# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3182 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.003 0.019 0.031 0.040 0.129 0.041 0.723 2 I 0.077 0.010 0.026 0.032 0.060 0.120 0.060 0.616 3 G 0.052 0.013 0.026 0.036 0.064 0.097 0.060 0.652 4 T 0.012 0.031 0.120 0.066 0.110 0.084 0.097 0.480 5 Q 0.008 0.063 0.084 0.049 0.073 0.092 0.042 0.589 6 I 0.007 0.096 0.139 0.109 0.053 0.071 0.067 0.458 7 V 0.017 0.933 0.006 0.003 0.003 0.004 0.019 0.016 8 T 0.017 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 9 E 0.004 0.954 0.007 0.002 0.001 0.003 0.011 0.018 10 R 0.007 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 11 L 0.049 0.931 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 12 V 0.135 0.715 0.019 0.003 0.002 0.007 0.064 0.055 13 A 0.090 0.117 0.025 0.005 0.003 0.024 0.290 0.446 14 L 0.165 0.035 0.028 0.006 0.004 0.064 0.269 0.428 15 L 0.336 0.004 0.011 0.006 0.004 0.045 0.112 0.484 16 E 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.009 0.912 17 S 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.064 0.007 0.919 18 G 0.039 0.001 0.015 0.004 0.005 0.176 0.016 0.745 19 T 0.039 0.001 0.035 0.006 0.008 0.157 0.066 0.688 20 E 0.001 0.001 0.182 0.010 0.017 0.167 0.032 0.589 21 K 0.001 0.001 0.843 0.018 0.034 0.020 0.034 0.051 22 V 0.001 0.001 0.747 0.051 0.035 0.014 0.053 0.101 23 L 0.001 0.001 0.955 0.014 0.015 0.002 0.009 0.005 24 L 0.002 0.001 0.797 0.044 0.067 0.012 0.035 0.044 25 I 0.007 0.001 0.756 0.075 0.053 0.027 0.029 0.053 26 D 0.029 0.007 0.405 0.031 0.078 0.111 0.088 0.250 27 S 0.035 0.019 0.097 0.015 0.036 0.215 0.040 0.543 28 R 0.038 0.028 0.098 0.025 0.031 0.193 0.040 0.547 29 P 0.128 0.185 0.027 0.010 0.018 0.125 0.109 0.396 30 F 0.214 0.121 0.025 0.010 0.015 0.093 0.287 0.234 31 V 0.057 0.048 0.016 0.017 0.020 0.086 0.452 0.304 32 E 0.052 0.052 0.016 0.017 0.041 0.103 0.232 0.486 33 Y 0.095 0.032 0.021 0.026 0.044 0.143 0.074 0.564 34 N 0.144 0.032 0.015 0.040 0.071 0.094 0.095 0.509 35 T 0.041 0.019 0.010 0.012 0.032 0.106 0.040 0.738 36 S 0.006 0.009 0.051 0.035 0.061 0.263 0.047 0.527 37 H 0.037 0.024 0.054 0.030 0.028 0.166 0.062 0.599 38 I 0.325 0.106 0.038 0.019 0.016 0.090 0.138 0.268 39 L 0.051 0.051 0.076 0.011 0.025 0.115 0.120 0.551 40 E 0.089 0.049 0.185 0.034 0.090 0.089 0.180 0.283 41 A 0.021 0.017 0.128 0.035 0.061 0.084 0.112 0.542 42 I 0.012 0.033 0.311 0.092 0.125 0.099 0.045 0.284 43 N 0.018 0.038 0.162 0.036 0.088 0.117 0.069 0.473 44 I 0.026 0.082 0.163 0.086 0.060 0.130 0.066 0.388 45 N 0.113 0.618 0.029 0.009 0.013 0.035 0.029 0.154 46 C 0.106 0.734 0.018 0.005 0.005 0.020 0.024 0.089 47 S 0.034 0.791 0.020 0.007 0.006 0.015 0.019 0.108 48 K 0.088 0.739 0.019 0.005 0.005 0.016 0.030 0.097 49 L 0.174 0.575 0.023 0.009 0.008 0.033 0.058 0.121 50 M 0.157 0.347 0.026 0.010 0.011 0.039 0.092 0.317 51 K 0.074 0.194 0.012 0.007 0.010 0.047 0.074 0.581 52 R 0.084 0.142 0.021 0.011 0.010 0.075 0.101 0.556 53 R 0.093 0.099 0.023 0.013 0.011 0.105 0.078 0.578 54 L 0.148 0.071 0.012 0.005 0.006 0.080 0.040 0.637 55 Q 0.200 0.097 0.010 0.005 0.005 0.072 0.054 0.558 56 Q 0.076 0.087 0.011 0.005 0.007 0.087 0.046 0.682 57 D 0.082 0.121 0.015 0.007 0.011 0.088 0.074 0.602 58 K 0.042 0.138 0.024 0.012 0.013 0.115 0.105 0.551 59 V 0.032 0.216 0.027 0.012 0.013 0.109 0.054 0.536 60 L 0.040 0.546 0.019 0.007 0.008 0.052 0.046 0.282 61 I 0.033 0.924 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.026 62 T 0.026 0.924 0.003 0.001 0.001 0.004 0.018 0.023 63 E 0.016 0.881 0.005 0.001 0.001 0.009 0.036 0.050 64 L 0.035 0.379 0.018 0.001 0.001 0.016 0.502 0.048 65 I 0.033 0.757 0.005 0.001 0.001 0.009 0.164 0.030 66 Q 0.057 0.801 0.007 0.001 0.001 0.011 0.041 0.081 67 H 0.030 0.663 0.008 0.002 0.002 0.024 0.050 0.221 68 S 0.063 0.671 0.017 0.002 0.002 0.026 0.072 0.146 69 A 0.193 0.531 0.011 0.002 0.002 0.032 0.061 0.169 70 K 0.139 0.170 0.066 0.007 0.005 0.067 0.154 0.392 71 H 0.251 0.127 0.019 0.003 0.004 0.064 0.036 0.496 72 K 0.161 0.023 0.046 0.007 0.008 0.078 0.058 0.619 73 V 0.036 0.009 0.022 0.007 0.009 0.110 0.026 0.782 74 D 0.026 0.003 0.018 0.008 0.011 0.078 0.046 0.810 75 I 0.048 0.001 0.012 0.006 0.006 0.097 0.035 0.794 76 D 0.425 0.002 0.020 0.005 0.006 0.068 0.100 0.373 77 C 0.051 0.001 0.014 0.002 0.005 0.127 0.017 0.782 78 S 0.004 0.001 0.073 0.006 0.023 0.184 0.025 0.686 79 Q 0.001 0.001 0.302 0.039 0.080 0.156 0.061 0.361 80 K 0.001 0.001 0.744 0.058 0.066 0.021 0.058 0.053 81 V 0.001 0.001 0.814 0.049 0.041 0.005 0.055 0.035 82 V 0.001 0.001 0.896 0.039 0.030 0.003 0.018 0.013 83 V 0.002 0.001 0.839 0.045 0.052 0.009 0.025 0.028 84 Y 0.009 0.002 0.627 0.052 0.078 0.055 0.063 0.114 85 D 0.060 0.013 0.188 0.029 0.057 0.205 0.100 0.349 86 Q 0.046 0.019 0.050 0.011 0.024 0.260 0.050 0.540 87 S 0.071 0.068 0.019 0.008 0.016 0.141 0.049 0.626 88 S 0.252 0.237 0.013 0.008 0.013 0.092 0.075 0.310 89 Q 0.070 0.121 0.024 0.025 0.033 0.122 0.131 0.474 90 D 0.102 0.117 0.016 0.020 0.032 0.116 0.102 0.495 91 V 0.177 0.076 0.016 0.015 0.022 0.119 0.130 0.446 92 A 0.030 0.036 0.015 0.014 0.030 0.110 0.300 0.464 93 S 0.031 0.229 0.013 0.009 0.018 0.090 0.194 0.415 94 L 0.025 0.614 0.007 0.009 0.008 0.071 0.021 0.245 95 S 0.009 0.911 0.002 0.002 0.003 0.009 0.012 0.051 96 S 0.018 0.916 0.001 0.001 0.001 0.005 0.043 0.017 97 D 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.003 98 C 0.001 0.785 0.001 0.001 0.002 0.004 0.200 0.006 99 F 0.004 0.970 0.002 0.001 0.002 0.002 0.013 0.006 100 L 0.010 0.896 0.015 0.005 0.006 0.006 0.045 0.017 101 T 0.044 0.599 0.041 0.010 0.015 0.018 0.206 0.066 102 V 0.147 0.624 0.023 0.005 0.004 0.032 0.059 0.106 103 L 0.142 0.463 0.046 0.007 0.007 0.064 0.070 0.200 104 L 0.030 0.319 0.051 0.007 0.006 0.055 0.046 0.486 105 G 0.092 0.394 0.038 0.004 0.006 0.044 0.028 0.395 106 K 0.244 0.070 0.163 0.009 0.005 0.053 0.253 0.202 107 L 0.460 0.051 0.017 0.004 0.003 0.047 0.089 0.329 108 E 0.110 0.011 0.010 0.001 0.001 0.044 0.029 0.795 109 K 0.004 0.004 0.027 0.003 0.004 0.149 0.028 0.780 110 S 0.046 0.024 0.047 0.006 0.014 0.125 0.077 0.662 111 F 0.091 0.024 0.033 0.012 0.012 0.167 0.074 0.588 112 N 0.021 0.025 0.133 0.021 0.042 0.132 0.066 0.560 113 S 0.026 0.033 0.200 0.035 0.093 0.113 0.106 0.393 114 V 0.009 0.018 0.391 0.044 0.057 0.077 0.074 0.329 115 H 0.004 0.008 0.736 0.063 0.063 0.026 0.037 0.064 116 L 0.022 0.030 0.421 0.054 0.077 0.071 0.064 0.261 117 L 0.149 0.074 0.311 0.048 0.042 0.081 0.101 0.194 118 A 0.086 0.134 0.092 0.025 0.037 0.090 0.049 0.485 119 G 0.031 0.218 0.068 0.014 0.033 0.086 0.042 0.509 120 G 0.041 0.568 0.037 0.017 0.024 0.051 0.066 0.195 121 F 0.075 0.336 0.046 0.022 0.020 0.055 0.299 0.148 122 A 0.045 0.327 0.025 0.020 0.020 0.042 0.347 0.173 123 E 0.104 0.428 0.030 0.013 0.026 0.048 0.156 0.194 124 F 0.225 0.172 0.033 0.031 0.043 0.060 0.138 0.298 125 S 0.220 0.070 0.015 0.026 0.032 0.063 0.074 0.499 126 R 0.024 0.020 0.009 0.012 0.019 0.085 0.029 0.802 127 C 0.023 0.022 0.013 0.014 0.021 0.149 0.020 0.737 128 F 0.159 0.041 0.020 0.023 0.028 0.130 0.060 0.539 129 P 0.161 0.034 0.018 0.016 0.021 0.100 0.045 0.605 130 G 0.057 0.027 0.065 0.045 0.076 0.093 0.091 0.546 131 L 0.039 0.008 0.044 0.026 0.046 0.114 0.045 0.677 132 C 0.132 0.007 0.058 0.061 0.060 0.092 0.099 0.489 133 E 0.025 0.003 0.023 0.023 0.035 0.104 0.043 0.744 134 G 0.035 0.004 0.022 0.016 0.038 0.097 0.037 0.750 135 K 0.077 0.005 0.021 0.050 0.062 0.107 0.039 0.640 136 S 0.034 0.003 0.021 0.030 0.042 0.094 0.030 0.746 137 T 0.014 0.003 0.032 0.052 0.084 0.125 0.045 0.645 138 L 0.016 0.004 0.033 0.036 0.048 0.117 0.038 0.709 139 V 0.161 0.017 0.028 0.050 0.046 0.101 0.071 0.525 140 P 0.067 0.011 0.031 0.028 0.037 0.082 0.073 0.672 141 T 0.072 0.021 0.044 0.039 0.080 0.113 0.077 0.554 142 C 0.061 0.012 0.046 0.036 0.062 0.109 0.054 0.619 143 I 0.019 0.011 0.037 0.060 0.076 0.135 0.029 0.632 144 S 0.029 0.017 0.030 0.023 0.045 0.102 0.035 0.719 145 Q 0.128 0.056 0.031 0.051 0.055 0.123 0.072 0.485 146 P 0.095 0.055 0.044 0.035 0.047 0.106 0.068 0.551 147 A 0.065 0.042 0.047 0.041 0.065 0.114 0.069 0.558 148 H 0.070 0.032 0.052 0.055 0.081 0.114 0.082 0.514 149 H 0.117 0.028 0.036 0.041 0.060 0.106 0.085 0.527 150 H 0.101 0.017 0.028 0.037 0.061 0.108 0.060 0.588 151 H 0.058 0.010 0.016 0.024 0.044 0.105 0.046 0.697 152 H 0.037 0.010 0.018 0.027 0.048 0.124 0.046 0.690 153 H 0.042 0.011 0.021 0.039 0.068 0.115 0.048 0.656