.098 0.001 0.056 0.628 0.001 0.001 0.001 0.085 0.127 0.001 0.001 97 D 0.001 0.001 0.036 0.001 0.023 0.785 0.001 0.001 0.001 0.060 0.093 0.001 0.001 98 C 0.001 0.001 0.022 0.001 0.023 0.922 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.001 0.001 99 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.001 0.002 105 G 0.002 0.001 0.026 0.001 0.018 0.800 0.001 0.001 0.001 0.013 0.132 0.002 0.003 106 K 0.002 0.005 0.109 0.001 0.033 0.666 0.001 0.001 0.003 0.032 0.133 0.006 0.008 107 L 0.002 0.006 0.187 0.002 0.063 0.528 0.001 0.001 0.005 0.041 0.145 0.007 0.013 108 E 0.002 0.005 0.142 0.003 0.110 0.415 0.001 0.001 0.004 0.058 0.242 0.006 0.010 109 K 0.002 0.006 0.141 0.006 0.101 0.202 0.001 0.001 0.004 0.130 0.391 0.006 0.009 110 S 0.003 0.008 0.304 0.006 0.061 0.073 0.001 0.001 0.009 0.187 0.324 0.009 0.012 111 F 0.002 0.010 0.581 0.005 0.031 0.033 0.001 0.001 0.024 0.181 0.103 0.008 0.019 112 N 0.003 0.008 0.446 0.013 0.018 0.020 0.002 0.002 0.046 0.321 0.093 0.013 0.017 113 S 0.009 0.008 0.357 0.021 0.013 0.017 0.009 0.026 0.171 0.215 0.075 0.044 0.035 114 V 0.027 0.006 0.137 0.011 0.006 0.016 0.061 0.170 0.400 0.027 0.008 0.022 0.110 115 H 0.057 0.007 0.017 0.021 0.003 0.009 0.104 0.393 0.289 0.006 0.002 0.069 0.023 116 L 0.035 0.004 0.017 0.006 0.004 0.022 0.064 0.481 0.306 0.003 0.006 0.013 0.040 117 L 0.017 0.004 0.080 0.014 0.005 0.060 0.042 0.357 0.355 0.012 0.021 0.013 0.021 118 A 0.014 0.008 0.209 0.028 0.032 0.189 0.014 0.064 0.181 0.116 0.103 0.020 0.021 119 G 0.005 0.008 0.166 0.007 0.039 0.237 0.003 0.003 0.016 0.177 0.319 0.008 0.013 120 G 0.002 0.011 0.218 0.003 0.031 0.333 0.001 0.001 0.004 0.147 0.235 0.008 0.006 121 F 0.001 0.004 0.121 0.001 0.033 0.752 0.001 0.001 0.002 0.044 0.036 0.001 0.006 122 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.037 0.921 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.001 0.002 123 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.033 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.002 124 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 125 S 0.001 0.001 0.012 0.001 0.058 0.880 0.001 0.001 0.002 0.004 0.040 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.098 0.677 0.001 0.001 0.001 0.007 0.206 0.001 0.001 127 C 0.001 0.006 0.043 0.001 0.047 0.518 0.001 0.001 0.002 0.071 0.305 0.002 0.004 128 F 0.001 0.008 0.441 0.002 0.018 0.124 0.001 0.001 0.002 0.320 0.068 0.014 0.002 129 P 0.001 0.006 0.252 0.002 0.100 0.197 0.001 0.001 0.001 0.135 0.297 0.001 0.007 130 G 0.001 0.006 0.087 0.002 0.133 0.141 0.001 0.001 0.002 0.087 0.536 0.004 0.002 131 L 0.001 0.026 0.171 0.002 0.311 0.140 0.001 0.001 0.010 0.091 0.224 0.004 0.018 132 C 0.003 0.051 0.387 0.009 0.140 0.090 0.002 0.003 0.026 0.134 0.092 0.033 0.029 133 E 0.002 0.020 0.133 0.013 0.085 0.053 0.002 0.002 0.017 0.143 0.493 0.014 0.024 134 G 0.003 0.012 0.183 0.014 0.033 0.017 0.001 0.001 0.009 0.210 0.482 0.013 0.022 135 K 0.004 0.018 0.537 0.006 0.017 0.010 0.001 0.001 0.009 0.233 0.046 0.089 0.031 136 S 0.007 0.047 0.521 0.005 0.024 0.008 0.002 0.001 0.016 0.128 0.042 0.022 0.179 137 T 0.006 0.040 0.542 0.009 0.027 0.008 0.003 0.001 0.019 0.133 0.041 0.125 0.046 138 L 0.005 0.025 0.616 0.007 0.028 0.006 0.003 0.001 0.017 0.097 0.040 0.021 0.133 139 V 0.002 0.016 0.703 0.004 0.017 0.005 0.002 0.001 0.013 0.121 0.026 0.063 0.028 140 P 0.002 0.021 0.647 0.004 0.042 0.010 0.002 0.001 0.014 0.105 0.065 0.012 0.076 141 T 0.002 0.021 0.551 0.004 0.056 0.016 0.001 0.001 0.009 0.185 0.078 0.052 0.025 142 C 0.001 0.022 0.575 0.002 0.091 0.017 0.001 0.001 0.010 0.142 0.081 0.012 0.046 143 I 0.001 0.021 0.550 0.003 0.071 0.017 0.001 0.001 0.009 0.167 0.109 0.033 0.017 144 S 0.001 0.029 0.604 0.002 0.035 0.011 0.001 0.001 0.009 0.157 0.123 0.007 0.021 145 Q 0.001 0.016 0.631 0.001 0.016 0.007 0.001 0.001 0.004 0.259 0.043 0.015 0.007 146 P 0.001 0.015 0.689 0.001 0.027 0.014 0.001 0.001 0.005 0.137 0.097 0.005 0.010 147 A 0.001 0.020 0.440 0.002 0.076 0.029 0.001 0.001 0.007 0.199 0.207 0.008 0.011 148 H 0.001 0.021 0.482 0.003 0.074 0.024 0.001 0.001 0.007 0.185 0.183 0.009 0.010 149 H 0.001 0.020 0.467 0.002 0.089 0.036 0.001 0.001 0.007 0.221 0.132 0.012 0.013 150 H 0.001 0.024 0.435 0.002 0.073 0.036 0.001 0.001 0.012 0.227 0.164 0.008 0.015 151 H 0.002 0.029 0.444 0.002 0.047 0.041 0.001 0.001 0.009 0.230 0.157 0.024 0.012 152 H 0.002 0.034 0.512 0.002 0.036 0.031 0.001 0.001 0.007 0.224 0.119 0.009 0.021 153 H 0.001 0.012 0.732 0.002 0.015 0.018 0.001 0.001 0.004 0.137 0.066 0.007 0.005