# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 384 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.403 0.128 0.060 0.091 0.075 0.058 0.077 0.048 0.030 0.019 0.012 2 I 0.146 0.115 0.060 0.146 0.123 0.097 0.123 0.078 0.058 0.032 0.022 3 G 0.181 0.128 0.056 0.104 0.091 0.075 0.110 0.086 0.082 0.054 0.032 4 T 0.068 0.072 0.051 0.129 0.124 0.105 0.154 0.117 0.091 0.057 0.031 5 Q 0.106 0.117 0.108 0.202 0.141 0.101 0.088 0.058 0.040 0.025 0.013 6 I 0.034 0.027 0.028 0.067 0.094 0.123 0.183 0.167 0.130 0.093 0.055 7 V 0.017 0.060 0.049 0.103 0.113 0.097 0.160 0.146 0.122 0.088 0.045 8 T 0.010 0.008 0.020 0.037 0.065 0.087 0.181 0.157 0.188 0.145 0.100 9 E 0.207 0.116 0.269 0.210 0.099 0.041 0.032 0.013 0.007 0.004 0.002 10 R 0.016 0.031 0.074 0.144 0.156 0.149 0.220 0.107 0.059 0.032 0.013 11 L 0.002 0.004 0.009 0.014 0.024 0.056 0.131 0.140 0.232 0.245 0.143 12 V 0.020 0.038 0.186 0.196 0.178 0.140 0.136 0.057 0.029 0.015 0.005 13 A 0.018 0.035 0.423 0.188 0.114 0.090 0.074 0.032 0.014 0.009 0.003 14 L 0.005 0.008 0.029 0.035 0.049 0.118 0.218 0.147 0.174 0.149 0.067 15 L 0.011 0.013 0.024 0.034 0.048 0.097 0.223 0.163 0.180 0.147 0.061 16 E 0.040 0.108 0.369 0.214 0.120 0.065 0.046 0.020 0.010 0.006 0.003 17 S 0.122 0.125 0.180 0.141 0.120 0.099 0.110 0.052 0.025 0.016 0.009 18 G 0.295 0.297 0.054 0.097 0.063 0.053 0.066 0.037 0.020 0.013 0.006 19 T 0.363 0.194 0.041 0.111 0.077 0.061 0.062 0.040 0.024 0.016 0.008 20 E 0.397 0.164 0.087 0.145 0.079 0.047 0.040 0.022 0.010 0.005 0.003 21 K 0.048 0.100 0.093 0.218 0.170 0.144 0.132 0.052 0.025 0.012 0.006 22 V 0.001 0.003 0.007 0.010 0.017 0.047 0.093 0.109 0.239 0.261 0.211 23 L 0.002 0.007 0.016 0.044 0.075 0.151 0.222 0.147 0.162 0.114 0.061 24 L 0.001 0.002 0.013 0.015 0.021 0.032 0.071 0.107 0.215 0.290 0.235 25 I 0.001 0.001 0.004 0.006 0.015 0.038 0.077 0.111 0.227 0.282 0.239 26 D 0.005 0.008 0.012 0.039 0.077 0.069 0.153 0.227 0.182 0.140 0.089 27 S 0.003 0.005 0.012 0.016 0.026 0.038 0.087 0.128 0.216 0.241 0.228 28 R 0.012 0.017 0.023 0.066 0.121 0.126 0.218 0.173 0.122 0.075 0.047 29 P 0.151 0.186 0.118 0.169 0.087 0.078 0.092 0.049 0.039 0.022 0.009 30 F 0.070 0.060 0.049 0.130 0.140 0.138 0.193 0.101 0.063 0.033 0.023 31 V 0.216 0.108 0.094 0.132 0.097 0.089 0.115 0.067 0.041 0.027 0.013 32 E 0.058 0.126 0.145 0.225 0.153 0.109 0.097 0.044 0.023 0.014 0.007 33 Y 0.014 0.015 0.023 0.030 0.043 0.077 0.138 0.142 0.186 0.199 0.133 34 N 0.072 0.141 0.112 0.183 0.126 0.105 0.115 0.063 0.044 0.028 0.010 35 T 0.119 0.125 0.167 0.226 0.135 0.086 0.066 0.037 0.021 0.012 0.006 36 S 0.195 0.073 0.066 0.096 0.089 0.104 0.132 0.097 0.067 0.052 0.030 37 H 0.035 0.054 0.031 0.101 0.116 0.136 0.196 0.138 0.102 0.058 0.032 38 I 0.016 0.020 0.022 0.031 0.044 0.050 0.101 0.128 0.183 0.197 0.207 39 L 0.060 0.073 0.102 0.197 0.187 0.117 0.119 0.069 0.041 0.023 0.012 40 E 0.143 0.143 0.116 0.211 0.122 0.084 0.092 0.042 0.026 0.013 0.007 41 A 0.006 0.006 0.009 0.022 0.035 0.044 0.084 0.131 0.202 0.211 0.251 42 I 0.015 0.028 0.024 0.067 0.087 0.119 0.184 0.149 0.152 0.116 0.060 43 N 0.016 0.029 0.062 0.113 0.125 0.115 0.143 0.114 0.115 0.092 0.076 44 I 0.014 0.007 0.016 0.021 0.041 0.067 0.119 0.136 0.193 0.197 0.187 45 N 0.035 0.089 0.052 0.151 0.154 0.109 0.156 0.102 0.079 0.047 0.024 46 C 0.007 0.011 0.013 0.032 0.055 0.077 0.172 0.175 0.190 0.153 0.116 47 S 0.323 0.174 0.123 0.172 0.087 0.048 0.040 0.016 0.010 0.005 0.003 48 K 0.241 0.163 0.121 0.229 0.111 0.054 0.049 0.019 0.008 0.003 0.002 49 L 0.018 0.020 0.021 0.035 0.052 0.069 0.116 0.126 0.181 0.183 0.178 50 M 0.016 0.036 0.045 0.107 0.145 0.151 0.219 0.125 0.081 0.051 0.022 51 K 0.036 0.055 0.329 0.210 0.133 0.100 0.073 0.034 0.018 0.011 0.004 52 R 0.026 0.034 0.151 0.136 0.122 0.176 0.196 0.081 0.043 0.025 0.009 53 R 0.024 0.041 0.085 0.130 0.110 0.125 0.192 0.127 0.088 0.058 0.019 54 L 0.018 0.018 0.045 0.045 0.060 0.125 0.235 0.151 0.140 0.114 0.048 55 Q 0.052 0.177 0.385 0.212 0.093 0.037 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 56 Q 0.151 0.128 0.132 0.144 0.119 0.094 0.112 0.066 0.029 0.018 0.008 57 D 0.344 0.217 0.088 0.114 0.070 0.051 0.054 0.032 0.016 0.010 0.004 58 K 0.284 0.138 0.095 0.162 0.113 0.074 0.070 0.038 0.016 0.008 0.004 59 V 0.150 0.071 0.110 0.132 0.119 0.116 0.128 0.082 0.044 0.033 0.016 60 L 0.022 0.059 0.074 0.125 0.127 0.163 0.189 0.102 0.074 0.046 0.019 61 I 0.010 0.018 0.032 0.054 0.075 0.112 0.184 0.166 0.157 0.125 0.068 62 T 0.042 0.052 0.128 0.183 0.168 0.131 0.134 0.082 0.044 0.025 0.011 63 E 0.068 0.070 0.158 0.217 0.150 0.106 0.116 0.062 0.029 0.016 0.008 64 L 0.008 0.007 0.014 0.023 0.034 0.075 0.134 0.126 0.209 0.196 0.175 65 I 0.015 0.018 0.021 0.043 0.070 0.080 0.154 0.150 0.182 0.141 0.125 66 Q 0.056 0.084 0.156 0.172 0.157 0.102 0.112 0.067 0.047 0.029 0.018 67 H 0.096 0.088 0.112 0.158 0.144 0.114 0.137 0.071 0.042 0.023 0.015 68 S 0.277 0.148 0.064 0.139 0.099 0.071 0.088 0.055 0.030 0.017 0.010 69 A 0.167 0.124 0.062 0.149 0.118 0.091 0.116 0.081 0.047 0.029 0.016 70 K 0.109 0.084 0.080 0.157 0.144 0.119 0.128 0.082 0.049 0.033 0.016 71 H 0.075 0.085 0.117 0.151 0.120 0.127 0.147 0.082 0.051 0.032 0.013 72 K 0.054 0.104 0.137 0.209 0.152 0.114 0.103 0.059 0.036 0.022 0.011 73 V 0.033 0.024 0.033 0.052 0.066 0.103 0.175 0.147 0.156 0.130 0.081 74 D 0.102 0.166 0.155 0.233 0.144 0.070 0.060 0.034 0.019 0.011 0.005 75 I 0.041 0.027 0.046 0.069 0.089 0.138 0.198 0.131 0.120 0.089 0.052 76 D 0.198 0.215 0.124 0.182 0.110 0.059 0.051 0.029 0.016 0.011 0.006 77 C 0.042 0.062 0.038 0.093 0.103 0.145 0.202 0.122 0.093 0.066 0.034 78 S 0.168 0.134 0.066 0.156 0.134 0.096 0.096 0.064 0.039 0.029 0.017 79 Q 0.092 0.089 0.078 0.172 0.136 0.117 0.137 0.087 0.050 0.029 0.012 80 K 0.026 0.052 0.046 0.147 0.149 0.174 0.185 0.096 0.067 0.040 0.019 81 V 0.001 0.002 0.004 0.007 0.011 0.024 0.058 0.085 0.222 0.279 0.308 82 V 0.003 0.007 0.014 0.040 0.073 0.137 0.173 0.131 0.169 0.151 0.102 83 V 0.001 0.002 0.008 0.010 0.017 0.026 0.053 0.082 0.208 0.279 0.313 84 Y 0.002 0.004 0.008 0.022 0.051 0.079 0.145 0.159 0.209 0.182 0.139 85 D 0.011 0.014 0.020 0.051 0.070 0.096 0.190 0.159 0.181 0.127 0.080 86 Q 0.070 0.077 0.078 0.178 0.156 0.125 0.137 0.085 0.050 0.027 0.018 87 S 0.112 0.116 0.054 0.120 0.104 0.112 0.164 0.097 0.062 0.038 0.022 88 S 0.159 0.128 0.046 0.120 0.100 0.094 0.127 0.086 0.066 0.045 0.030 89 Q 0.421 0.167 0.068 0.118 0.076 0.048 0.045 0.026 0.015 0.010 0.006 90 D 0.192 0.214 0.100 0.184 0.104 0.071 0.060 0.034 0.021 0.014 0.007 91 V 0.034 0.042 0.025 0.070 0.086 0.122 0.175 0.149 0.132 0.102 0.064 92 A 0.219 0.143 0.106 0.173 0.121 0.078 0.073 0.046 0.023 0.013 0.006 93 S 0.126 0.127 0.157 0.230 0.134 0.086 0.067 0.036 0.019 0.011 0.006 94 L 0.020 0.024 0.021 0.039 0.052 0.082 0.142 0.137 0.175 0.170 0.137 95 S 0.096 0.111 0.051 0.146 0.151 0.108 0.129 0.090 0.060 0.038 0.020 96 S 0.161 0.099 0.114 0.171 0.122 0.093 0.099 0.066 0.040 0.023 0.012 97 D 0.107 0.086 0.076 0.182 0.149 0.119 0.133 0.068 0.042 0.024 0.015 98 C 0.009 0.013 0.012 0.031 0.046 0.060 0.126 0.155 0.198 0.178 0.171 99 F 0.006 0.013 0.017 0.053 0.094 0.112 0.156 0.155 0.159 0.139 0.095 100 L 0.004 0.007 0.019 0.034 0.054 0.090 0.169 0.157 0.199 0.169 0.097 101 T 0.010 0.018 0.043 0.110 0.139 0.138 0.193 0.129 0.106 0.068 0.046 102 V 0.002 0.003 0.008 0.013 0.022 0.035 0.081 0.103 0.210 0.244 0.278 103 L 0.002 0.006 0.012 0.026 0.047 0.070 0.125 0.121 0.212 0.211 0.168 104 L 0.005 0.008 0.019 0.039 0.071 0.131 0.209 0.139 0.177 0.126 0.076 105 G 0.068 0.066 0.148 0.191 0.149 0.113 0.128 0.062 0.039 0.022 0.014 106 K 0.027 0.038 0.060 0.109 0.114 0.142 0.210 0.118 0.089 0.058 0.035 107 L 0.017 0.021 0.021 0.039 0.049 0.079 0.152 0.139 0.184 0.172 0.127 108 E 0.072 0.131 0.128 0.202 0.152 0.104 0.098 0.052 0.031 0.020 0.010 109 K 0.132 0.142 0.184 0.187 0.122 0.085 0.067 0.038 0.021 0.014 0.008 110 S 0.172 0.178 0.074 0.141 0.110 0.093 0.106 0.060 0.033 0.020 0.011 111 F 0.093 0.070 0.034 0.087 0.091 0.107 0.148 0.125 0.107 0.085 0.052 112 N 0.181 0.128 0.082 0.154 0.120 0.099 0.100 0.065 0.037 0.023 0.011 113 S 0.086 0.147 0.103 0.251 0.156 0.093 0.083 0.042 0.022 0.011 0.005 114 V 0.006 0.004 0.006 0.011 0.019 0.041 0.084 0.107 0.216 0.254 0.251 115 H 0.023 0.046 0.052 0.169 0.184 0.167 0.157 0.092 0.058 0.034 0.018 116 L 0.004 0.009 0.024 0.041 0.056 0.087 0.130 0.135 0.192 0.189 0.132 117 L 0.001 0.003 0.004 0.008 0.016 0.041 0.088 0.095 0.226 0.250 0.269 118 A 0.055 0.062 0.059 0.178 0.188 0.132 0.147 0.081 0.054 0.028 0.016 119 G 0.178 0.069 0.077 0.144 0.130 0.108 0.128 0.077 0.044 0.028 0.017 120 G 0.019 0.046 0.024 0.066 0.079 0.104 0.176 0.134 0.149 0.125 0.078 121 F 0.003 0.005 0.004 0.017 0.033 0.073 0.157 0.157 0.214 0.196 0.141 122 A 0.201 0.139 0.265 0.214 0.098 0.039 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 123 E 0.042 0.057 0.095 0.212 0.182 0.155 0.153 0.060 0.025 0.012 0.006 124 F 0.002 0.003 0.004 0.005 0.008 0.014 0.039 0.067 0.204 0.297 0.358 125 S 0.019 0.030 0.041 0.121 0.185 0.170 0.207 0.107 0.062 0.039 0.018 126 R 0.046 0.083 0.491 0.206 0.084 0.043 0.022 0.012 0.007 0.005 0.002 127 C 0.028 0.032 0.037 0.077 0.101 0.184 0.250 0.129 0.085 0.052 0.025 128 F 0.015 0.025 0.013 0.030 0.035 0.060 0.142 0.165 0.209 0.186 0.120 129 P 0.158 0.114 0.115 0.192 0.152 0.094 0.084 0.047 0.025 0.013 0.007 130 G 0.364 0.153 0.152 0.158 0.079 0.038 0.032 0.014 0.006 0.003 0.002 131 L 0.046 0.032 0.024 0.055 0.069 0.083 0.158 0.143 0.162 0.124 0.103 132 C 0.045 0.054 0.023 0.067 0.084 0.100 0.170 0.142 0.134 0.110 0.070 133 E 0.102 0.191 0.166 0.231 0.134 0.067 0.048 0.028 0.017 0.010 0.006 134 G 0.317 0.172 0.084 0.145 0.091 0.059 0.060 0.036 0.018 0.011 0.006 135 K 0.277 0.169 0.046 0.143 0.087 0.071 0.078 0.054 0.038 0.024 0.011 136 S 0.227 0.152 0.045 0.133 0.097 0.087 0.096 0.070 0.047 0.029 0.016 137 T 0.151 0.108 0.059 0.134 0.113 0.106 0.107 0.081 0.066 0.047 0.029 138 L 0.092 0.080 0.045 0.091 0.091 0.106 0.140 0.111 0.112 0.081 0.051 139 V 0.096 0.109 0.050 0.155 0.131 0.100 0.124 0.095 0.070 0.044 0.025 140 P 0.138 0.086 0.042 0.115 0.111 0.100 0.126 0.102 0.084 0.059 0.036 141 T 0.264 0.142 0.059 0.172 0.118 0.069 0.071 0.049 0.030 0.017 0.009 142 C 0.115 0.113 0.041 0.134 0.115 0.108 0.127 0.094 0.072 0.054 0.027 143 I 0.078 0.064 0.025 0.085 0.093 0.108 0.160 0.126 0.119 0.087 0.054 144 S 0.315 0.331 0.071 0.137 0.062 0.031 0.024 0.013 0.008 0.005 0.002 145 Q 0.200 0.101 0.039 0.116 0.099 0.102 0.117 0.078 0.070 0.048 0.030 146 P 0.537 0.262 0.033 0.083 0.036 0.017 0.014 0.008 0.005 0.003 0.002 147 A 0.098 0.070 0.024 0.092 0.089 0.117 0.143 0.113 0.115 0.084 0.055 148 H 0.297 0.236 0.065 0.143 0.091 0.056 0.047 0.032 0.017 0.011 0.006 149 H 0.142 0.119 0.053 0.177 0.126 0.114 0.110 0.071 0.047 0.026 0.013 150 H 0.148 0.082 0.044 0.097 0.088 0.095 0.125 0.111 0.093 0.070 0.047 151 H 0.073 0.072 0.041 0.142 0.133 0.132 0.152 0.107 0.078 0.045 0.024 152 H 0.097 0.096 0.063 0.121 0.111 0.104 0.132 0.103 0.082 0.056 0.036 153 H 0.100 0.066 0.043 0.114 0.126 0.109 0.154 0.115 0.085 0.053 0.035