# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 384 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.260 0.094 0.100 0.110 0.129 0.113 0.078 0.051 0.032 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 2 I 0.181 0.098 0.112 0.133 0.139 0.119 0.086 0.058 0.033 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 3 G 0.173 0.084 0.087 0.123 0.140 0.123 0.089 0.077 0.047 0.028 0.016 0.007 0.003 0.002 4 T 0.138 0.079 0.080 0.106 0.137 0.137 0.118 0.080 0.053 0.033 0.021 0.010 0.004 0.002 5 Q 0.242 0.134 0.127 0.126 0.123 0.090 0.064 0.041 0.026 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 6 I 0.138 0.056 0.067 0.096 0.139 0.141 0.114 0.097 0.070 0.039 0.024 0.013 0.005 0.002 7 V 0.086 0.053 0.070 0.113 0.150 0.168 0.135 0.108 0.057 0.033 0.017 0.007 0.002 0.001 8 T 0.078 0.061 0.074 0.116 0.174 0.144 0.120 0.096 0.064 0.039 0.020 0.009 0.003 0.002 9 E 0.312 0.189 0.150 0.130 0.088 0.058 0.036 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 10 R 0.137 0.113 0.144 0.178 0.165 0.118 0.069 0.038 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 11 L 0.058 0.041 0.064 0.109 0.175 0.187 0.147 0.123 0.054 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 12 V 0.184 0.197 0.183 0.182 0.116 0.073 0.030 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 13 A 0.436 0.206 0.131 0.093 0.060 0.035 0.021 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.091 0.087 0.140 0.214 0.206 0.136 0.069 0.034 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 15 L 0.161 0.117 0.148 0.179 0.179 0.112 0.058 0.028 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.616 0.211 0.080 0.050 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 S 0.466 0.176 0.135 0.104 0.063 0.029 0.020 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.391 0.223 0.142 0.115 0.065 0.032 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.266 0.248 0.179 0.164 0.077 0.035 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.134 0.196 0.168 0.209 0.117 0.078 0.058 0.020 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.010 0.017 0.054 0.093 0.211 0.230 0.171 0.115 0.064 0.019 0.008 0.004 0.003 0.001 22 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 0.044 0.111 0.145 0.178 0.183 0.183 0.086 0.034 0.010 23 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.012 0.026 0.066 0.136 0.226 0.213 0.173 0.079 0.057 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.041 0.134 0.209 0.283 0.195 0.121 25 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.027 0.088 0.164 0.206 0.214 0.216 0.066 26 D 0.002 0.003 0.004 0.013 0.027 0.036 0.064 0.133 0.205 0.159 0.143 0.109 0.054 0.048 27 S 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.019 0.047 0.077 0.124 0.217 0.227 0.142 0.058 0.072 28 R 0.005 0.017 0.034 0.070 0.099 0.135 0.147 0.175 0.125 0.082 0.057 0.034 0.014 0.007 29 P 0.023 0.062 0.106 0.131 0.168 0.138 0.122 0.091 0.081 0.045 0.019 0.008 0.004 0.002 30 F 0.036 0.060 0.103 0.148 0.175 0.162 0.111 0.094 0.067 0.028 0.010 0.003 0.002 0.001 31 V 0.175 0.138 0.159 0.166 0.143 0.099 0.056 0.032 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 32 E 0.399 0.208 0.136 0.101 0.065 0.039 0.027 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.180 0.093 0.123 0.151 0.167 0.123 0.079 0.045 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 34 N 0.287 0.183 0.141 0.148 0.099 0.062 0.041 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 35 T 0.298 0.161 0.149 0.137 0.098 0.072 0.037 0.021 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 36 S 0.201 0.094 0.098 0.124 0.134 0.129 0.095 0.054 0.035 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 37 H 0.074 0.070 0.103 0.130 0.150 0.150 0.116 0.091 0.049 0.033 0.018 0.009 0.005 0.002 38 I 0.053 0.031 0.038 0.060 0.102 0.130 0.129 0.150 0.120 0.084 0.057 0.029 0.012 0.006 39 L 0.076 0.067 0.078 0.111 0.123 0.127 0.112 0.100 0.079 0.054 0.039 0.021 0.009 0.005 40 E 0.138 0.093 0.106 0.124 0.117 0.106 0.105 0.073 0.059 0.033 0.021 0.012 0.008 0.004 41 A 0.037 0.021 0.031 0.042 0.072 0.112 0.141 0.147 0.136 0.100 0.078 0.050 0.023 0.009 42 I 0.040 0.033 0.041 0.064 0.104 0.136 0.172 0.158 0.102 0.069 0.045 0.023 0.010 0.005 43 N 0.082 0.072 0.091 0.123 0.152 0.123 0.101 0.096 0.066 0.046 0.026 0.013 0.006 0.003 44 I 0.098 0.062 0.074 0.101 0.149 0.130 0.106 0.101 0.080 0.045 0.029 0.015 0.006 0.003 45 N 0.092 0.085 0.121 0.174 0.163 0.142 0.099 0.060 0.033 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 46 C 0.061 0.055 0.086 0.131 0.178 0.161 0.129 0.091 0.059 0.032 0.011 0.005 0.002 0.001 47 S 0.359 0.227 0.153 0.112 0.066 0.042 0.021 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.459 0.267 0.128 0.066 0.040 0.019 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.084 0.074 0.133 0.186 0.212 0.154 0.075 0.046 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 50 M 0.133 0.105 0.151 0.203 0.174 0.120 0.063 0.030 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.581 0.202 0.095 0.057 0.029 0.016 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.463 0.219 0.128 0.086 0.054 0.026 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.237 0.195 0.165 0.156 0.114 0.067 0.041 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.181 0.101 0.157 0.188 0.170 0.109 0.056 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.679 0.139 0.067 0.057 0.031 0.013 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.565 0.152 0.108 0.085 0.046 0.022 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 D 0.575 0.179 0.100 0.069 0.038 0.019 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.380 0.204 0.148 0.105 0.077 0.043 0.025 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.259 0.129 0.132 0.143 0.129 0.094 0.059 0.027 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 60 L 0.154 0.107 0.128 0.151 0.161 0.114 0.084 0.048 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 61 I 0.093 0.072 0.089 0.121 0.157 0.146 0.115 0.086 0.056 0.032 0.019 0.008 0.004 0.002 62 T 0.125 0.102 0.106 0.118 0.131 0.116 0.099 0.079 0.057 0.032 0.019 0.010 0.005 0.002 63 E 0.133 0.097 0.094 0.122 0.138 0.107 0.092 0.081 0.065 0.036 0.020 0.009 0.005 0.002 64 L 0.049 0.037 0.057 0.086 0.125 0.140 0.129 0.129 0.095 0.071 0.044 0.023 0.010 0.004 65 I 0.052 0.054 0.086 0.126 0.160 0.153 0.127 0.103 0.061 0.042 0.022 0.010 0.004 0.002 66 Q 0.131 0.122 0.130 0.144 0.140 0.111 0.088 0.056 0.041 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 67 H 0.229 0.163 0.143 0.135 0.118 0.083 0.061 0.030 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 68 S 0.367 0.252 0.140 0.094 0.062 0.035 0.028 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.311 0.183 0.145 0.124 0.103 0.061 0.038 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 70 K 0.336 0.201 0.135 0.118 0.092 0.051 0.036 0.015 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 H 0.283 0.153 0.133 0.136 0.119 0.074 0.047 0.026 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 72 K 0.235 0.169 0.146 0.150 0.122 0.075 0.051 0.025 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 73 V 0.100 0.076 0.122 0.148 0.172 0.146 0.102 0.065 0.035 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 74 D 0.247 0.193 0.145 0.134 0.121 0.066 0.048 0.023 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 75 I 0.178 0.112 0.128 0.155 0.154 0.118 0.064 0.042 0.026 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 76 D 0.248 0.201 0.148 0.141 0.101 0.065 0.059 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 77 C 0.064 0.093 0.146 0.185 0.178 0.139 0.080 0.057 0.031 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 78 S 0.091 0.146 0.131 0.200 0.147 0.110 0.082 0.043 0.029 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 79 Q 0.022 0.047 0.072 0.122 0.138 0.153 0.161 0.116 0.093 0.037 0.020 0.009 0.007 0.003 80 K 0.003 0.004 0.012 0.035 0.083 0.118 0.162 0.180 0.183 0.087 0.064 0.040 0.020 0.011 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.023 0.041 0.092 0.207 0.258 0.213 0.109 0.045 82 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.032 0.086 0.178 0.224 0.237 0.148 0.073 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.017 0.063 0.170 0.217 0.246 0.178 0.097 84 Y 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.014 0.031 0.065 0.121 0.201 0.206 0.151 0.120 0.075 85 D 0.003 0.007 0.010 0.024 0.043 0.059 0.089 0.141 0.155 0.175 0.130 0.080 0.046 0.039 86 Q 0.012 0.030 0.047 0.084 0.106 0.113 0.113 0.119 0.142 0.109 0.066 0.030 0.013 0.014 87 S 0.042 0.077 0.106 0.131 0.136 0.135 0.120 0.087 0.080 0.044 0.023 0.011 0.005 0.003 88 S 0.101 0.119 0.136 0.144 0.136 0.121 0.100 0.056 0.051 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 89 Q 0.245 0.174 0.169 0.134 0.101 0.070 0.049 0.025 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 90 D 0.287 0.188 0.146 0.133 0.101 0.061 0.041 0.020 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 91 V 0.122 0.082 0.123 0.142 0.157 0.146 0.106 0.060 0.033 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 92 A 0.324 0.186 0.136 0.118 0.093 0.059 0.039 0.020 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 93 S 0.298 0.189 0.137 0.119 0.097 0.062 0.039 0.025 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 94 L 0.078 0.062 0.102 0.142 0.168 0.161 0.123 0.077 0.043 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 95 S 0.135 0.130 0.138 0.143 0.146 0.110 0.085 0.053 0.030 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 96 S 0.205 0.144 0.120 0.116 0.119 0.096 0.069 0.053 0.039 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 97 D 0.154 0.136 0.114 0.131 0.128 0.103 0.085 0.061 0.045 0.021 0.012 0.006 0.004 0.001 98 C 0.046 0.036 0.059 0.082 0.125 0.142 0.142 0.129 0.092 0.064 0.040 0.026 0.012 0.004 99 F 0.045 0.042 0.056 0.092 0.138 0.142 0.131 0.128 0.089 0.062 0.041 0.019 0.009 0.005 100 L 0.041 0.034 0.040 0.059 0.095 0.109 0.118 0.139 0.126 0.102 0.072 0.039 0.018 0.009 101 T 0.071 0.062 0.072 0.113 0.143 0.122 0.106 0.106 0.085 0.053 0.036 0.018 0.009 0.005 102 V 0.043 0.026 0.036 0.048 0.073 0.097 0.106 0.122 0.137 0.122 0.095 0.059 0.025 0.010 103 L 0.042 0.043 0.065 0.107 0.142 0.152 0.141 0.128 0.077 0.052 0.028 0.014 0.006 0.003 104 L 0.062 0.066 0.088 0.118 0.142 0.137 0.114 0.095 0.076 0.054 0.028 0.013 0.005 0.003 105 G 0.243 0.195 0.153 0.129 0.102 0.069 0.049 0.026 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 106 K 0.191 0.185 0.165 0.159 0.128 0.076 0.045 0.023 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 107 L 0.102 0.086 0.134 0.174 0.195 0.145 0.082 0.046 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 108 E 0.433 0.229 0.127 0.092 0.058 0.030 0.018 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.429 0.223 0.132 0.095 0.056 0.031 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.258 0.194 0.159 0.140 0.108 0.064 0.043 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.091 0.080 0.117 0.162 0.184 0.153 0.102 0.059 0.028 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 112 N 0.152 0.143 0.125 0.153 0.128 0.101 0.079 0.051 0.033 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 113 S 0.086 0.085 0.102 0.142 0.169 0.128 0.096 0.080 0.057 0.026 0.014 0.007 0.005 0.002 114 V 0.018 0.013 0.022 0.029 0.056 0.093 0.127 0.143 0.146 0.127 0.106 0.073 0.035 0.010 115 H 0.041 0.034 0.046 0.077 0.108 0.113 0.126 0.142 0.119 0.085 0.058 0.030 0.016 0.007 116 L 0.037 0.022 0.027 0.048 0.064 0.080 0.088 0.122 0.132 0.132 0.114 0.078 0.035 0.022 117 L 0.018 0.019 0.023 0.028 0.051 0.075 0.106 0.127 0.132 0.152 0.122 0.080 0.042 0.025 118 A 0.057 0.061 0.083 0.123 0.124 0.127 0.103 0.104 0.085 0.058 0.038 0.021 0.010 0.005 119 G 0.062 0.045 0.050 0.078 0.122 0.121 0.117 0.108 0.120 0.081 0.048 0.029 0.012 0.007 120 G 0.062 0.071 0.095 0.131 0.143 0.152 0.136 0.091 0.049 0.032 0.020 0.011 0.004 0.003 121 F 0.037 0.038 0.062 0.098 0.154 0.150 0.142 0.123 0.085 0.053 0.032 0.016 0.007 0.003 122 A 0.318 0.181 0.135 0.111 0.091 0.059 0.045 0.025 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 123 E 0.203 0.140 0.150 0.173 0.139 0.084 0.047 0.028 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 124 F 0.050 0.037 0.062 0.097 0.157 0.183 0.169 0.117 0.066 0.039 0.014 0.006 0.003 0.001 125 S 0.153 0.168 0.181 0.179 0.134 0.094 0.041 0.024 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 126 R 0.499 0.223 0.109 0.060 0.038 0.026 0.021 0.009 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 127 C 0.093 0.083 0.118 0.171 0.200 0.140 0.086 0.056 0.029 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 128 F 0.073 0.061 0.086 0.133 0.180 0.163 0.134 0.088 0.042 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 129 P 0.248 0.180 0.146 0.129 0.109 0.075 0.051 0.031 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 130 G 0.400 0.212 0.126 0.098 0.070 0.037 0.023 0.014 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 131 L 0.085 0.047 0.080 0.136 0.174 0.174 0.125 0.086 0.047 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 132 C 0.081 0.061 0.094 0.139 0.186 0.164 0.123 0.078 0.037 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 133 E 0.278 0.173 0.135 0.131 0.099 0.070 0.050 0.029 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 134 G 0.296 0.180 0.138 0.126 0.092 0.063 0.050 0.025 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 135 K 0.173 0.122 0.126 0.150 0.143 0.108 0.077 0.044 0.029 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 136 S 0.153 0.099 0.116 0.133 0.141 0.120 0.088 0.063 0.042 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 137 T 0.122 0.074 0.087 0.115 0.132 0.130 0.105 0.091 0.066 0.038 0.022 0.010 0.006 0.002 138 L 0.067 0.045 0.063 0.089 0.122 0.129 0.121 0.118 0.090 0.068 0.046 0.026 0.011 0.005 139 V 0.064 0.059 0.073 0.105 0.130 0.132 0.118 0.110 0.076 0.060 0.039 0.020 0.009 0.005 140 P 0.093 0.081 0.093 0.104 0.118 0.119 0.100 0.098 0.076 0.054 0.034 0.018 0.009 0.004 141 T 0.142 0.112 0.106 0.122 0.129 0.108 0.087 0.075 0.052 0.033 0.019 0.008 0.004 0.002 142 C 0.100 0.090 0.110 0.144 0.142 0.130 0.095 0.076 0.054 0.031 0.016 0.007 0.004 0.002 143 I 0.109 0.086 0.114 0.147 0.161 0.143 0.101 0.065 0.037 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 144 S 0.326 0.204 0.137 0.110 0.080 0.053 0.044 0.020 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 145 Q 0.272 0.156 0.145 0.138 0.114 0.073 0.044 0.026 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 146 P 0.457 0.196 0.111 0.093 0.059 0.035 0.026 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.256 0.118 0.137 0.136 0.122 0.094 0.064 0.035 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 148 H 0.300 0.151 0.128 0.131 0.104 0.073 0.052 0.028 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 149 H 0.239 0.123 0.124 0.124 0.123 0.095 0.065 0.045 0.030 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 150 H 0.184 0.100 0.107 0.119 0.129 0.117 0.087 0.061 0.043 0.026 0.016 0.007 0.004 0.002 151 H 0.187 0.098 0.107 0.111 0.128 0.109 0.086 0.067 0.043 0.030 0.017 0.010 0.004 0.002 152 H 0.168 0.088 0.095 0.114 0.137 0.118 0.088 0.072 0.049 0.033 0.021 0.010 0.005 0.002 153 H 0.180 0.095 0.095 0.113 0.138 0.112 0.086 0.067 0.046 0.032 0.020 0.010 0.004 0.002