# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 384 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.500 0.190 0.105 0.093 0.068 0.035 0.008 2 I 0.348 0.196 0.151 0.143 0.092 0.056 0.013 3 G 0.343 0.197 0.160 0.146 0.084 0.054 0.016 4 T 0.311 0.204 0.182 0.164 0.077 0.049 0.013 5 Q 0.471 0.227 0.124 0.092 0.050 0.028 0.008 6 I 0.216 0.123 0.131 0.180 0.172 0.131 0.047 7 V 0.177 0.136 0.123 0.153 0.162 0.178 0.072 8 T 0.144 0.134 0.167 0.226 0.180 0.115 0.033 9 E 0.271 0.324 0.200 0.119 0.059 0.023 0.004 10 R 0.114 0.184 0.207 0.232 0.165 0.084 0.014 11 L 0.067 0.086 0.130 0.227 0.284 0.181 0.024 12 V 0.145 0.259 0.258 0.196 0.101 0.037 0.003 13 A 0.182 0.258 0.240 0.186 0.101 0.032 0.002 14 L 0.094 0.148 0.223 0.272 0.195 0.065 0.003 15 L 0.108 0.169 0.273 0.252 0.160 0.038 0.001 16 E 0.377 0.366 0.163 0.069 0.021 0.003 0.001 17 S 0.519 0.323 0.098 0.044 0.014 0.002 0.001 18 G 0.464 0.299 0.139 0.071 0.024 0.003 0.001 19 T 0.412 0.344 0.152 0.067 0.021 0.004 0.001 20 E 0.194 0.334 0.253 0.157 0.051 0.010 0.001 21 K 0.026 0.116 0.287 0.352 0.166 0.049 0.003 22 V 0.002 0.004 0.012 0.036 0.229 0.592 0.125 23 L 0.001 0.003 0.011 0.034 0.115 0.449 0.387 24 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.244 0.721 25 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.188 0.786 26 D 0.001 0.001 0.002 0.004 0.030 0.204 0.760 27 S 0.001 0.003 0.006 0.020 0.066 0.341 0.563 28 R 0.008 0.033 0.074 0.160 0.276 0.320 0.129 29 P 0.037 0.109 0.141 0.197 0.265 0.220 0.031 30 F 0.053 0.139 0.226 0.236 0.231 0.107 0.008 31 V 0.206 0.329 0.192 0.148 0.094 0.030 0.002 32 E 0.194 0.312 0.219 0.153 0.095 0.025 0.001 33 Y 0.085 0.093 0.158 0.304 0.265 0.089 0.006 34 N 0.400 0.371 0.147 0.056 0.020 0.005 0.001 35 T 0.342 0.316 0.212 0.106 0.018 0.005 0.001 36 S 0.276 0.258 0.182 0.156 0.095 0.030 0.002 37 H 0.048 0.099 0.166 0.292 0.241 0.135 0.018 38 I 0.039 0.050 0.073 0.131 0.260 0.338 0.109 39 L 0.070 0.154 0.239 0.250 0.171 0.097 0.019 40 E 0.083 0.174 0.218 0.233 0.156 0.100 0.036 41 A 0.022 0.030 0.058 0.122 0.215 0.359 0.193 42 I 0.020 0.037 0.051 0.094 0.221 0.388 0.189 43 N 0.049 0.111 0.151 0.193 0.200 0.199 0.097 44 I 0.037 0.053 0.084 0.166 0.239 0.300 0.122 45 N 0.083 0.147 0.178 0.207 0.199 0.147 0.039 46 C 0.060 0.087 0.131 0.202 0.264 0.211 0.045 47 S 0.253 0.330 0.199 0.125 0.068 0.023 0.003 48 K 0.255 0.348 0.202 0.125 0.050 0.019 0.002 49 L 0.064 0.082 0.145 0.253 0.299 0.140 0.016 50 M 0.079 0.153 0.219 0.254 0.208 0.081 0.005 51 K 0.181 0.280 0.261 0.176 0.078 0.024 0.002 52 R 0.192 0.261 0.230 0.189 0.103 0.025 0.001 53 R 0.144 0.234 0.239 0.214 0.130 0.038 0.001 54 L 0.130 0.152 0.230 0.266 0.174 0.047 0.002 55 Q 0.393 0.316 0.183 0.079 0.023 0.005 0.001 56 Q 0.458 0.246 0.167 0.098 0.026 0.006 0.001 57 D 0.599 0.239 0.099 0.045 0.015 0.004 0.001 58 K 0.458 0.296 0.139 0.076 0.024 0.007 0.001 59 V 0.298 0.268 0.188 0.135 0.083 0.025 0.002 60 L 0.135 0.234 0.237 0.216 0.125 0.049 0.005 61 I 0.080 0.151 0.191 0.239 0.210 0.115 0.014 62 T 0.069 0.153 0.209 0.252 0.191 0.111 0.015 63 E 0.083 0.163 0.185 0.234 0.204 0.113 0.018 64 L 0.040 0.073 0.105 0.174 0.282 0.277 0.049 65 I 0.050 0.082 0.111 0.204 0.251 0.248 0.053 66 Q 0.080 0.144 0.203 0.233 0.194 0.126 0.020 67 H 0.173 0.230 0.229 0.212 0.111 0.041 0.004 68 S 0.418 0.300 0.138 0.078 0.047 0.017 0.002 69 A 0.325 0.253 0.184 0.141 0.069 0.026 0.003 70 K 0.352 0.265 0.200 0.117 0.047 0.017 0.002 71 H 0.226 0.261 0.221 0.181 0.080 0.028 0.002 72 K 0.162 0.254 0.249 0.200 0.098 0.035 0.002 73 V 0.072 0.107 0.175 0.280 0.251 0.109 0.005 74 D 0.164 0.343 0.247 0.141 0.077 0.027 0.001 75 I 0.068 0.128 0.238 0.320 0.189 0.055 0.003 76 D 0.189 0.350 0.227 0.130 0.083 0.019 0.001 77 C 0.078 0.188 0.275 0.279 0.141 0.037 0.003 78 S 0.091 0.252 0.251 0.196 0.156 0.051 0.004 79 Q 0.028 0.141 0.168 0.300 0.242 0.115 0.007 80 K 0.001 0.012 0.078 0.297 0.356 0.239 0.017 81 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.579 0.377 82 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.048 0.311 0.628 83 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.217 0.752 84 Y 0.001 0.001 0.005 0.014 0.075 0.324 0.582 85 D 0.001 0.003 0.008 0.021 0.125 0.499 0.344 86 Q 0.018 0.096 0.209 0.271 0.240 0.139 0.027 87 S 0.064 0.167 0.199 0.231 0.199 0.128 0.012 88 S 0.111 0.149 0.202 0.229 0.212 0.091 0.006 89 Q 0.221 0.257 0.241 0.165 0.080 0.033 0.003 90 D 0.221 0.304 0.215 0.151 0.078 0.029 0.002 91 V 0.152 0.162 0.185 0.233 0.184 0.076 0.006 92 A 0.231 0.278 0.226 0.157 0.080 0.027 0.002 93 S 0.209 0.317 0.234 0.148 0.067 0.022 0.002 94 L 0.067 0.089 0.139 0.247 0.311 0.134 0.014 95 S 0.119 0.224 0.226 0.223 0.133 0.069 0.007 96 S 0.185 0.265 0.270 0.173 0.068 0.035 0.005 97 D 0.131 0.227 0.290 0.234 0.081 0.032 0.006 98 C 0.024 0.052 0.081 0.165 0.342 0.285 0.053 99 F 0.015 0.043 0.067 0.153 0.253 0.367 0.103 100 L 0.010 0.032 0.059 0.121 0.215 0.420 0.143 101 T 0.018 0.058 0.131 0.218 0.238 0.229 0.109 102 V 0.006 0.014 0.027 0.058 0.189 0.411 0.294 103 L 0.007 0.029 0.053 0.110 0.244 0.395 0.161 104 L 0.017 0.065 0.147 0.252 0.264 0.215 0.041 105 G 0.062 0.195 0.252 0.243 0.165 0.077 0.007 106 K 0.059 0.147 0.213 0.250 0.228 0.096 0.007 107 L 0.038 0.084 0.164 0.271 0.304 0.132 0.007 108 E 0.260 0.320 0.233 0.128 0.047 0.012 0.001 109 K 0.372 0.341 0.174 0.082 0.025 0.006 0.001 110 S 0.278 0.317 0.184 0.136 0.066 0.018 0.001 111 F 0.045 0.100 0.216 0.329 0.220 0.085 0.005 112 N 0.157 0.317 0.254 0.168 0.076 0.026 0.002 113 S 0.044 0.161 0.269 0.294 0.155 0.069 0.009 114 V 0.007 0.016 0.030 0.084 0.305 0.468 0.091 115 H 0.007 0.060 0.179 0.316 0.264 0.157 0.017 116 L 0.007 0.029 0.073 0.168 0.288 0.325 0.110 117 L 0.003 0.013 0.031 0.081 0.239 0.490 0.142 118 A 0.020 0.101 0.229 0.346 0.214 0.082 0.008 119 G 0.061 0.240 0.276 0.233 0.131 0.053 0.006 120 G 0.014 0.048 0.095 0.203 0.317 0.288 0.035 121 F 0.012 0.034 0.091 0.217 0.375 0.250 0.021 122 A 0.126 0.377 0.313 0.134 0.038 0.011 0.001 123 E 0.088 0.228 0.327 0.250 0.088 0.018 0.002 124 F 0.026 0.032 0.049 0.134 0.358 0.361 0.039 125 S 0.051 0.170 0.263 0.311 0.156 0.047 0.002 126 R 0.254 0.411 0.209 0.091 0.027 0.009 0.001 127 C 0.064 0.153 0.246 0.317 0.172 0.045 0.003 128 F 0.039 0.067 0.107 0.207 0.357 0.209 0.014 129 P 0.139 0.283 0.295 0.183 0.079 0.021 0.001 130 G 0.295 0.421 0.189 0.073 0.019 0.004 0.001 131 L 0.047 0.080 0.155 0.298 0.295 0.119 0.007 132 C 0.064 0.107 0.208 0.303 0.247 0.068 0.003 133 E 0.424 0.373 0.131 0.051 0.016 0.004 0.001 134 G 0.555 0.303 0.088 0.040 0.012 0.002 0.001 135 K 0.421 0.274 0.162 0.102 0.032 0.008 0.001 136 S 0.297 0.265 0.209 0.147 0.061 0.019 0.002 137 T 0.196 0.196 0.210 0.203 0.134 0.054 0.006 138 L 0.159 0.157 0.180 0.207 0.181 0.102 0.013 139 V 0.171 0.207 0.183 0.182 0.155 0.090 0.012 140 P 0.213 0.205 0.192 0.178 0.138 0.066 0.009 141 T 0.326 0.279 0.173 0.125 0.069 0.025 0.003 142 C 0.343 0.254 0.194 0.124 0.060 0.022 0.002 143 I 0.301 0.184 0.189 0.190 0.099 0.033 0.003 144 S 0.606 0.255 0.084 0.035 0.014 0.005 0.001 145 Q 0.566 0.216 0.110 0.074 0.025 0.007 0.001 146 P 0.708 0.205 0.054 0.022 0.009 0.003 0.001 147 A 0.529 0.209 0.133 0.088 0.030 0.010 0.001 148 H 0.597 0.212 0.103 0.053 0.025 0.009 0.001 149 H 0.471 0.231 0.140 0.093 0.043 0.020 0.003 150 H 0.422 0.168 0.135 0.118 0.092 0.054 0.009 151 H 0.485 0.229 0.128 0.084 0.044 0.026 0.005 152 H 0.523 0.179 0.105 0.090 0.058 0.035 0.009 153 H 0.646 0.171 0.079 0.052 0.030 0.017 0.004