# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 384 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.076 0.008 0.076 0.075 0.112 0.097 0.003 0.001 0.156 0.370 2 I 0.066 0.187 0.004 0.095 0.074 0.102 0.084 0.009 0.001 0.075 0.305 3 G 0.046 0.155 0.003 0.042 0.044 0.081 0.083 0.009 0.001 0.090 0.445 4 T 0.017 0.132 0.003 0.091 0.073 0.104 0.074 0.002 0.001 0.181 0.323 5 Q 0.011 0.378 0.002 0.084 0.055 0.084 0.054 0.003 0.001 0.081 0.248 6 I 0.016 0.644 0.002 0.030 0.031 0.025 0.034 0.005 0.001 0.072 0.140 7 V 0.009 0.918 0.002 0.004 0.004 0.005 0.005 0.005 0.001 0.017 0.030 8 T 0.011 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.011 0.012 9 E 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 0.011 10 R 0.009 0.958 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.010 0.010 11 L 0.022 0.939 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.009 0.013 12 V 0.084 0.803 0.006 0.001 0.002 0.004 0.007 0.007 0.003 0.035 0.050 13 A 0.064 0.317 0.033 0.002 0.009 0.016 0.045 0.010 0.015 0.225 0.264 14 L 0.113 0.122 0.062 0.004 0.011 0.014 0.069 0.015 0.025 0.228 0.337 15 L 0.212 0.042 0.034 0.005 0.015 0.010 0.079 0.010 0.011 0.126 0.456 16 E 0.044 0.006 0.009 0.002 0.004 0.007 0.089 0.002 0.004 0.042 0.791 17 S 0.051 0.004 0.004 0.003 0.002 0.005 0.089 0.001 0.001 0.029 0.812 18 G 0.051 0.004 0.002 0.009 0.002 0.004 0.112 0.002 0.001 0.025 0.790 19 T 0.017 0.002 0.001 0.020 0.003 0.008 0.138 0.001 0.001 0.042 0.767 20 E 0.004 0.002 0.001 0.151 0.016 0.039 0.145 0.001 0.001 0.034 0.608 21 K 0.001 0.001 0.001 0.568 0.035 0.108 0.050 0.001 0.001 0.046 0.190 22 V 0.001 0.001 0.001 0.758 0.049 0.060 0.015 0.001 0.001 0.024 0.091 23 L 0.001 0.001 0.001 0.817 0.076 0.063 0.005 0.001 0.001 0.014 0.024 24 L 0.002 0.001 0.001 0.584 0.140 0.113 0.016 0.001 0.001 0.024 0.117 25 I 0.018 0.002 0.001 0.496 0.148 0.125 0.040 0.001 0.001 0.042 0.128 26 D 0.008 0.003 0.001 0.131 0.074 0.153 0.135 0.001 0.001 0.030 0.464 27 S 0.006 0.008 0.001 0.060 0.027 0.050 0.169 0.001 0.001 0.035 0.644 28 R 0.031 0.076 0.004 0.062 0.046 0.052 0.130 0.005 0.001 0.096 0.499 29 P 0.090 0.574 0.001 0.009 0.006 0.010 0.046 0.013 0.001 0.032 0.219 30 F 0.162 0.417 0.003 0.006 0.005 0.011 0.043 0.017 0.001 0.135 0.200 31 V 0.056 0.179 0.011 0.014 0.011 0.031 0.078 0.006 0.002 0.332 0.280 32 E 0.051 0.129 0.016 0.028 0.014 0.035 0.074 0.006 0.004 0.377 0.266 33 Y 0.085 0.151 0.030 0.029 0.025 0.025 0.094 0.019 0.006 0.212 0.324 34 N 0.198 0.243 0.007 0.014 0.013 0.026 0.071 0.024 0.003 0.049 0.353 35 T 0.071 0.132 0.004 0.009 0.007 0.016 0.079 0.008 0.002 0.044 0.628 36 S 0.017 0.111 0.009 0.041 0.027 0.035 0.132 0.003 0.001 0.069 0.554 37 H 0.044 0.368 0.007 0.031 0.032 0.054 0.086 0.007 0.001 0.047 0.324 38 I 0.205 0.410 0.003 0.021 0.010 0.014 0.056 0.015 0.002 0.039 0.223 39 L 0.168 0.167 0.016 0.036 0.026 0.062 0.076 0.015 0.006 0.111 0.317 40 E 0.086 0.064 0.006 0.128 0.037 0.141 0.096 0.007 0.002 0.076 0.355 41 A 0.086 0.013 0.006 0.117 0.036 0.061 0.096 0.005 0.002 0.110 0.467 42 I 0.022 0.016 0.001 0.204 0.141 0.110 0.098 0.003 0.001 0.027 0.377 43 N 0.024 0.018 0.003 0.070 0.027 0.038 0.081 0.002 0.001 0.094 0.642 44 I 0.002 0.012 0.001 0.040 0.077 0.056 0.205 0.001 0.001 0.028 0.577 45 N 0.051 0.602 0.001 0.014 0.006 0.008 0.035 0.011 0.001 0.040 0.232 46 C 0.099 0.774 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.023 0.001 0.021 0.064 47 S 0.019 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.015 0.035 48 K 0.034 0.903 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.012 0.030 49 L 0.066 0.813 0.008 0.002 0.001 0.002 0.010 0.018 0.004 0.027 0.049 50 M 0.074 0.761 0.014 0.001 0.003 0.005 0.011 0.017 0.006 0.021 0.087 51 K 0.101 0.564 0.013 0.002 0.004 0.007 0.025 0.013 0.006 0.054 0.212 52 R 0.111 0.454 0.015 0.002 0.005 0.008 0.048 0.018 0.008 0.049 0.282 53 R 0.132 0.288 0.022 0.004 0.006 0.008 0.065 0.020 0.012 0.085 0.357 54 L 0.096 0.268 0.021 0.007 0.009 0.010 0.067 0.013 0.007 0.050 0.451 55 Q 0.094 0.388 0.005 0.006 0.004 0.007 0.044 0.009 0.002 0.024 0.417 56 Q 0.088 0.476 0.002 0.005 0.003 0.005 0.034 0.008 0.001 0.021 0.357 57 D 0.054 0.511 0.003 0.006 0.004 0.008 0.042 0.008 0.001 0.025 0.338 58 K 0.030 0.115 0.008 0.021 0.011 0.020 0.066 0.003 0.001 0.424 0.301 59 V 0.039 0.290 0.012 0.081 0.020 0.023 0.069 0.005 0.003 0.162 0.295 60 L 0.070 0.655 0.004 0.021 0.013 0.016 0.025 0.011 0.001 0.040 0.144 61 I 0.081 0.562 0.007 0.019 0.007 0.019 0.029 0.025 0.004 0.038 0.210 62 T 0.066 0.407 0.006 0.021 0.019 0.041 0.042 0.004 0.001 0.070 0.323 63 E 0.047 0.237 0.005 0.068 0.036 0.065 0.055 0.008 0.001 0.089 0.387 64 L 0.053 0.087 0.011 0.048 0.053 0.052 0.123 0.007 0.003 0.237 0.327 65 I 0.050 0.106 0.008 0.048 0.039 0.040 0.107 0.007 0.003 0.094 0.500 66 Q 0.113 0.244 0.004 0.015 0.009 0.014 0.058 0.012 0.001 0.044 0.487 67 H 0.134 0.189 0.010 0.013 0.008 0.012 0.086 0.018 0.004 0.087 0.439 68 S 0.174 0.249 0.013 0.007 0.006 0.011 0.062 0.018 0.005 0.035 0.421 69 A 0.200 0.234 0.005 0.012 0.009 0.014 0.057 0.013 0.002 0.029 0.425 70 K 0.080 0.100 0.011 0.012 0.009 0.019 0.080 0.010 0.004 0.047 0.628 71 H 0.099 0.113 0.005 0.019 0.028 0.047 0.093 0.006 0.002 0.039 0.549 72 K 0.096 0.064 0.004 0.012 0.012 0.024 0.072 0.006 0.002 0.037 0.669 73 V 0.050 0.024 0.003 0.015 0.040 0.044 0.131 0.003 0.002 0.042 0.647 74 D 0.062 0.011 0.010 0.014 0.027 0.053 0.093 0.003 0.004 0.086 0.638 75 I 0.045 0.002 0.004 0.014 0.032 0.040 0.142 0.001 0.001 0.075 0.644 76 D 0.139 0.001 0.003 0.012 0.010 0.016 0.104 0.002 0.001 0.062 0.648 77 C 0.030 0.001 0.001 0.020 0.012 0.023 0.138 0.001 0.001 0.036 0.739 78 S 0.003 0.001 0.001 0.055 0.007 0.026 0.143 0.001 0.001 0.025 0.740 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.154 0.084 0.171 0.153 0.001 0.001 0.040 0.397 80 K 0.001 0.001 0.001 0.579 0.080 0.156 0.035 0.001 0.001 0.031 0.118 81 V 0.001 0.001 0.001 0.702 0.094 0.090 0.012 0.001 0.001 0.031 0.072 82 V 0.001 0.001 0.001 0.843 0.055 0.048 0.006 0.001 0.001 0.013 0.034 83 V 0.001 0.001 0.001 0.759 0.071 0.091 0.012 0.001 0.001 0.021 0.045 84 Y 0.004 0.001 0.001 0.588 0.082 0.107 0.034 0.001 0.001 0.052 0.131 85 D 0.068 0.006 0.002 0.310 0.063 0.070 0.102 0.004 0.001 0.100 0.274 86 Q 0.052 0.015 0.003 0.070 0.026 0.031 0.146 0.006 0.001 0.064 0.586 87 S 0.082 0.065 0.003 0.035 0.014 0.028 0.122 0.014 0.001 0.047 0.590 88 S 0.154 0.097 0.004 0.021 0.013 0.026 0.096 0.013 0.001 0.074 0.501 89 Q 0.030 0.045 0.005 0.027 0.026 0.039 0.129 0.004 0.001 0.160 0.535 90 D 0.070 0.151 0.006 0.024 0.027 0.049 0.097 0.010 0.002 0.095 0.469 91 V 0.257 0.126 0.003 0.008 0.011 0.015 0.083 0.016 0.002 0.115 0.363 92 A 0.097 0.078 0.008 0.012 0.014 0.021 0.116 0.009 0.004 0.159 0.483 93 S 0.033 0.128 0.010 0.017 0.011 0.025 0.116 0.004 0.002 0.095 0.560 94 L 0.087 0.295 0.006 0.013 0.007 0.011 0.086 0.012 0.002 0.050 0.433 95 S 0.180 0.564 0.002 0.003 0.002 0.004 0.032 0.009 0.001 0.027 0.176 96 S 0.031 0.667 0.001 0.002 0.001 0.004 0.033 0.004 0.001 0.026 0.230 97 D 0.016 0.263 0.005 0.010 0.004 0.009 0.057 0.003 0.001 0.439 0.193 98 C 0.014 0.766 0.004 0.016 0.008 0.010 0.024 0.003 0.001 0.091 0.064 99 F 0.007 0.947 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.013 0.022 100 L 0.008 0.953 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.011 0.016 101 T 0.016 0.868 0.005 0.003 0.003 0.008 0.007 0.003 0.001 0.054 0.034 102 V 0.030 0.793 0.010 0.007 0.006 0.009 0.013 0.008 0.002 0.051 0.071 103 L 0.075 0.806 0.006 0.002 0.005 0.005 0.012 0.010 0.002 0.029 0.047 104 L 0.076 0.687 0.008 0.002 0.003 0.006 0.020 0.009 0.004 0.030 0.155 105 G 0.088 0.361 0.014 0.003 0.003 0.008 0.052 0.009 0.006 0.060 0.395 106 K 0.122 0.117 0.037 0.008 0.009 0.013 0.090 0.013 0.016 0.137 0.438 107 L 0.187 0.049 0.023 0.006 0.009 0.010 0.086 0.012 0.011 0.069 0.537 108 E 0.158 0.014 0.006 0.004 0.005 0.007 0.085 0.003 0.002 0.046 0.669 109 K 0.029 0.005 0.002 0.008 0.003 0.005 0.094 0.001 0.001 0.029 0.823 110 S 0.018 0.011 0.002 0.026 0.004 0.012 0.123 0.002 0.001 0.025 0.777 111 F 0.016 0.008 0.001 0.031 0.007 0.016 0.131 0.001 0.001 0.046 0.742 112 N 0.009 0.022 0.001 0.223 0.058 0.075 0.110 0.001 0.001 0.047 0.456 113 S 0.006 0.053 0.001 0.373 0.031 0.125 0.054 0.002 0.001 0.049 0.308 114 V 0.008 0.028 0.001 0.502 0.057 0.105 0.045 0.001 0.001 0.040 0.212 115 H 0.004 0.010 0.001 0.759 0.059 0.085 0.011 0.001 0.001 0.026 0.045 116 L 0.006 0.011 0.003 0.547 0.082 0.111 0.026 0.001 0.001 0.061 0.152 117 L 0.203 0.109 0.002 0.290 0.067 0.060 0.050 0.010 0.001 0.054 0.154 118 A 0.078 0.154 0.002 0.068 0.041 0.047 0.078 0.005 0.001 0.119 0.408 119 G 0.008 0.244 0.002 0.061 0.014 0.038 0.092 0.004 0.001 0.100 0.437 120 G 0.017 0.741 0.002 0.006 0.008 0.014 0.026 0.011 0.001 0.060 0.115 121 F 0.043 0.555 0.003 0.002 0.008 0.007 0.017 0.017 0.001 0.290 0.056 122 A 0.030 0.570 0.008 0.002 0.005 0.008 0.017 0.004 0.002 0.284 0.069 123 E 0.036 0.754 0.015 0.004 0.002 0.004 0.014 0.018 0.006 0.077 0.072 124 F 0.226 0.326 0.048 0.004 0.001 0.003 0.021 0.203 0.036 0.056 0.075 125 S 0.608 0.046 0.010 0.003 0.002 0.003 0.028 0.012 0.009 0.065 0.214 126 R 0.008 0.017 0.004 0.004 0.003 0.004 0.071 0.001 0.001 0.026 0.861 127 C 0.009 0.044 0.005 0.007 0.004 0.006 0.169 0.002 0.001 0.060 0.693 128 F 0.389 0.129 0.006 0.005 0.002 0.003 0.113 0.030 0.007 0.047 0.269 129 P 0.204 0.102 0.003 0.004 0.002 0.004 0.090 0.011 0.004 0.035 0.541 130 G 0.080 0.041 0.008 0.016 0.004 0.017 0.082 0.010 0.004 0.051 0.687 131 L 0.104 0.015 0.005 0.019 0.014 0.036 0.132 0.004 0.002 0.059 0.609 132 C 0.115 0.007 0.003 0.034 0.014 0.023 0.101 0.003 0.001 0.049 0.650 133 E 0.022 0.003 0.002 0.026 0.027 0.036 0.132 0.001 0.001 0.061 0.690 134 G 0.043 0.005 0.002 0.030 0.014 0.021 0.115 0.002 0.001 0.037 0.731 135 K 0.050 0.005 0.001 0.038 0.052 0.043 0.130 0.003 0.001 0.032 0.646 136 S 0.027 0.003 0.001 0.033 0.024 0.039 0.114 0.002 0.001 0.034 0.723 137 T 0.008 0.002 0.001 0.053 0.058 0.075 0.148 0.001 0.001 0.042 0.613 138 L 0.011 0.005 0.001 0.049 0.040 0.063 0.115 0.001 0.001 0.041 0.673 139 V 0.064 0.013 0.001 0.042 0.053 0.052 0.125 0.003 0.001 0.050 0.595 140 P 0.088 0.012 0.002 0.031 0.020 0.029 0.119 0.005 0.001 0.065 0.628 141 T 0.051 0.010 0.002 0.057 0.023 0.049 0.137 0.005 0.001 0.052 0.613 142 C 0.114 0.008 0.002 0.033 0.009 0.020 0.119 0.004 0.001 0.053 0.640 143 I 0.016 0.004 0.001 0.023 0.022 0.031 0.184 0.001 0.001 0.031 0.686 144 S 0.022 0.016 0.002 0.020 0.008 0.018 0.120 0.002 0.001 0.040 0.752 145 Q 0.187 0.029 0.003 0.025 0.014 0.019 0.136 0.012 0.002 0.073 0.500 146 P 0.211 0.029 0.003 0.020 0.008 0.013 0.130 0.010 0.002 0.067 0.505 147 A 0.073 0.016 0.003 0.028 0.012 0.024 0.120 0.004 0.001 0.047 0.671 148 H 0.069 0.013 0.003 0.029 0.011 0.022 0.126 0.003 0.001 0.048 0.675 149 H 0.062 0.011 0.003 0.029 0.019 0.028 0.153 0.004 0.001 0.060 0.631 150 H 0.065 0.011 0.002 0.019 0.016 0.024 0.138 0.003 0.001 0.049 0.673 151 H 0.070 0.011 0.002 0.019 0.019 0.030 0.142 0.003 0.001 0.040 0.665 152 H 0.052 0.011 0.001 0.017 0.013 0.023 0.137 0.003 0.001 0.034 0.708 153 H 0.072 0.016 0.002 0.021 0.019 0.033 0.135 0.004 0.001 0.039 0.657