# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3182 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.110 0.209 0.146 0.041 0.246 0.037 0.032 0.039 0.032 0.064 0.044 2 I 0.136 0.243 0.103 0.035 0.209 0.029 0.046 0.050 0.037 0.052 0.060 3 G 0.172 0.186 0.078 0.032 0.192 0.021 0.020 0.055 0.075 0.074 0.096 4 T 0.054 0.249 0.069 0.027 0.227 0.051 0.074 0.096 0.079 0.046 0.028 5 Q 0.297 0.125 0.020 0.005 0.363 0.005 0.014 0.042 0.022 0.046 0.061 6 I 0.071 0.321 0.087 0.016 0.289 0.032 0.035 0.053 0.021 0.040 0.034 7 V 0.069 0.542 0.227 0.002 0.136 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.012 8 T 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.744 0.236 0.004 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.926 0.065 0.002 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.026 0.011 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.068 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.032 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.931 0.036 0.003 0.001 15 L 0.003 0.013 0.004 0.001 0.005 0.001 0.012 0.711 0.222 0.028 0.002 16 E 0.006 0.004 0.003 0.001 0.004 0.010 0.085 0.612 0.138 0.108 0.028 17 S 0.007 0.565 0.217 0.008 0.036 0.009 0.093 0.038 0.017 0.008 0.002 18 G 0.035 0.011 0.015 0.021 0.010 0.022 0.021 0.019 0.024 0.554 0.268 19 T 0.107 0.295 0.138 0.020 0.291 0.008 0.013 0.022 0.030 0.048 0.027 20 E 0.075 0.092 0.039 0.033 0.079 0.114 0.115 0.125 0.149 0.104 0.076 21 K 0.113 0.127 0.032 0.020 0.317 0.023 0.152 0.034 0.036 0.118 0.029 22 V 0.313 0.032 0.001 0.001 0.639 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 23 L 0.105 0.061 0.003 0.001 0.809 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.004 24 L 0.362 0.011 0.001 0.001 0.616 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 25 I 0.221 0.133 0.014 0.006 0.521 0.006 0.003 0.002 0.002 0.010 0.083 26 D 0.249 0.099 0.015 0.005 0.540 0.004 0.008 0.003 0.002 0.013 0.062 27 S 0.179 0.165 0.042 0.023 0.205 0.012 0.021 0.025 0.050 0.148 0.131 28 R 0.051 0.373 0.217 0.042 0.180 0.026 0.027 0.018 0.015 0.033 0.017 29 P 0.070 0.451 0.192 0.011 0.193 0.006 0.007 0.027 0.017 0.011 0.015 30 F 0.063 0.077 0.018 0.007 0.078 0.011 0.028 0.373 0.275 0.041 0.029 31 V 0.020 0.042 0.018 0.006 0.042 0.018 0.050 0.536 0.224 0.032 0.012 32 E 0.076 0.058 0.016 0.006 0.107 0.012 0.048 0.447 0.103 0.094 0.033 33 Y 0.111 0.087 0.029 0.015 0.126 0.020 0.041 0.314 0.093 0.110 0.054 34 N 0.066 0.076 0.058 0.029 0.094 0.049 0.050 0.306 0.123 0.107 0.041 35 T 0.030 0.111 0.042 0.023 0.066 0.035 0.097 0.263 0.184 0.129 0.019 36 S 0.048 0.099 0.084 0.036 0.083 0.035 0.076 0.208 0.109 0.186 0.035 37 H 0.083 0.118 0.058 0.013 0.120 0.010 0.034 0.168 0.101 0.238 0.056 38 I 0.170 0.159 0.076 0.032 0.213 0.025 0.024 0.115 0.075 0.050 0.063 39 L 0.019 0.114 0.057 0.080 0.041 0.183 0.122 0.215 0.131 0.027 0.010 40 E 0.043 0.039 0.028 0.022 0.054 0.013 0.042 0.095 0.084 0.503 0.078 41 A 0.247 0.144 0.031 0.003 0.374 0.004 0.007 0.070 0.041 0.040 0.037 42 I 0.077 0.270 0.035 0.007 0.381 0.030 0.037 0.080 0.034 0.022 0.027 43 N 0.285 0.099 0.043 0.013 0.244 0.012 0.018 0.041 0.025 0.090 0.131 44 I 0.029 0.375 0.183 0.029 0.136 0.033 0.039 0.094 0.034 0.032 0.016 45 N 0.104 0.367 0.177 0.014 0.191 0.006 0.009 0.053 0.014 0.031 0.035 46 C 0.019 0.032 0.008 0.003 0.033 0.005 0.008 0.518 0.333 0.031 0.010 47 S 0.005 0.014 0.006 0.003 0.011 0.008 0.016 0.739 0.174 0.019 0.003 48 K 0.008 0.009 0.004 0.001 0.014 0.002 0.010 0.773 0.132 0.042 0.005 49 L 0.015 0.007 0.002 0.001 0.014 0.003 0.018 0.770 0.127 0.036 0.008 50 M 0.011 0.025 0.010 0.004 0.021 0.007 0.021 0.668 0.186 0.041 0.006 51 K 0.015 0.040 0.019 0.006 0.030 0.009 0.055 0.590 0.148 0.077 0.011 52 R 0.027 0.119 0.060 0.007 0.088 0.009 0.054 0.363 0.153 0.102 0.018 53 R 0.059 0.126 0.063 0.008 0.123 0.011 0.048 0.319 0.128 0.085 0.031 54 L 0.055 0.072 0.029 0.009 0.069 0.014 0.066 0.389 0.160 0.103 0.034 55 Q 0.049 0.117 0.064 0.028 0.095 0.024 0.065 0.280 0.138 0.107 0.033 56 Q 0.023 0.080 0.054 0.048 0.039 0.042 0.067 0.322 0.180 0.117 0.029 57 D 0.033 0.087 0.054 0.019 0.082 0.012 0.030 0.230 0.173 0.241 0.040 58 K 0.039 0.082 0.028 0.007 0.088 0.009 0.029 0.298 0.204 0.186 0.030 59 V 0.044 0.274 0.099 0.007 0.142 0.009 0.029 0.238 0.076 0.059 0.021 60 L 0.052 0.338 0.146 0.008 0.113 0.009 0.022 0.195 0.047 0.043 0.028 61 I 0.046 0.255 0.074 0.004 0.079 0.004 0.007 0.391 0.097 0.028 0.014 62 T 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.783 0.197 0.005 0.001 63 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.902 0.078 0.007 0.001 64 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.919 0.044 0.022 0.002 65 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.904 0.074 0.010 0.002 66 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.911 0.083 0.002 0.001 67 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.924 0.058 0.005 0.001 68 S 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.880 0.073 0.020 0.002 69 A 0.004 0.004 0.002 0.001 0.006 0.002 0.007 0.791 0.158 0.022 0.003 70 K 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.005 0.035 0.811 0.114 0.019 0.002 71 H 0.008 0.040 0.016 0.002 0.020 0.003 0.051 0.631 0.141 0.078 0.009 72 K 0.052 0.030 0.019 0.005 0.053 0.011 0.036 0.380 0.131 0.200 0.082 73 V 0.014 0.599 0.127 0.011 0.067 0.015 0.041 0.068 0.026 0.022 0.010 74 D 0.092 0.039 0.035 0.023 0.076 0.013 0.020 0.066 0.038 0.373 0.225 75 I 0.058 0.385 0.137 0.018 0.200 0.012 0.018 0.068 0.061 0.029 0.013 76 D 0.110 0.159 0.235 0.047 0.160 0.064 0.034 0.074 0.041 0.038 0.037 77 C 0.047 0.073 0.042 0.021 0.071 0.023 0.130 0.298 0.240 0.036 0.017 78 S 0.105 0.089 0.046 0.017 0.115 0.024 0.045 0.075 0.059 0.315 0.109 79 Q 0.096 0.316 0.043 0.005 0.369 0.015 0.049 0.020 0.015 0.037 0.033 80 K 0.255 0.046 0.002 0.001 0.663 0.003 0.014 0.003 0.002 0.003 0.008 81 V 0.192 0.049 0.002 0.001 0.745 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 82 V 0.230 0.043 0.002 0.001 0.706 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 83 V 0.387 0.036 0.002 0.001 0.546 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 84 Y 0.218 0.145 0.017 0.013 0.408 0.013 0.007 0.003 0.002 0.021 0.152 85 D 0.209 0.159 0.089 0.022 0.424 0.010 0.007 0.004 0.005 0.018 0.052 86 Q 0.069 0.109 0.050 0.036 0.119 0.041 0.080 0.128 0.185 0.147 0.035 87 S 0.067 0.204 0.114 0.039 0.140 0.029 0.049 0.085 0.077 0.161 0.035 88 S 0.108 0.220 0.093 0.013 0.282 0.011 0.014 0.089 0.072 0.059 0.039 89 Q 0.028 0.074 0.029 0.010 0.052 0.028 0.071 0.374 0.260 0.057 0.017 90 D 0.049 0.066 0.041 0.015 0.071 0.018 0.069 0.323 0.132 0.179 0.036 91 V 0.090 0.098 0.039 0.020 0.121 0.020 0.041 0.254 0.119 0.146 0.052 92 A 0.042 0.138 0.076 0.049 0.071 0.047 0.064 0.248 0.104 0.126 0.035 93 S 0.057 0.089 0.062 0.033 0.086 0.025 0.035 0.249 0.091 0.218 0.055 94 L 0.040 0.129 0.048 0.014 0.092 0.017 0.041 0.398 0.107 0.088 0.026 95 S 0.042 0.091 0.041 0.012 0.061 0.016 0.025 0.448 0.101 0.127 0.035 96 S 0.008 0.024 0.009 0.003 0.017 0.003 0.006 0.790 0.113 0.022 0.005 97 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.902 0.077 0.008 0.001 98 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.032 0.003 0.001 99 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.027 0.002 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.019 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.029 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.928 0.055 0.006 0.001 104 L 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.003 0.018 0.843 0.114 0.006 0.001 105 G 0.006 0.009 0.007 0.004 0.008 0.007 0.065 0.700 0.094 0.086 0.014 106 K 0.043 0.044 0.021 0.006 0.059 0.005 0.053 0.525 0.124 0.098 0.024 107 L 0.036 0.068 0.025 0.007 0.060 0.011 0.032 0.464 0.209 0.062 0.024 108 E 0.026 0.033 0.021 0.015 0.029 0.034 0.128 0.451 0.163 0.072 0.028 109 K 0.034 0.159 0.120 0.036 0.071 0.034 0.140 0.182 0.092 0.110 0.022 110 S 0.079 0.082 0.069 0.039 0.061 0.024 0.028 0.083 0.040 0.349 0.145 111 F 0.123 0.152 0.056 0.031 0.221 0.018 0.023 0.116 0.090 0.111 0.060 112 N 0.034 0.061 0.041 0.066 0.041 0.128 0.083 0.287 0.157 0.078 0.025 113 S 0.094 0.097 0.038 0.028 0.190 0.016 0.049 0.158 0.089 0.197 0.045 114 V 0.367 0.065 0.008 0.002 0.426 0.003 0.005 0.054 0.024 0.011 0.034 115 H 0.129 0.167 0.025 0.004 0.469 0.024 0.037 0.093 0.022 0.011 0.020 116 L 0.367 0.090 0.015 0.004 0.360 0.008 0.016 0.041 0.015 0.023 0.061 117 L 0.138 0.075 0.054 0.066 0.142 0.058 0.071 0.144 0.047 0.093 0.112 118 A 0.039 0.097 0.071 0.144 0.062 0.117 0.160 0.152 0.060 0.072 0.025 119 G 0.021 0.090 0.123 0.204 0.034 0.059 0.045 0.104 0.055 0.226 0.038 120 G 0.056 0.206 0.099 0.038 0.076 0.010 0.012 0.155 0.058 0.228 0.063 121 F 0.024 0.028 0.007 0.003 0.042 0.003 0.004 0.592 0.259 0.025 0.011 122 A 0.003 0.004 0.002 0.002 0.005 0.008 0.013 0.749 0.205 0.007 0.002 123 E 0.006 0.006 0.003 0.001 0.008 0.002 0.011 0.821 0.104 0.034 0.003 124 F 0.021 0.009 0.003 0.002 0.015 0.003 0.019 0.704 0.176 0.040 0.009 125 S 0.007 0.014 0.006 0.002 0.016 0.006 0.014 0.592 0.312 0.026 0.004 126 R 0.008 0.024 0.010 0.002 0.018 0.007 0.125 0.606 0.154 0.041 0.005 127 C 0.035 0.072 0.065 0.010 0.055 0.015 0.199 0.194 0.099 0.230 0.026 128 F 0.081 0.305 0.232 0.028 0.188 0.010 0.013 0.027 0.020 0.055 0.042 129 P 0.017 0.152 0.080 0.118 0.031 0.077 0.085 0.181 0.185 0.053 0.021 130 G 0.051 0.097 0.068 0.045 0.102 0.016 0.051 0.105 0.093 0.314 0.057 131 L 0.134 0.131 0.048 0.009 0.186 0.008 0.021 0.158 0.103 0.118 0.084 132 C 0.091 0.142 0.113 0.038 0.153 0.058 0.071 0.159 0.070 0.064 0.041 133 E 0.024 0.163 0.119 0.179 0.042 0.119 0.135 0.096 0.068 0.040 0.015 134 G 0.036 0.035 0.068 0.180 0.034 0.034 0.021 0.039 0.045 0.379 0.129 135 K 0.064 0.321 0.145 0.027 0.193 0.011 0.015 0.044 0.062 0.077 0.040 136 S 0.091 0.273 0.097 0.018 0.248 0.024 0.031 0.042 0.058 0.061 0.057 137 T 0.152 0.213 0.074 0.021 0.283 0.012 0.031 0.041 0.046 0.060 0.067 138 L 0.097 0.318 0.146 0.019 0.248 0.016 0.024 0.025 0.029 0.044 0.034 139 V 0.083 0.374 0.250 0.009 0.233 0.006 0.006 0.011 0.008 0.006 0.014 140 P 0.110 0.229 0.066 0.014 0.158 0.022 0.047 0.130 0.146 0.042 0.037 141 T 0.060 0.190 0.077 0.025 0.138 0.034 0.087 0.142 0.115 0.095 0.038 142 C 0.180 0.140 0.050 0.015 0.271 0.014 0.024 0.074 0.056 0.097 0.079 143 I 0.097 0.183 0.062 0.021 0.218 0.030 0.056 0.122 0.080 0.083 0.048 144 S 0.146 0.135 0.086 0.048 0.181 0.035 0.045 0.069 0.049 0.127 0.079 145 Q 0.059 0.319 0.195 0.048 0.185 0.028 0.027 0.044 0.034 0.040 0.022 146 P 0.134 0.209 0.094 0.034 0.206 0.022 0.033 0.072 0.058 0.071 0.066 147 A 0.103 0.211 0.075 0.017 0.212 0.021 0.040 0.103 0.092 0.076 0.049 148 H 0.135 0.210 0.070 0.017 0.267 0.020 0.042 0.088 0.043 0.057 0.051 149 H 0.152 0.155 0.055 0.024 0.214 0.024 0.031 0.099 0.081 0.090 0.075 150 H 0.071 0.161 0.104 0.057 0.150 0.061 0.066 0.140 0.080 0.075 0.036 151 H 0.090 0.129 0.073 0.031 0.143 0.025 0.050 0.149 0.100 0.156 0.054 152 H 0.098 0.186 0.093 0.026 0.190 0.020 0.035 0.113 0.074 0.114 0.049 153 H 0.095 0.243 0.115 0.024 0.205 0.024 0.033 0.103 0.060 0.059 0.040