# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3182 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.024 0.733 0.006 0.004 0.005 0.001 0.001 0.042 0.072 0.004 0.089 0.017 2 I 0.001 0.010 0.826 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.051 0.049 0.015 0.004 0.036 3 G 0.001 0.011 0.655 0.016 0.040 0.018 0.002 0.003 0.062 0.127 0.032 0.018 0.016 4 T 0.002 0.009 0.373 0.008 0.058 0.040 0.004 0.004 0.207 0.169 0.067 0.034 0.026 5 Q 0.003 0.049 0.342 0.002 0.050 0.054 0.005 0.008 0.282 0.067 0.059 0.011 0.067 6 I 0.001 0.062 0.492 0.001 0.003 0.028 0.002 0.004 0.299 0.046 0.002 0.044 0.016 7 V 0.001 0.009 0.877 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.018 0.043 0.001 0.002 0.023 8 T 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.930 0.001 0.001 0.001 0.003 0.056 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.031 0.001 0.058 0.607 0.001 0.001 0.001 0.017 0.285 0.001 0.001 17 S 0.001 0.001 0.025 0.001 0.032 0.129 0.001 0.001 0.001 0.049 0.765 0.001 0.001 18 G 0.001 0.001 0.103 0.001 0.017 0.013 0.001 0.001 0.001 0.104 0.761 0.001 0.001 19 T 0.001 0.003 0.648 0.002 0.048 0.006 0.001 0.001 0.007 0.122 0.160 0.001 0.002 20 E 0.001 0.006 0.325 0.019 0.046 0.005 0.001 0.001 0.048 0.309 0.231 0.005 0.005 21 K 0.004 0.011 0.324 0.036 0.010 0.002 0.004 0.009 0.200 0.285 0.076 0.018 0.021 22 V 0.018 0.002 0.041 0.008 0.001 0.001 0.058 0.171 0.643 0.014 0.001 0.010 0.033 23 L 0.019 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.117 0.655 0.190 0.001 0.001 0.007 0.003 24 L 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.818 0.092 0.001 0.001 0.001 0.003 25 I 0.021 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.124 0.740 0.103 0.001 0.001 0.002 0.003 26 D 0.029 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.101 0.330 0.467 0.006 0.002 0.030 0.012 27 S 0.025 0.014 0.293 0.008 0.004 0.003 0.035 0.064 0.345 0.078 0.032 0.010 0.087 28 R 0.003 0.010 0.577 0.006 0.003 0.004 0.002 0.002 0.088 0.214 0.016 0.069 0.007 29 P 0.001 0.013 0.520 0.003 0.027 0.039 0.001 0.001 0.018 0.232 0.089 0.002 0.054 30 F 0.002 0.011 0.227 0.008 0.261 0.262 0.001 0.001 0.003 0.074 0.136 0.008 0.008 31 V 0.005 0.006 0.060 0.005 0.352 0.383 0.001 0.001 0.001 0.033 0.135 0.007 0.012 32 E 0.011 0.012 0.066 0.002 0.214 0.526 0.001 0.001 0.002 0.022 0.110 0.008 0.026 33 Y 0.011 0.012 0.062 0.008 0.165 0.568 0.002 0.001 0.003 0.025 0.113 0.010 0.020 34 N 0.010 0.010 0.124 0.009 0.132 0.379 0.001 0.001 0.004 0.064 0.215 0.018 0.033 35 T 0.009 0.007 0.112 0.011 0.195 0.302 0.001 0.001 0.005 0.076 0.220 0.019 0.042 36 S 0.009 0.012 0.133 0.010 0.139 0.150 0.002 0.001 0.008 0.142 0.316 0.037 0.040 37 H 0.011 0.040 0.243 0.008 0.093 0.153 0.003 0.004 0.021 0.162 0.170 0.032 0.059 38 I 0.006 0.029 0.496 0.011 0.038 0.095 0.003 0.003 0.035 0.146 0.069 0.024 0.046 39 L 0.003 0.009 0.158 0.049 0.211 0.140 0.002 0.001 0.011 0.080 0.314 0.009 0.014 40 E 0.003 0.007 0.071 0.026 0.142 0.089 0.001 0.003 0.013 0.138 0.485 0.014 0.008 41 A 0.022 0.011 0.204 0.016 0.155 0.095 0.015 0.030 0.065 0.176 0.066 0.019 0.125 42 I 0.045 0.016 0.128 0.010 0.045 0.065 0.051 0.066 0.256 0.093 0.062 0.108 0.056 43 N 0.038 0.079 0.207 0.010 0.030 0.048 0.032 0.049 0.194 0.074 0.094 0.028 0.117 44 I 0.007 0.054 0.501 0.006 0.005 0.026 0.005 0.010 0.138 0.134 0.021 0.075 0.019 45 N 0.001 0.009 0.829 0.002 0.002 0.023 0.001 0.001 0.020 0.082 0.008 0.003 0.021 46 C 0.001 0.002 0.045 0.001 0.035 0.873 0.001 0.001 0.002 0.021 0.020 0.001 0.001 47 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.100 0.861 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.089 0.889 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.031 0.937 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 50 M 0.001 0.001 0.007 0.001 0.033 0.899 0.001 0.001 0.001 0.003 0.055 0.001 0.001 51 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.051 0.862 0.001 0.001 0.001 0.006 0.067 0.001 0.002 52 R 0.001 0.002 0.043 0.001 0.047 0.753 0.001 0.001 0.001 0.049 0.095 0.002 0.006 53 R 0.001 0.004 0.140 0.001 0.037 0.583 0.001 0.001 0.001 0.043 0.176 0.006 0.006 54 L 0.001 0.009 0.178 0.001 0.044 0.411 0.001 0.001 0.003 0.050 0.291 0.003 0.009 55 Q 0.001 0.004 0.201 0.002 0.038 0.420 0.001 0.001 0.003 0.086 0.238 0.005 0.003 56 Q 0.001 0.002 0.070 0.002 0.041 0.293 0.001 0.001 0.001 0.083 0.501 0.001 0.003 57 D 0.001 0.007 0.145 0.004 0.055 0.215 0.001 0.001 0.003 0.213 0.341 0.010 0.005 58 K 0.003 0.018 0.275 0.003 0.061 0.336 0.001 0.001 0.014 0.119 0.121 0.008 0.039 59 V 0.005 0.034 0.314 0.004 0.023 0.355 0.002 0.002 0.032 0.102 0.062 0.036 0.028 60 L 0.004 0.026 0.435 0.006 0.019 0.293 0.002 0.002 0.025 0.069 0.047 0.021 0.051 61 I 0.002 0.011 0.282 0.005 0.028 0.550 0.001 0.001 0.009 0.045 0.034 0.010 0.022 62 T 0.001 0.001 0.031 0.002 0.038 0.896 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.002 0.003 63 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.033 0.930 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.021 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.002 65 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 66 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 67 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 68 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 70 K 0.001 0.001 0.019 0.001 0.031 0.842 0.001 0.001 0.001 0.008 0.096 0.001 0.001 71 H 0.001 0.002 0.038 0.001 0.045 0.733 0.001 0.001 0.001 0.022 0.155 0.001 0.002 72 K 0.001 0.004 0.131 0.001 0.080 0.541 0.001 0.001 0.004 0.048 0.177 0.004 0.008 73 V 0.002 0.009 0.227 0.003 0.099 0.236 0.001 0.001 0.006 0.101 0.291 0.009 0.016 74 D 0.002 0.019 0.378 0.003 0.057 0.079 0.001 0.001 0.010 0.167 0.246 0.022 0.016 75 I 0.002 0.030 0.596 0.002 0.031 0.034 0.001 0.001 0.010 0.155 0.089 0.011 0.038 76 D 0.001 0.009 0.729 0.005 0.029 0.011 0.001 0.001 0.008 0.109 0.074 0.012 0.013 77 C 0.001 0.004 0.137 0.011 0.119 0.014 0.001 0.001 0.006 0.152 0.539 0.008 0.010 78 S 0.001 0.004 0.182 0.020 0.027 0.002 0.001 0.001 0.009 0.159 0.580 0.005 0.011 79 Q 0.005 0.008 0.489 0.026 0.004 0.001 0.003 0.003 0.084 0.266 0.023 0.074 0.013 80 K 0.023 0.009 0.186 0.012 0.001 0.001 0.047 0.079 0.463 0.049 0.005 0.021 0.106 81 V 0.067 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.137 0.519 0.205 0.003 0.001 0.036 0.019 82 V 0.060 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.203 0.621 0.098 0.001 0.001 0.006 0.008 83 V 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.563 0.091 0.001 0.001 0.005 0.009 84 Y 0.075 0.003 0.047 0.007 0.001 0.001 0.112 0.362 0.320 0.006 0.001 0.037 0.029 85 D 0.020 0.009 0.477 0.004 0.002 0.001 0.014 0.020 0.240 0.091 0.014 0.021 0.086 86 Q 0.002 0.007 0.355 0.004 0.014 0.007 0.001 0.003 0.033 0.291 0.267 0.006 0.010 87 S 0.001 0.010 0.285 0.003 0.055 0.012 0.001 0.001 0.006 0.297 0.322 0.004 0.004 88 S 0.001 0.010 0.314 0.002 0.090 0.025 0.001 0.001 0.002 0.333 0.214 0.004 0.005 89 Q 0.003 0.016 0.238 0.002 0.178 0.095 0.001 0.001 0.001 0.194 0.260 0.004 0.007 90 D 0.004 0.032 0.210 0.003 0.161 0.192 0.001 0.001 0.002 0.117 0.262 0.006 0.011 91 V 0.006 0.036 0.266 0.005 0.135 0.209 0.002 0.001 0.003 0.119 0.181 0.010 0.027 92 A 0.004 0.023 0.323 0.005 0.073 0.190 0.001 0.001 0.003 0.163 0.174 0.021 0.019 93 S 0.002 0.019 0.236 0.003 0.058 0.247 0.001 0.001 0.003 0.160 0.243 0.009 0.020 94 L 0.001 0.019 0.191 0.002 0.049 0.440 0.001 0.001 0.003 0.122 0.153 0.009 0.011 95 S 0.001 0.013 0.169 0.001 0.031 0.597 0.001 0.001 0.003 0.088 0.078 0.005 0.013 96 S 0.001 0.003 0.064 0.001 0.014 0.856 0.001 0.001 0.001 0.028 0.029 0.001 0.002 97 D 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 98 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.892 0.001 0.001 0.001 0.004 0.093 0.001 0.001 105 G 0.001 0.001 0.037 0.001 0.010 0.417 0.001 0.001 0.001 0.054 0.481 0.001 0.001 106 K 0.001 0.003 0.251 0.001 0.048 0.475 0.001 0.001 0.001 0.068 0.150 0.001 0.002 107 L 0.001 0.003 0.115 0.001 0.184 0.380 0.001 0.001 0.001 0.052 0.261 0.001 0.003 108 E 0.001 0.004 0.111 0.002 0.338 0.235 0.001 0.001 0.001 0.057 0.246 0.002 0.002 109 K 0.001 0.011 0.222 0.003 0.257 0.174 0.001 0.001 0.005 0.106 0.207 0.006 0.008 110 S 0.001 0.031 0.321 0.005 0.091 0.078 0.001 0.001 0.012 0.123 0.315 0.006 0.015 111 F 0.001 0.020 0.596 0.008 0.053 0.042 0.001 0.001 0.051 0.144 0.057 0.010 0.015 112 N 0.001 0.009 0.446 0.042 0.043 0.028 0.001 0.002 0.092 0.192 0.114 0.012 0.017 113 S 0.005 0.010 0.239 0.044 0.029 0.022 0.006 0.021 0.226 0.220 0.129 0.028 0.021 114 V 0.015 0.002 0.039 0.006 0.003 0.007 0.049 0.277 0.518 0.024 0.005 0.008 0.047 115 H 0.017 0.001 0.006 0.005 0.001 0.003 0.068 0.715 0.163 0.004 0.001 0.014 0.005 116 L 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.743 0.143 0.001 0.001 0.002 0.010 117 L 0.025 0.003 0.030 0.015 0.002 0.006 0.069 0.538 0.272 0.012 0.005 0.015 0.009 118 A 0.013 0.009 0.322 0.011 0.009 0.041 0.019 0.043 0.271 0.156 0.053 0.014 0.039 119 G 0.003 0.009 0.339 0.007 0.015 0.084 0.004 0.006 0.075 0.300 0.128 0.013 0.017 120 G 0.003 0.011 0.440 0.004 0.038 0.263 0.001 0.002 0.014 0.141 0.058 0.006 0.018 121 F 0.001 0.002 0.045 0.001 0.052 0.859 0.001 0.001 0.002 0.020 0.016 0.001 0.002 122 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.046 0.929 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 123 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.076 0.878 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.001 0.001 124 F 0.002 0.001 0.009 0.001 0.103 0.841 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.001 0.003 125 S 0.001 0.001 0.012 0.001 0.095 0.785 0.001 0.001 0.001 0.007 0.094 0.002 0.001 126 R 0.001 0.003 0.033 0.001 0.104 0.467 0.001 0.001 0.001 0.019 0.366 0.003 0.004 127 C 0.002 0.013 0.071 0.001 0.111 0.367 0.001 0.001 0.002 0.079 0.339 0.002 0.011 128 F 0.001 0.008 0.596 0.001 0.008 0.047 0.001 0.001 0.004 0.269 0.054 0.007 0.004 129 P 0.001 0.008 0.581 0.003 0.076 0.044 0.001 0.001 0.005 0.088 0.178 0.004 0.011 130 G 0.001 0.012 0.167 0.005 0.193 0.080 0.001 0.001 0.006 0.093 0.430 0.007 0.006 131 L 0.003 0.023 0.281 0.003 0.284 0.109 0.002 0.003 0.023 0.117 0.119 0.007 0.026 132 C 0.006 0.035 0.326 0.010 0.148 0.099 0.003 0.005 0.041 0.114 0.145 0.032 0.034 133 E 0.002 0.031 0.235 0.011 0.061 0.037 0.002 0.002 0.023 0.153 0.389 0.019 0.033 134 G 0.001 0.013 0.212 0.010 0.016 0.009 0.001 0.001 0.008 0.326 0.380 0.013 0.010 135 K 0.003 0.023 0.618 0.006 0.017 0.012 0.001 0.001 0.020 0.181 0.054 0.035 0.027 136 S 0.006 0.033 0.553 0.007 0.026 0.014 0.003 0.002 0.027 0.119 0.066 0.019 0.125 137 T 0.011 0.041 0.469 0.012 0.016 0.013 0.005 0.003 0.045 0.116 0.039 0.191 0.039 138 L 0.012 0.065 0.494 0.007 0.012 0.011 0.006 0.003 0.046 0.066 0.023 0.019 0.236 139 V 0.005 0.031 0.603 0.013 0.009 0.008 0.002 0.002 0.032 0.110 0.017 0.140 0.027 140 P 0.004 0.018 0.532 0.015 0.037 0.021 0.002 0.002 0.021 0.128 0.097 0.014 0.109 141 T 0.004 0.020 0.356 0.014 0.088 0.037 0.002 0.002 0.013 0.183 0.211 0.050 0.021 142 C 0.008 0.027 0.412 0.007 0.123 0.044 0.003 0.003 0.020 0.124 0.136 0.018 0.075 143 I 0.008 0.039 0.524 0.005 0.047 0.028 0.003 0.002 0.027 0.142 0.081 0.059 0.036 144 S 0.004 0.043 0.600 0.005 0.024 0.014 0.002 0.002 0.019 0.133 0.069 0.019 0.066 145 Q 0.002 0.027 0.601 0.005 0.013 0.012 0.001 0.001 0.011 0.221 0.058 0.030 0.019 146 P 0.002 0.021 0.663 0.007 0.024 0.018 0.001 0.001 0.010 0.127 0.084 0.011 0.031 147 A 0.003 0.029 0.475 0.008 0.067 0.038 0.002 0.001 0.013 0.166 0.148 0.025 0.027 148 H 0.005 0.036 0.531 0.009 0.064 0.040 0.002 0.002 0.022 0.135 0.081 0.032 0.042 149 H 0.008 0.038 0.451 0.007 0.087 0.062 0.003 0.003 0.020 0.130 0.098 0.024 0.070 150 H 0.006 0.024 0.447 0.014 0.066 0.049 0.002 0.002 0.016 0.138 0.163 0.041 0.031 151 H 0.005 0.030 0.395 0.006 0.055 0.040 0.002 0.001 0.014 0.179 0.200 0.027 0.047 152 H 0.005 0.037 0.578 0.005 0.023 0.020 0.002 0.001 0.014 0.168 0.078 0.028 0.042 153 H 0.003 0.021 0.724 0.003 0.010 0.013 0.001 0.001 0.011 0.127 0.026 0.030 0.030