# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3182 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.007 0.003 0.053 0.070 0.106 0.091 0.001 0.001 0.004 0.617 2 I 0.014 0.002 0.001 0.023 0.018 0.036 0.065 0.001 0.001 0.002 0.838 3 G 0.049 0.003 0.002 0.047 0.030 0.060 0.071 0.001 0.001 0.004 0.733 4 T 0.027 0.003 0.001 0.063 0.042 0.043 0.184 0.001 0.001 0.004 0.633 5 Q 0.041 0.003 0.001 0.045 0.018 0.039 0.096 0.001 0.001 0.003 0.753 6 I 0.119 0.020 0.006 0.260 0.088 0.119 0.108 0.001 0.001 0.012 0.268 7 V 0.012 0.010 0.001 0.034 0.021 0.035 0.366 0.001 0.001 0.002 0.519 8 T 0.005 0.016 0.001 0.035 0.007 0.037 0.048 0.001 0.001 0.001 0.850 9 E 0.003 0.040 0.001 0.007 0.005 0.012 0.342 0.001 0.001 0.005 0.586 10 R 0.045 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.598 0.001 0.001 0.007 0.270 11 L 0.032 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.049 12 V 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 13 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 14 L 0.030 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.005 15 L 0.032 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 16 E 0.089 0.743 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.125 0.001 0.001 0.024 17 S 0.147 0.466 0.029 0.002 0.001 0.001 0.006 0.266 0.001 0.002 0.079 18 G 0.304 0.104 0.149 0.009 0.002 0.002 0.012 0.145 0.001 0.028 0.244 19 T 0.077 0.005 0.489 0.010 0.002 0.002 0.193 0.006 0.001 0.004 0.211 20 E 0.058 0.001 0.011 0.042 0.010 0.009 0.178 0.002 0.001 0.012 0.676 21 K 0.040 0.001 0.005 0.152 0.021 0.028 0.281 0.001 0.001 0.004 0.467 22 V 0.030 0.001 0.003 0.480 0.042 0.050 0.105 0.001 0.001 0.002 0.286 23 L 0.005 0.001 0.001 0.730 0.108 0.124 0.008 0.001 0.001 0.001 0.024 24 L 0.002 0.001 0.001 0.627 0.084 0.158 0.012 0.001 0.001 0.001 0.116 25 I 0.001 0.001 0.001 0.893 0.036 0.061 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 26 D 0.002 0.002 0.001 0.506 0.073 0.080 0.059 0.001 0.001 0.003 0.275 27 S 0.002 0.003 0.001 0.549 0.040 0.102 0.066 0.001 0.001 0.006 0.230 28 R 0.014 0.002 0.001 0.253 0.028 0.054 0.262 0.001 0.001 0.014 0.372 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.972 30 F 0.018 0.002 0.001 0.017 0.007 0.030 0.075 0.001 0.001 0.002 0.849 31 V 0.072 0.019 0.001 0.019 0.012 0.017 0.134 0.001 0.001 0.008 0.719 32 E 0.176 0.046 0.002 0.010 0.014 0.022 0.123 0.001 0.001 0.006 0.600 33 Y 0.313 0.186 0.003 0.023 0.025 0.041 0.055 0.003 0.001 0.005 0.345 34 N 0.144 0.299 0.006 0.037 0.063 0.078 0.088 0.006 0.001 0.005 0.274 35 T 0.134 0.186 0.009 0.033 0.034 0.047 0.070 0.013 0.001 0.008 0.467 36 S 0.288 0.151 0.015 0.054 0.032 0.053 0.075 0.018 0.001 0.011 0.304 37 H 0.162 0.056 0.036 0.066 0.024 0.032 0.140 0.017 0.001 0.011 0.456 38 I 0.068 0.058 0.047 0.210 0.070 0.096 0.137 0.005 0.001 0.007 0.301 39 L 0.015 0.018 0.003 0.081 0.043 0.098 0.071 0.002 0.001 0.004 0.665 40 E 0.026 0.020 0.002 0.157 0.065 0.114 0.134 0.004 0.001 0.011 0.466 41 A 0.162 0.035 0.012 0.140 0.048 0.067 0.125 0.004 0.001 0.009 0.398 42 I 0.108 0.028 0.004 0.298 0.141 0.134 0.083 0.002 0.001 0.009 0.193 43 N 0.046 0.018 0.006 0.124 0.049 0.072 0.087 0.005 0.001 0.006 0.589 44 I 0.131 0.019 0.009 0.337 0.075 0.145 0.044 0.001 0.001 0.007 0.231 45 N 0.005 0.005 0.001 0.038 0.009 0.016 0.356 0.001 0.001 0.002 0.566 46 C 0.008 0.010 0.002 0.051 0.011 0.032 0.108 0.001 0.001 0.005 0.773 47 S 0.008 0.031 0.001 0.020 0.006 0.016 0.411 0.001 0.001 0.007 0.501 48 K 0.126 0.073 0.001 0.007 0.002 0.005 0.465 0.001 0.001 0.014 0.306 49 L 0.095 0.735 0.002 0.004 0.004 0.006 0.046 0.002 0.001 0.003 0.103 50 M 0.032 0.867 0.004 0.002 0.004 0.005 0.018 0.002 0.001 0.001 0.065 51 K 0.059 0.816 0.003 0.001 0.002 0.003 0.011 0.011 0.001 0.001 0.092 52 R 0.092 0.816 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.024 0.001 0.001 0.053 53 R 0.111 0.698 0.012 0.001 0.002 0.002 0.005 0.048 0.001 0.001 0.120 54 L 0.067 0.600 0.069 0.005 0.004 0.005 0.020 0.030 0.001 0.001 0.197 55 Q 0.106 0.574 0.026 0.009 0.007 0.008 0.040 0.024 0.001 0.002 0.202 56 Q 0.128 0.477 0.009 0.008 0.004 0.006 0.034 0.024 0.001 0.003 0.307 57 D 0.224 0.375 0.022 0.011 0.004 0.007 0.053 0.023 0.001 0.006 0.273 58 K 0.266 0.218 0.048 0.020 0.005 0.007 0.093 0.014 0.001 0.007 0.322 59 V 0.100 0.261 0.050 0.030 0.012 0.013 0.146 0.008 0.001 0.005 0.375 60 L 0.050 0.238 0.018 0.022 0.011 0.018 0.116 0.005 0.001 0.004 0.517 61 I 0.041 0.386 0.008 0.021 0.010 0.029 0.086 0.005 0.001 0.002 0.411 62 T 0.027 0.409 0.003 0.013 0.007 0.017 0.059 0.003 0.001 0.003 0.460 63 E 0.041 0.443 0.003 0.004 0.003 0.005 0.112 0.003 0.001 0.003 0.383 64 L 0.132 0.641 0.005 0.002 0.001 0.002 0.062 0.004 0.001 0.002 0.150 65 I 0.042 0.901 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.042 66 Q 0.010 0.910 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.065 67 H 0.013 0.895 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.077 68 S 0.049 0.877 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.053 69 A 0.045 0.892 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.044 70 K 0.046 0.835 0.013 0.002 0.002 0.002 0.005 0.016 0.001 0.001 0.078 71 H 0.074 0.781 0.013 0.003 0.002 0.001 0.009 0.031 0.001 0.001 0.085 72 K 0.127 0.727 0.010 0.003 0.002 0.002 0.006 0.039 0.001 0.001 0.084 73 V 0.158 0.468 0.025 0.008 0.004 0.005 0.024 0.075 0.001 0.002 0.231 74 D 0.253 0.129 0.045 0.015 0.008 0.012 0.041 0.115 0.001 0.006 0.375 75 I 0.263 0.063 0.072 0.031 0.011 0.016 0.078 0.019 0.001 0.002 0.445 76 D 0.033 0.031 0.006 0.034 0.025 0.023 0.244 0.007 0.001 0.007 0.589 77 C 0.021 0.005 0.002 0.022 0.007 0.008 0.052 0.002 0.001 0.012 0.868 78 S 0.069 0.004 0.009 0.051 0.016 0.025 0.454 0.002 0.001 0.013 0.358 79 Q 0.503 0.001 0.002 0.086 0.027 0.031 0.156 0.001 0.001 0.028 0.164 80 K 0.020 0.001 0.003 0.178 0.017 0.016 0.133 0.001 0.001 0.002 0.629 81 V 0.004 0.001 0.001 0.734 0.065 0.083 0.024 0.001 0.001 0.001 0.087 82 V 0.001 0.001 0.001 0.882 0.038 0.058 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 83 V 0.001 0.001 0.001 0.806 0.046 0.126 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.885 0.029 0.053 0.004 0.001 0.001 0.002 0.026 85 D 0.002 0.001 0.001 0.495 0.081 0.118 0.087 0.001 0.001 0.003 0.211 86 Q 0.005 0.001 0.001 0.226 0.028 0.053 0.229 0.001 0.001 0.009 0.448 87 S 0.013 0.001 0.001 0.032 0.004 0.008 0.439 0.001 0.001 0.014 0.487 88 S 0.258 0.002 0.001 0.022 0.008 0.022 0.207 0.001 0.001 0.024 0.456 89 Q 0.041 0.004 0.001 0.013 0.005 0.008 0.196 0.001 0.001 0.028 0.703 90 D 0.049 0.004 0.003 0.007 0.004 0.008 0.423 0.001 0.001 0.011 0.491 91 V 0.409 0.026 0.007 0.017 0.010 0.024 0.247 0.002 0.001 0.016 0.241 92 A 0.101 0.069 0.006 0.021 0.016 0.025 0.151 0.004 0.001 0.014 0.592 93 S 0.068 0.033 0.012 0.025 0.015 0.032 0.088 0.005 0.001 0.014 0.709 94 L 0.140 0.030 0.019 0.025 0.011 0.021 0.161 0.002 0.001 0.004 0.587 95 S 0.045 0.043 0.005 0.020 0.014 0.027 0.279 0.002 0.001 0.005 0.559 96 S 0.043 0.111 0.005 0.027 0.008 0.031 0.166 0.001 0.001 0.004 0.603 97 D 0.028 0.206 0.002 0.016 0.004 0.012 0.146 0.001 0.001 0.005 0.580 98 C 0.046 0.344 0.003 0.005 0.002 0.003 0.240 0.001 0.001 0.005 0.350 99 F 0.024 0.855 0.003 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.090 100 L 0.005 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 101 T 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 102 V 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 103 L 0.025 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.009 104 L 0.034 0.930 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.017 105 G 0.062 0.778 0.023 0.001 0.001 0.001 0.004 0.045 0.001 0.001 0.083 106 K 0.152 0.603 0.043 0.006 0.001 0.002 0.007 0.051 0.001 0.001 0.133 107 L 0.047 0.416 0.026 0.010 0.004 0.004 0.025 0.030 0.001 0.001 0.437 108 E 0.138 0.307 0.030 0.014 0.010 0.013 0.116 0.022 0.001 0.004 0.347 109 K 0.265 0.333 0.014 0.011 0.006 0.007 0.067 0.033 0.001 0.004 0.260 110 S 0.361 0.125 0.021 0.022 0.013 0.018 0.027 0.054 0.001 0.019 0.340 111 F 0.153 0.025 0.176 0.041 0.014 0.019 0.100 0.007 0.001 0.003 0.461 112 N 0.030 0.007 0.008 0.072 0.031 0.032 0.149 0.002 0.001 0.006 0.664 113 S 0.028 0.004 0.001 0.101 0.032 0.043 0.122 0.002 0.001 0.004 0.663 114 V 0.028 0.009 0.005 0.312 0.039 0.060 0.088 0.001 0.001 0.003 0.456 115 H 0.012 0.003 0.001 0.749 0.074 0.097 0.031 0.001 0.001 0.004 0.029 116 L 0.010 0.010 0.002 0.294 0.079 0.098 0.049 0.001 0.001 0.002 0.454 117 L 0.009 0.008 0.001 0.621 0.099 0.193 0.012 0.001 0.001 0.003 0.055 118 A 0.011 0.015 0.001 0.134 0.046 0.071 0.182 0.001 0.001 0.003 0.536 119 G 0.028 0.021 0.003 0.098 0.040 0.059 0.133 0.002 0.001 0.021 0.596 120 G 0.049 0.009 0.009 0.022 0.006 0.015 0.421 0.001 0.001 0.009 0.461 121 F 0.127 0.041 0.013 0.077 0.017 0.048 0.146 0.001 0.001 0.010 0.520 122 A 0.016 0.084 0.003 0.018 0.019 0.046 0.136 0.001 0.001 0.006 0.670 123 E 0.041 0.202 0.004 0.013 0.014 0.028 0.172 0.001 0.001 0.004 0.521 124 F 0.071 0.663 0.001 0.005 0.007 0.026 0.013 0.004 0.001 0.001 0.209 125 S 0.054 0.792 0.002 0.004 0.018 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.094 126 R 0.109 0.662 0.004 0.003 0.012 0.011 0.008 0.018 0.001 0.001 0.172 127 C 0.364 0.396 0.012 0.003 0.003 0.009 0.007 0.060 0.001 0.002 0.144 128 F 0.508 0.208 0.044 0.009 0.005 0.010 0.013 0.038 0.001 0.001 0.164 129 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.993 130 G 0.004 0.002 0.002 0.008 0.005 0.009 0.049 0.001 0.001 0.001 0.918 131 L 0.184 0.025 0.002 0.052 0.021 0.038 0.098 0.001 0.001 0.003 0.576 132 C 0.113 0.130 0.002 0.087 0.079 0.093 0.153 0.002 0.001 0.005 0.337 133 E 0.068 0.107 0.002 0.069 0.067 0.081 0.106 0.003 0.001 0.007 0.491 134 G 0.107 0.045 0.003 0.050 0.042 0.076 0.055 0.006 0.001 0.010 0.607 135 K 0.189 0.019 0.014 0.032 0.033 0.048 0.161 0.002 0.001 0.006 0.495 136 S 0.026 0.008 0.003 0.018 0.021 0.024 0.098 0.002 0.001 0.004 0.797 137 T 0.069 0.011 0.006 0.039 0.050 0.098 0.082 0.002 0.001 0.004 0.639 138 L 0.068 0.006 0.002 0.032 0.017 0.050 0.064 0.001 0.001 0.002 0.757 139 V 0.056 0.006 0.002 0.052 0.057 0.084 0.154 0.001 0.001 0.003 0.587 140 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.995 141 T 0.013 0.003 0.001 0.035 0.060 0.115 0.119 0.001 0.001 0.002 0.653 142 C 0.150 0.007 0.001 0.023 0.019 0.028 0.069 0.001 0.001 0.006 0.697 143 I 0.128 0.025 0.002 0.047 0.081 0.118 0.079 0.001 0.001 0.006 0.513 144 S 0.052 0.010 0.001 0.027 0.020 0.039 0.095 0.001 0.001 0.006 0.749 145 Q 0.104 0.008 0.002 0.045 0.051 0.072 0.104 0.001 0.001 0.003 0.608 146 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.985 147 A 0.019 0.004 0.001 0.031 0.047 0.106 0.106 0.001 0.001 0.002 0.685 148 H 0.097 0.024 0.001 0.043 0.042 0.060 0.098 0.001 0.001 0.007 0.628 149 H 0.136 0.044 0.002 0.047 0.062 0.105 0.075 0.002 0.001 0.005 0.524 150 H 0.091 0.057 0.002 0.047 0.055 0.076 0.097 0.002 0.001 0.006 0.568 151 H 0.063 0.023 0.002 0.023 0.024 0.044 0.086 0.002 0.001 0.004 0.729 152 H 0.110 0.026 0.007 0.028 0.027 0.047 0.123 0.003 0.001 0.005 0.624 153 H 0.061 0.016 0.004 0.024 0.024 0.039 0.096 0.002 0.001 0.005 0.730