# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2356 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.014 0.705 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.022 0.133 0.013 0.054 0.041 2 I 0.002 0.012 0.733 0.008 0.013 0.006 0.002 0.001 0.052 0.071 0.020 0.018 0.062 3 G 0.003 0.013 0.567 0.020 0.124 0.012 0.004 0.002 0.047 0.091 0.044 0.033 0.040 4 T 0.006 0.011 0.390 0.015 0.129 0.022 0.011 0.002 0.093 0.108 0.065 0.072 0.076 5 Q 0.015 0.030 0.351 0.004 0.048 0.021 0.012 0.006 0.168 0.091 0.042 0.045 0.165 6 I 0.006 0.059 0.636 0.002 0.002 0.010 0.003 0.002 0.081 0.108 0.006 0.052 0.033 7 V 0.001 0.001 0.952 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.017 0.001 0.004 0.016 8 T 0.001 0.001 0.043 0.001 0.014 0.920 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.011 0.596 0.001 0.001 0.001 0.014 0.358 0.001 0.001 17 S 0.001 0.004 0.121 0.001 0.013 0.176 0.001 0.001 0.001 0.141 0.538 0.001 0.003 18 G 0.001 0.005 0.380 0.001 0.016 0.035 0.001 0.001 0.002 0.168 0.390 0.001 0.002 19 T 0.001 0.005 0.429 0.002 0.051 0.015 0.001 0.001 0.017 0.200 0.276 0.002 0.004 20 E 0.001 0.008 0.331 0.016 0.063 0.006 0.001 0.001 0.094 0.290 0.178 0.004 0.008 21 K 0.001 0.006 0.346 0.047 0.026 0.003 0.005 0.008 0.244 0.217 0.064 0.014 0.018 22 V 0.013 0.003 0.127 0.020 0.003 0.001 0.060 0.160 0.539 0.025 0.003 0.009 0.037 23 L 0.021 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.054 0.530 0.375 0.001 0.001 0.007 0.003 24 L 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.114 0.706 0.156 0.001 0.001 0.002 0.005 25 I 0.015 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.051 0.636 0.285 0.001 0.001 0.003 0.003 26 D 0.008 0.002 0.097 0.004 0.001 0.001 0.037 0.162 0.642 0.012 0.003 0.012 0.020 27 S 0.002 0.007 0.505 0.008 0.004 0.001 0.008 0.014 0.278 0.101 0.031 0.005 0.035 28 R 0.001 0.006 0.603 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.037 0.316 0.010 0.018 0.003 29 P 0.001 0.004 0.781 0.001 0.015 0.009 0.001 0.001 0.007 0.144 0.015 0.002 0.024 30 F 0.001 0.008 0.174 0.004 0.207 0.326 0.001 0.001 0.004 0.067 0.198 0.003 0.008 31 V 0.001 0.006 0.085 0.004 0.370 0.397 0.001 0.001 0.003 0.045 0.073 0.005 0.011 32 E 0.002 0.004 0.035 0.001 0.334 0.543 0.001 0.001 0.002 0.015 0.042 0.002 0.021 33 Y 0.003 0.012 0.057 0.006 0.158 0.601 0.001 0.001 0.006 0.018 0.102 0.012 0.023 34 N 0.006 0.008 0.088 0.007 0.071 0.558 0.001 0.001 0.007 0.059 0.156 0.022 0.017 35 T 0.008 0.008 0.113 0.007 0.068 0.393 0.001 0.001 0.007 0.089 0.271 0.008 0.026 36 S 0.008 0.014 0.169 0.007 0.043 0.242 0.002 0.002 0.010 0.174 0.275 0.036 0.017 37 H 0.017 0.051 0.373 0.006 0.043 0.146 0.005 0.008 0.027 0.117 0.108 0.022 0.077 38 I 0.025 0.029 0.503 0.011 0.050 0.070 0.004 0.009 0.038 0.093 0.046 0.061 0.062 39 L 0.006 0.006 0.177 0.096 0.099 0.080 0.002 0.002 0.032 0.091 0.365 0.015 0.029 40 E 0.003 0.002 0.103 0.022 0.068 0.061 0.002 0.002 0.022 0.106 0.590 0.008 0.012 41 A 0.034 0.011 0.414 0.013 0.088 0.069 0.020 0.022 0.077 0.110 0.039 0.020 0.083 42 I 0.068 0.024 0.145 0.005 0.021 0.053 0.066 0.052 0.201 0.068 0.024 0.212 0.063 43 N 0.069 0.033 0.203 0.009 0.012 0.048 0.061 0.047 0.153 0.032 0.046 0.031 0.255 44 I 0.025 0.025 0.381 0.016 0.004 0.033 0.010 0.018 0.109 0.146 0.013 0.198 0.021 45 N 0.004 0.005 0.736 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.018 0.061 0.008 0.008 0.137 46 C 0.001 0.004 0.118 0.005 0.182 0.535 0.001 0.001 0.007 0.038 0.088 0.007 0.013 47 S 0.001 0.001 0.035 0.004 0.159 0.689 0.001 0.001 0.001 0.020 0.087 0.002 0.003 48 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.337 0.608 0.001 0.001 0.001 0.011 0.022 0.001 0.003 49 L 0.001 0.002 0.026 0.001 0.079 0.836 0.001 0.001 0.001 0.011 0.033 0.001 0.007 50 M 0.001 0.003 0.029 0.001 0.040 0.835 0.001 0.001 0.002 0.012 0.067 0.002 0.007 51 K 0.002 0.002 0.045 0.001 0.072 0.732 0.001 0.001 0.001 0.022 0.111 0.004 0.007 52 R 0.001 0.002 0.055 0.001 0.046 0.698 0.001 0.001 0.001 0.034 0.147 0.003 0.011 53 R 0.002 0.006 0.100 0.003 0.065 0.573 0.001 0.001 0.002 0.051 0.180 0.006 0.014 54 L 0.002 0.010 0.191 0.002 0.068 0.427 0.001 0.001 0.004 0.087 0.181 0.009 0.016 55 Q 0.002 0.010 0.317 0.004 0.059 0.318 0.001 0.001 0.007 0.091 0.161 0.013 0.018 56 Q 0.001 0.012 0.223 0.004 0.093 0.267 0.001 0.001 0.008 0.118 0.242 0.011 0.017 57 D 0.001 0.008 0.256 0.008 0.066 0.189 0.001 0.001 0.011 0.114 0.326 0.006 0.015 58 K 0.002 0.012 0.288 0.004 0.167 0.160 0.001 0.001 0.012 0.162 0.146 0.028 0.016 59 V 0.006 0.035 0.334 0.004 0.060 0.167 0.005 0.002 0.037 0.090 0.120 0.017 0.124 60 L 0.007 0.045 0.442 0.005 0.029 0.145 0.003 0.002 0.042 0.110 0.057 0.070 0.044 61 I 0.004 0.027 0.573 0.003 0.011 0.156 0.001 0.001 0.021 0.124 0.023 0.022 0.034 62 T 0.001 0.003 0.744 0.001 0.016 0.132 0.001 0.001 0.005 0.060 0.009 0.006 0.023 63 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.058 0.895 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.100 0.858 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.001 0.001 65 I 0.001 0.001 0.010 0.001 0.072 0.899 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.003 66 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.013 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.002 67 H 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 68 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.020 0.937 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.001 0.002 70 K 0.001 0.002 0.019 0.001 0.042 0.843 0.001 0.001 0.001 0.007 0.079 0.001 0.004 71 H 0.001 0.002 0.033 0.002 0.057 0.740 0.001 0.001 0.003 0.018 0.137 0.004 0.003 72 K 0.002 0.010 0.117 0.003 0.101 0.493 0.001 0.001 0.005 0.050 0.193 0.006 0.019 73 V 0.004 0.020 0.272 0.006 0.049 0.178 0.001 0.001 0.010 0.181 0.228 0.026 0.024 74 D 0.002 0.025 0.521 0.003 0.028 0.050 0.001 0.001 0.012 0.143 0.149 0.025 0.040 75 I 0.002 0.055 0.607 0.002 0.031 0.024 0.001 0.001 0.011 0.148 0.063 0.016 0.040 76 D 0.001 0.008 0.771 0.004 0.016 0.004 0.001 0.001 0.004 0.099 0.044 0.026 0.022 77 C 0.001 0.003 0.056 0.004 0.078 0.005 0.001 0.001 0.002 0.066 0.774 0.003 0.009 78 S 0.001 0.004 0.162 0.020 0.026 0.001 0.001 0.001 0.007 0.182 0.576 0.009 0.011 79 Q 0.008 0.007 0.424 0.020 0.015 0.001 0.002 0.001 0.022 0.300 0.034 0.113 0.055 80 K 0.063 0.007 0.213 0.035 0.002 0.001 0.048 0.011 0.131 0.034 0.008 0.044 0.405 81 V 0.336 0.002 0.019 0.025 0.001 0.001 0.116 0.093 0.179 0.003 0.001 0.182 0.044 82 V 0.471 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.270 0.113 0.037 0.001 0.001 0.023 0.078 83 V 0.443 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.222 0.152 0.069 0.001 0.001 0.072 0.033 84 Y 0.302 0.003 0.026 0.012 0.001 0.001 0.168 0.096 0.124 0.004 0.001 0.082 0.182 85 D 0.052 0.005 0.363 0.054 0.005 0.002 0.031 0.013 0.122 0.051 0.021 0.107 0.174 86 Q 0.006 0.004 0.185 0.016 0.032 0.009 0.003 0.002 0.027 0.219 0.432 0.020 0.045 87 S 0.002 0.010 0.088 0.002 0.018 0.005 0.001 0.001 0.004 0.328 0.523 0.011 0.010 88 S 0.001 0.031 0.241 0.001 0.034 0.013 0.001 0.001 0.002 0.507 0.150 0.008 0.012 89 Q 0.001 0.031 0.304 0.003 0.054 0.068 0.001 0.001 0.003 0.273 0.238 0.011 0.014 90 D 0.002 0.044 0.241 0.003 0.142 0.125 0.001 0.001 0.003 0.194 0.215 0.007 0.023 91 V 0.004 0.018 0.149 0.006 0.270 0.295 0.001 0.001 0.002 0.079 0.150 0.006 0.021 92 A 0.002 0.010 0.104 0.006 0.168 0.300 0.001 0.001 0.003 0.082 0.304 0.010 0.010 93 S 0.001 0.010 0.109 0.002 0.228 0.291 0.001 0.001 0.002 0.090 0.252 0.003 0.010 94 L 0.001 0.019 0.168 0.002 0.079 0.432 0.001 0.001 0.003 0.117 0.166 0.005 0.009 95 S 0.001 0.009 0.166 0.001 0.030 0.565 0.001 0.001 0.002 0.114 0.105 0.003 0.004 96 S 0.001 0.004 0.053 0.001 0.019 0.811 0.001 0.001 0.001 0.046 0.064 0.001 0.001 97 D 0.001 0.001 0.022 0.001 0.003 0.954 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 98 C 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 99 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 106 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 0.550 0.001 0.001 0.001 0.017 0.414 0.001 0.001 108 E 0.001 0.002 0.100 0.001 0.006 0.083 0.001 0.001 0.001 0.049 0.757 0.001 0.002 109 K 0.001 0.008 0.691 0.001 0.010 0.030 0.001 0.001 0.003 0.164 0.086 0.004 0.005 110 S 0.001 0.020 0.682 0.001 0.016 0.022 0.001 0.001 0.013 0.169 0.059 0.004 0.012 111 F 0.001 0.013 0.491 0.006 0.119 0.030 0.001 0.001 0.042 0.154 0.124 0.009 0.010 112 N 0.001 0.005 0.306 0.041 0.083 0.035 0.001 0.002 0.069 0.190 0.253 0.004 0.011 113 S 0.004 0.011 0.285 0.027 0.066 0.032 0.008 0.008 0.104 0.237 0.160 0.033 0.025 114 V 0.027 0.019 0.184 0.014 0.012 0.020 0.085 0.117 0.290 0.037 0.016 0.017 0.161 115 H 0.070 0.011 0.023 0.005 0.002 0.014 0.121 0.346 0.227 0.008 0.003 0.156 0.015 116 L 0.053 0.012 0.020 0.003 0.003 0.013 0.143 0.543 0.106 0.004 0.004 0.012 0.083 117 L 0.059 0.012 0.184 0.058 0.016 0.082 0.056 0.178 0.159 0.044 0.029 0.094 0.028 118 A 0.017 0.008 0.242 0.028 0.048 0.185 0.008 0.016 0.073 0.164 0.161 0.017 0.032 119 G 0.005 0.009 0.182 0.006 0.054 0.230 0.001 0.002 0.021 0.230 0.243 0.007 0.012 120 G 0.006 0.020 0.231 0.003 0.049 0.395 0.001 0.001 0.009 0.154 0.105 0.009 0.019 121 F 0.002 0.006 0.093 0.002 0.046 0.732 0.001 0.001 0.002 0.044 0.059 0.003 0.011 122 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.055 0.860 0.001 0.001 0.001 0.015 0.046 0.001 0.002 123 E 0.003 0.001 0.010 0.001 0.107 0.820 0.001 0.001 0.001 0.010 0.040 0.001 0.006 124 F 0.002 0.001 0.011 0.002 0.048 0.856 0.001 0.001 0.001 0.006 0.066 0.001 0.006 125 S 0.002 0.003 0.022 0.002 0.137 0.720 0.001 0.001 0.001 0.012 0.087 0.006 0.007 126 R 0.002 0.004 0.039 0.001 0.068 0.671 0.001 0.001 0.003 0.022 0.170 0.005 0.013 127 C 0.005 0.013 0.159 0.005 0.037 0.369 0.001 0.001 0.006 0.105 0.263 0.015 0.021 128 F 0.004 0.013 0.429 0.004 0.017 0.088 0.001 0.001 0.006 0.281 0.120 0.022 0.015 129 P 0.001 0.007 0.475 0.005 0.032 0.062 0.001 0.001 0.007 0.160 0.220 0.009 0.021 130 G 0.002 0.017 0.319 0.008 0.085 0.065 0.001 0.001 0.010 0.145 0.301 0.018 0.028 131 L 0.008 0.042 0.419 0.008 0.097 0.069 0.003 0.002 0.021 0.108 0.118 0.032 0.075 132 C 0.017 0.058 0.364 0.009 0.069 0.048 0.005 0.004 0.040 0.123 0.100 0.065 0.097 133 E 0.006 0.028 0.283 0.014 0.033 0.021 0.002 0.001 0.021 0.169 0.305 0.054 0.065 134 G 0.002 0.021 0.303 0.012 0.018 0.011 0.001 0.001 0.010 0.254 0.315 0.022 0.030 135 K 0.003 0.027 0.546 0.005 0.023 0.007 0.001 0.001 0.012 0.231 0.063 0.042 0.041 136 S 0.004 0.041 0.504 0.012 0.027 0.009 0.002 0.001 0.025 0.168 0.072 0.036 0.098 137 T 0.005 0.050 0.488 0.012 0.034 0.008 0.003 0.001 0.023 0.127 0.062 0.128 0.059 138 L 0.007 0.040 0.588 0.011 0.017 0.006 0.003 0.001 0.024 0.114 0.036 0.031 0.120 139 V 0.004 0.015 0.676 0.006 0.010 0.003 0.001 0.001 0.016 0.100 0.017 0.118 0.033 140 P 0.003 0.036 0.560 0.010 0.040 0.009 0.002 0.001 0.018 0.126 0.076 0.014 0.105 141 T 0.003 0.027 0.500 0.011 0.061 0.011 0.001 0.001 0.015 0.157 0.100 0.087 0.027 142 C 0.004 0.038 0.434 0.008 0.106 0.015 0.002 0.001 0.017 0.136 0.127 0.016 0.096 143 I 0.003 0.039 0.441 0.007 0.084 0.019 0.002 0.001 0.018 0.153 0.133 0.061 0.039 144 S 0.004 0.046 0.472 0.010 0.032 0.015 0.002 0.001 0.021 0.185 0.121 0.026 0.064 145 Q 0.002 0.033 0.528 0.004 0.015 0.006 0.001 0.001 0.008 0.290 0.035 0.055 0.023 146 P 0.002 0.023 0.669 0.005 0.019 0.013 0.001 0.001 0.008 0.126 0.056 0.012 0.066 147 A 0.005 0.047 0.461 0.011 0.091 0.031 0.001 0.001 0.016 0.154 0.094 0.056 0.034 148 H 0.005 0.028 0.533 0.010 0.082 0.037 0.002 0.001 0.017 0.101 0.083 0.025 0.078 149 H 0.004 0.034 0.391 0.009 0.186 0.052 0.002 0.001 0.013 0.095 0.128 0.029 0.058 150 H 0.004 0.030 0.327 0.012 0.099 0.061 0.002 0.001 0.016 0.146 0.210 0.043 0.049 151 H 0.003 0.035 0.422 0.005 0.056 0.038 0.001 0.001 0.015 0.198 0.134 0.033 0.060 152 H 0.002 0.042 0.577 0.005 0.024 0.034 0.001 0.001 0.011 0.180 0.063 0.021 0.039 153 H 0.001 0.011 0.768 0.003 0.015 0.017 0.001 0.001 0.007 0.110 0.020 0.025 0.023