# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 384 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.189 0.206 0.070 0.178 0.047 0.083 0.049 0.038 0.042 0.001 2 I 0.124 0.347 0.384 0.070 0.024 0.029 0.008 0.001 0.011 0.001 0.002 3 G 0.149 0.095 0.224 0.055 0.157 0.058 0.055 0.083 0.015 0.108 0.001 4 T 0.428 0.194 0.179 0.094 0.061 0.021 0.009 0.002 0.010 0.002 0.001 5 Q 0.461 0.165 0.129 0.078 0.098 0.032 0.015 0.003 0.017 0.003 0.001 6 I 0.558 0.210 0.134 0.026 0.026 0.029 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 7 V 0.767 0.071 0.092 0.021 0.013 0.030 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 8 T 0.947 0.018 0.012 0.010 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 E 0.986 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.982 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.992 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.939 0.002 0.002 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.928 0.009 0.016 0.037 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 16 E 0.814 0.036 0.029 0.090 0.006 0.006 0.009 0.001 0.009 0.001 0.001 17 S 0.267 0.031 0.165 0.435 0.012 0.011 0.065 0.003 0.009 0.002 0.001 18 G 0.022 0.004 0.025 0.020 0.019 0.006 0.089 0.647 0.002 0.166 0.001 19 T 0.186 0.135 0.374 0.182 0.036 0.030 0.028 0.007 0.015 0.006 0.001 20 E 0.146 0.186 0.311 0.188 0.057 0.026 0.054 0.009 0.013 0.010 0.002 21 K 0.047 0.362 0.191 0.128 0.155 0.045 0.039 0.004 0.024 0.003 0.001 22 V 0.007 0.787 0.127 0.010 0.043 0.014 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 23 L 0.003 0.861 0.098 0.001 0.010 0.021 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 24 L 0.004 0.553 0.261 0.004 0.013 0.153 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 25 I 0.007 0.878 0.050 0.007 0.031 0.008 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 26 D 0.010 0.190 0.378 0.016 0.097 0.144 0.089 0.001 0.069 0.005 0.001 27 S 0.353 0.127 0.208 0.161 0.071 0.021 0.010 0.002 0.018 0.005 0.023 28 R 0.070 0.410 0.316 0.013 0.052 0.013 0.005 0.002 0.114 0.005 0.001 29 P 0.093 0.007 0.811 0.006 0.003 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 30 F 0.459 0.156 0.257 0.057 0.022 0.027 0.004 0.002 0.016 0.001 0.001 31 V 0.564 0.144 0.196 0.035 0.026 0.021 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 32 E 0.661 0.108 0.082 0.082 0.026 0.021 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 33 Y 0.575 0.134 0.080 0.113 0.047 0.016 0.008 0.001 0.025 0.002 0.001 34 N 0.463 0.116 0.171 0.115 0.039 0.038 0.028 0.002 0.024 0.004 0.001 35 T 0.652 0.067 0.064 0.153 0.022 0.010 0.019 0.003 0.007 0.003 0.001 36 S 0.542 0.049 0.080 0.174 0.066 0.014 0.035 0.016 0.010 0.014 0.001 37 H 0.352 0.149 0.129 0.229 0.058 0.026 0.022 0.006 0.022 0.006 0.001 38 I 0.436 0.154 0.248 0.060 0.019 0.041 0.010 0.001 0.028 0.002 0.001 39 L 0.565 0.063 0.222 0.103 0.009 0.018 0.009 0.001 0.008 0.001 0.002 40 E 0.352 0.042 0.116 0.170 0.070 0.031 0.102 0.071 0.012 0.032 0.001 41 A 0.260 0.178 0.217 0.173 0.066 0.029 0.034 0.011 0.026 0.004 0.001 42 I 0.221 0.403 0.166 0.129 0.025 0.020 0.013 0.001 0.021 0.001 0.001 43 N 0.097 0.210 0.262 0.126 0.092 0.116 0.057 0.005 0.030 0.004 0.002 44 I 0.088 0.577 0.156 0.075 0.038 0.031 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 45 N 0.043 0.112 0.453 0.055 0.040 0.222 0.025 0.001 0.043 0.005 0.001 46 C 0.500 0.069 0.237 0.061 0.033 0.037 0.007 0.002 0.043 0.008 0.005 47 S 0.939 0.003 0.028 0.021 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.909 0.006 0.019 0.040 0.005 0.008 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 49 L 0.941 0.010 0.013 0.029 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 M 0.959 0.011 0.008 0.017 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.951 0.007 0.005 0.030 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 52 R 0.904 0.011 0.012 0.060 0.004 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 53 R 0.848 0.021 0.035 0.071 0.005 0.005 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 54 L 0.785 0.025 0.060 0.100 0.005 0.010 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 55 Q 0.638 0.051 0.072 0.187 0.008 0.015 0.018 0.001 0.008 0.001 0.001 56 Q 0.539 0.058 0.113 0.189 0.017 0.023 0.041 0.004 0.012 0.003 0.001 57 D 0.404 0.051 0.141 0.255 0.021 0.033 0.070 0.007 0.013 0.005 0.001 58 K 0.557 0.060 0.163 0.119 0.022 0.024 0.033 0.006 0.012 0.004 0.001 59 V 0.535 0.128 0.233 0.041 0.016 0.022 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 60 L 0.529 0.091 0.280 0.036 0.011 0.039 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 61 I 0.711 0.116 0.100 0.035 0.012 0.015 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 62 T 0.765 0.104 0.049 0.037 0.026 0.006 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 63 E 0.738 0.085 0.048 0.059 0.039 0.009 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 64 L 0.615 0.119 0.100 0.094 0.031 0.016 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 65 I 0.517 0.203 0.155 0.063 0.017 0.021 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 66 Q 0.527 0.107 0.198 0.081 0.019 0.040 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 67 H 0.591 0.064 0.110 0.153 0.022 0.022 0.019 0.003 0.014 0.002 0.001 68 S 0.659 0.037 0.103 0.107 0.025 0.019 0.027 0.005 0.013 0.005 0.001 69 A 0.763 0.030 0.075 0.089 0.008 0.013 0.013 0.001 0.006 0.001 0.001 70 K 0.685 0.042 0.070 0.151 0.010 0.012 0.018 0.002 0.007 0.001 0.001 71 H 0.537 0.073 0.095 0.198 0.022 0.016 0.039 0.005 0.012 0.003 0.001 72 K 0.413 0.114 0.167 0.161 0.036 0.026 0.051 0.005 0.023 0.003 0.001 73 V 0.345 0.269 0.175 0.132 0.023 0.019 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 74 D 0.151 0.160 0.369 0.106 0.055 0.080 0.033 0.003 0.040 0.004 0.001 75 I 0.350 0.262 0.213 0.102 0.023 0.021 0.006 0.001 0.019 0.001 0.002 76 D 0.230 0.155 0.245 0.163 0.047 0.066 0.047 0.004 0.033 0.007 0.001 77 C 0.326 0.105 0.165 0.217 0.050 0.026 0.055 0.018 0.022 0.013 0.003 78 S 0.163 0.129 0.182 0.297 0.056 0.028 0.092 0.023 0.020 0.009 0.001 79 Q 0.064 0.369 0.329 0.069 0.080 0.020 0.032 0.005 0.027 0.003 0.002 80 K 0.024 0.511 0.344 0.022 0.044 0.033 0.006 0.001 0.013 0.001 0.002 81 V 0.004 0.852 0.098 0.003 0.023 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 82 V 0.003 0.769 0.160 0.002 0.017 0.042 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 83 V 0.008 0.761 0.131 0.005 0.027 0.048 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 84 Y 0.019 0.642 0.122 0.015 0.117 0.038 0.004 0.001 0.039 0.001 0.001 85 D 0.043 0.243 0.322 0.043 0.097 0.129 0.038 0.002 0.074 0.007 0.001 86 Q 0.471 0.102 0.162 0.145 0.049 0.021 0.016 0.003 0.019 0.008 0.005 87 S 0.329 0.069 0.097 0.307 0.054 0.038 0.060 0.016 0.015 0.014 0.001 88 S 0.300 0.090 0.143 0.238 0.061 0.033 0.066 0.024 0.028 0.016 0.001 89 Q 0.652 0.066 0.135 0.090 0.015 0.013 0.013 0.003 0.008 0.004 0.001 90 D 0.497 0.066 0.163 0.142 0.028 0.051 0.028 0.004 0.016 0.004 0.001 91 V 0.681 0.073 0.089 0.111 0.015 0.011 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 92 A 0.745 0.054 0.073 0.069 0.021 0.012 0.013 0.002 0.009 0.002 0.001 93 S 0.688 0.054 0.077 0.109 0.023 0.017 0.016 0.002 0.012 0.002 0.001 94 L 0.568 0.079 0.099 0.188 0.022 0.015 0.011 0.002 0.015 0.002 0.001 95 S 0.478 0.079 0.187 0.112 0.037 0.038 0.030 0.004 0.029 0.006 0.001 96 S 0.849 0.015 0.055 0.053 0.006 0.010 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 97 D 0.846 0.007 0.031 0.081 0.006 0.012 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 98 C 0.922 0.010 0.014 0.037 0.004 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 99 F 0.983 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.991 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.992 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.990 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.991 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.956 0.002 0.004 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 G 0.903 0.002 0.006 0.043 0.006 0.001 0.019 0.014 0.001 0.004 0.001 106 K 0.804 0.013 0.025 0.140 0.004 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 107 L 0.819 0.020 0.052 0.079 0.006 0.007 0.011 0.001 0.006 0.001 0.001 108 E 0.734 0.034 0.054 0.126 0.009 0.013 0.020 0.001 0.007 0.001 0.001 109 K 0.506 0.046 0.096 0.261 0.021 0.016 0.035 0.005 0.011 0.003 0.001 110 S 0.270 0.073 0.130 0.314 0.038 0.027 0.086 0.029 0.018 0.014 0.001 111 F 0.179 0.131 0.216 0.242 0.035 0.033 0.108 0.018 0.027 0.009 0.001 112 N 0.145 0.203 0.282 0.172 0.061 0.027 0.070 0.011 0.017 0.010 0.002 113 S 0.077 0.286 0.265 0.129 0.116 0.054 0.040 0.006 0.022 0.004 0.002 114 V 0.028 0.727 0.148 0.021 0.047 0.018 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 115 H 0.013 0.815 0.107 0.004 0.027 0.024 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 116 L 0.017 0.628 0.247 0.004 0.015 0.074 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 117 L 0.057 0.534 0.245 0.018 0.047 0.050 0.003 0.001 0.045 0.001 0.001 118 A 0.077 0.360 0.280 0.056 0.096 0.033 0.040 0.002 0.052 0.003 0.001 119 G 0.052 0.024 0.098 0.027 0.120 0.009 0.116 0.234 0.004 0.316 0.001 120 G 0.176 0.023 0.127 0.044 0.132 0.029 0.040 0.159 0.005 0.264 0.001 121 F 0.843 0.037 0.070 0.028 0.009 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 122 A 0.969 0.006 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.976 0.003 0.002 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 F 0.963 0.010 0.005 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 125 S 0.969 0.009 0.005 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.960 0.004 0.003 0.019 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 127 C 0.638 0.012 0.015 0.326 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 128 F 0.156 0.079 0.216 0.031 0.023 0.012 0.018 0.001 0.459 0.005 0.001 129 P 0.718 0.001 0.221 0.030 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 130 G 0.432 0.012 0.049 0.163 0.025 0.018 0.052 0.221 0.003 0.024 0.001 131 L 0.441 0.101 0.216 0.178 0.024 0.022 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 132 C 0.291 0.228 0.204 0.134 0.036 0.030 0.017 0.002 0.053 0.004 0.001 133 E 0.231 0.107 0.313 0.183 0.037 0.027 0.071 0.003 0.018 0.007 0.003 134 G 0.026 0.012 0.036 0.034 0.081 0.009 0.050 0.479 0.003 0.269 0.001 135 K 0.133 0.242 0.390 0.108 0.067 0.022 0.011 0.003 0.019 0.004 0.002 136 S 0.119 0.254 0.386 0.107 0.041 0.047 0.017 0.003 0.020 0.004 0.002 137 T 0.102 0.411 0.283 0.065 0.063 0.034 0.011 0.001 0.024 0.002 0.003 138 L 0.099 0.281 0.411 0.075 0.037 0.064 0.007 0.001 0.016 0.001 0.008 139 V 0.014 0.451 0.316 0.004 0.033 0.012 0.003 0.001 0.164 0.001 0.001 140 P 0.084 0.011 0.806 0.010 0.004 0.035 0.001 0.001 0.004 0.001 0.045 141 T 0.132 0.313 0.326 0.087 0.053 0.038 0.011 0.007 0.028 0.002 0.002 142 C 0.110 0.242 0.420 0.074 0.061 0.043 0.012 0.003 0.027 0.005 0.003 143 I 0.217 0.272 0.321 0.085 0.041 0.027 0.010 0.001 0.022 0.002 0.004 144 S 0.153 0.170 0.349 0.157 0.038 0.079 0.021 0.003 0.020 0.003 0.006 145 Q 0.025 0.286 0.432 0.008 0.035 0.014 0.004 0.001 0.191 0.004 0.001 146 P 0.099 0.009 0.805 0.010 0.003 0.032 0.001 0.001 0.005 0.001 0.036 147 A 0.306 0.120 0.357 0.130 0.019 0.035 0.008 0.003 0.017 0.001 0.003 148 H 0.213 0.173 0.196 0.218 0.077 0.038 0.031 0.015 0.027 0.010 0.001 149 H 0.140 0.162 0.194 0.264 0.082 0.048 0.054 0.009 0.040 0.007 0.001 150 H 0.205 0.230 0.175 0.226 0.051 0.042 0.028 0.008 0.028 0.007 0.002 151 H 0.166 0.210 0.193 0.228 0.058 0.061 0.033 0.006 0.035 0.008 0.002 152 H 0.181 0.197 0.188 0.265 0.051 0.046 0.031 0.006 0.026 0.006 0.002 153 H 0.148 0.168 0.220 0.170 0.082 0.067 0.059 0.016 0.048 0.019 0.001