# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 384 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.020 0.052 0.049 0.084 0.130 0.073 0.561 2 I 0.030 0.074 0.079 0.092 0.079 0.116 0.074 0.456 3 G 0.053 0.134 0.053 0.029 0.061 0.096 0.125 0.449 4 T 0.043 0.115 0.075 0.042 0.052 0.093 0.228 0.351 5 Q 0.020 0.286 0.097 0.036 0.069 0.083 0.112 0.295 6 I 0.011 0.660 0.036 0.018 0.021 0.036 0.047 0.170 7 V 0.009 0.906 0.009 0.003 0.004 0.008 0.021 0.039 8 T 0.018 0.917 0.003 0.001 0.002 0.005 0.033 0.021 9 E 0.007 0.930 0.004 0.001 0.002 0.005 0.028 0.021 10 R 0.007 0.951 0.004 0.001 0.002 0.004 0.013 0.018 11 L 0.019 0.941 0.004 0.001 0.001 0.003 0.014 0.016 12 V 0.038 0.896 0.003 0.001 0.002 0.005 0.023 0.032 13 A 0.084 0.381 0.026 0.007 0.009 0.043 0.305 0.146 14 L 0.136 0.140 0.067 0.009 0.013 0.065 0.377 0.194 15 L 0.441 0.015 0.025 0.010 0.010 0.067 0.133 0.299 16 E 0.060 0.002 0.005 0.003 0.006 0.086 0.019 0.820 17 S 0.011 0.001 0.003 0.001 0.002 0.125 0.008 0.849 18 G 0.055 0.003 0.013 0.003 0.006 0.170 0.061 0.689 19 T 0.038 0.003 0.019 0.004 0.007 0.197 0.048 0.686 20 E 0.004 0.002 0.240 0.015 0.029 0.113 0.054 0.544 21 K 0.001 0.001 0.677 0.015 0.063 0.036 0.069 0.138 22 V 0.001 0.001 0.873 0.019 0.028 0.010 0.027 0.042 23 L 0.001 0.001 0.909 0.039 0.024 0.003 0.014 0.011 24 L 0.002 0.001 0.873 0.021 0.025 0.009 0.032 0.038 25 I 0.010 0.001 0.765 0.031 0.045 0.033 0.027 0.088 26 D 0.014 0.004 0.431 0.064 0.094 0.100 0.043 0.250 27 S 0.025 0.016 0.130 0.058 0.069 0.175 0.045 0.481 28 R 0.045 0.069 0.081 0.065 0.059 0.174 0.088 0.418 29 P 0.091 0.214 0.027 0.019 0.036 0.133 0.095 0.386 30 F 0.211 0.093 0.019 0.014 0.026 0.097 0.268 0.271 31 V 0.098 0.048 0.035 0.029 0.037 0.092 0.400 0.261 32 E 0.074 0.047 0.037 0.018 0.038 0.123 0.175 0.489 33 Y 0.135 0.062 0.051 0.031 0.029 0.102 0.145 0.445 34 N 0.126 0.142 0.028 0.023 0.044 0.094 0.086 0.458 35 T 0.073 0.095 0.022 0.020 0.032 0.108 0.051 0.599 36 S 0.030 0.095 0.100 0.062 0.079 0.121 0.058 0.455 37 H 0.065 0.146 0.058 0.039 0.061 0.097 0.045 0.489 38 I 0.211 0.081 0.050 0.025 0.039 0.092 0.091 0.410 39 L 0.082 0.033 0.079 0.019 0.033 0.130 0.142 0.481 40 E 0.058 0.034 0.069 0.023 0.052 0.154 0.075 0.534 41 A 0.047 0.016 0.116 0.035 0.063 0.159 0.068 0.495 42 I 0.024 0.014 0.186 0.077 0.070 0.133 0.062 0.433 43 N 0.024 0.014 0.145 0.028 0.069 0.134 0.062 0.524 44 I 0.011 0.017 0.116 0.038 0.043 0.190 0.046 0.538 45 N 0.090 0.444 0.044 0.010 0.012 0.083 0.081 0.236 46 C 0.101 0.724 0.007 0.002 0.002 0.024 0.037 0.104 47 S 0.044 0.768 0.009 0.002 0.003 0.027 0.045 0.102 48 K 0.052 0.797 0.007 0.002 0.004 0.025 0.038 0.074 49 L 0.067 0.758 0.014 0.004 0.006 0.021 0.065 0.066 50 M 0.083 0.750 0.010 0.005 0.008 0.021 0.034 0.089 51 K 0.110 0.587 0.012 0.005 0.008 0.031 0.049 0.199 52 R 0.123 0.451 0.021 0.006 0.008 0.051 0.067 0.273 53 R 0.121 0.261 0.026 0.008 0.011 0.076 0.106 0.390 54 L 0.099 0.178 0.016 0.005 0.007 0.073 0.055 0.568 55 Q 0.085 0.167 0.009 0.003 0.004 0.067 0.045 0.620 56 Q 0.059 0.270 0.006 0.002 0.003 0.063 0.042 0.555 57 D 0.062 0.468 0.005 0.002 0.004 0.050 0.071 0.338 58 K 0.054 0.209 0.020 0.005 0.008 0.062 0.382 0.261 59 V 0.047 0.331 0.046 0.010 0.016 0.068 0.208 0.274 60 L 0.065 0.482 0.055 0.015 0.022 0.045 0.081 0.234 61 I 0.096 0.342 0.055 0.014 0.025 0.050 0.098 0.320 62 T 0.089 0.276 0.042 0.021 0.039 0.074 0.107 0.351 63 E 0.047 0.210 0.052 0.028 0.044 0.092 0.077 0.450 64 L 0.050 0.139 0.073 0.033 0.040 0.103 0.140 0.423 65 I 0.060 0.160 0.048 0.023 0.030 0.096 0.098 0.485 66 Q 0.095 0.342 0.018 0.010 0.014 0.063 0.054 0.404 67 H 0.112 0.318 0.019 0.008 0.011 0.068 0.077 0.388 68 S 0.104 0.467 0.014 0.006 0.008 0.055 0.065 0.281 69 A 0.137 0.374 0.015 0.007 0.014 0.058 0.065 0.328 70 K 0.095 0.262 0.035 0.015 0.022 0.076 0.098 0.398 71 H 0.119 0.262 0.019 0.021 0.039 0.080 0.048 0.411 72 K 0.100 0.117 0.032 0.027 0.045 0.084 0.096 0.499 73 V 0.073 0.081 0.026 0.035 0.052 0.109 0.064 0.559 74 D 0.103 0.022 0.028 0.034 0.049 0.100 0.120 0.544 75 I 0.090 0.005 0.018 0.015 0.023 0.114 0.050 0.685 76 D 0.298 0.003 0.011 0.008 0.012 0.089 0.069 0.511 77 C 0.036 0.002 0.014 0.004 0.010 0.135 0.030 0.770 78 S 0.011 0.002 0.043 0.006 0.014 0.184 0.029 0.711 79 Q 0.002 0.002 0.229 0.048 0.083 0.132 0.051 0.453 80 K 0.001 0.002 0.552 0.042 0.110 0.044 0.073 0.176 81 V 0.001 0.001 0.689 0.072 0.117 0.013 0.046 0.061 82 V 0.001 0.001 0.806 0.068 0.058 0.007 0.026 0.033 83 V 0.002 0.001 0.802 0.060 0.064 0.010 0.027 0.036 84 Y 0.007 0.001 0.708 0.042 0.063 0.028 0.045 0.105 85 D 0.147 0.010 0.290 0.034 0.040 0.104 0.110 0.265 86 Q 0.065 0.013 0.119 0.036 0.040 0.154 0.070 0.504 87 S 0.056 0.053 0.033 0.015 0.024 0.139 0.043 0.636 88 S 0.167 0.103 0.024 0.014 0.021 0.133 0.084 0.454 89 Q 0.058 0.102 0.023 0.031 0.028 0.150 0.138 0.470 90 D 0.153 0.266 0.010 0.009 0.017 0.092 0.116 0.335 91 V 0.249 0.144 0.016 0.007 0.009 0.068 0.288 0.219 92 A 0.071 0.106 0.028 0.011 0.019 0.117 0.212 0.437 93 S 0.046 0.154 0.022 0.009 0.016 0.112 0.085 0.557 94 L 0.078 0.357 0.033 0.009 0.010 0.084 0.068 0.361 95 S 0.072 0.684 0.005 0.003 0.004 0.033 0.060 0.138 96 S 0.035 0.711 0.002 0.001 0.002 0.028 0.050 0.170 97 D 0.018 0.331 0.008 0.002 0.003 0.026 0.547 0.063 98 C 0.009 0.820 0.008 0.002 0.004 0.017 0.105 0.035 99 F 0.005 0.952 0.003 0.001 0.003 0.003 0.012 0.021 100 L 0.007 0.927 0.007 0.003 0.004 0.004 0.027 0.022 101 T 0.014 0.838 0.017 0.005 0.009 0.009 0.077 0.031 102 V 0.015 0.880 0.015 0.006 0.007 0.008 0.035 0.034 103 L 0.030 0.877 0.011 0.005 0.008 0.010 0.016 0.044 104 L 0.040 0.777 0.013 0.005 0.007 0.016 0.035 0.108 105 G 0.070 0.677 0.014 0.007 0.012 0.027 0.048 0.145 106 K 0.134 0.154 0.063 0.016 0.018 0.075 0.280 0.261 107 L 0.321 0.057 0.031 0.012 0.016 0.073 0.112 0.379 108 E 0.274 0.009 0.007 0.005 0.008 0.065 0.044 0.589 109 K 0.017 0.003 0.006 0.003 0.004 0.107 0.019 0.842 110 S 0.023 0.008 0.016 0.006 0.015 0.147 0.038 0.747 111 F 0.043 0.008 0.020 0.015 0.018 0.140 0.044 0.713 112 N 0.007 0.020 0.149 0.051 0.069 0.127 0.066 0.511 113 S 0.005 0.023 0.298 0.025 0.143 0.057 0.097 0.353 114 V 0.006 0.024 0.459 0.083 0.112 0.046 0.045 0.224 115 H 0.004 0.007 0.777 0.058 0.064 0.010 0.042 0.037 116 L 0.010 0.016 0.392 0.068 0.076 0.034 0.190 0.215 117 L 0.051 0.065 0.376 0.052 0.096 0.058 0.085 0.216 118 A 0.076 0.105 0.119 0.039 0.040 0.105 0.119 0.398 119 G 0.021 0.227 0.072 0.049 0.060 0.100 0.112 0.359 120 G 0.019 0.747 0.013 0.009 0.013 0.035 0.036 0.129 121 F 0.080 0.615 0.012 0.006 0.007 0.024 0.193 0.064 122 A 0.035 0.698 0.007 0.004 0.005 0.023 0.165 0.064 123 E 0.041 0.713 0.013 0.005 0.009 0.030 0.092 0.097 124 F 0.134 0.491 0.048 0.006 0.011 0.026 0.178 0.106 125 S 0.303 0.269 0.013 0.009 0.012 0.044 0.096 0.254 126 R 0.026 0.074 0.016 0.008 0.012 0.098 0.033 0.733 127 C 0.028 0.115 0.020 0.009 0.014 0.110 0.031 0.673 128 F 0.283 0.151 0.011 0.012 0.014 0.061 0.153 0.313 129 P 0.074 0.065 0.011 0.008 0.011 0.090 0.055 0.686 130 G 0.050 0.018 0.041 0.025 0.036 0.098 0.070 0.660 131 L 0.123 0.008 0.062 0.024 0.038 0.101 0.067 0.577 132 C 0.257 0.003 0.036 0.025 0.028 0.096 0.047 0.509 133 E 0.018 0.001 0.016 0.011 0.026 0.075 0.019 0.833 134 G 0.046 0.003 0.020 0.013 0.024 0.114 0.036 0.744 135 K 0.044 0.004 0.036 0.056 0.063 0.123 0.031 0.643 136 S 0.025 0.004 0.049 0.065 0.078 0.092 0.034 0.652 137 T 0.015 0.004 0.068 0.076 0.148 0.107 0.039 0.543 138 L 0.021 0.008 0.068 0.076 0.088 0.096 0.042 0.602 139 V 0.144 0.021 0.053 0.058 0.070 0.095 0.082 0.477 140 P 0.068 0.012 0.049 0.042 0.057 0.105 0.052 0.616 141 T 0.050 0.007 0.040 0.034 0.061 0.109 0.036 0.664 142 C 0.121 0.009 0.025 0.027 0.036 0.115 0.069 0.597 143 I 0.024 0.006 0.021 0.027 0.033 0.149 0.023 0.717 144 S 0.037 0.017 0.017 0.019 0.031 0.113 0.042 0.723 145 Q 0.110 0.034 0.022 0.022 0.027 0.127 0.064 0.594 146 P 0.261 0.052 0.018 0.016 0.019 0.093 0.085 0.456 147 A 0.089 0.028 0.022 0.017 0.029 0.120 0.044 0.652 148 H 0.081 0.031 0.034 0.017 0.030 0.124 0.051 0.632 149 H 0.139 0.020 0.037 0.026 0.037 0.126 0.079 0.535 150 H 0.090 0.009 0.028 0.023 0.030 0.128 0.039 0.653 151 H 0.095 0.008 0.025 0.027 0.037 0.134 0.044 0.630 152 H 0.042 0.006 0.021 0.012 0.023 0.151 0.041 0.705 153 H 0.072 0.011 0.025 0.021 0.027 0.157 0.068 0.619