# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 384 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.243 0.125 0.039 0.014 0.379 0.014 0.017 0.038 0.020 0.050 0.063 2 I 0.170 0.178 0.055 0.024 0.329 0.027 0.035 0.053 0.024 0.047 0.059 3 G 0.186 0.139 0.065 0.042 0.248 0.031 0.028 0.072 0.038 0.077 0.074 4 T 0.085 0.221 0.079 0.025 0.226 0.029 0.042 0.146 0.072 0.046 0.029 5 Q 0.208 0.099 0.021 0.006 0.339 0.008 0.018 0.152 0.045 0.061 0.042 6 I 0.117 0.243 0.030 0.004 0.290 0.007 0.014 0.199 0.038 0.032 0.028 7 V 0.070 0.129 0.018 0.004 0.127 0.007 0.012 0.514 0.059 0.029 0.029 8 T 0.007 0.009 0.002 0.001 0.008 0.001 0.003 0.882 0.080 0.005 0.004 9 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.037 0.002 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.010 0.007 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.002 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.036 0.004 0.001 14 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.900 0.070 0.018 0.001 15 L 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.016 0.786 0.169 0.013 0.002 16 E 0.012 0.007 0.006 0.004 0.008 0.009 0.156 0.578 0.146 0.067 0.007 17 S 0.015 0.398 0.182 0.040 0.042 0.041 0.113 0.085 0.035 0.041 0.008 18 G 0.062 0.018 0.029 0.039 0.037 0.016 0.014 0.032 0.042 0.499 0.212 19 T 0.170 0.145 0.065 0.013 0.298 0.010 0.029 0.053 0.083 0.074 0.062 20 E 0.087 0.156 0.063 0.047 0.139 0.090 0.200 0.056 0.048 0.059 0.055 21 K 0.145 0.249 0.068 0.024 0.312 0.026 0.048 0.019 0.014 0.048 0.048 22 V 0.194 0.050 0.002 0.001 0.749 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.162 0.025 0.001 0.001 0.810 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 24 L 0.421 0.018 0.001 0.001 0.508 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 25 I 0.218 0.154 0.027 0.021 0.397 0.033 0.015 0.006 0.006 0.022 0.102 26 D 0.225 0.156 0.055 0.008 0.451 0.005 0.007 0.006 0.005 0.031 0.054 27 S 0.167 0.196 0.056 0.013 0.260 0.014 0.020 0.028 0.061 0.105 0.080 28 R 0.030 0.504 0.247 0.022 0.122 0.014 0.016 0.015 0.009 0.011 0.009 29 P 0.056 0.331 0.105 0.011 0.123 0.010 0.024 0.177 0.117 0.024 0.022 30 F 0.063 0.050 0.012 0.003 0.074 0.007 0.022 0.397 0.268 0.078 0.025 31 V 0.042 0.100 0.018 0.004 0.098 0.012 0.027 0.502 0.128 0.053 0.016 32 E 0.083 0.042 0.010 0.004 0.091 0.007 0.031 0.493 0.094 0.108 0.036 33 Y 0.046 0.106 0.026 0.006 0.087 0.011 0.025 0.521 0.090 0.059 0.022 34 N 0.058 0.042 0.021 0.015 0.068 0.024 0.052 0.477 0.116 0.087 0.039 35 T 0.051 0.054 0.024 0.012 0.061 0.012 0.025 0.487 0.164 0.077 0.032 36 S 0.029 0.073 0.033 0.017 0.055 0.026 0.068 0.517 0.115 0.048 0.019 37 H 0.099 0.088 0.039 0.006 0.110 0.009 0.040 0.333 0.080 0.150 0.046 38 I 0.162 0.066 0.013 0.007 0.132 0.010 0.022 0.321 0.104 0.090 0.074 39 L 0.019 0.083 0.034 0.080 0.042 0.139 0.265 0.254 0.058 0.015 0.011 40 E 0.055 0.026 0.036 0.069 0.046 0.041 0.046 0.171 0.096 0.288 0.125 41 A 0.213 0.126 0.020 0.003 0.294 0.005 0.029 0.125 0.085 0.062 0.040 42 I 0.117 0.172 0.032 0.014 0.390 0.032 0.056 0.104 0.035 0.022 0.028 43 N 0.330 0.046 0.011 0.006 0.352 0.009 0.018 0.052 0.024 0.063 0.088 44 I 0.059 0.270 0.142 0.035 0.190 0.041 0.048 0.091 0.034 0.050 0.039 45 N 0.111 0.218 0.152 0.028 0.200 0.015 0.036 0.087 0.028 0.068 0.057 46 C 0.050 0.171 0.059 0.009 0.084 0.008 0.015 0.339 0.179 0.056 0.031 47 S 0.005 0.034 0.015 0.008 0.012 0.014 0.032 0.679 0.178 0.019 0.005 48 K 0.008 0.017 0.005 0.001 0.012 0.002 0.010 0.740 0.153 0.047 0.005 49 L 0.004 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.812 0.130 0.029 0.002 50 M 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.826 0.130 0.015 0.002 51 K 0.006 0.006 0.002 0.001 0.006 0.002 0.024 0.813 0.109 0.028 0.003 52 R 0.012 0.051 0.015 0.002 0.023 0.004 0.030 0.677 0.118 0.063 0.006 53 R 0.025 0.037 0.013 0.003 0.035 0.004 0.024 0.549 0.220 0.076 0.015 54 L 0.020 0.029 0.009 0.002 0.028 0.005 0.045 0.562 0.225 0.064 0.012 55 Q 0.035 0.040 0.025 0.006 0.044 0.010 0.104 0.444 0.124 0.143 0.023 56 Q 0.049 0.153 0.080 0.022 0.094 0.025 0.046 0.292 0.091 0.116 0.031 57 D 0.055 0.152 0.083 0.021 0.107 0.019 0.034 0.306 0.105 0.085 0.033 58 K 0.036 0.048 0.023 0.009 0.050 0.010 0.025 0.445 0.206 0.113 0.034 59 V 0.062 0.127 0.024 0.004 0.133 0.008 0.026 0.442 0.087 0.066 0.022 60 L 0.079 0.091 0.016 0.004 0.128 0.008 0.027 0.479 0.086 0.053 0.029 61 I 0.089 0.042 0.008 0.003 0.096 0.008 0.030 0.506 0.127 0.059 0.032 62 T 0.042 0.060 0.016 0.007 0.080 0.017 0.039 0.536 0.151 0.035 0.016 63 E 0.054 0.050 0.014 0.003 0.082 0.007 0.047 0.514 0.148 0.060 0.020 64 L 0.087 0.098 0.018 0.002 0.140 0.006 0.045 0.374 0.111 0.092 0.029 65 I 0.101 0.180 0.045 0.008 0.191 0.015 0.041 0.250 0.063 0.065 0.041 66 Q 0.088 0.123 0.053 0.020 0.123 0.022 0.048 0.322 0.080 0.081 0.040 67 H 0.035 0.133 0.070 0.033 0.073 0.030 0.058 0.341 0.121 0.084 0.023 68 S 0.043 0.075 0.050 0.017 0.071 0.013 0.030 0.350 0.190 0.130 0.031 69 A 0.033 0.038 0.012 0.004 0.046 0.006 0.038 0.454 0.269 0.078 0.021 70 K 0.043 0.067 0.025 0.012 0.064 0.021 0.091 0.393 0.155 0.104 0.026 71 H 0.071 0.152 0.058 0.016 0.129 0.020 0.045 0.266 0.099 0.103 0.041 72 K 0.133 0.077 0.033 0.011 0.167 0.013 0.035 0.239 0.098 0.133 0.059 73 V 0.096 0.204 0.063 0.017 0.207 0.023 0.041 0.169 0.069 0.075 0.036 74 D 0.176 0.120 0.065 0.021 0.238 0.016 0.032 0.099 0.054 0.108 0.072 75 I 0.117 0.167 0.075 0.022 0.177 0.030 0.051 0.137 0.110 0.079 0.036 76 D 0.148 0.122 0.088 0.039 0.188 0.032 0.056 0.101 0.078 0.099 0.049 77 C 0.111 0.114 0.066 0.024 0.172 0.026 0.054 0.119 0.140 0.126 0.049 78 S 0.119 0.105 0.064 0.040 0.198 0.042 0.069 0.053 0.048 0.177 0.085 79 Q 0.140 0.310 0.088 0.017 0.299 0.018 0.029 0.014 0.013 0.033 0.038 80 K 0.207 0.111 0.008 0.002 0.648 0.004 0.007 0.002 0.001 0.003 0.007 81 V 0.166 0.033 0.001 0.001 0.799 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 V 0.233 0.015 0.001 0.001 0.746 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 83 V 0.385 0.035 0.004 0.001 0.469 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.097 84 Y 0.246 0.143 0.031 0.025 0.323 0.024 0.015 0.008 0.006 0.045 0.132 85 D 0.199 0.196 0.105 0.019 0.343 0.008 0.008 0.017 0.015 0.041 0.049 86 Q 0.055 0.119 0.050 0.032 0.093 0.039 0.067 0.210 0.221 0.075 0.038 87 S 0.073 0.172 0.085 0.039 0.121 0.043 0.077 0.110 0.064 0.169 0.047 88 S 0.105 0.181 0.089 0.022 0.154 0.014 0.018 0.147 0.087 0.115 0.067 89 Q 0.033 0.090 0.046 0.024 0.061 0.035 0.061 0.402 0.154 0.071 0.024 90 D 0.098 0.134 0.063 0.013 0.155 0.013 0.034 0.259 0.082 0.114 0.034 91 V 0.055 0.065 0.022 0.006 0.073 0.011 0.026 0.411 0.214 0.086 0.031 92 A 0.023 0.070 0.031 0.017 0.046 0.029 0.065 0.459 0.190 0.052 0.018 93 S 0.043 0.042 0.027 0.010 0.050 0.011 0.052 0.428 0.165 0.141 0.031 94 L 0.041 0.137 0.049 0.007 0.078 0.011 0.045 0.360 0.092 0.152 0.029 95 S 0.053 0.159 0.079 0.022 0.093 0.017 0.026 0.340 0.093 0.082 0.035 96 S 0.010 0.026 0.013 0.007 0.016 0.008 0.020 0.704 0.157 0.030 0.008 97 D 0.006 0.009 0.006 0.004 0.008 0.004 0.013 0.770 0.135 0.039 0.006 98 C 0.007 0.014 0.002 0.001 0.009 0.001 0.003 0.866 0.071 0.022 0.004 99 F 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.940 0.037 0.008 0.002 100 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.948 0.036 0.003 0.001 101 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.970 0.019 0.004 0.001 102 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.014 0.004 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.032 0.007 0.001 104 L 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.926 0.045 0.007 0.001 105 G 0.004 0.006 0.005 0.003 0.005 0.003 0.015 0.794 0.131 0.029 0.004 106 K 0.008 0.015 0.004 0.001 0.011 0.001 0.010 0.763 0.139 0.044 0.003 107 L 0.009 0.015 0.004 0.001 0.010 0.002 0.035 0.697 0.187 0.035 0.005 108 E 0.022 0.021 0.013 0.008 0.021 0.017 0.132 0.508 0.186 0.058 0.013 109 K 0.031 0.143 0.080 0.035 0.049 0.046 0.150 0.252 0.099 0.092 0.021 110 S 0.080 0.059 0.064 0.043 0.081 0.022 0.037 0.073 0.058 0.372 0.111 111 F 0.149 0.132 0.069 0.029 0.222 0.017 0.028 0.082 0.068 0.127 0.076 112 N 0.056 0.172 0.111 0.081 0.121 0.085 0.097 0.109 0.053 0.078 0.038 113 S 0.213 0.174 0.050 0.013 0.346 0.011 0.025 0.037 0.022 0.057 0.051 114 V 0.298 0.061 0.005 0.001 0.603 0.002 0.004 0.007 0.005 0.003 0.010 115 H 0.161 0.084 0.007 0.001 0.726 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.008 116 L 0.364 0.064 0.006 0.001 0.477 0.002 0.003 0.009 0.002 0.010 0.063 117 L 0.212 0.141 0.055 0.034 0.259 0.036 0.027 0.038 0.015 0.044 0.140 118 A 0.059 0.083 0.057 0.221 0.064 0.128 0.102 0.116 0.041 0.067 0.062 119 G 0.017 0.075 0.101 0.289 0.029 0.081 0.055 0.121 0.048 0.153 0.031 120 G 0.039 0.173 0.109 0.034 0.081 0.015 0.022 0.194 0.120 0.170 0.044 121 F 0.017 0.024 0.006 0.002 0.019 0.002 0.007 0.638 0.244 0.024 0.016 122 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.874 0.095 0.003 0.001 123 E 0.006 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.901 0.038 0.036 0.002 124 F 0.003 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.873 0.072 0.033 0.002 125 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.740 0.232 0.006 0.001 126 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.059 0.736 0.184 0.013 0.001 127 C 0.011 0.058 0.053 0.004 0.021 0.007 0.174 0.378 0.095 0.184 0.014 128 F 0.106 0.217 0.127 0.013 0.139 0.013 0.015 0.130 0.050 0.131 0.060 129 P 0.027 0.201 0.068 0.021 0.056 0.027 0.068 0.318 0.151 0.042 0.021 130 G 0.029 0.042 0.037 0.024 0.043 0.015 0.061 0.262 0.257 0.184 0.044 131 L 0.110 0.126 0.032 0.002 0.173 0.005 0.045 0.235 0.109 0.126 0.037 132 C 0.093 0.134 0.110 0.059 0.136 0.050 0.062 0.161 0.055 0.080 0.061 133 E 0.043 0.156 0.080 0.148 0.069 0.125 0.178 0.093 0.046 0.042 0.021 134 G 0.047 0.042 0.081 0.158 0.054 0.038 0.019 0.046 0.041 0.382 0.092 135 K 0.087 0.196 0.115 0.033 0.196 0.020 0.032 0.076 0.099 0.100 0.045 136 S 0.108 0.199 0.084 0.029 0.209 0.026 0.043 0.058 0.071 0.104 0.070 137 T 0.145 0.207 0.088 0.019 0.300 0.016 0.026 0.041 0.042 0.060 0.057 138 L 0.156 0.188 0.085 0.023 0.293 0.022 0.031 0.033 0.033 0.080 0.055 139 V 0.084 0.363 0.202 0.023 0.221 0.011 0.013 0.016 0.014 0.027 0.025 140 P 0.115 0.238 0.130 0.030 0.214 0.021 0.033 0.056 0.061 0.057 0.043 141 T 0.060 0.265 0.149 0.038 0.145 0.025 0.040 0.072 0.096 0.079 0.032 142 C 0.101 0.177 0.091 0.023 0.200 0.017 0.031 0.075 0.096 0.135 0.055 143 I 0.085 0.201 0.086 0.020 0.192 0.021 0.040 0.099 0.110 0.099 0.048 144 S 0.099 0.135 0.097 0.041 0.163 0.031 0.048 0.071 0.064 0.177 0.073 145 Q 0.067 0.313 0.211 0.036 0.165 0.018 0.020 0.043 0.037 0.061 0.030 146 P 0.083 0.209 0.141 0.031 0.164 0.019 0.033 0.110 0.101 0.068 0.040 147 A 0.059 0.112 0.057 0.024 0.097 0.023 0.056 0.215 0.209 0.110 0.037 148 H 0.056 0.087 0.054 0.050 0.092 0.044 0.074 0.152 0.121 0.215 0.054 149 H 0.098 0.128 0.108 0.041 0.164 0.022 0.033 0.108 0.081 0.163 0.054 150 H 0.077 0.109 0.074 0.039 0.138 0.034 0.051 0.148 0.137 0.146 0.046 151 H 0.100 0.174 0.107 0.029 0.212 0.022 0.039 0.109 0.080 0.090 0.037 152 H 0.088 0.116 0.073 0.033 0.142 0.032 0.045 0.131 0.114 0.166 0.061 153 H 0.098 0.257 0.148 0.021 0.228 0.014 0.021 0.064 0.046 0.066 0.036