# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3182 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.008 0.046 0.047 0.057 0.075 0.007 0.727 2 I 0.009 0.003 0.020 0.013 0.021 0.041 0.003 0.890 3 G 0.037 0.006 0.052 0.029 0.047 0.060 0.006 0.764 4 T 0.053 0.008 0.087 0.046 0.045 0.097 0.006 0.657 5 Q 0.025 0.003 0.027 0.012 0.025 0.051 0.003 0.854 6 I 0.070 0.022 0.173 0.099 0.101 0.126 0.005 0.404 7 V 0.020 0.025 0.047 0.037 0.049 0.218 0.003 0.600 8 T 0.017 0.030 0.030 0.011 0.063 0.046 0.002 0.800 9 E 0.010 0.043 0.008 0.004 0.016 0.213 0.002 0.704 10 R 0.031 0.090 0.002 0.002 0.003 0.317 0.004 0.552 11 L 0.019 0.804 0.001 0.001 0.003 0.022 0.002 0.149 12 V 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 13 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 14 L 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 15 L 0.015 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 16 E 0.078 0.873 0.003 0.002 0.002 0.002 0.024 0.016 17 S 0.240 0.597 0.012 0.005 0.002 0.003 0.098 0.042 18 G 0.587 0.078 0.020 0.004 0.003 0.006 0.178 0.125 19 T 0.155 0.033 0.296 0.018 0.015 0.109 0.073 0.300 20 E 0.014 0.007 0.142 0.031 0.021 0.104 0.016 0.665 21 K 0.048 0.003 0.206 0.044 0.056 0.184 0.013 0.445 22 V 0.054 0.001 0.481 0.055 0.080 0.097 0.005 0.228 23 L 0.001 0.001 0.850 0.092 0.041 0.006 0.001 0.008 24 L 0.001 0.001 0.514 0.113 0.139 0.006 0.001 0.226 25 I 0.001 0.001 0.800 0.062 0.123 0.002 0.001 0.012 26 D 0.001 0.001 0.582 0.122 0.159 0.023 0.001 0.112 27 S 0.002 0.001 0.595 0.044 0.116 0.025 0.002 0.216 28 R 0.003 0.001 0.067 0.013 0.040 0.737 0.001 0.138 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.995 30 F 0.004 0.004 0.011 0.009 0.038 0.183 0.001 0.749 31 V 0.050 0.015 0.010 0.010 0.016 0.144 0.009 0.746 32 E 0.169 0.131 0.009 0.015 0.038 0.133 0.008 0.497 33 Y 0.173 0.551 0.013 0.027 0.055 0.031 0.007 0.142 34 N 0.099 0.637 0.016 0.021 0.033 0.033 0.018 0.142 35 T 0.150 0.426 0.027 0.022 0.031 0.021 0.044 0.279 36 S 0.300 0.273 0.036 0.034 0.027 0.031 0.061 0.239 37 H 0.220 0.103 0.062 0.030 0.041 0.087 0.060 0.398 38 I 0.096 0.128 0.168 0.065 0.133 0.087 0.020 0.303 39 L 0.014 0.036 0.050 0.031 0.051 0.074 0.005 0.740 40 E 0.050 0.065 0.055 0.028 0.045 0.143 0.021 0.593 41 A 0.485 0.051 0.084 0.017 0.033 0.082 0.019 0.228 42 I 0.178 0.095 0.268 0.118 0.067 0.060 0.028 0.186 43 N 0.059 0.031 0.218 0.056 0.079 0.051 0.022 0.484 44 I 0.045 0.023 0.482 0.067 0.086 0.052 0.007 0.237 45 N 0.009 0.014 0.045 0.017 0.038 0.271 0.003 0.604 46 C 0.032 0.022 0.060 0.011 0.057 0.141 0.005 0.672 47 S 0.017 0.036 0.017 0.004 0.010 0.579 0.003 0.336 48 K 0.089 0.071 0.006 0.003 0.006 0.534 0.010 0.282 49 L 0.083 0.766 0.004 0.003 0.005 0.044 0.003 0.092 50 M 0.038 0.851 0.006 0.004 0.011 0.019 0.006 0.065 51 K 0.081 0.763 0.005 0.005 0.009 0.017 0.016 0.103 52 R 0.153 0.693 0.012 0.006 0.009 0.012 0.028 0.087 53 R 0.160 0.620 0.013 0.010 0.011 0.018 0.033 0.136 54 L 0.117 0.428 0.057 0.016 0.023 0.039 0.037 0.282 55 Q 0.102 0.391 0.069 0.023 0.037 0.091 0.024 0.262 56 Q 0.069 0.245 0.047 0.010 0.015 0.078 0.024 0.514 57 D 0.163 0.257 0.049 0.014 0.013 0.064 0.033 0.407 58 K 0.250 0.093 0.051 0.009 0.009 0.076 0.031 0.481 59 V 0.127 0.076 0.110 0.020 0.028 0.160 0.015 0.464 60 L 0.052 0.099 0.051 0.026 0.040 0.192 0.007 0.533 61 I 0.056 0.195 0.041 0.020 0.050 0.131 0.006 0.502 62 T 0.037 0.155 0.021 0.007 0.028 0.121 0.006 0.624 63 E 0.058 0.214 0.010 0.005 0.009 0.248 0.009 0.446 64 L 0.124 0.458 0.004 0.003 0.004 0.191 0.010 0.206 65 I 0.067 0.826 0.005 0.002 0.005 0.015 0.005 0.076 66 Q 0.015 0.824 0.006 0.002 0.007 0.016 0.004 0.126 67 H 0.030 0.778 0.004 0.002 0.004 0.027 0.007 0.150 68 S 0.024 0.932 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.030 69 A 0.028 0.929 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.029 70 K 0.052 0.829 0.007 0.003 0.004 0.012 0.016 0.076 71 H 0.128 0.666 0.017 0.005 0.005 0.018 0.044 0.117 72 K 0.198 0.566 0.015 0.006 0.008 0.015 0.036 0.157 73 V 0.153 0.318 0.074 0.033 0.026 0.046 0.050 0.300 74 D 0.089 0.101 0.065 0.041 0.035 0.071 0.027 0.571 75 I 0.103 0.048 0.100 0.041 0.058 0.066 0.012 0.573 76 D 0.030 0.040 0.039 0.067 0.090 0.268 0.010 0.457 77 C 0.062 0.017 0.031 0.031 0.048 0.084 0.016 0.712 78 S 0.055 0.009 0.026 0.025 0.027 0.514 0.025 0.318 79 Q 0.377 0.005 0.065 0.071 0.044 0.179 0.054 0.207 80 K 0.070 0.002 0.146 0.067 0.095 0.211 0.008 0.402 81 V 0.004 0.001 0.407 0.199 0.251 0.041 0.002 0.095 82 V 0.001 0.001 0.530 0.227 0.223 0.006 0.001 0.012 83 V 0.001 0.001 0.585 0.138 0.244 0.002 0.001 0.030 84 Y 0.001 0.001 0.804 0.071 0.108 0.003 0.001 0.015 85 D 0.001 0.001 0.489 0.157 0.231 0.021 0.001 0.101 86 Q 0.002 0.001 0.244 0.049 0.195 0.122 0.001 0.387 87 S 0.003 0.001 0.011 0.003 0.017 0.820 0.001 0.144 88 S 0.144 0.002 0.011 0.007 0.011 0.262 0.009 0.553 89 Q 0.037 0.005 0.009 0.005 0.007 0.412 0.006 0.519 90 D 0.056 0.012 0.008 0.007 0.014 0.397 0.014 0.492 91 V 0.224 0.091 0.025 0.019 0.046 0.210 0.013 0.371 92 A 0.052 0.154 0.024 0.031 0.052 0.161 0.009 0.517 93 S 0.060 0.093 0.022 0.021 0.041 0.078 0.015 0.670 94 L 0.190 0.091 0.025 0.024 0.050 0.096 0.013 0.511 95 S 0.071 0.081 0.018 0.017 0.033 0.218 0.010 0.552 96 S 0.093 0.114 0.013 0.011 0.030 0.166 0.009 0.564 97 D 0.037 0.209 0.007 0.004 0.012 0.096 0.004 0.632 98 C 0.024 0.315 0.003 0.003 0.005 0.171 0.003 0.475 99 F 0.016 0.816 0.002 0.002 0.003 0.052 0.002 0.109 100 L 0.004 0.970 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.019 101 T 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 102 V 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 103 L 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 104 L 0.013 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 105 G 0.073 0.858 0.004 0.002 0.002 0.002 0.021 0.038 106 K 0.081 0.799 0.025 0.003 0.003 0.005 0.024 0.059 107 L 0.039 0.729 0.016 0.004 0.009 0.012 0.021 0.170 108 E 0.089 0.501 0.043 0.010 0.012 0.058 0.040 0.248 109 K 0.268 0.354 0.049 0.014 0.009 0.061 0.060 0.185 110 S 0.416 0.090 0.034 0.008 0.007 0.043 0.078 0.325 111 F 0.162 0.072 0.324 0.027 0.032 0.054 0.027 0.300 112 N 0.008 0.017 0.079 0.019 0.022 0.112 0.006 0.737 113 S 0.046 0.015 0.082 0.026 0.043 0.154 0.011 0.625 114 V 0.157 0.034 0.228 0.036 0.060 0.086 0.008 0.391 115 H 0.015 0.020 0.731 0.082 0.053 0.028 0.005 0.066 116 L 0.013 0.027 0.311 0.058 0.087 0.043 0.005 0.455 117 L 0.017 0.043 0.548 0.078 0.168 0.032 0.005 0.110 118 A 0.016 0.062 0.196 0.040 0.074 0.139 0.008 0.464 119 G 0.078 0.030 0.082 0.016 0.028 0.107 0.028 0.631 120 G 0.267 0.025 0.038 0.008 0.010 0.166 0.019 0.468 121 F 0.083 0.090 0.100 0.017 0.045 0.096 0.011 0.557 122 A 0.021 0.095 0.021 0.011 0.036 0.168 0.006 0.641 123 E 0.061 0.278 0.010 0.009 0.020 0.201 0.009 0.411 124 F 0.074 0.729 0.006 0.004 0.010 0.021 0.005 0.151 125 S 0.033 0.846 0.006 0.005 0.009 0.014 0.008 0.079 126 R 0.111 0.715 0.008 0.007 0.008 0.011 0.032 0.109 127 C 0.311 0.418 0.018 0.008 0.011 0.016 0.099 0.120 128 F 0.286 0.291 0.041 0.022 0.025 0.018 0.054 0.262 129 P 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.985 130 G 0.007 0.011 0.013 0.015 0.021 0.041 0.003 0.889 131 L 0.232 0.035 0.055 0.030 0.048 0.070 0.014 0.516 132 C 0.156 0.076 0.106 0.106 0.100 0.106 0.012 0.337 133 E 0.056 0.050 0.097 0.095 0.091 0.057 0.009 0.545 134 G 0.058 0.034 0.055 0.065 0.087 0.057 0.016 0.627 135 K 0.128 0.015 0.056 0.040 0.059 0.112 0.014 0.576 136 S 0.022 0.011 0.030 0.036 0.035 0.078 0.008 0.781 137 T 0.089 0.012 0.052 0.057 0.113 0.112 0.016 0.548 138 L 0.074 0.013 0.063 0.042 0.072 0.097 0.013 0.626 139 V 0.053 0.011 0.071 0.102 0.136 0.128 0.006 0.493 140 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 141 T 0.013 0.006 0.036 0.064 0.152 0.160 0.005 0.564 142 C 0.233 0.009 0.019 0.023 0.032 0.080 0.011 0.593 143 I 0.186 0.035 0.064 0.068 0.110 0.084 0.011 0.442 144 S 0.056 0.018 0.028 0.028 0.051 0.101 0.012 0.706 145 Q 0.181 0.018 0.055 0.056 0.076 0.078 0.011 0.525 146 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 147 A 0.016 0.005 0.027 0.044 0.094 0.089 0.005 0.720 148 H 0.148 0.021 0.040 0.048 0.053 0.072 0.010 0.609 149 H 0.097 0.025 0.042 0.048 0.106 0.069 0.007 0.606 150 H 0.099 0.039 0.055 0.061 0.098 0.119 0.007 0.523 151 H 0.084 0.030 0.034 0.030 0.044 0.097 0.014 0.668 152 H 0.101 0.029 0.027 0.026 0.041 0.103 0.014 0.659 153 H 0.071 0.029 0.025 0.027 0.044 0.093 0.011 0.701