# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 384 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.006 0.003 0.055 0.012 0.022 0.009 0.001 0.001 0.001 0.877 2 I 0.009 0.005 0.003 0.071 0.048 0.091 0.032 0.001 0.001 0.002 0.737 3 G 0.027 0.009 0.005 0.176 0.068 0.150 0.062 0.001 0.001 0.006 0.496 4 T 0.031 0.016 0.002 0.128 0.069 0.097 0.109 0.001 0.001 0.003 0.546 5 Q 0.036 0.025 0.002 0.139 0.041 0.079 0.196 0.001 0.001 0.007 0.476 6 I 0.073 0.048 0.002 0.106 0.036 0.052 0.163 0.001 0.001 0.004 0.515 7 V 0.031 0.126 0.003 0.065 0.022 0.053 0.209 0.001 0.001 0.004 0.486 8 T 0.020 0.200 0.002 0.031 0.016 0.032 0.095 0.001 0.001 0.002 0.601 9 E 0.010 0.415 0.001 0.005 0.005 0.008 0.103 0.001 0.001 0.001 0.450 10 R 0.020 0.718 0.001 0.002 0.002 0.003 0.115 0.001 0.001 0.001 0.137 11 L 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 12 V 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 13 A 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 14 L 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 L 0.014 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 16 E 0.051 0.829 0.012 0.001 0.002 0.003 0.007 0.059 0.001 0.001 0.036 17 S 0.203 0.543 0.020 0.002 0.003 0.004 0.007 0.131 0.001 0.002 0.084 18 G 0.341 0.193 0.025 0.004 0.005 0.005 0.024 0.169 0.001 0.005 0.227 19 T 0.177 0.042 0.243 0.010 0.007 0.006 0.074 0.013 0.001 0.008 0.420 20 E 0.052 0.014 0.029 0.032 0.019 0.012 0.159 0.004 0.001 0.010 0.668 21 K 0.117 0.005 0.007 0.103 0.050 0.051 0.300 0.003 0.001 0.023 0.340 22 V 0.055 0.007 0.011 0.316 0.085 0.107 0.137 0.001 0.001 0.007 0.274 23 L 0.003 0.002 0.001 0.575 0.196 0.150 0.033 0.001 0.001 0.002 0.039 24 L 0.003 0.002 0.001 0.563 0.087 0.140 0.044 0.001 0.001 0.002 0.158 25 I 0.001 0.001 0.001 0.747 0.070 0.135 0.010 0.001 0.001 0.001 0.036 26 D 0.001 0.001 0.001 0.515 0.079 0.175 0.034 0.001 0.001 0.003 0.192 27 S 0.004 0.001 0.002 0.383 0.054 0.151 0.061 0.001 0.001 0.004 0.340 28 R 0.006 0.001 0.001 0.138 0.057 0.090 0.387 0.001 0.001 0.005 0.316 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 30 F 0.017 0.002 0.001 0.039 0.024 0.077 0.084 0.001 0.001 0.003 0.754 31 V 0.121 0.025 0.001 0.036 0.035 0.045 0.095 0.001 0.001 0.007 0.635 32 E 0.166 0.097 0.002 0.024 0.024 0.042 0.142 0.002 0.001 0.003 0.498 33 Y 0.212 0.352 0.005 0.029 0.047 0.080 0.038 0.003 0.001 0.005 0.230 34 N 0.105 0.389 0.003 0.019 0.041 0.059 0.058 0.012 0.001 0.005 0.309 35 T 0.148 0.264 0.045 0.025 0.021 0.045 0.072 0.015 0.001 0.007 0.358 36 S 0.151 0.213 0.019 0.042 0.038 0.046 0.122 0.013 0.001 0.010 0.345 37 H 0.197 0.079 0.026 0.036 0.027 0.046 0.136 0.013 0.001 0.017 0.422 38 I 0.093 0.140 0.044 0.079 0.055 0.109 0.065 0.005 0.001 0.005 0.405 39 L 0.027 0.125 0.012 0.090 0.088 0.115 0.083 0.003 0.001 0.005 0.451 40 E 0.058 0.115 0.004 0.120 0.054 0.085 0.148 0.009 0.001 0.007 0.401 41 A 0.245 0.179 0.004 0.081 0.040 0.087 0.050 0.005 0.001 0.005 0.304 42 I 0.105 0.183 0.010 0.272 0.118 0.129 0.036 0.005 0.001 0.006 0.137 43 N 0.048 0.098 0.012 0.131 0.073 0.121 0.032 0.010 0.001 0.006 0.470 44 I 0.046 0.058 0.060 0.329 0.075 0.185 0.048 0.003 0.001 0.003 0.192 45 N 0.008 0.013 0.002 0.044 0.020 0.038 0.169 0.003 0.001 0.003 0.699 46 C 0.020 0.015 0.013 0.038 0.010 0.034 0.069 0.001 0.001 0.007 0.794 47 S 0.007 0.027 0.001 0.013 0.006 0.008 0.321 0.001 0.001 0.002 0.614 48 K 0.070 0.033 0.002 0.008 0.002 0.004 0.478 0.001 0.001 0.009 0.394 49 L 0.099 0.667 0.001 0.009 0.004 0.005 0.075 0.001 0.001 0.002 0.137 50 M 0.033 0.860 0.003 0.004 0.004 0.006 0.022 0.001 0.001 0.001 0.066 51 K 0.037 0.875 0.003 0.004 0.002 0.004 0.015 0.003 0.001 0.001 0.056 52 R 0.051 0.878 0.004 0.002 0.003 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.047 53 R 0.058 0.857 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.012 0.001 0.001 0.056 54 L 0.053 0.784 0.017 0.003 0.004 0.006 0.014 0.019 0.001 0.001 0.101 55 Q 0.106 0.604 0.014 0.005 0.004 0.009 0.042 0.038 0.001 0.002 0.177 56 Q 0.188 0.472 0.022 0.006 0.004 0.008 0.034 0.030 0.001 0.003 0.235 57 D 0.112 0.350 0.020 0.006 0.006 0.009 0.046 0.023 0.001 0.004 0.423 58 K 0.142 0.182 0.061 0.011 0.006 0.009 0.055 0.009 0.001 0.006 0.519 59 V 0.101 0.223 0.031 0.021 0.014 0.019 0.173 0.006 0.001 0.005 0.406 60 L 0.096 0.251 0.018 0.031 0.021 0.037 0.094 0.005 0.001 0.007 0.441 61 I 0.065 0.499 0.011 0.033 0.027 0.048 0.046 0.004 0.001 0.003 0.263 62 T 0.051 0.582 0.007 0.030 0.032 0.046 0.042 0.005 0.001 0.003 0.202 63 E 0.096 0.600 0.005 0.027 0.021 0.027 0.036 0.008 0.001 0.003 0.177 64 L 0.113 0.620 0.010 0.029 0.027 0.040 0.022 0.008 0.001 0.003 0.129 65 I 0.092 0.543 0.021 0.044 0.040 0.062 0.030 0.012 0.001 0.004 0.152 66 Q 0.068 0.383 0.030 0.039 0.030 0.061 0.046 0.013 0.001 0.003 0.327 67 H 0.062 0.263 0.016 0.031 0.025 0.053 0.059 0.011 0.001 0.004 0.474 68 S 0.088 0.197 0.006 0.014 0.016 0.026 0.092 0.012 0.001 0.007 0.542 69 A 0.109 0.205 0.013 0.014 0.010 0.018 0.081 0.006 0.001 0.005 0.540 70 K 0.119 0.229 0.010 0.018 0.013 0.028 0.187 0.010 0.001 0.007 0.378 71 H 0.310 0.225 0.017 0.023 0.021 0.031 0.089 0.012 0.001 0.009 0.263 72 K 0.207 0.274 0.016 0.022 0.023 0.037 0.039 0.010 0.001 0.005 0.367 73 V 0.143 0.179 0.048 0.050 0.048 0.061 0.052 0.010 0.001 0.004 0.404 74 D 0.082 0.107 0.007 0.026 0.059 0.085 0.067 0.013 0.001 0.006 0.548 75 I 0.118 0.087 0.024 0.048 0.050 0.098 0.049 0.008 0.001 0.005 0.513 76 D 0.051 0.061 0.002 0.024 0.072 0.065 0.249 0.011 0.001 0.009 0.457 77 C 0.189 0.035 0.017 0.035 0.020 0.040 0.112 0.004 0.001 0.020 0.527 78 S 0.087 0.029 0.003 0.044 0.048 0.046 0.329 0.009 0.001 0.014 0.391 79 Q 0.474 0.005 0.034 0.054 0.055 0.038 0.113 0.001 0.001 0.040 0.185 80 K 0.034 0.009 0.005 0.250 0.078 0.066 0.191 0.001 0.001 0.005 0.361 81 V 0.005 0.002 0.002 0.292 0.257 0.336 0.029 0.001 0.001 0.004 0.073 82 V 0.001 0.002 0.001 0.600 0.146 0.185 0.020 0.001 0.001 0.001 0.044 83 V 0.002 0.002 0.001 0.422 0.170 0.308 0.017 0.001 0.001 0.001 0.079 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.567 0.090 0.247 0.027 0.001 0.001 0.001 0.066 85 D 0.002 0.001 0.001 0.290 0.173 0.249 0.061 0.001 0.001 0.004 0.220 86 Q 0.005 0.001 0.002 0.156 0.032 0.074 0.166 0.001 0.001 0.008 0.555 87 S 0.009 0.001 0.001 0.026 0.009 0.014 0.703 0.001 0.001 0.012 0.227 88 S 0.263 0.002 0.003 0.022 0.006 0.012 0.202 0.001 0.001 0.064 0.426 89 Q 0.096 0.014 0.004 0.019 0.010 0.010 0.266 0.001 0.001 0.011 0.568 90 D 0.043 0.019 0.007 0.015 0.010 0.016 0.406 0.001 0.001 0.012 0.471 91 V 0.114 0.113 0.006 0.026 0.020 0.053 0.226 0.004 0.001 0.010 0.428 92 A 0.081 0.223 0.003 0.013 0.021 0.038 0.188 0.007 0.001 0.006 0.422 93 S 0.174 0.184 0.006 0.011 0.010 0.017 0.181 0.012 0.001 0.007 0.399 94 L 0.266 0.339 0.016 0.016 0.009 0.021 0.061 0.017 0.001 0.005 0.248 95 S 0.162 0.301 0.013 0.014 0.009 0.021 0.124 0.022 0.001 0.005 0.329 96 S 0.064 0.213 0.020 0.012 0.006 0.014 0.065 0.008 0.001 0.003 0.595 97 D 0.063 0.244 0.006 0.008 0.006 0.011 0.110 0.008 0.001 0.006 0.538 98 C 0.156 0.258 0.018 0.012 0.005 0.008 0.194 0.006 0.001 0.006 0.337 99 F 0.052 0.533 0.013 0.016 0.007 0.016 0.095 0.003 0.001 0.003 0.263 100 L 0.036 0.694 0.014 0.023 0.016 0.025 0.055 0.002 0.001 0.002 0.133 101 T 0.014 0.866 0.003 0.008 0.006 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.079 102 V 0.015 0.925 0.002 0.005 0.005 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.034 103 L 0.008 0.962 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 104 L 0.011 0.957 0.002 0.003 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 105 G 0.020 0.926 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.033 106 K 0.064 0.843 0.010 0.003 0.003 0.005 0.009 0.017 0.001 0.001 0.045 107 L 0.048 0.839 0.008 0.003 0.005 0.008 0.010 0.016 0.001 0.001 0.062 108 E 0.125 0.632 0.012 0.006 0.008 0.015 0.035 0.037 0.001 0.002 0.127 109 K 0.156 0.570 0.026 0.009 0.008 0.011 0.022 0.034 0.001 0.004 0.160 110 S 0.289 0.214 0.012 0.012 0.013 0.022 0.056 0.083 0.001 0.008 0.290 111 F 0.275 0.065 0.132 0.029 0.013 0.014 0.034 0.011 0.001 0.008 0.418 112 N 0.044 0.033 0.048 0.062 0.087 0.043 0.172 0.005 0.001 0.007 0.499 113 S 0.062 0.007 0.010 0.182 0.048 0.060 0.147 0.003 0.001 0.012 0.469 114 V 0.053 0.016 0.003 0.267 0.074 0.097 0.090 0.001 0.001 0.002 0.397 115 H 0.004 0.006 0.002 0.658 0.115 0.118 0.035 0.001 0.001 0.004 0.057 116 L 0.007 0.013 0.002 0.327 0.066 0.103 0.080 0.001 0.001 0.003 0.398 117 L 0.006 0.009 0.001 0.597 0.053 0.223 0.031 0.001 0.001 0.001 0.079 118 A 0.005 0.018 0.001 0.153 0.030 0.077 0.094 0.001 0.001 0.004 0.617 119 G 0.016 0.010 0.001 0.079 0.023 0.038 0.160 0.001 0.001 0.010 0.662 120 G 0.152 0.014 0.008 0.034 0.006 0.013 0.308 0.001 0.001 0.009 0.455 121 F 0.049 0.079 0.006 0.025 0.014 0.035 0.185 0.001 0.001 0.006 0.600 122 A 0.017 0.152 0.001 0.008 0.011 0.017 0.119 0.001 0.001 0.002 0.671 123 E 0.027 0.393 0.002 0.003 0.002 0.003 0.219 0.003 0.001 0.002 0.346 124 F 0.076 0.841 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.064 125 S 0.031 0.929 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.024 126 R 0.017 0.935 0.008 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.027 127 C 0.103 0.786 0.015 0.002 0.002 0.004 0.008 0.034 0.001 0.002 0.044 128 F 0.269 0.569 0.012 0.003 0.003 0.006 0.011 0.055 0.001 0.001 0.070 129 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 130 G 0.032 0.035 0.012 0.012 0.017 0.035 0.046 0.015 0.001 0.003 0.792 131 L 0.625 0.042 0.018 0.021 0.014 0.020 0.028 0.008 0.001 0.004 0.220 132 C 0.139 0.131 0.009 0.050 0.092 0.084 0.102 0.005 0.001 0.004 0.382 133 E 0.043 0.042 0.009 0.041 0.041 0.062 0.053 0.002 0.001 0.004 0.704 134 G 0.067 0.024 0.002 0.048 0.047 0.055 0.095 0.004 0.001 0.011 0.647 135 K 0.306 0.009 0.020 0.027 0.014 0.015 0.116 0.001 0.001 0.017 0.475 136 S 0.026 0.006 0.004 0.038 0.024 0.023 0.117 0.001 0.001 0.005 0.755 137 T 0.046 0.004 0.005 0.057 0.096 0.178 0.061 0.001 0.001 0.009 0.543 138 L 0.032 0.007 0.003 0.057 0.058 0.109 0.078 0.001 0.001 0.005 0.649 139 V 0.029 0.005 0.002 0.050 0.112 0.170 0.100 0.001 0.001 0.002 0.529 140 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 141 T 0.012 0.002 0.001 0.023 0.066 0.133 0.053 0.001 0.001 0.003 0.708 142 C 0.113 0.004 0.001 0.024 0.024 0.036 0.059 0.001 0.001 0.004 0.734 143 I 0.118 0.011 0.002 0.033 0.056 0.081 0.098 0.001 0.001 0.004 0.596 144 S 0.097 0.010 0.003 0.031 0.037 0.065 0.105 0.002 0.001 0.012 0.638 145 Q 0.123 0.011 0.005 0.030 0.044 0.051 0.121 0.001 0.001 0.005 0.609 146 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 147 A 0.016 0.004 0.001 0.031 0.037 0.091 0.083 0.001 0.001 0.006 0.731 148 H 0.147 0.013 0.002 0.045 0.034 0.050 0.100 0.001 0.001 0.008 0.599 149 H 0.144 0.022 0.004 0.034 0.037 0.048 0.092 0.001 0.001 0.005 0.614 150 H 0.077 0.030 0.004 0.050 0.038 0.057 0.120 0.001 0.001 0.008 0.614 151 H 0.069 0.025 0.004 0.038 0.039 0.054 0.145 0.002 0.001 0.010 0.615 152 H 0.075 0.033 0.008 0.040 0.027 0.047 0.141 0.002 0.001 0.010 0.617 153 H 0.076 0.041 0.006 0.041 0.033 0.067 0.155 0.003 0.001 0.011 0.567