# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3182 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.084 0.366 0.324 0.051 0.082 0.022 0.017 0.004 0.042 0.007 0.001 2 I 0.132 0.139 0.500 0.113 0.026 0.039 0.022 0.002 0.019 0.002 0.006 3 G 0.095 0.072 0.198 0.045 0.179 0.036 0.065 0.193 0.015 0.100 0.001 4 T 0.158 0.317 0.328 0.082 0.065 0.020 0.010 0.002 0.011 0.003 0.002 5 Q 0.064 0.393 0.291 0.070 0.037 0.075 0.029 0.002 0.033 0.001 0.004 6 I 0.029 0.505 0.355 0.052 0.017 0.027 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 7 V 0.014 0.209 0.578 0.004 0.061 0.052 0.001 0.001 0.078 0.002 0.001 8 T 0.909 0.001 0.076 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 9 E 0.992 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.977 0.002 0.003 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.994 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.973 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.943 0.005 0.015 0.028 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 16 E 0.891 0.004 0.015 0.064 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 17 S 0.301 0.009 0.056 0.574 0.004 0.005 0.040 0.005 0.005 0.001 0.001 18 G 0.041 0.002 0.017 0.036 0.018 0.003 0.089 0.688 0.001 0.105 0.001 19 T 0.133 0.121 0.576 0.077 0.033 0.015 0.013 0.001 0.023 0.006 0.001 20 E 0.418 0.043 0.387 0.080 0.019 0.014 0.011 0.006 0.003 0.005 0.014 21 K 0.096 0.249 0.232 0.246 0.044 0.029 0.047 0.015 0.038 0.001 0.003 22 V 0.005 0.847 0.104 0.006 0.029 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 23 L 0.008 0.688 0.245 0.002 0.013 0.031 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 24 L 0.008 0.470 0.452 0.005 0.008 0.035 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 25 I 0.027 0.731 0.113 0.011 0.056 0.024 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 26 D 0.054 0.221 0.429 0.038 0.043 0.117 0.025 0.003 0.063 0.003 0.004 27 S 0.213 0.295 0.164 0.145 0.073 0.061 0.020 0.008 0.014 0.004 0.002 28 R 0.023 0.363 0.314 0.007 0.097 0.018 0.004 0.001 0.170 0.004 0.001 29 P 0.099 0.008 0.812 0.009 0.004 0.025 0.002 0.001 0.005 0.001 0.033 30 F 0.643 0.037 0.200 0.060 0.017 0.020 0.008 0.005 0.006 0.002 0.002 31 V 0.696 0.087 0.112 0.056 0.018 0.019 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 32 E 0.588 0.105 0.088 0.138 0.021 0.030 0.015 0.002 0.011 0.001 0.001 33 Y 0.474 0.198 0.120 0.117 0.042 0.018 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 34 N 0.451 0.093 0.139 0.186 0.035 0.044 0.031 0.005 0.013 0.003 0.001 35 T 0.395 0.165 0.106 0.226 0.043 0.018 0.028 0.003 0.014 0.002 0.001 36 S 0.297 0.128 0.141 0.108 0.164 0.019 0.065 0.042 0.011 0.025 0.001 37 H 0.154 0.323 0.260 0.074 0.079 0.053 0.028 0.004 0.022 0.003 0.001 38 I 0.079 0.370 0.388 0.014 0.017 0.050 0.004 0.001 0.077 0.001 0.001 39 L 0.440 0.025 0.388 0.093 0.007 0.023 0.006 0.001 0.007 0.001 0.008 40 E 0.228 0.050 0.060 0.181 0.121 0.015 0.119 0.186 0.008 0.032 0.001 41 A 0.191 0.309 0.228 0.114 0.066 0.035 0.023 0.007 0.022 0.004 0.001 42 I 0.148 0.546 0.181 0.053 0.034 0.022 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 43 N 0.075 0.266 0.220 0.082 0.074 0.130 0.074 0.009 0.064 0.003 0.002 44 I 0.070 0.503 0.284 0.031 0.031 0.034 0.005 0.001 0.041 0.001 0.001 45 N 0.104 0.079 0.432 0.049 0.018 0.246 0.012 0.001 0.055 0.001 0.004 46 C 0.694 0.055 0.130 0.060 0.023 0.023 0.003 0.001 0.006 0.004 0.001 47 S 0.864 0.015 0.037 0.055 0.012 0.007 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 48 K 0.798 0.028 0.042 0.084 0.017 0.012 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 49 L 0.814 0.030 0.050 0.075 0.006 0.012 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 50 M 0.755 0.051 0.084 0.077 0.008 0.011 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 51 K 0.739 0.034 0.079 0.093 0.011 0.016 0.018 0.002 0.006 0.001 0.001 52 R 0.594 0.055 0.097 0.164 0.016 0.021 0.031 0.008 0.014 0.002 0.001 53 R 0.411 0.083 0.267 0.125 0.017 0.032 0.025 0.004 0.032 0.002 0.001 54 L 0.526 0.051 0.254 0.107 0.008 0.029 0.013 0.003 0.007 0.001 0.002 55 Q 0.489 0.107 0.195 0.143 0.020 0.018 0.011 0.002 0.012 0.002 0.001 56 Q 0.519 0.055 0.114 0.181 0.027 0.022 0.037 0.023 0.013 0.008 0.001 57 D 0.223 0.092 0.144 0.271 0.034 0.046 0.142 0.018 0.024 0.004 0.001 58 K 0.392 0.122 0.201 0.155 0.021 0.042 0.036 0.011 0.014 0.003 0.003 59 V 0.237 0.278 0.341 0.049 0.016 0.030 0.007 0.001 0.039 0.001 0.002 60 L 0.265 0.052 0.520 0.054 0.007 0.070 0.004 0.001 0.020 0.001 0.006 61 I 0.342 0.097 0.423 0.037 0.022 0.043 0.004 0.001 0.028 0.002 0.002 62 T 0.935 0.004 0.046 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.966 0.004 0.014 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.924 0.010 0.015 0.036 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 65 I 0.941 0.013 0.021 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 66 Q 0.982 0.001 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 H 0.972 0.002 0.004 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.928 0.003 0.006 0.058 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.927 0.006 0.013 0.044 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 70 K 0.898 0.008 0.022 0.054 0.003 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 71 H 0.723 0.026 0.055 0.160 0.007 0.009 0.013 0.003 0.005 0.001 0.001 72 K 0.527 0.051 0.145 0.216 0.009 0.019 0.018 0.004 0.009 0.001 0.001 73 V 0.332 0.164 0.235 0.192 0.012 0.020 0.030 0.002 0.012 0.001 0.001 74 D 0.135 0.092 0.179 0.132 0.062 0.099 0.191 0.053 0.046 0.011 0.001 75 I 0.205 0.447 0.208 0.072 0.030 0.017 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 76 D 0.156 0.110 0.293 0.186 0.028 0.120 0.044 0.004 0.051 0.004 0.005 77 C 0.362 0.116 0.116 0.177 0.073 0.022 0.054 0.034 0.011 0.034 0.001 78 S 0.146 0.149 0.187 0.308 0.071 0.024 0.070 0.011 0.021 0.010 0.003 79 Q 0.045 0.344 0.406 0.065 0.071 0.011 0.026 0.005 0.020 0.004 0.002 80 K 0.022 0.239 0.630 0.023 0.016 0.021 0.016 0.002 0.026 0.001 0.004 81 V 0.002 0.860 0.104 0.002 0.024 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 82 V 0.003 0.776 0.174 0.001 0.016 0.019 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 83 V 0.006 0.685 0.229 0.003 0.021 0.035 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 84 Y 0.022 0.682 0.142 0.011 0.076 0.035 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 85 D 0.044 0.240 0.354 0.057 0.077 0.103 0.034 0.004 0.079 0.006 0.002 86 Q 0.247 0.163 0.217 0.145 0.086 0.046 0.033 0.025 0.020 0.016 0.001 87 S 0.167 0.154 0.221 0.240 0.082 0.048 0.033 0.008 0.025 0.021 0.001 88 S 0.527 0.076 0.131 0.138 0.052 0.028 0.018 0.005 0.011 0.012 0.002 89 Q 0.678 0.040 0.077 0.127 0.023 0.013 0.025 0.006 0.005 0.006 0.001 90 D 0.537 0.073 0.094 0.182 0.018 0.031 0.037 0.009 0.014 0.003 0.001 91 V 0.460 0.133 0.186 0.148 0.008 0.031 0.014 0.001 0.017 0.001 0.001 92 A 0.434 0.062 0.131 0.234 0.035 0.027 0.051 0.007 0.011 0.007 0.001 93 S 0.276 0.064 0.113 0.149 0.120 0.033 0.114 0.063 0.018 0.049 0.001 94 L 0.506 0.083 0.179 0.139 0.023 0.041 0.016 0.002 0.010 0.002 0.001 95 S 0.570 0.069 0.120 0.128 0.048 0.032 0.013 0.003 0.008 0.009 0.001 96 S 0.918 0.013 0.028 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 D 0.981 0.002 0.005 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 C 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.969 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.912 0.001 0.005 0.070 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 105 G 0.764 0.002 0.008 0.092 0.008 0.002 0.051 0.067 0.001 0.005 0.001 106 K 0.738 0.025 0.093 0.102 0.004 0.019 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 107 L 0.848 0.008 0.073 0.044 0.001 0.015 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 108 E 0.864 0.009 0.021 0.094 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.536 0.021 0.055 0.338 0.009 0.007 0.023 0.003 0.006 0.001 0.001 110 S 0.185 0.021 0.058 0.152 0.065 0.015 0.220 0.202 0.007 0.074 0.001 111 F 0.209 0.179 0.370 0.134 0.034 0.022 0.022 0.002 0.023 0.003 0.001 112 N 0.263 0.126 0.311 0.137 0.059 0.031 0.040 0.012 0.012 0.007 0.002 113 S 0.127 0.255 0.251 0.179 0.057 0.052 0.045 0.009 0.022 0.002 0.002 114 V 0.039 0.724 0.174 0.017 0.028 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 115 H 0.045 0.700 0.148 0.007 0.052 0.030 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 116 L 0.075 0.454 0.311 0.020 0.028 0.079 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 117 L 0.120 0.462 0.256 0.043 0.032 0.043 0.004 0.001 0.039 0.001 0.001 118 A 0.201 0.175 0.303 0.165 0.053 0.034 0.034 0.002 0.030 0.003 0.001 119 G 0.051 0.008 0.066 0.031 0.100 0.008 0.129 0.331 0.005 0.271 0.001 120 G 0.168 0.018 0.164 0.035 0.146 0.021 0.032 0.119 0.005 0.290 0.001 121 F 0.630 0.075 0.162 0.051 0.029 0.035 0.005 0.001 0.010 0.002 0.002 122 A 0.895 0.016 0.037 0.026 0.007 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 123 E 0.898 0.015 0.018 0.043 0.008 0.011 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 124 F 0.896 0.019 0.022 0.039 0.005 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 125 S 0.929 0.011 0.016 0.030 0.003 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 126 R 0.874 0.010 0.016 0.078 0.003 0.009 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 127 C 0.532 0.018 0.031 0.379 0.005 0.010 0.018 0.002 0.005 0.001 0.001 128 F 0.100 0.096 0.337 0.043 0.070 0.019 0.059 0.009 0.250 0.019 0.001 129 P 0.336 0.003 0.603 0.026 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 130 G 0.386 0.040 0.181 0.120 0.034 0.026 0.035 0.155 0.008 0.016 0.001 131 L 0.219 0.171 0.405 0.134 0.020 0.026 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 132 C 0.150 0.397 0.251 0.072 0.063 0.025 0.014 0.002 0.021 0.004 0.001 133 E 0.135 0.184 0.393 0.133 0.068 0.030 0.028 0.003 0.020 0.004 0.002 134 G 0.043 0.024 0.101 0.028 0.111 0.023 0.066 0.403 0.014 0.187 0.001 135 K 0.112 0.233 0.474 0.064 0.041 0.031 0.012 0.002 0.026 0.003 0.002 136 S 0.150 0.168 0.441 0.083 0.043 0.042 0.022 0.011 0.022 0.009 0.008 137 T 0.094 0.415 0.284 0.053 0.078 0.030 0.014 0.003 0.025 0.002 0.002 138 L 0.111 0.167 0.511 0.073 0.019 0.071 0.007 0.002 0.029 0.001 0.010 139 V 0.016 0.315 0.448 0.003 0.044 0.015 0.003 0.001 0.154 0.002 0.001 140 P 0.137 0.005 0.767 0.009 0.002 0.020 0.002 0.001 0.003 0.001 0.054 141 T 0.212 0.242 0.253 0.129 0.065 0.027 0.029 0.017 0.022 0.004 0.001 142 C 0.122 0.227 0.342 0.106 0.080 0.048 0.020 0.012 0.035 0.007 0.002 143 I 0.134 0.396 0.294 0.080 0.045 0.024 0.009 0.001 0.013 0.002 0.002 144 S 0.110 0.203 0.363 0.128 0.051 0.079 0.017 0.003 0.037 0.005 0.004 145 Q 0.023 0.351 0.392 0.006 0.070 0.013 0.003 0.001 0.139 0.003 0.001 146 P 0.122 0.007 0.796 0.010 0.002 0.017 0.002 0.001 0.003 0.001 0.039 147 A 0.251 0.201 0.339 0.087 0.049 0.024 0.013 0.014 0.017 0.004 0.001 148 H 0.173 0.261 0.344 0.079 0.050 0.046 0.012 0.004 0.027 0.002 0.002 149 H 0.170 0.322 0.272 0.106 0.049 0.040 0.014 0.002 0.020 0.003 0.001 150 H 0.214 0.237 0.237 0.120 0.082 0.043 0.026 0.006 0.025 0.008 0.001 151 H 0.242 0.179 0.213 0.152 0.073 0.053 0.037 0.013 0.028 0.008 0.001 152 H 0.217 0.216 0.248 0.152 0.053 0.040 0.034 0.007 0.025 0.006 0.001 153 H 0.238 0.195 0.269 0.126 0.055 0.040 0.033 0.008 0.026 0.008 0.002