# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3182 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.007 0.003 0.046 0.021 0.032 0.141 0.002 0.001 0.050 0.662 2 I 0.044 0.014 0.001 0.061 0.025 0.045 0.153 0.004 0.001 0.048 0.605 3 G 0.041 0.018 0.001 0.029 0.018 0.032 0.129 0.004 0.001 0.070 0.657 4 T 0.025 0.016 0.001 0.101 0.053 0.063 0.132 0.001 0.001 0.066 0.541 5 Q 0.008 0.022 0.001 0.080 0.026 0.080 0.121 0.001 0.001 0.023 0.637 6 I 0.004 0.061 0.001 0.084 0.080 0.043 0.095 0.001 0.001 0.014 0.616 7 V 0.022 0.935 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.008 0.020 8 T 0.020 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.006 9 E 0.008 0.930 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.035 10 R 0.013 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.027 11 L 0.018 0.943 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.011 0.006 12 V 0.032 0.807 0.009 0.001 0.002 0.003 0.008 0.007 0.002 0.072 0.056 13 A 0.049 0.440 0.014 0.001 0.003 0.002 0.030 0.005 0.003 0.208 0.245 14 L 0.044 0.059 0.151 0.003 0.003 0.003 0.075 0.042 0.051 0.405 0.163 15 L 0.511 0.010 0.010 0.002 0.003 0.003 0.082 0.017 0.008 0.106 0.248 16 E 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.009 0.915 17 S 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.083 0.001 0.001 0.004 0.895 18 G 0.082 0.001 0.003 0.005 0.002 0.004 0.163 0.002 0.001 0.024 0.714 19 T 0.011 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.136 0.001 0.001 0.015 0.821 20 E 0.003 0.001 0.001 0.239 0.003 0.007 0.120 0.001 0.001 0.046 0.580 21 K 0.001 0.001 0.001 0.619 0.011 0.023 0.043 0.001 0.001 0.101 0.201 22 V 0.001 0.001 0.001 0.895 0.007 0.008 0.006 0.001 0.001 0.033 0.051 23 L 0.001 0.001 0.001 0.956 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 24 L 0.001 0.001 0.001 0.918 0.019 0.017 0.003 0.001 0.001 0.019 0.023 25 I 0.001 0.001 0.001 0.898 0.019 0.020 0.008 0.001 0.001 0.018 0.035 26 D 0.015 0.002 0.001 0.586 0.025 0.054 0.066 0.001 0.001 0.045 0.204 27 S 0.027 0.005 0.001 0.159 0.011 0.034 0.194 0.003 0.001 0.035 0.530 28 R 0.028 0.018 0.002 0.048 0.019 0.026 0.177 0.006 0.001 0.034 0.641 29 P 0.126 0.133 0.004 0.026 0.020 0.027 0.126 0.025 0.001 0.059 0.454 30 F 0.170 0.093 0.005 0.017 0.018 0.030 0.109 0.020 0.001 0.219 0.318 31 V 0.057 0.047 0.007 0.023 0.043 0.070 0.118 0.005 0.002 0.221 0.408 32 E 0.043 0.047 0.005 0.032 0.043 0.120 0.130 0.009 0.002 0.106 0.464 33 Y 0.072 0.035 0.008 0.022 0.046 0.054 0.108 0.010 0.003 0.089 0.552 34 N 0.095 0.047 0.004 0.040 0.065 0.121 0.091 0.009 0.002 0.069 0.458 35 T 0.038 0.018 0.001 0.025 0.024 0.058 0.092 0.003 0.001 0.036 0.705 36 S 0.012 0.012 0.004 0.101 0.126 0.213 0.110 0.002 0.002 0.047 0.370 37 H 0.026 0.028 0.003 0.075 0.102 0.130 0.105 0.003 0.001 0.054 0.472 38 I 0.252 0.041 0.003 0.055 0.059 0.070 0.097 0.022 0.002 0.065 0.336 39 L 0.083 0.018 0.006 0.060 0.036 0.046 0.137 0.007 0.004 0.078 0.525 40 E 0.061 0.018 0.001 0.118 0.020 0.112 0.134 0.003 0.001 0.046 0.484 41 A 0.044 0.010 0.001 0.069 0.043 0.081 0.120 0.004 0.001 0.070 0.559 42 I 0.008 0.006 0.001 0.318 0.113 0.136 0.082 0.001 0.001 0.027 0.307 43 N 0.017 0.017 0.001 0.088 0.046 0.140 0.099 0.001 0.001 0.040 0.549 44 I 0.011 0.025 0.002 0.082 0.091 0.060 0.113 0.002 0.001 0.018 0.596 45 N 0.240 0.491 0.002 0.015 0.011 0.011 0.028 0.020 0.001 0.021 0.160 46 C 0.191 0.619 0.001 0.004 0.002 0.004 0.025 0.019 0.001 0.012 0.123 47 S 0.067 0.600 0.006 0.005 0.006 0.006 0.026 0.006 0.001 0.025 0.252 48 K 0.188 0.476 0.008 0.012 0.013 0.021 0.034 0.012 0.002 0.040 0.194 49 L 0.192 0.281 0.015 0.013 0.011 0.013 0.070 0.017 0.003 0.082 0.306 50 M 0.171 0.217 0.010 0.018 0.021 0.027 0.062 0.012 0.003 0.057 0.402 51 K 0.084 0.179 0.003 0.013 0.008 0.017 0.072 0.008 0.001 0.026 0.590 52 R 0.097 0.113 0.011 0.019 0.018 0.024 0.093 0.012 0.004 0.064 0.546 53 R 0.162 0.077 0.013 0.019 0.017 0.024 0.104 0.013 0.006 0.073 0.491 54 L 0.192 0.037 0.003 0.016 0.006 0.009 0.085 0.007 0.001 0.032 0.610 55 Q 0.205 0.042 0.003 0.025 0.007 0.009 0.092 0.006 0.001 0.023 0.587 56 Q 0.035 0.042 0.001 0.018 0.004 0.007 0.093 0.004 0.001 0.023 0.773 57 D 0.065 0.099 0.002 0.019 0.015 0.021 0.098 0.006 0.001 0.060 0.615 58 K 0.039 0.044 0.001 0.039 0.028 0.034 0.107 0.002 0.001 0.181 0.525 59 V 0.012 0.082 0.002 0.054 0.023 0.036 0.130 0.002 0.001 0.051 0.606 60 L 0.036 0.338 0.004 0.022 0.023 0.013 0.053 0.007 0.001 0.028 0.475 61 I 0.079 0.855 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.009 0.030 62 T 0.043 0.817 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.008 0.001 0.041 0.075 63 E 0.012 0.804 0.006 0.003 0.003 0.003 0.012 0.001 0.001 0.053 0.104 64 L 0.016 0.248 0.005 0.003 0.003 0.002 0.023 0.004 0.001 0.619 0.078 65 I 0.013 0.790 0.010 0.001 0.002 0.001 0.017 0.016 0.002 0.117 0.032 66 Q 0.033 0.887 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.016 0.045 67 H 0.028 0.840 0.011 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.002 0.036 0.065 68 S 0.078 0.589 0.072 0.003 0.002 0.003 0.030 0.045 0.016 0.063 0.100 69 A 0.470 0.239 0.027 0.004 0.001 0.003 0.036 0.035 0.017 0.032 0.136 70 K 0.119 0.045 0.049 0.005 0.003 0.004 0.052 0.014 0.038 0.028 0.645 71 H 0.274 0.011 0.001 0.007 0.002 0.003 0.060 0.003 0.001 0.008 0.631 72 K 0.064 0.007 0.001 0.005 0.003 0.006 0.075 0.005 0.001 0.023 0.811 73 V 0.013 0.002 0.001 0.008 0.006 0.005 0.090 0.001 0.001 0.011 0.862 74 D 0.059 0.003 0.001 0.008 0.006 0.010 0.078 0.002 0.001 0.071 0.762 75 I 0.034 0.001 0.001 0.007 0.011 0.005 0.093 0.001 0.001 0.022 0.826 76 D 0.442 0.001 0.001 0.021 0.002 0.004 0.069 0.001 0.001 0.032 0.427 77 C 0.016 0.001 0.001 0.014 0.003 0.007 0.127 0.001 0.001 0.014 0.818 78 S 0.002 0.001 0.001 0.055 0.004 0.019 0.155 0.001 0.001 0.020 0.744 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.229 0.166 0.172 0.080 0.001 0.001 0.104 0.247 80 K 0.001 0.001 0.001 0.451 0.072 0.145 0.027 0.001 0.001 0.129 0.175 81 V 0.001 0.001 0.001 0.534 0.191 0.152 0.007 0.001 0.001 0.061 0.055 82 V 0.001 0.001 0.001 0.582 0.207 0.149 0.003 0.001 0.001 0.035 0.024 83 V 0.001 0.001 0.001 0.608 0.165 0.135 0.006 0.001 0.001 0.038 0.047 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.587 0.125 0.142 0.018 0.001 0.001 0.037 0.088 85 D 0.084 0.005 0.001 0.201 0.089 0.111 0.088 0.004 0.001 0.107 0.308 86 Q 0.044 0.008 0.001 0.040 0.015 0.025 0.170 0.004 0.001 0.057 0.635 87 S 0.040 0.029 0.001 0.015 0.006 0.013 0.153 0.005 0.001 0.030 0.709 88 S 0.178 0.084 0.003 0.018 0.014 0.018 0.125 0.013 0.001 0.091 0.456 89 Q 0.100 0.082 0.011 0.025 0.022 0.025 0.142 0.011 0.003 0.108 0.470 90 D 0.143 0.099 0.003 0.023 0.018 0.030 0.099 0.008 0.001 0.076 0.500 91 V 0.114 0.119 0.003 0.020 0.019 0.025 0.104 0.007 0.001 0.107 0.480 92 A 0.021 0.080 0.002 0.019 0.010 0.018 0.098 0.003 0.001 0.335 0.414 93 S 0.024 0.255 0.003 0.011 0.010 0.018 0.071 0.005 0.001 0.249 0.354 94 L 0.029 0.492 0.006 0.025 0.020 0.012 0.071 0.009 0.001 0.091 0.245 95 S 0.009 0.789 0.003 0.003 0.003 0.003 0.014 0.005 0.001 0.096 0.075 96 S 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.015 0.011 97 D 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.965 0.002 98 C 0.001 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.134 0.007 99 F 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 100 L 0.003 0.960 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.013 0.013 101 T 0.005 0.903 0.004 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.039 0.033 102 V 0.057 0.772 0.025 0.005 0.002 0.002 0.018 0.008 0.002 0.043 0.068 103 L 0.084 0.677 0.020 0.004 0.002 0.002 0.025 0.020 0.002 0.074 0.089 104 L 0.052 0.666 0.011 0.004 0.002 0.003 0.035 0.007 0.002 0.031 0.186 105 G 0.071 0.646 0.009 0.004 0.001 0.002 0.032 0.007 0.002 0.033 0.191 106 K 0.103 0.131 0.252 0.005 0.004 0.003 0.047 0.032 0.080 0.144 0.200 107 L 0.687 0.028 0.005 0.003 0.002 0.002 0.036 0.022 0.005 0.025 0.186 108 E 0.196 0.014 0.002 0.006 0.002 0.003 0.046 0.004 0.002 0.026 0.699 109 K 0.020 0.005 0.003 0.018 0.003 0.005 0.097 0.001 0.001 0.022 0.827 110 S 0.031 0.005 0.001 0.018 0.003 0.008 0.136 0.002 0.001 0.044 0.750 111 F 0.040 0.005 0.001 0.026 0.021 0.014 0.148 0.004 0.001 0.049 0.691 112 N 0.019 0.008 0.001 0.123 0.014 0.024 0.120 0.001 0.001 0.072 0.616 113 S 0.010 0.013 0.001 0.274 0.037 0.107 0.096 0.002 0.001 0.082 0.379 114 V 0.007 0.013 0.001 0.473 0.040 0.063 0.052 0.001 0.001 0.050 0.300 115 H 0.003 0.009 0.002 0.736 0.067 0.067 0.020 0.001 0.001 0.025 0.070 116 L 0.038 0.052 0.003 0.395 0.035 0.056 0.047 0.003 0.001 0.146 0.223 117 L 0.196 0.112 0.002 0.187 0.021 0.027 0.067 0.012 0.001 0.076 0.299 118 A 0.033 0.126 0.002 0.094 0.010 0.020 0.126 0.005 0.001 0.047 0.536 119 G 0.012 0.319 0.002 0.056 0.009 0.023 0.092 0.002 0.001 0.045 0.439 120 G 0.036 0.747 0.003 0.008 0.011 0.008 0.021 0.010 0.001 0.077 0.077 121 F 0.047 0.272 0.002 0.008 0.004 0.004 0.034 0.008 0.001 0.574 0.045 122 A 0.035 0.549 0.010 0.007 0.007 0.008 0.034 0.008 0.002 0.256 0.087 123 E 0.131 0.602 0.018 0.005 0.003 0.006 0.024 0.023 0.004 0.057 0.125 124 F 0.194 0.249 0.124 0.009 0.006 0.011 0.045 0.075 0.037 0.074 0.174 125 S 0.374 0.036 0.006 0.008 0.007 0.012 0.067 0.009 0.004 0.056 0.420 126 R 0.033 0.011 0.002 0.015 0.005 0.012 0.085 0.001 0.001 0.022 0.814 127 C 0.010 0.018 0.002 0.030 0.008 0.017 0.133 0.002 0.001 0.024 0.756 128 F 0.184 0.052 0.004 0.010 0.020 0.020 0.142 0.015 0.001 0.064 0.487 129 P 0.094 0.033 0.002 0.013 0.024 0.019 0.140 0.006 0.001 0.043 0.625 130 G 0.046 0.024 0.006 0.040 0.016 0.047 0.125 0.006 0.003 0.067 0.619 131 L 0.109 0.013 0.002 0.038 0.025 0.045 0.126 0.007 0.001 0.057 0.578 132 C 0.220 0.008 0.002 0.036 0.021 0.027 0.112 0.005 0.001 0.085 0.483 133 E 0.015 0.004 0.001 0.034 0.010 0.022 0.109 0.001 0.001 0.032 0.771 134 G 0.032 0.006 0.001 0.018 0.010 0.024 0.116 0.002 0.001 0.038 0.753 135 K 0.066 0.006 0.001 0.022 0.050 0.040 0.138 0.005 0.001 0.061 0.610 136 S 0.031 0.003 0.001 0.028 0.019 0.037 0.126 0.001 0.001 0.050 0.703 137 T 0.009 0.003 0.001 0.031 0.043 0.073 0.133 0.001 0.001 0.044 0.662 138 L 0.011 0.005 0.001 0.026 0.042 0.050 0.129 0.002 0.001 0.040 0.695 139 V 0.144 0.018 0.002 0.027 0.049 0.045 0.127 0.010 0.001 0.070 0.508 140 P 0.069 0.011 0.002 0.018 0.017 0.033 0.131 0.005 0.001 0.070 0.642 141 T 0.035 0.008 0.002 0.027 0.026 0.061 0.130 0.003 0.001 0.049 0.659 142 C 0.112 0.005 0.001 0.023 0.033 0.047 0.124 0.003 0.001 0.071 0.581 143 I 0.011 0.004 0.001 0.033 0.035 0.046 0.153 0.001 0.001 0.032 0.682 144 S 0.022 0.013 0.001 0.023 0.019 0.034 0.116 0.002 0.001 0.026 0.743 145 Q 0.139 0.035 0.002 0.016 0.039 0.034 0.120 0.008 0.001 0.068 0.538 146 P 0.089 0.046 0.002 0.014 0.018 0.028 0.125 0.008 0.001 0.053 0.616 147 A 0.068 0.037 0.003 0.021 0.023 0.037 0.117 0.005 0.001 0.047 0.641 148 H 0.123 0.030 0.006 0.027 0.035 0.047 0.113 0.009 0.003 0.059 0.548 149 H 0.145 0.013 0.003 0.022 0.023 0.031 0.103 0.007 0.002 0.048 0.604 150 H 0.119 0.007 0.002 0.027 0.017 0.026 0.104 0.003 0.001 0.037 0.657 151 H 0.034 0.006 0.001 0.028 0.011 0.022 0.108 0.002 0.001 0.028 0.761 152 H 0.031 0.008 0.001 0.025 0.012 0.017 0.127 0.002 0.001 0.030 0.746 153 H 0.048 0.013 0.001 0.029 0.025 0.024 0.141 0.003 0.001 0.046 0.668