# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2356 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.002 0.001 0.027 0.038 0.045 0.116 0.001 0.001 0.023 0.734 2 I 0.017 0.003 0.001 0.027 0.055 0.118 0.119 0.001 0.001 0.025 0.634 3 G 0.012 0.002 0.001 0.026 0.077 0.085 0.126 0.001 0.001 0.046 0.626 4 T 0.007 0.003 0.001 0.205 0.130 0.140 0.087 0.001 0.001 0.038 0.390 5 Q 0.001 0.005 0.001 0.238 0.070 0.136 0.118 0.001 0.001 0.029 0.403 6 I 0.004 0.073 0.001 0.127 0.092 0.082 0.127 0.002 0.001 0.036 0.455 7 V 0.055 0.879 0.001 0.007 0.006 0.006 0.004 0.005 0.001 0.007 0.029 8 T 0.078 0.890 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.015 9 E 0.011 0.899 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.027 0.048 10 R 0.009 0.949 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.016 0.015 11 L 0.026 0.872 0.010 0.001 0.002 0.002 0.006 0.009 0.005 0.027 0.039 12 V 0.059 0.777 0.010 0.002 0.005 0.005 0.010 0.008 0.006 0.043 0.075 13 A 0.113 0.177 0.014 0.005 0.013 0.013 0.034 0.014 0.009 0.262 0.347 14 L 0.112 0.042 0.039 0.012 0.012 0.012 0.072 0.010 0.022 0.253 0.414 15 L 0.219 0.006 0.011 0.011 0.005 0.012 0.083 0.008 0.010 0.065 0.572 16 E 0.052 0.001 0.002 0.005 0.004 0.006 0.082 0.002 0.002 0.017 0.827 17 S 0.022 0.001 0.001 0.005 0.004 0.007 0.104 0.001 0.001 0.013 0.840 18 G 0.046 0.002 0.001 0.008 0.004 0.005 0.202 0.001 0.001 0.022 0.706 19 T 0.033 0.001 0.001 0.021 0.005 0.012 0.201 0.001 0.001 0.049 0.675 20 E 0.002 0.001 0.001 0.083 0.009 0.011 0.283 0.001 0.001 0.043 0.567 21 K 0.001 0.001 0.001 0.576 0.029 0.107 0.072 0.001 0.001 0.064 0.149 22 V 0.001 0.001 0.001 0.630 0.051 0.087 0.042 0.001 0.001 0.102 0.088 23 L 0.001 0.001 0.001 0.875 0.035 0.062 0.003 0.001 0.001 0.016 0.008 24 L 0.001 0.001 0.001 0.759 0.049 0.083 0.010 0.001 0.001 0.052 0.046 25 I 0.001 0.001 0.001 0.795 0.077 0.038 0.012 0.001 0.001 0.018 0.058 26 D 0.007 0.001 0.001 0.486 0.039 0.081 0.091 0.001 0.001 0.039 0.256 27 S 0.008 0.008 0.001 0.120 0.032 0.032 0.164 0.001 0.001 0.035 0.599 28 R 0.054 0.042 0.001 0.062 0.030 0.032 0.126 0.005 0.001 0.050 0.597 29 P 0.162 0.242 0.002 0.023 0.014 0.019 0.059 0.008 0.001 0.059 0.410 30 F 0.165 0.102 0.001 0.026 0.012 0.020 0.067 0.009 0.001 0.133 0.464 31 V 0.057 0.078 0.003 0.039 0.020 0.029 0.100 0.004 0.001 0.277 0.393 32 E 0.035 0.066 0.008 0.046 0.034 0.039 0.121 0.004 0.002 0.180 0.464 33 Y 0.098 0.041 0.021 0.042 0.063 0.066 0.088 0.014 0.005 0.122 0.440 34 N 0.232 0.024 0.004 0.024 0.046 0.066 0.073 0.014 0.002 0.044 0.473 35 T 0.051 0.013 0.001 0.033 0.035 0.044 0.128 0.003 0.001 0.035 0.656 36 S 0.008 0.012 0.004 0.065 0.050 0.054 0.208 0.002 0.001 0.030 0.567 37 H 0.046 0.042 0.006 0.041 0.038 0.062 0.180 0.013 0.002 0.043 0.528 38 I 0.306 0.055 0.005 0.030 0.032 0.032 0.095 0.020 0.002 0.061 0.363 39 L 0.086 0.038 0.004 0.060 0.037 0.029 0.135 0.006 0.001 0.068 0.537 40 E 0.053 0.027 0.003 0.124 0.035 0.120 0.106 0.006 0.001 0.117 0.408 41 A 0.023 0.008 0.002 0.127 0.060 0.078 0.096 0.004 0.001 0.106 0.494 42 I 0.009 0.007 0.002 0.334 0.129 0.123 0.063 0.003 0.001 0.034 0.295 43 N 0.008 0.007 0.001 0.169 0.059 0.101 0.127 0.003 0.001 0.067 0.457 44 I 0.018 0.078 0.004 0.124 0.101 0.041 0.128 0.007 0.001 0.035 0.461 45 N 0.160 0.623 0.001 0.015 0.007 0.009 0.026 0.014 0.001 0.012 0.132 46 C 0.117 0.772 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.008 0.001 0.008 0.082 47 S 0.036 0.800 0.002 0.003 0.002 0.003 0.015 0.005 0.001 0.027 0.106 48 K 0.040 0.820 0.006 0.002 0.002 0.005 0.009 0.007 0.003 0.049 0.056 49 L 0.103 0.593 0.017 0.004 0.009 0.006 0.022 0.017 0.007 0.082 0.140 50 M 0.111 0.535 0.020 0.005 0.010 0.011 0.025 0.016 0.010 0.056 0.201 51 K 0.135 0.267 0.014 0.007 0.013 0.015 0.045 0.016 0.009 0.061 0.418 52 R 0.126 0.178 0.009 0.011 0.016 0.023 0.068 0.014 0.006 0.058 0.492 53 R 0.089 0.064 0.010 0.013 0.012 0.014 0.133 0.009 0.006 0.086 0.565 54 L 0.083 0.037 0.016 0.015 0.011 0.017 0.159 0.010 0.007 0.062 0.584 55 Q 0.275 0.029 0.004 0.008 0.005 0.007 0.075 0.011 0.003 0.031 0.551 56 Q 0.236 0.028 0.002 0.010 0.006 0.007 0.062 0.008 0.001 0.021 0.620 57 D 0.036 0.024 0.001 0.011 0.007 0.010 0.104 0.002 0.001 0.025 0.781 58 K 0.038 0.030 0.001 0.034 0.021 0.046 0.108 0.005 0.001 0.070 0.646 59 V 0.020 0.031 0.001 0.053 0.040 0.038 0.130 0.003 0.001 0.057 0.627 60 L 0.021 0.128 0.002 0.045 0.032 0.037 0.155 0.003 0.001 0.048 0.529 61 I 0.036 0.442 0.001 0.015 0.013 0.011 0.048 0.007 0.001 0.042 0.385 62 T 0.067 0.833 0.001 0.003 0.003 0.003 0.006 0.005 0.001 0.026 0.053 63 E 0.051 0.790 0.001 0.003 0.002 0.002 0.010 0.003 0.001 0.055 0.082 64 L 0.027 0.277 0.004 0.007 0.003 0.005 0.027 0.006 0.002 0.507 0.135 65 I 0.032 0.702 0.016 0.005 0.003 0.003 0.021 0.007 0.008 0.111 0.092 66 Q 0.063 0.827 0.005 0.002 0.002 0.001 0.007 0.006 0.003 0.021 0.063 67 H 0.100 0.589 0.008 0.004 0.004 0.004 0.022 0.017 0.006 0.089 0.155 68 S 0.064 0.598 0.012 0.003 0.004 0.005 0.047 0.007 0.007 0.074 0.180 69 A 0.202 0.333 0.028 0.006 0.003 0.004 0.063 0.016 0.012 0.126 0.208 70 K 0.273 0.084 0.057 0.013 0.008 0.009 0.072 0.025 0.020 0.100 0.340 71 H 0.257 0.025 0.008 0.013 0.007 0.015 0.103 0.012 0.005 0.037 0.518 72 K 0.061 0.005 0.002 0.017 0.009 0.013 0.060 0.005 0.001 0.023 0.804 73 V 0.012 0.002 0.001 0.049 0.022 0.018 0.123 0.001 0.001 0.016 0.755 74 D 0.017 0.002 0.002 0.038 0.016 0.041 0.154 0.003 0.001 0.026 0.701 75 I 0.052 0.002 0.003 0.017 0.022 0.018 0.137 0.004 0.001 0.024 0.721 76 D 0.388 0.002 0.002 0.032 0.010 0.018 0.097 0.004 0.001 0.036 0.411 77 C 0.037 0.001 0.001 0.020 0.005 0.007 0.100 0.001 0.001 0.015 0.813 78 S 0.003 0.001 0.001 0.034 0.010 0.027 0.201 0.001 0.001 0.034 0.690 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.207 0.051 0.110 0.145 0.001 0.001 0.074 0.411 80 K 0.001 0.001 0.001 0.333 0.116 0.297 0.038 0.001 0.001 0.126 0.090 81 V 0.001 0.001 0.001 0.412 0.150 0.191 0.023 0.001 0.001 0.166 0.058 82 V 0.001 0.001 0.001 0.844 0.064 0.040 0.004 0.001 0.001 0.035 0.013 83 V 0.001 0.001 0.001 0.704 0.072 0.110 0.011 0.001 0.001 0.075 0.027 84 Y 0.005 0.003 0.001 0.389 0.117 0.151 0.051 0.001 0.001 0.122 0.161 85 D 0.115 0.013 0.001 0.181 0.067 0.109 0.085 0.002 0.001 0.174 0.251 86 Q 0.103 0.015 0.001 0.056 0.037 0.039 0.143 0.003 0.001 0.082 0.520 87 S 0.053 0.028 0.001 0.022 0.014 0.022 0.147 0.002 0.001 0.040 0.670 88 S 0.079 0.071 0.001 0.021 0.025 0.040 0.140 0.005 0.001 0.067 0.551 89 Q 0.044 0.076 0.002 0.016 0.041 0.041 0.124 0.006 0.001 0.087 0.562 90 D 0.114 0.278 0.003 0.009 0.028 0.032 0.055 0.010 0.001 0.087 0.382 91 V 0.201 0.149 0.003 0.010 0.036 0.026 0.062 0.009 0.001 0.165 0.337 92 A 0.047 0.074 0.003 0.018 0.032 0.042 0.106 0.003 0.002 0.301 0.372 93 S 0.059 0.248 0.003 0.013 0.020 0.030 0.142 0.003 0.001 0.133 0.347 94 L 0.043 0.365 0.003 0.013 0.021 0.019 0.066 0.006 0.001 0.128 0.334 95 S 0.026 0.673 0.002 0.005 0.006 0.008 0.024 0.004 0.001 0.074 0.176 96 S 0.011 0.891 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.031 0.055 97 D 0.009 0.155 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.002 0.001 0.775 0.041 98 C 0.002 0.859 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.106 0.016 99 F 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 100 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 101 T 0.003 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.020 0.006 102 V 0.005 0.958 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.017 0.007 103 L 0.026 0.829 0.036 0.002 0.002 0.001 0.006 0.006 0.012 0.051 0.029 104 L 0.126 0.259 0.215 0.007 0.005 0.009 0.024 0.029 0.105 0.098 0.123 105 G 0.474 0.095 0.023 0.005 0.003 0.009 0.038 0.018 0.021 0.032 0.283 106 K 0.143 0.009 0.004 0.012 0.006 0.007 0.055 0.009 0.004 0.053 0.698 107 L 0.015 0.005 0.003 0.017 0.007 0.008 0.154 0.002 0.002 0.025 0.761 108 E 0.049 0.006 0.003 0.018 0.007 0.021 0.122 0.005 0.002 0.039 0.729 109 K 0.037 0.002 0.003 0.013 0.012 0.009 0.113 0.003 0.001 0.027 0.779 110 S 0.076 0.011 0.002 0.027 0.012 0.019 0.146 0.003 0.001 0.029 0.674 111 F 0.062 0.006 0.001 0.044 0.011 0.031 0.104 0.002 0.001 0.040 0.699 112 N 0.005 0.009 0.001 0.139 0.040 0.039 0.170 0.001 0.001 0.030 0.567 113 S 0.003 0.007 0.001 0.245 0.049 0.309 0.090 0.001 0.001 0.054 0.241 114 V 0.001 0.010 0.001 0.332 0.178 0.114 0.072 0.001 0.001 0.052 0.240 115 H 0.003 0.006 0.001 0.572 0.109 0.186 0.029 0.001 0.001 0.042 0.051 116 L 0.014 0.012 0.002 0.390 0.078 0.101 0.057 0.002 0.001 0.094 0.249 117 L 0.107 0.074 0.002 0.320 0.054 0.046 0.077 0.008 0.001 0.057 0.255 118 A 0.056 0.161 0.001 0.117 0.023 0.033 0.064 0.006 0.001 0.057 0.480 119 G 0.018 0.417 0.002 0.034 0.013 0.016 0.036 0.005 0.001 0.051 0.406 120 G 0.033 0.705 0.002 0.017 0.013 0.022 0.017 0.011 0.001 0.056 0.124 121 F 0.051 0.310 0.003 0.012 0.016 0.014 0.038 0.011 0.001 0.412 0.133 122 A 0.032 0.696 0.010 0.012 0.016 0.011 0.022 0.004 0.004 0.120 0.075 123 E 0.089 0.595 0.021 0.010 0.016 0.014 0.029 0.007 0.007 0.069 0.143 124 F 0.284 0.164 0.054 0.009 0.022 0.049 0.032 0.038 0.020 0.078 0.250 125 S 0.482 0.024 0.006 0.006 0.013 0.028 0.051 0.010 0.005 0.039 0.334 126 R 0.037 0.008 0.003 0.014 0.015 0.018 0.107 0.002 0.001 0.024 0.770 127 C 0.008 0.008 0.001 0.011 0.012 0.012 0.196 0.002 0.001 0.013 0.736 128 F 0.107 0.038 0.001 0.012 0.014 0.025 0.126 0.011 0.001 0.037 0.629 129 P 0.165 0.037 0.002 0.024 0.030 0.022 0.100 0.005 0.001 0.049 0.565 130 G 0.048 0.024 0.002 0.047 0.025 0.055 0.119 0.003 0.001 0.046 0.632 131 L 0.115 0.013 0.002 0.044 0.022 0.050 0.068 0.005 0.001 0.049 0.630 132 C 0.113 0.005 0.001 0.049 0.031 0.038 0.107 0.003 0.001 0.060 0.593 133 E 0.013 0.003 0.001 0.025 0.021 0.028 0.088 0.001 0.001 0.023 0.797 134 G 0.029 0.006 0.001 0.018 0.029 0.042 0.100 0.002 0.001 0.027 0.747 135 K 0.104 0.007 0.001 0.025 0.043 0.065 0.100 0.004 0.001 0.038 0.614 136 S 0.036 0.004 0.001 0.033 0.031 0.049 0.118 0.001 0.001 0.038 0.690 137 T 0.011 0.004 0.001 0.056 0.043 0.085 0.125 0.001 0.001 0.034 0.643 138 L 0.015 0.007 0.001 0.036 0.036 0.043 0.124 0.001 0.001 0.034 0.703 139 V 0.121 0.026 0.001 0.042 0.048 0.054 0.104 0.004 0.001 0.069 0.531 140 P 0.057 0.014 0.001 0.022 0.025 0.032 0.126 0.002 0.001 0.078 0.644 141 T 0.066 0.043 0.001 0.041 0.030 0.054 0.113 0.003 0.001 0.075 0.571 142 C 0.107 0.031 0.002 0.053 0.040 0.069 0.086 0.006 0.001 0.069 0.537 143 I 0.059 0.024 0.002 0.062 0.054 0.088 0.111 0.005 0.001 0.056 0.539 144 S 0.023 0.023 0.002 0.039 0.048 0.055 0.121 0.003 0.001 0.038 0.648 145 Q 0.075 0.044 0.003 0.040 0.074 0.072 0.150 0.008 0.001 0.052 0.481 146 P 0.150 0.042 0.003 0.034 0.036 0.052 0.128 0.008 0.001 0.059 0.488 147 A 0.101 0.032 0.005 0.040 0.046 0.055 0.113 0.006 0.001 0.042 0.559 148 H 0.125 0.022 0.002 0.031 0.030 0.065 0.111 0.008 0.001 0.038 0.567 149 H 0.189 0.015 0.002 0.034 0.030 0.047 0.081 0.007 0.001 0.048 0.546 150 H 0.049 0.006 0.001 0.032 0.036 0.036 0.115 0.003 0.001 0.027 0.694 151 H 0.037 0.007 0.001 0.023 0.024 0.044 0.097 0.003 0.001 0.027 0.738 152 H 0.038 0.006 0.001 0.020 0.035 0.034 0.117 0.002 0.001 0.028 0.718 153 H 0.030 0.013 0.001 0.030 0.042 0.053 0.125 0.002 0.001 0.035 0.668