# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3182 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.615 0.230 0.087 0.045 0.020 0.004 0.001 2 I 0.610 0.280 0.073 0.027 0.007 0.002 0.001 3 G 0.262 0.197 0.274 0.190 0.062 0.014 0.001 4 T 0.334 0.353 0.197 0.087 0.024 0.005 0.001 5 Q 0.158 0.310 0.292 0.161 0.064 0.014 0.001 6 I 0.033 0.059 0.131 0.299 0.344 0.126 0.009 7 V 0.064 0.212 0.280 0.228 0.154 0.058 0.003 8 T 0.033 0.116 0.210 0.347 0.214 0.077 0.003 9 E 0.336 0.493 0.125 0.033 0.011 0.001 0.001 10 R 0.040 0.202 0.343 0.324 0.078 0.012 0.001 11 L 0.006 0.015 0.033 0.084 0.456 0.381 0.026 12 V 0.012 0.117 0.324 0.420 0.110 0.018 0.001 13 A 0.194 0.558 0.180 0.052 0.014 0.002 0.001 14 L 0.010 0.054 0.242 0.465 0.194 0.035 0.001 15 L 0.020 0.050 0.192 0.313 0.367 0.057 0.001 16 E 0.396 0.488 0.097 0.016 0.003 0.001 0.001 17 S 0.647 0.318 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 18 G 0.548 0.338 0.080 0.028 0.006 0.001 0.001 19 T 0.379 0.351 0.187 0.068 0.014 0.001 0.001 20 E 0.361 0.422 0.162 0.046 0.009 0.001 0.001 21 K 0.100 0.365 0.304 0.159 0.064 0.008 0.001 22 V 0.002 0.009 0.028 0.106 0.441 0.388 0.027 23 L 0.001 0.008 0.042 0.142 0.273 0.461 0.074 24 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.045 0.389 0.553 25 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.229 0.738 26 D 0.001 0.001 0.002 0.006 0.039 0.216 0.736 27 S 0.001 0.002 0.005 0.015 0.061 0.344 0.573 28 R 0.004 0.022 0.063 0.157 0.274 0.353 0.128 29 P 0.027 0.101 0.147 0.212 0.265 0.218 0.029 30 F 0.050 0.140 0.232 0.251 0.223 0.098 0.007 31 V 0.221 0.367 0.184 0.125 0.077 0.023 0.001 32 E 0.180 0.331 0.222 0.154 0.090 0.022 0.001 33 Y 0.075 0.091 0.167 0.310 0.273 0.079 0.005 34 N 0.370 0.375 0.165 0.064 0.022 0.005 0.001 35 T 0.385 0.328 0.189 0.079 0.015 0.003 0.001 36 S 0.272 0.295 0.191 0.156 0.067 0.017 0.001 37 H 0.043 0.102 0.170 0.294 0.247 0.130 0.014 38 I 0.036 0.050 0.082 0.153 0.275 0.316 0.089 39 L 0.078 0.166 0.250 0.234 0.161 0.090 0.020 40 E 0.071 0.144 0.197 0.238 0.182 0.120 0.048 41 A 0.022 0.030 0.052 0.098 0.202 0.369 0.228 42 I 0.022 0.044 0.068 0.114 0.217 0.344 0.191 43 N 0.041 0.094 0.130 0.182 0.207 0.216 0.130 44 I 0.023 0.038 0.062 0.130 0.244 0.342 0.161 45 N 0.059 0.115 0.145 0.191 0.226 0.191 0.072 46 C 0.039 0.069 0.102 0.172 0.273 0.266 0.079 47 S 0.158 0.279 0.253 0.178 0.091 0.035 0.005 48 K 0.119 0.248 0.287 0.221 0.086 0.035 0.004 49 L 0.061 0.079 0.120 0.225 0.319 0.178 0.019 50 M 0.106 0.152 0.241 0.274 0.166 0.057 0.004 51 K 0.392 0.318 0.167 0.087 0.027 0.009 0.001 52 R 0.404 0.274 0.161 0.102 0.048 0.011 0.001 53 R 0.377 0.284 0.166 0.116 0.044 0.013 0.001 54 L 0.285 0.212 0.233 0.165 0.077 0.026 0.002 55 Q 0.502 0.237 0.149 0.081 0.024 0.007 0.001 56 Q 0.643 0.223 0.080 0.035 0.014 0.004 0.001 57 D 0.402 0.221 0.156 0.131 0.064 0.023 0.003 58 K 0.325 0.315 0.168 0.103 0.061 0.026 0.002 59 V 0.159 0.224 0.236 0.207 0.119 0.052 0.005 60 L 0.120 0.190 0.240 0.224 0.157 0.062 0.006 61 I 0.121 0.171 0.208 0.230 0.175 0.086 0.010 62 T 0.155 0.238 0.243 0.205 0.115 0.041 0.004 63 E 0.275 0.369 0.174 0.116 0.050 0.014 0.001 64 L 0.032 0.123 0.252 0.342 0.188 0.060 0.004 65 I 0.021 0.040 0.071 0.180 0.408 0.263 0.016 66 Q 0.077 0.284 0.310 0.217 0.090 0.021 0.001 67 H 0.156 0.323 0.273 0.182 0.054 0.011 0.001 68 S 0.063 0.135 0.290 0.326 0.150 0.035 0.001 69 A 0.092 0.128 0.238 0.313 0.191 0.038 0.001 70 K 0.559 0.332 0.083 0.019 0.006 0.001 0.001 71 H 0.397 0.337 0.152 0.091 0.020 0.004 0.001 72 K 0.237 0.216 0.267 0.192 0.074 0.014 0.001 73 V 0.290 0.243 0.260 0.157 0.043 0.007 0.001 74 D 0.655 0.291 0.043 0.008 0.003 0.001 0.001 75 I 0.122 0.155 0.245 0.332 0.121 0.023 0.001 76 D 0.284 0.339 0.230 0.097 0.042 0.008 0.001 77 C 0.236 0.324 0.249 0.144 0.039 0.008 0.001 78 S 0.264 0.392 0.172 0.088 0.069 0.014 0.001 79 Q 0.019 0.103 0.147 0.342 0.281 0.103 0.005 80 K 0.002 0.022 0.113 0.306 0.337 0.207 0.013 81 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.086 0.617 0.282 82 V 0.001 0.001 0.006 0.020 0.086 0.390 0.496 83 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.043 0.280 0.665 84 Y 0.001 0.002 0.009 0.022 0.097 0.364 0.505 85 D 0.002 0.008 0.021 0.051 0.181 0.465 0.273 86 Q 0.050 0.161 0.210 0.236 0.188 0.125 0.029 87 S 0.098 0.164 0.210 0.231 0.170 0.113 0.015 88 S 0.237 0.183 0.172 0.176 0.151 0.074 0.008 89 Q 0.359 0.279 0.171 0.105 0.054 0.027 0.004 90 D 0.320 0.264 0.171 0.131 0.076 0.033 0.004 91 V 0.284 0.208 0.174 0.161 0.112 0.053 0.009 92 A 0.383 0.231 0.146 0.114 0.075 0.041 0.010 93 S 0.343 0.257 0.180 0.113 0.061 0.035 0.010 94 L 0.128 0.127 0.168 0.221 0.208 0.118 0.029 95 S 0.083 0.137 0.152 0.180 0.192 0.185 0.070 96 S 0.031 0.043 0.063 0.118 0.192 0.354 0.199 97 D 0.058 0.118 0.218 0.256 0.170 0.132 0.048 98 C 0.030 0.069 0.128 0.188 0.263 0.224 0.099 99 F 0.006 0.013 0.023 0.062 0.166 0.409 0.321 100 L 0.004 0.012 0.025 0.085 0.211 0.448 0.216 101 T 0.011 0.060 0.147 0.228 0.239 0.241 0.073 102 V 0.010 0.033 0.087 0.190 0.310 0.278 0.092 103 L 0.004 0.010 0.017 0.044 0.180 0.551 0.195 104 L 0.023 0.089 0.221 0.302 0.246 0.106 0.013 105 G 0.153 0.337 0.239 0.165 0.075 0.029 0.002 106 K 0.085 0.143 0.237 0.269 0.194 0.068 0.004 107 L 0.128 0.167 0.247 0.249 0.153 0.053 0.003 108 E 0.393 0.327 0.182 0.073 0.020 0.004 0.001 109 K 0.413 0.352 0.142 0.068 0.021 0.004 0.001 110 S 0.284 0.362 0.147 0.117 0.071 0.018 0.001 111 F 0.030 0.080 0.200 0.373 0.222 0.090 0.005 112 N 0.138 0.343 0.283 0.157 0.060 0.018 0.001 113 S 0.039 0.152 0.293 0.303 0.156 0.050 0.007 114 V 0.004 0.010 0.020 0.072 0.303 0.491 0.100 115 H 0.005 0.056 0.175 0.344 0.256 0.149 0.015 116 L 0.004 0.020 0.051 0.130 0.263 0.377 0.155 117 L 0.001 0.008 0.024 0.067 0.231 0.489 0.179 118 A 0.010 0.060 0.175 0.325 0.260 0.143 0.026 119 G 0.016 0.098 0.214 0.254 0.244 0.143 0.031 120 G 0.004 0.016 0.032 0.090 0.267 0.470 0.122 121 F 0.006 0.022 0.057 0.147 0.310 0.375 0.082 122 A 0.040 0.202 0.369 0.268 0.079 0.037 0.004 123 E 0.058 0.171 0.317 0.281 0.131 0.037 0.004 124 F 0.018 0.024 0.035 0.114 0.329 0.415 0.065 125 S 0.055 0.158 0.228 0.296 0.182 0.076 0.005 126 R 0.214 0.350 0.232 0.131 0.046 0.023 0.003 127 C 0.108 0.190 0.227 0.260 0.157 0.052 0.005 128 F 0.089 0.125 0.154 0.232 0.259 0.128 0.013 129 P 0.153 0.233 0.246 0.195 0.119 0.049 0.005 130 G 0.241 0.332 0.215 0.131 0.060 0.019 0.002 131 L 0.082 0.100 0.144 0.252 0.273 0.137 0.012 132 C 0.117 0.176 0.232 0.247 0.164 0.060 0.004 133 E 0.401 0.315 0.164 0.081 0.029 0.009 0.001 134 G 0.459 0.256 0.146 0.092 0.036 0.010 0.001 135 K 0.439 0.255 0.152 0.100 0.040 0.013 0.001 136 S 0.400 0.257 0.163 0.110 0.050 0.018 0.002 137 T 0.275 0.268 0.208 0.151 0.068 0.028 0.003 138 L 0.168 0.160 0.180 0.213 0.177 0.091 0.011 139 V 0.186 0.209 0.188 0.188 0.141 0.078 0.010 140 P 0.253 0.217 0.200 0.166 0.103 0.053 0.009 141 T 0.271 0.233 0.181 0.160 0.100 0.048 0.008 142 C 0.242 0.218 0.192 0.168 0.112 0.058 0.010 143 I 0.174 0.149 0.182 0.222 0.173 0.088 0.012 144 S 0.367 0.298 0.166 0.097 0.047 0.022 0.003 145 Q 0.262 0.168 0.179 0.201 0.130 0.053 0.006 146 P 0.534 0.281 0.107 0.049 0.021 0.008 0.001 147 A 0.362 0.202 0.173 0.155 0.076 0.028 0.003 148 H 0.402 0.251 0.175 0.105 0.048 0.018 0.001 149 H 0.331 0.209 0.185 0.159 0.084 0.030 0.002 150 H 0.605 0.237 0.091 0.042 0.019 0.006 0.001 151 H 0.655 0.212 0.079 0.038 0.012 0.004 0.001 152 H 0.627 0.178 0.105 0.060 0.022 0.007 0.001 153 H 0.733 0.175 0.057 0.024 0.008 0.003 0.001