# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3182 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.150 0.083 0.100 0.121 0.128 0.134 0.097 0.076 0.048 0.033 0.017 0.008 0.004 0.001 2 I 0.161 0.118 0.106 0.139 0.149 0.103 0.078 0.059 0.041 0.023 0.012 0.007 0.002 0.001 3 G 0.086 0.067 0.075 0.108 0.133 0.138 0.119 0.102 0.069 0.051 0.029 0.013 0.006 0.002 4 T 0.166 0.116 0.113 0.144 0.124 0.108 0.088 0.052 0.037 0.022 0.018 0.007 0.003 0.002 5 Q 0.110 0.081 0.121 0.118 0.145 0.129 0.115 0.072 0.051 0.027 0.018 0.008 0.003 0.002 6 I 0.098 0.044 0.055 0.086 0.124 0.158 0.117 0.129 0.076 0.057 0.028 0.015 0.010 0.002 7 V 0.067 0.091 0.106 0.204 0.192 0.123 0.095 0.049 0.042 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 8 T 0.027 0.027 0.046 0.094 0.136 0.200 0.161 0.114 0.108 0.058 0.023 0.005 0.002 0.001 9 E 0.459 0.267 0.137 0.067 0.039 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.185 0.290 0.221 0.152 0.085 0.034 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.006 0.006 0.014 0.054 0.136 0.245 0.214 0.190 0.110 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 12 V 0.045 0.116 0.203 0.320 0.187 0.066 0.036 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.785 0.177 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.027 0.064 0.126 0.243 0.301 0.141 0.062 0.028 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.023 0.027 0.078 0.171 0.246 0.182 0.170 0.072 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.517 0.277 0.119 0.058 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 S 0.621 0.236 0.083 0.044 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.320 0.328 0.188 0.096 0.041 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.273 0.318 0.198 0.094 0.060 0.034 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.102 0.149 0.143 0.146 0.172 0.134 0.084 0.038 0.016 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 21 K 0.012 0.032 0.060 0.111 0.202 0.181 0.161 0.077 0.065 0.040 0.034 0.012 0.006 0.005 22 V 0.001 0.002 0.004 0.011 0.026 0.054 0.103 0.157 0.185 0.154 0.138 0.094 0.048 0.023 23 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.034 0.080 0.127 0.178 0.199 0.201 0.096 0.058 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.034 0.068 0.151 0.237 0.276 0.147 0.073 25 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.038 0.086 0.163 0.222 0.255 0.142 0.079 26 D 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.026 0.055 0.144 0.169 0.197 0.170 0.108 0.051 0.055 27 S 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.031 0.058 0.167 0.206 0.206 0.171 0.081 0.038 0.022 28 R 0.004 0.018 0.035 0.069 0.124 0.160 0.140 0.169 0.133 0.086 0.034 0.016 0.007 0.005 29 P 0.044 0.095 0.102 0.137 0.191 0.118 0.093 0.079 0.070 0.040 0.020 0.007 0.002 0.002 30 F 0.041 0.087 0.141 0.163 0.169 0.142 0.112 0.073 0.044 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 31 V 0.178 0.163 0.160 0.149 0.137 0.097 0.053 0.034 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 32 E 0.242 0.185 0.177 0.150 0.134 0.049 0.028 0.018 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.139 0.078 0.098 0.150 0.166 0.145 0.096 0.071 0.029 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 34 N 0.284 0.195 0.166 0.133 0.105 0.056 0.030 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 35 T 0.246 0.140 0.150 0.157 0.139 0.075 0.041 0.022 0.015 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 36 S 0.242 0.166 0.128 0.153 0.116 0.079 0.047 0.027 0.023 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 37 H 0.100 0.094 0.107 0.138 0.137 0.130 0.101 0.090 0.052 0.024 0.017 0.006 0.002 0.001 38 I 0.026 0.030 0.039 0.071 0.124 0.146 0.153 0.172 0.099 0.067 0.042 0.019 0.009 0.003 39 L 0.051 0.047 0.067 0.095 0.102 0.134 0.136 0.115 0.088 0.065 0.053 0.026 0.015 0.007 40 E 0.064 0.045 0.074 0.087 0.134 0.117 0.111 0.090 0.093 0.071 0.050 0.035 0.015 0.015 41 A 0.017 0.010 0.014 0.024 0.048 0.070 0.084 0.131 0.151 0.153 0.116 0.092 0.070 0.019 42 I 0.020 0.021 0.029 0.075 0.084 0.130 0.169 0.114 0.100 0.098 0.072 0.046 0.024 0.017 43 N 0.030 0.036 0.059 0.088 0.124 0.136 0.155 0.096 0.095 0.067 0.066 0.030 0.008 0.010 44 I 0.049 0.029 0.043 0.064 0.093 0.139 0.120 0.124 0.115 0.086 0.073 0.036 0.021 0.007 45 N 0.058 0.078 0.082 0.156 0.155 0.122 0.120 0.093 0.069 0.032 0.018 0.010 0.004 0.003 46 C 0.023 0.025 0.036 0.066 0.098 0.151 0.146 0.168 0.149 0.084 0.036 0.012 0.005 0.001 47 S 0.235 0.210 0.173 0.139 0.098 0.063 0.036 0.020 0.012 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 48 K 0.416 0.253 0.170 0.076 0.042 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 49 L 0.088 0.072 0.098 0.151 0.203 0.169 0.110 0.061 0.032 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 50 M 0.135 0.138 0.156 0.178 0.153 0.101 0.076 0.037 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 51 K 0.559 0.224 0.112 0.051 0.027 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.461 0.209 0.153 0.083 0.053 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.392 0.149 0.142 0.114 0.103 0.052 0.025 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.307 0.138 0.120 0.146 0.139 0.075 0.037 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.538 0.163 0.107 0.084 0.049 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.580 0.170 0.112 0.062 0.039 0.019 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 D 0.369 0.170 0.139 0.127 0.095 0.048 0.026 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 58 K 0.394 0.191 0.147 0.098 0.072 0.047 0.027 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 59 V 0.363 0.147 0.127 0.108 0.100 0.066 0.044 0.025 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 60 L 0.188 0.133 0.142 0.151 0.144 0.102 0.067 0.042 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 61 I 0.151 0.102 0.113 0.151 0.180 0.130 0.070 0.044 0.032 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 62 T 0.232 0.164 0.172 0.166 0.123 0.065 0.035 0.019 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 63 E 0.610 0.177 0.090 0.056 0.031 0.018 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.112 0.113 0.136 0.208 0.197 0.105 0.062 0.038 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 65 I 0.032 0.026 0.047 0.103 0.147 0.216 0.190 0.135 0.065 0.027 0.009 0.002 0.001 0.001 66 Q 0.371 0.269 0.175 0.096 0.049 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 H 0.630 0.198 0.102 0.039 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.170 0.139 0.148 0.181 0.176 0.103 0.049 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.163 0.116 0.149 0.174 0.168 0.110 0.070 0.028 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 70 K 0.666 0.207 0.076 0.033 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 H 0.693 0.191 0.077 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.399 0.172 0.167 0.103 0.099 0.034 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.342 0.152 0.136 0.130 0.113 0.069 0.034 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.562 0.189 0.112 0.066 0.046 0.015 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.189 0.117 0.154 0.237 0.163 0.073 0.036 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.243 0.208 0.154 0.154 0.114 0.063 0.030 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 77 C 0.044 0.071 0.114 0.197 0.201 0.154 0.088 0.073 0.025 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 78 S 0.057 0.117 0.115 0.189 0.168 0.139 0.086 0.052 0.034 0.024 0.013 0.003 0.001 0.001 79 Q 0.006 0.015 0.033 0.077 0.121 0.150 0.155 0.095 0.128 0.088 0.079 0.029 0.014 0.010 80 K 0.001 0.002 0.004 0.015 0.032 0.063 0.107 0.191 0.195 0.164 0.134 0.049 0.028 0.017 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.043 0.084 0.136 0.276 0.239 0.138 0.064 82 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.049 0.086 0.158 0.264 0.223 0.135 0.071 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.034 0.085 0.155 0.246 0.279 0.127 0.066 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.026 0.145 0.159 0.201 0.219 0.120 0.078 0.038 85 D 0.002 0.006 0.008 0.016 0.036 0.060 0.080 0.169 0.172 0.160 0.147 0.071 0.037 0.037 86 Q 0.017 0.046 0.070 0.094 0.140 0.128 0.127 0.098 0.116 0.074 0.053 0.021 0.007 0.008 87 S 0.069 0.140 0.154 0.139 0.136 0.115 0.090 0.056 0.059 0.023 0.015 0.003 0.001 0.001 88 S 0.162 0.207 0.189 0.138 0.110 0.082 0.048 0.027 0.022 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 89 Q 0.345 0.250 0.182 0.091 0.060 0.031 0.020 0.012 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 90 D 0.407 0.228 0.142 0.078 0.068 0.033 0.021 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 91 V 0.161 0.122 0.136 0.134 0.154 0.108 0.080 0.060 0.023 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 92 A 0.255 0.139 0.123 0.120 0.114 0.089 0.061 0.046 0.023 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 93 S 0.177 0.103 0.106 0.120 0.138 0.106 0.084 0.065 0.046 0.030 0.013 0.008 0.003 0.001 94 L 0.093 0.064 0.068 0.113 0.123 0.144 0.114 0.110 0.071 0.055 0.025 0.013 0.006 0.002 95 S 0.078 0.078 0.093 0.125 0.140 0.152 0.119 0.087 0.061 0.032 0.019 0.011 0.004 0.002 96 S 0.030 0.023 0.038 0.066 0.102 0.159 0.173 0.149 0.119 0.078 0.038 0.016 0.007 0.003 97 D 0.067 0.097 0.118 0.146 0.162 0.152 0.108 0.065 0.043 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 98 C 0.062 0.084 0.104 0.136 0.152 0.148 0.116 0.093 0.049 0.028 0.016 0.007 0.003 0.002 99 F 0.012 0.015 0.028 0.065 0.102 0.149 0.242 0.246 0.084 0.035 0.012 0.005 0.002 0.001 100 L 0.013 0.019 0.044 0.065 0.117 0.179 0.207 0.183 0.097 0.049 0.018 0.007 0.003 0.001 101 T 0.130 0.164 0.157 0.161 0.157 0.093 0.056 0.042 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 102 V 0.044 0.060 0.090 0.166 0.180 0.157 0.142 0.096 0.032 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 103 L 0.012 0.011 0.029 0.067 0.118 0.191 0.250 0.179 0.094 0.036 0.009 0.003 0.001 0.001 104 L 0.072 0.103 0.167 0.205 0.178 0.135 0.073 0.035 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 105 G 0.545 0.192 0.104 0.070 0.046 0.022 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 K 0.176 0.155 0.156 0.201 0.141 0.082 0.051 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 107 L 0.180 0.113 0.136 0.146 0.145 0.133 0.085 0.034 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 108 E 0.486 0.245 0.157 0.065 0.030 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.599 0.192 0.115 0.047 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.231 0.166 0.169 0.126 0.155 0.078 0.039 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 111 F 0.056 0.062 0.083 0.153 0.221 0.170 0.109 0.086 0.028 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 112 N 0.240 0.150 0.107 0.134 0.112 0.089 0.070 0.043 0.025 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 113 S 0.040 0.051 0.085 0.135 0.165 0.143 0.117 0.095 0.074 0.045 0.031 0.014 0.004 0.003 114 V 0.013 0.012 0.018 0.038 0.067 0.106 0.121 0.176 0.158 0.114 0.080 0.060 0.030 0.008 115 H 0.034 0.034 0.048 0.094 0.091 0.120 0.146 0.137 0.113 0.079 0.053 0.029 0.014 0.009 116 L 0.025 0.019 0.030 0.046 0.085 0.113 0.120 0.135 0.141 0.109 0.093 0.051 0.021 0.012 117 L 0.024 0.014 0.024 0.036 0.064 0.121 0.119 0.116 0.113 0.121 0.107 0.073 0.051 0.017 118 A 0.089 0.091 0.121 0.161 0.170 0.110 0.105 0.056 0.041 0.024 0.015 0.009 0.003 0.004 119 G 0.067 0.055 0.075 0.118 0.150 0.147 0.120 0.089 0.076 0.054 0.029 0.013 0.005 0.002 120 G 0.067 0.072 0.069 0.133 0.158 0.156 0.123 0.092 0.071 0.030 0.017 0.007 0.003 0.001 121 F 0.045 0.065 0.082 0.138 0.156 0.152 0.134 0.095 0.066 0.038 0.019 0.006 0.002 0.001 122 A 0.325 0.165 0.150 0.105 0.085 0.069 0.043 0.026 0.016 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 123 E 0.219 0.164 0.168 0.137 0.128 0.075 0.049 0.026 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 124 F 0.051 0.037 0.056 0.100 0.157 0.170 0.159 0.125 0.076 0.045 0.015 0.006 0.003 0.001 125 S 0.194 0.166 0.176 0.158 0.123 0.075 0.051 0.028 0.014 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 126 R 0.457 0.177 0.131 0.083 0.061 0.036 0.023 0.014 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 127 C 0.106 0.087 0.100 0.155 0.180 0.138 0.097 0.070 0.034 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 128 F 0.073 0.073 0.099 0.138 0.173 0.146 0.113 0.093 0.052 0.026 0.009 0.004 0.001 0.001 129 P 0.209 0.136 0.126 0.151 0.137 0.093 0.057 0.041 0.024 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 130 G 0.305 0.178 0.156 0.127 0.091 0.059 0.036 0.019 0.014 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 131 L 0.096 0.065 0.087 0.132 0.165 0.160 0.114 0.079 0.051 0.028 0.014 0.005 0.002 0.001 132 C 0.117 0.098 0.108 0.151 0.160 0.136 0.099 0.065 0.034 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 133 E 0.353 0.170 0.139 0.109 0.087 0.057 0.036 0.022 0.013 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 134 G 0.347 0.160 0.139 0.113 0.098 0.059 0.035 0.019 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 135 K 0.208 0.132 0.144 0.149 0.138 0.089 0.057 0.035 0.024 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 136 S 0.222 0.123 0.114 0.126 0.124 0.101 0.071 0.052 0.030 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 137 T 0.182 0.118 0.119 0.132 0.130 0.106 0.079 0.056 0.034 0.022 0.014 0.006 0.002 0.001 138 L 0.101 0.071 0.079 0.113 0.136 0.135 0.113 0.100 0.065 0.046 0.024 0.012 0.004 0.002 139 V 0.090 0.078 0.088 0.122 0.138 0.125 0.105 0.099 0.065 0.046 0.025 0.013 0.004 0.002 140 P 0.135 0.098 0.106 0.112 0.116 0.104 0.088 0.086 0.062 0.044 0.028 0.013 0.005 0.002 141 T 0.122 0.082 0.092 0.121 0.123 0.125 0.097 0.077 0.059 0.047 0.032 0.014 0.005 0.003 142 C 0.098 0.081 0.095 0.119 0.137 0.123 0.108 0.085 0.071 0.041 0.024 0.012 0.004 0.002 143 I 0.106 0.067 0.073 0.112 0.126 0.144 0.114 0.100 0.061 0.050 0.028 0.011 0.005 0.002 144 S 0.234 0.175 0.155 0.123 0.108 0.067 0.052 0.034 0.026 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 145 Q 0.135 0.070 0.089 0.119 0.137 0.144 0.104 0.073 0.049 0.045 0.022 0.008 0.004 0.001 146 P 0.268 0.179 0.157 0.130 0.107 0.059 0.043 0.024 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 147 A 0.199 0.089 0.091 0.119 0.121 0.124 0.094 0.067 0.038 0.033 0.016 0.005 0.002 0.001 148 H 0.243 0.169 0.139 0.140 0.121 0.073 0.052 0.031 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 149 H 0.175 0.091 0.110 0.127 0.132 0.131 0.095 0.063 0.034 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 150 H 0.323 0.155 0.132 0.123 0.110 0.067 0.040 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 151 H 0.350 0.156 0.135 0.122 0.097 0.056 0.034 0.022 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 152 H 0.273 0.132 0.129 0.134 0.121 0.087 0.055 0.031 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 153 H 0.295 0.143 0.140 0.125 0.106 0.077 0.049 0.031 0.016 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001