# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 384 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.016 0.029 0.017 0.021 0.048 0.004 0.825 2 I 0.039 0.022 0.082 0.056 0.127 0.076 0.005 0.592 3 G 0.056 0.032 0.070 0.044 0.079 0.095 0.007 0.617 4 T 0.075 0.044 0.045 0.034 0.054 0.102 0.008 0.638 5 Q 0.085 0.057 0.064 0.026 0.043 0.112 0.008 0.604 6 I 0.100 0.148 0.063 0.022 0.040 0.105 0.008 0.515 7 V 0.046 0.249 0.064 0.016 0.051 0.152 0.006 0.416 8 T 0.022 0.365 0.036 0.008 0.036 0.080 0.004 0.449 9 E 0.010 0.498 0.011 0.002 0.010 0.084 0.003 0.382 10 R 0.019 0.684 0.005 0.001 0.004 0.128 0.005 0.152 11 L 0.007 0.948 0.002 0.001 0.002 0.014 0.001 0.025 12 V 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 13 A 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 14 L 0.031 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.011 15 L 0.054 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 16 E 0.116 0.757 0.011 0.004 0.003 0.005 0.052 0.052 17 S 0.222 0.416 0.027 0.008 0.007 0.012 0.149 0.157 18 G 0.252 0.128 0.066 0.014 0.011 0.035 0.129 0.366 19 T 0.130 0.023 0.167 0.025 0.011 0.117 0.027 0.501 20 E 0.048 0.006 0.151 0.030 0.016 0.081 0.009 0.660 21 K 0.070 0.005 0.295 0.110 0.089 0.110 0.009 0.313 22 V 0.025 0.004 0.491 0.096 0.098 0.083 0.003 0.199 23 L 0.002 0.001 0.864 0.053 0.055 0.008 0.001 0.017 24 L 0.001 0.001 0.898 0.034 0.044 0.007 0.001 0.016 25 I 0.001 0.001 0.915 0.030 0.042 0.004 0.001 0.009 26 D 0.001 0.001 0.772 0.059 0.092 0.017 0.001 0.059 27 S 0.004 0.001 0.419 0.055 0.156 0.105 0.003 0.258 28 R 0.005 0.002 0.244 0.067 0.080 0.242 0.002 0.359 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.990 30 F 0.024 0.006 0.028 0.022 0.108 0.119 0.002 0.690 31 V 0.039 0.035 0.010 0.013 0.022 0.077 0.003 0.801 32 E 0.196 0.161 0.011 0.020 0.032 0.094 0.010 0.476 33 Y 0.356 0.379 0.014 0.022 0.037 0.028 0.007 0.157 34 N 0.128 0.561 0.013 0.031 0.039 0.048 0.011 0.170 35 T 0.110 0.394 0.024 0.019 0.053 0.048 0.038 0.314 36 S 0.259 0.214 0.034 0.017 0.022 0.135 0.085 0.234 37 H 0.399 0.065 0.057 0.023 0.019 0.111 0.070 0.255 38 I 0.063 0.128 0.222 0.072 0.070 0.156 0.010 0.280 39 L 0.021 0.092 0.153 0.072 0.111 0.083 0.005 0.463 40 E 0.038 0.104 0.098 0.053 0.117 0.135 0.011 0.444 41 A 0.135 0.118 0.205 0.050 0.107 0.067 0.020 0.299 42 I 0.084 0.092 0.332 0.127 0.120 0.070 0.017 0.157 43 N 0.053 0.044 0.200 0.073 0.112 0.059 0.023 0.436 44 I 0.070 0.024 0.289 0.081 0.105 0.081 0.012 0.339 45 N 0.008 0.012 0.048 0.018 0.030 0.349 0.004 0.530 46 C 0.021 0.012 0.076 0.009 0.063 0.092 0.005 0.722 47 S 0.004 0.010 0.005 0.002 0.004 0.473 0.002 0.501 48 K 0.072 0.023 0.005 0.002 0.004 0.544 0.013 0.336 49 L 0.048 0.732 0.002 0.001 0.002 0.073 0.002 0.139 50 M 0.018 0.867 0.002 0.002 0.005 0.052 0.002 0.053 51 K 0.017 0.923 0.001 0.001 0.003 0.010 0.003 0.040 52 R 0.041 0.917 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.024 53 R 0.051 0.889 0.002 0.002 0.003 0.004 0.011 0.038 54 L 0.047 0.809 0.017 0.003 0.004 0.014 0.021 0.085 55 Q 0.108 0.623 0.043 0.008 0.008 0.034 0.029 0.147 56 Q 0.151 0.431 0.041 0.010 0.010 0.067 0.034 0.257 57 D 0.098 0.305 0.030 0.008 0.010 0.055 0.021 0.473 58 K 0.069 0.177 0.035 0.007 0.011 0.064 0.015 0.622 59 V 0.094 0.200 0.057 0.016 0.016 0.247 0.015 0.356 60 L 0.075 0.223 0.055 0.022 0.027 0.202 0.013 0.384 61 I 0.038 0.503 0.046 0.024 0.054 0.054 0.006 0.275 62 T 0.024 0.583 0.039 0.018 0.037 0.057 0.007 0.236 63 E 0.054 0.605 0.026 0.019 0.028 0.061 0.017 0.190 64 L 0.078 0.701 0.021 0.016 0.022 0.029 0.015 0.119 65 I 0.065 0.653 0.032 0.022 0.034 0.036 0.014 0.144 66 Q 0.058 0.495 0.038 0.019 0.037 0.048 0.020 0.285 67 H 0.075 0.324 0.037 0.015 0.032 0.054 0.023 0.440 68 S 0.070 0.217 0.026 0.012 0.019 0.099 0.021 0.536 69 A 0.094 0.214 0.032 0.010 0.018 0.097 0.021 0.514 70 K 0.133 0.254 0.031 0.015 0.021 0.178 0.024 0.343 71 H 0.256 0.212 0.028 0.020 0.023 0.120 0.033 0.309 72 K 0.194 0.283 0.030 0.025 0.036 0.054 0.022 0.357 73 V 0.127 0.189 0.040 0.044 0.061 0.059 0.022 0.458 74 D 0.100 0.106 0.041 0.076 0.105 0.084 0.026 0.463 75 I 0.089 0.055 0.048 0.075 0.076 0.077 0.020 0.560 76 D 0.054 0.046 0.030 0.059 0.062 0.272 0.017 0.460 77 C 0.105 0.028 0.053 0.027 0.052 0.099 0.027 0.610 78 S 0.100 0.017 0.056 0.027 0.029 0.413 0.033 0.323 79 Q 0.394 0.003 0.053 0.040 0.024 0.084 0.057 0.344 80 K 0.067 0.006 0.236 0.092 0.077 0.174 0.009 0.340 81 V 0.010 0.001 0.427 0.117 0.092 0.166 0.002 0.185 82 V 0.002 0.001 0.714 0.072 0.139 0.034 0.001 0.039 83 V 0.001 0.001 0.660 0.110 0.171 0.013 0.001 0.045 84 Y 0.001 0.001 0.764 0.078 0.114 0.010 0.001 0.034 85 D 0.001 0.001 0.457 0.107 0.127 0.131 0.001 0.177 86 Q 0.002 0.001 0.248 0.021 0.065 0.227 0.002 0.434 87 S 0.003 0.001 0.034 0.005 0.012 0.743 0.008 0.194 88 S 0.300 0.002 0.042 0.006 0.014 0.183 0.079 0.374 89 Q 0.085 0.015 0.021 0.007 0.008 0.311 0.009 0.544 90 D 0.026 0.010 0.007 0.007 0.010 0.552 0.004 0.384 91 V 0.139 0.092 0.012 0.011 0.051 0.178 0.007 0.509 92 A 0.111 0.169 0.008 0.016 0.035 0.241 0.009 0.412 93 S 0.316 0.144 0.006 0.011 0.018 0.123 0.027 0.356 94 L 0.344 0.365 0.015 0.008 0.015 0.032 0.021 0.200 95 S 0.200 0.387 0.019 0.012 0.019 0.087 0.024 0.252 96 S 0.072 0.146 0.018 0.004 0.008 0.064 0.016 0.673 97 D 0.053 0.174 0.018 0.003 0.006 0.124 0.013 0.609 98 C 0.156 0.218 0.024 0.003 0.006 0.235 0.015 0.342 99 F 0.044 0.485 0.031 0.003 0.005 0.207 0.006 0.219 100 L 0.016 0.779 0.015 0.002 0.006 0.056 0.003 0.122 101 T 0.006 0.936 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.044 102 V 0.005 0.972 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 103 L 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 104 L 0.010 0.969 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 105 G 0.032 0.919 0.003 0.001 0.001 0.005 0.016 0.022 106 K 0.075 0.837 0.007 0.002 0.002 0.008 0.024 0.045 107 L 0.078 0.794 0.012 0.003 0.003 0.012 0.021 0.077 108 E 0.117 0.647 0.029 0.008 0.009 0.024 0.031 0.136 109 K 0.216 0.416 0.029 0.011 0.010 0.033 0.054 0.230 110 S 0.300 0.202 0.033 0.017 0.016 0.058 0.079 0.295 111 F 0.188 0.096 0.112 0.024 0.023 0.082 0.031 0.445 112 N 0.036 0.032 0.088 0.035 0.025 0.163 0.014 0.606 113 S 0.112 0.020 0.079 0.031 0.040 0.166 0.018 0.534 114 V 0.068 0.062 0.173 0.078 0.105 0.095 0.006 0.413 115 H 0.010 0.029 0.374 0.233 0.199 0.055 0.002 0.096 116 L 0.020 0.131 0.194 0.102 0.160 0.058 0.006 0.329 117 L 0.033 0.099 0.373 0.095 0.268 0.020 0.006 0.106 118 A 0.035 0.175 0.127 0.073 0.137 0.066 0.017 0.371 119 G 0.091 0.054 0.105 0.033 0.069 0.085 0.031 0.532 120 G 0.134 0.057 0.073 0.023 0.050 0.106 0.030 0.527 121 F 0.054 0.104 0.065 0.018 0.068 0.226 0.007 0.458 122 A 0.010 0.118 0.014 0.008 0.030 0.099 0.002 0.719 123 E 0.027 0.331 0.006 0.005 0.014 0.109 0.003 0.505 124 F 0.078 0.687 0.005 0.007 0.015 0.083 0.005 0.121 125 S 0.055 0.879 0.003 0.006 0.007 0.007 0.004 0.038 126 R 0.052 0.883 0.001 0.004 0.006 0.002 0.012 0.040 127 C 0.218 0.563 0.007 0.008 0.012 0.008 0.102 0.081 128 F 0.269 0.363 0.029 0.028 0.021 0.026 0.066 0.197 129 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 130 G 0.013 0.011 0.020 0.012 0.019 0.111 0.007 0.807 131 L 0.576 0.020 0.036 0.016 0.024 0.033 0.022 0.273 132 C 0.165 0.058 0.110 0.101 0.098 0.075 0.011 0.382 133 E 0.055 0.035 0.079 0.068 0.078 0.084 0.008 0.593 134 G 0.065 0.019 0.058 0.040 0.078 0.060 0.014 0.666 135 K 0.135 0.013 0.085 0.054 0.086 0.091 0.019 0.516 136 S 0.025 0.005 0.038 0.027 0.026 0.051 0.005 0.823 137 T 0.032 0.005 0.096 0.097 0.139 0.101 0.006 0.524 138 L 0.040 0.008 0.059 0.047 0.077 0.072 0.006 0.691 139 V 0.041 0.009 0.101 0.084 0.153 0.117 0.004 0.490 140 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.988 141 T 0.021 0.004 0.049 0.041 0.105 0.102 0.005 0.674 142 C 0.096 0.010 0.028 0.023 0.031 0.070 0.008 0.735 143 I 0.121 0.021 0.042 0.043 0.071 0.124 0.011 0.567 144 S 0.096 0.014 0.021 0.021 0.033 0.093 0.014 0.708 145 Q 0.178 0.017 0.041 0.037 0.050 0.106 0.010 0.562 146 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.988 147 A 0.032 0.006 0.026 0.016 0.043 0.123 0.006 0.748 148 H 0.210 0.017 0.040 0.019 0.030 0.120 0.016 0.548 149 H 0.201 0.023 0.050 0.028 0.038 0.099 0.015 0.546 150 H 0.105 0.024 0.064 0.028 0.042 0.100 0.009 0.627 151 H 0.075 0.020 0.052 0.039 0.059 0.125 0.009 0.621 152 H 0.059 0.018 0.034 0.028 0.053 0.107 0.009 0.691 153 H 0.069 0.021 0.040 0.032 0.058 0.138 0.010 0.633