# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3182 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.245 0.118 0.038 0.084 0.080 0.093 0.111 0.077 0.070 0.054 0.032 2 I 0.251 0.275 0.049 0.164 0.111 0.050 0.047 0.023 0.015 0.010 0.005 3 G 0.128 0.089 0.022 0.092 0.097 0.116 0.145 0.121 0.101 0.050 0.040 4 T 0.289 0.357 0.059 0.119 0.092 0.038 0.024 0.009 0.007 0.005 0.002 5 Q 0.166 0.110 0.049 0.260 0.194 0.087 0.077 0.033 0.015 0.007 0.004 6 I 0.008 0.007 0.008 0.020 0.030 0.036 0.100 0.193 0.211 0.198 0.189 7 V 0.016 0.456 0.089 0.189 0.125 0.041 0.048 0.015 0.012 0.008 0.002 8 T 0.010 0.023 0.022 0.061 0.094 0.159 0.265 0.187 0.102 0.049 0.029 9 E 0.839 0.037 0.070 0.041 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.003 0.014 0.019 0.215 0.240 0.229 0.206 0.052 0.016 0.005 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.037 0.181 0.287 0.471 12 V 0.001 0.001 0.029 0.089 0.210 0.358 0.249 0.034 0.018 0.008 0.003 13 A 0.001 0.006 0.817 0.109 0.043 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.043 0.245 0.341 0.179 0.109 0.061 15 L 0.001 0.002 0.011 0.006 0.006 0.016 0.095 0.175 0.236 0.302 0.151 16 E 0.018 0.026 0.358 0.223 0.184 0.084 0.061 0.025 0.011 0.009 0.003 17 S 0.064 0.124 0.264 0.159 0.142 0.111 0.089 0.026 0.012 0.006 0.003 18 G 0.538 0.202 0.034 0.068 0.043 0.029 0.041 0.015 0.015 0.010 0.005 19 T 0.391 0.213 0.020 0.073 0.077 0.063 0.076 0.038 0.024 0.012 0.014 20 E 0.309 0.300 0.089 0.158 0.077 0.028 0.020 0.009 0.005 0.002 0.002 21 K 0.109 0.141 0.039 0.234 0.206 0.141 0.086 0.028 0.011 0.003 0.002 22 V 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.025 0.079 0.157 0.244 0.230 0.242 23 L 0.003 0.014 0.012 0.070 0.109 0.223 0.278 0.138 0.085 0.041 0.026 24 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.006 0.022 0.077 0.183 0.355 0.345 25 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.009 0.039 0.154 0.205 0.287 0.292 26 D 0.003 0.006 0.015 0.020 0.024 0.038 0.092 0.167 0.180 0.275 0.180 27 S 0.005 0.008 0.014 0.035 0.047 0.064 0.137 0.164 0.163 0.202 0.161 28 R 0.027 0.031 0.023 0.079 0.110 0.144 0.176 0.150 0.121 0.090 0.048 29 P 0.304 0.261 0.060 0.138 0.091 0.051 0.038 0.024 0.016 0.012 0.005 30 F 0.166 0.091 0.034 0.141 0.148 0.143 0.113 0.069 0.045 0.032 0.018 31 V 0.212 0.139 0.072 0.136 0.117 0.086 0.075 0.047 0.049 0.042 0.024 32 E 0.087 0.093 0.071 0.165 0.139 0.116 0.137 0.073 0.057 0.039 0.023 33 Y 0.014 0.015 0.023 0.030 0.031 0.055 0.122 0.151 0.202 0.199 0.156 34 N 0.055 0.101 0.088 0.218 0.178 0.127 0.108 0.048 0.038 0.025 0.013 35 T 0.159 0.135 0.105 0.207 0.148 0.092 0.074 0.033 0.026 0.015 0.008 36 S 0.183 0.074 0.058 0.103 0.106 0.104 0.137 0.079 0.071 0.053 0.030 37 H 0.048 0.072 0.041 0.124 0.120 0.112 0.164 0.121 0.100 0.061 0.037 38 I 0.008 0.009 0.018 0.031 0.031 0.056 0.113 0.127 0.196 0.206 0.203 39 L 0.064 0.096 0.102 0.233 0.200 0.121 0.092 0.039 0.027 0.017 0.008 40 E 0.073 0.111 0.077 0.225 0.168 0.121 0.104 0.050 0.039 0.020 0.011 41 A 0.004 0.004 0.005 0.010 0.012 0.020 0.054 0.114 0.215 0.264 0.300 42 I 0.013 0.032 0.035 0.088 0.090 0.148 0.217 0.143 0.114 0.078 0.041 43 N 0.014 0.042 0.099 0.158 0.125 0.102 0.137 0.096 0.095 0.084 0.048 44 I 0.011 0.009 0.015 0.024 0.035 0.058 0.151 0.186 0.200 0.172 0.139 45 N 0.092 0.286 0.094 0.191 0.124 0.059 0.062 0.032 0.027 0.023 0.009 46 C 0.012 0.017 0.011 0.041 0.048 0.089 0.172 0.176 0.170 0.141 0.123 47 S 0.289 0.144 0.095 0.190 0.121 0.062 0.046 0.022 0.015 0.012 0.005 48 K 0.177 0.164 0.118 0.271 0.153 0.052 0.037 0.014 0.007 0.004 0.002 49 L 0.007 0.014 0.017 0.028 0.028 0.054 0.137 0.138 0.202 0.193 0.182 50 M 0.005 0.016 0.032 0.068 0.091 0.139 0.261 0.161 0.111 0.071 0.044 51 K 0.067 0.091 0.468 0.199 0.082 0.040 0.027 0.014 0.007 0.005 0.001 52 R 0.101 0.049 0.166 0.193 0.172 0.138 0.116 0.034 0.018 0.010 0.004 53 R 0.162 0.101 0.079 0.129 0.096 0.109 0.145 0.066 0.055 0.037 0.020 54 L 0.059 0.045 0.050 0.084 0.091 0.136 0.198 0.124 0.099 0.068 0.046 55 Q 0.174 0.173 0.256 0.147 0.091 0.054 0.048 0.026 0.016 0.010 0.005 56 Q 0.307 0.194 0.111 0.135 0.085 0.057 0.055 0.026 0.016 0.009 0.005 57 D 0.265 0.099 0.040 0.083 0.077 0.095 0.130 0.078 0.063 0.043 0.027 58 K 0.189 0.140 0.063 0.151 0.135 0.108 0.100 0.043 0.036 0.023 0.013 59 V 0.137 0.068 0.083 0.114 0.098 0.103 0.143 0.090 0.074 0.052 0.037 60 L 0.055 0.092 0.078 0.136 0.129 0.115 0.162 0.096 0.064 0.049 0.025 61 I 0.014 0.061 0.040 0.068 0.072 0.104 0.211 0.159 0.127 0.092 0.051 62 T 0.164 0.089 0.106 0.175 0.142 0.134 0.102 0.046 0.022 0.014 0.006 63 E 0.506 0.072 0.192 0.128 0.039 0.032 0.017 0.006 0.003 0.003 0.001 64 L 0.008 0.027 0.047 0.118 0.138 0.167 0.229 0.130 0.071 0.043 0.021 65 I 0.001 0.002 0.007 0.005 0.009 0.018 0.092 0.220 0.225 0.247 0.175 66 Q 0.013 0.019 0.491 0.169 0.134 0.084 0.055 0.020 0.008 0.007 0.001 67 H 0.035 0.026 0.699 0.131 0.052 0.030 0.018 0.005 0.003 0.002 0.001 68 S 0.012 0.021 0.049 0.057 0.066 0.158 0.329 0.116 0.098 0.064 0.030 69 A 0.015 0.015 0.031 0.030 0.041 0.093 0.255 0.193 0.154 0.101 0.071 70 K 0.099 0.060 0.596 0.120 0.050 0.033 0.020 0.011 0.006 0.005 0.002 71 H 0.064 0.062 0.352 0.190 0.124 0.103 0.070 0.019 0.009 0.005 0.002 72 K 0.092 0.077 0.077 0.107 0.088 0.115 0.190 0.087 0.078 0.057 0.032 73 V 0.035 0.031 0.033 0.058 0.088 0.179 0.265 0.145 0.090 0.046 0.030 74 D 0.204 0.255 0.305 0.133 0.045 0.024 0.016 0.007 0.005 0.004 0.001 75 I 0.019 0.015 0.019 0.035 0.048 0.143 0.250 0.174 0.143 0.080 0.074 76 D 0.534 0.260 0.064 0.077 0.030 0.011 0.009 0.005 0.004 0.004 0.002 77 C 0.069 0.074 0.032 0.139 0.131 0.148 0.159 0.094 0.067 0.043 0.045 78 S 0.285 0.267 0.074 0.147 0.118 0.038 0.028 0.016 0.013 0.008 0.007 79 Q 0.069 0.130 0.048 0.169 0.193 0.148 0.138 0.049 0.031 0.017 0.009 80 K 0.043 0.064 0.042 0.190 0.212 0.208 0.141 0.055 0.030 0.010 0.005 81 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 0.057 0.175 0.226 0.284 0.234 82 V 0.001 0.006 0.012 0.026 0.034 0.052 0.144 0.245 0.186 0.182 0.111 83 V 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.006 0.028 0.113 0.186 0.344 0.312 84 Y 0.002 0.003 0.010 0.018 0.025 0.043 0.121 0.159 0.199 0.239 0.181 85 D 0.010 0.011 0.018 0.040 0.050 0.072 0.150 0.142 0.185 0.196 0.127 86 Q 0.053 0.070 0.044 0.146 0.164 0.140 0.139 0.100 0.067 0.049 0.028 87 S 0.081 0.075 0.039 0.114 0.127 0.126 0.158 0.103 0.082 0.058 0.037 88 S 0.085 0.115 0.052 0.113 0.116 0.094 0.126 0.096 0.078 0.070 0.054 89 Q 0.357 0.143 0.089 0.153 0.083 0.063 0.048 0.029 0.017 0.012 0.006 90 D 0.459 0.119 0.083 0.131 0.061 0.057 0.042 0.019 0.014 0.010 0.005 91 V 0.032 0.036 0.024 0.064 0.068 0.115 0.169 0.157 0.135 0.119 0.081 92 A 0.261 0.134 0.048 0.105 0.083 0.118 0.120 0.055 0.039 0.023 0.014 93 S 0.222 0.100 0.125 0.129 0.096 0.089 0.079 0.044 0.047 0.043 0.024 94 L 0.054 0.043 0.043 0.076 0.087 0.129 0.188 0.144 0.106 0.076 0.054 95 S 0.029 0.047 0.042 0.111 0.114 0.116 0.160 0.112 0.112 0.098 0.060 96 S 0.005 0.005 0.011 0.016 0.025 0.043 0.098 0.164 0.216 0.197 0.219 97 D 0.032 0.055 0.114 0.193 0.172 0.161 0.126 0.051 0.043 0.036 0.016 98 C 0.004 0.011 0.026 0.079 0.098 0.151 0.219 0.170 0.126 0.076 0.040 99 F 0.001 0.002 0.006 0.009 0.013 0.023 0.075 0.140 0.246 0.262 0.223 100 L 0.001 0.002 0.011 0.015 0.017 0.046 0.128 0.130 0.235 0.246 0.170 101 T 0.001 0.006 0.079 0.115 0.135 0.161 0.201 0.149 0.086 0.045 0.022 102 V 0.001 0.003 0.020 0.022 0.029 0.072 0.207 0.229 0.193 0.156 0.069 103 L 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.007 0.045 0.086 0.222 0.326 0.300 104 L 0.002 0.005 0.036 0.062 0.073 0.152 0.258 0.159 0.128 0.081 0.044 105 G 0.030 0.041 0.233 0.182 0.148 0.131 0.122 0.052 0.032 0.020 0.009 106 K 0.018 0.031 0.054 0.091 0.088 0.138 0.246 0.136 0.096 0.071 0.030 107 L 0.017 0.013 0.015 0.025 0.021 0.049 0.133 0.171 0.216 0.196 0.143 108 E 0.169 0.157 0.148 0.209 0.130 0.075 0.056 0.026 0.015 0.009 0.004 109 K 0.197 0.171 0.143 0.139 0.102 0.080 0.076 0.041 0.026 0.017 0.009 110 S 0.108 0.113 0.046 0.108 0.088 0.108 0.155 0.076 0.088 0.067 0.043 111 F 0.017 0.017 0.012 0.036 0.045 0.109 0.186 0.178 0.157 0.115 0.127 112 N 0.250 0.232 0.177 0.184 0.069 0.040 0.023 0.011 0.007 0.005 0.002 113 S 0.040 0.060 0.044 0.229 0.202 0.181 0.128 0.060 0.032 0.015 0.009 114 V 0.002 0.002 0.004 0.006 0.009 0.015 0.046 0.096 0.198 0.258 0.365 115 H 0.007 0.028 0.045 0.152 0.173 0.218 0.205 0.086 0.048 0.026 0.013 116 L 0.001 0.010 0.068 0.044 0.034 0.052 0.095 0.125 0.187 0.241 0.143 117 L 0.001 0.002 0.005 0.009 0.014 0.027 0.094 0.197 0.222 0.237 0.193 118 A 0.049 0.092 0.113 0.202 0.162 0.097 0.103 0.060 0.051 0.050 0.020 119 G 0.046 0.047 0.065 0.110 0.119 0.120 0.166 0.105 0.091 0.085 0.047 120 G 0.011 0.029 0.027 0.047 0.046 0.072 0.163 0.135 0.192 0.165 0.113 121 F 0.003 0.005 0.008 0.020 0.025 0.063 0.158 0.184 0.209 0.181 0.145 122 A 0.200 0.125 0.230 0.223 0.090 0.056 0.033 0.018 0.011 0.010 0.004 123 E 0.027 0.064 0.081 0.235 0.206 0.172 0.126 0.046 0.025 0.012 0.006 124 F 0.003 0.003 0.005 0.007 0.006 0.011 0.045 0.084 0.208 0.254 0.374 125 S 0.013 0.019 0.059 0.111 0.137 0.201 0.233 0.089 0.071 0.042 0.025 126 R 0.026 0.063 0.463 0.212 0.117 0.051 0.032 0.016 0.011 0.007 0.003 127 C 0.016 0.018 0.033 0.054 0.062 0.139 0.252 0.176 0.125 0.081 0.044 128 F 0.061 0.052 0.037 0.073 0.060 0.078 0.156 0.145 0.138 0.129 0.070 129 P 0.116 0.119 0.074 0.131 0.105 0.128 0.127 0.077 0.060 0.041 0.022 130 G 0.330 0.167 0.113 0.137 0.082 0.060 0.048 0.026 0.019 0.012 0.006 131 L 0.049 0.038 0.025 0.072 0.074 0.094 0.160 0.140 0.144 0.124 0.079 132 C 0.033 0.042 0.023 0.061 0.066 0.090 0.144 0.146 0.151 0.123 0.121 133 E 0.166 0.287 0.120 0.177 0.114 0.051 0.037 0.020 0.013 0.009 0.005 134 G 0.428 0.149 0.063 0.113 0.078 0.053 0.048 0.029 0.019 0.012 0.007 135 K 0.268 0.172 0.042 0.146 0.126 0.078 0.070 0.038 0.030 0.020 0.011 136 S 0.271 0.139 0.043 0.128 0.100 0.082 0.098 0.057 0.042 0.025 0.015 137 T 0.208 0.144 0.076 0.154 0.126 0.089 0.086 0.048 0.035 0.022 0.011 138 L 0.100 0.080 0.051 0.110 0.096 0.112 0.147 0.107 0.094 0.064 0.038 139 V 0.101 0.093 0.048 0.136 0.124 0.124 0.150 0.088 0.066 0.046 0.025 140 P 0.206 0.114 0.059 0.122 0.097 0.099 0.104 0.074 0.060 0.042 0.025 141 T 0.218 0.127 0.068 0.141 0.118 0.099 0.091 0.051 0.041 0.029 0.016 142 C 0.131 0.091 0.045 0.115 0.103 0.097 0.131 0.094 0.083 0.066 0.044 143 I 0.079 0.067 0.044 0.106 0.114 0.121 0.151 0.116 0.092 0.064 0.045 144 S 0.287 0.255 0.092 0.166 0.091 0.039 0.031 0.016 0.011 0.008 0.004 145 Q 0.106 0.068 0.036 0.097 0.103 0.123 0.158 0.111 0.092 0.063 0.043 146 P 0.471 0.221 0.046 0.128 0.067 0.027 0.019 0.009 0.007 0.004 0.002 147 A 0.114 0.061 0.037 0.091 0.082 0.100 0.148 0.106 0.114 0.090 0.058 148 H 0.141 0.168 0.065 0.171 0.152 0.094 0.090 0.048 0.036 0.022 0.012 149 H 0.088 0.084 0.049 0.105 0.095 0.106 0.160 0.103 0.096 0.069 0.046 150 H 0.256 0.153 0.082 0.155 0.120 0.073 0.065 0.040 0.027 0.018 0.010 151 H 0.400 0.197 0.064 0.112 0.071 0.047 0.046 0.025 0.018 0.012 0.007 152 H 0.249 0.128 0.045 0.141 0.118 0.097 0.090 0.053 0.039 0.026 0.015 153 H 0.362 0.143 0.058 0.116 0.094 0.071 0.067 0.036 0.027 0.017 0.009