# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2356 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.004 0.029 0.036 0.072 0.132 0.025 0.680 2 I 0.040 0.004 0.041 0.043 0.038 0.163 0.028 0.642 3 G 0.029 0.005 0.034 0.018 0.024 0.099 0.074 0.716 4 T 0.005 0.011 0.313 0.072 0.069 0.077 0.118 0.336 5 Q 0.002 0.011 0.166 0.057 0.069 0.083 0.033 0.579 6 I 0.003 0.056 0.385 0.052 0.048 0.050 0.025 0.380 7 V 0.040 0.874 0.012 0.003 0.004 0.004 0.050 0.013 8 T 0.036 0.902 0.002 0.001 0.001 0.002 0.051 0.006 9 E 0.007 0.801 0.009 0.001 0.001 0.003 0.161 0.018 10 R 0.011 0.921 0.003 0.001 0.001 0.003 0.042 0.018 11 L 0.010 0.956 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.008 12 V 0.015 0.883 0.003 0.002 0.001 0.007 0.057 0.032 13 A 0.085 0.350 0.009 0.003 0.004 0.030 0.310 0.210 14 L 0.129 0.221 0.047 0.007 0.003 0.057 0.288 0.247 15 L 0.340 0.008 0.012 0.002 0.001 0.042 0.120 0.476 16 E 0.103 0.003 0.002 0.001 0.001 0.040 0.009 0.842 17 S 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 0.074 0.004 0.904 18 G 0.025 0.001 0.010 0.001 0.001 0.093 0.006 0.864 19 T 0.075 0.003 0.013 0.001 0.001 0.091 0.020 0.795 20 E 0.003 0.001 0.197 0.003 0.006 0.115 0.030 0.646 21 K 0.001 0.002 0.616 0.018 0.037 0.066 0.049 0.212 22 V 0.001 0.001 0.735 0.027 0.038 0.032 0.011 0.156 23 L 0.001 0.001 0.928 0.027 0.025 0.003 0.009 0.007 24 L 0.001 0.001 0.870 0.026 0.037 0.007 0.024 0.034 25 I 0.001 0.001 0.929 0.013 0.014 0.006 0.011 0.025 26 D 0.008 0.002 0.526 0.046 0.074 0.059 0.036 0.249 27 S 0.011 0.004 0.201 0.034 0.047 0.100 0.029 0.573 28 R 0.101 0.055 0.072 0.025 0.037 0.131 0.089 0.489 29 P 0.193 0.164 0.028 0.012 0.019 0.089 0.069 0.426 30 F 0.196 0.093 0.022 0.015 0.023 0.089 0.149 0.413 31 V 0.046 0.032 0.047 0.026 0.045 0.122 0.319 0.364 32 E 0.043 0.033 0.062 0.033 0.057 0.143 0.140 0.489 33 Y 0.163 0.034 0.045 0.027 0.032 0.130 0.184 0.385 34 N 0.039 0.038 0.033 0.040 0.039 0.135 0.068 0.608 35 T 0.010 0.008 0.025 0.014 0.034 0.119 0.024 0.766 36 S 0.006 0.012 0.163 0.091 0.131 0.110 0.070 0.417 37 H 0.034 0.021 0.145 0.054 0.064 0.100 0.038 0.544 38 I 0.229 0.043 0.069 0.042 0.048 0.090 0.084 0.395 39 L 0.045 0.020 0.125 0.025 0.050 0.101 0.084 0.551 40 E 0.022 0.018 0.324 0.035 0.082 0.089 0.086 0.344 41 A 0.009 0.006 0.322 0.027 0.059 0.106 0.076 0.395 42 I 0.007 0.020 0.489 0.070 0.086 0.069 0.042 0.216 43 N 0.028 0.024 0.160 0.034 0.048 0.114 0.084 0.508 44 I 0.013 0.042 0.277 0.044 0.033 0.090 0.121 0.380 45 N 0.135 0.469 0.050 0.007 0.014 0.042 0.095 0.187 46 C 0.141 0.695 0.009 0.003 0.003 0.019 0.051 0.079 47 S 0.037 0.796 0.005 0.004 0.003 0.017 0.050 0.088 48 K 0.058 0.679 0.009 0.004 0.010 0.021 0.102 0.117 49 L 0.135 0.516 0.020 0.011 0.015 0.034 0.154 0.114 50 M 0.287 0.298 0.009 0.012 0.016 0.047 0.109 0.222 51 K 0.136 0.209 0.009 0.008 0.015 0.069 0.072 0.482 52 R 0.102 0.129 0.011 0.010 0.017 0.083 0.072 0.575 53 R 0.128 0.081 0.021 0.012 0.016 0.102 0.137 0.502 54 L 0.144 0.024 0.014 0.009 0.009 0.086 0.059 0.657 55 Q 0.239 0.021 0.010 0.005 0.007 0.074 0.044 0.601 56 Q 0.058 0.016 0.022 0.006 0.007 0.121 0.027 0.742 57 D 0.082 0.022 0.029 0.007 0.013 0.109 0.038 0.699 58 K 0.040 0.022 0.075 0.017 0.027 0.108 0.139 0.573 59 V 0.011 0.013 0.076 0.022 0.025 0.114 0.044 0.695 60 L 0.026 0.075 0.065 0.025 0.032 0.116 0.053 0.609 61 I 0.043 0.255 0.046 0.010 0.014 0.073 0.061 0.497 62 T 0.053 0.806 0.004 0.002 0.003 0.012 0.073 0.047 63 E 0.036 0.838 0.005 0.001 0.002 0.012 0.065 0.041 64 L 0.021 0.363 0.022 0.004 0.005 0.027 0.469 0.089 65 I 0.011 0.628 0.015 0.006 0.007 0.032 0.204 0.097 66 Q 0.042 0.825 0.008 0.003 0.003 0.015 0.061 0.043 67 H 0.055 0.557 0.009 0.008 0.004 0.036 0.160 0.170 68 S 0.064 0.512 0.011 0.005 0.006 0.048 0.066 0.289 69 A 0.133 0.391 0.028 0.006 0.011 0.051 0.095 0.286 70 K 0.168 0.063 0.046 0.016 0.009 0.092 0.189 0.416 71 H 0.297 0.048 0.005 0.005 0.007 0.048 0.027 0.564 72 K 0.040 0.009 0.016 0.003 0.007 0.090 0.018 0.817 73 V 0.025 0.005 0.023 0.010 0.012 0.093 0.015 0.817 74 D 0.073 0.004 0.013 0.007 0.010 0.101 0.037 0.756 75 I 0.045 0.001 0.019 0.007 0.005 0.088 0.020 0.815 76 D 0.305 0.002 0.020 0.005 0.011 0.066 0.044 0.546 77 C 0.057 0.001 0.021 0.003 0.004 0.109 0.011 0.795 78 S 0.005 0.001 0.016 0.004 0.009 0.135 0.011 0.818 79 Q 0.001 0.002 0.234 0.055 0.150 0.153 0.065 0.341 80 K 0.001 0.001 0.553 0.102 0.168 0.041 0.035 0.100 81 V 0.001 0.001 0.513 0.240 0.135 0.020 0.024 0.067 82 V 0.001 0.001 0.811 0.104 0.062 0.003 0.009 0.011 83 V 0.001 0.001 0.766 0.095 0.085 0.006 0.020 0.026 84 Y 0.004 0.001 0.768 0.047 0.082 0.016 0.022 0.060 85 D 0.111 0.004 0.363 0.056 0.083 0.100 0.072 0.212 86 Q 0.067 0.008 0.073 0.020 0.034 0.142 0.072 0.585 87 S 0.038 0.029 0.028 0.009 0.018 0.111 0.033 0.733 88 S 0.095 0.064 0.015 0.011 0.015 0.123 0.085 0.591 89 Q 0.038 0.052 0.024 0.017 0.016 0.144 0.122 0.587 90 D 0.129 0.365 0.008 0.011 0.014 0.063 0.077 0.334 91 V 0.356 0.181 0.006 0.004 0.008 0.037 0.221 0.186 92 A 0.019 0.153 0.007 0.014 0.013 0.077 0.241 0.477 93 S 0.054 0.408 0.012 0.008 0.018 0.069 0.146 0.285 94 L 0.065 0.559 0.008 0.011 0.008 0.049 0.056 0.244 95 S 0.039 0.582 0.011 0.009 0.009 0.063 0.082 0.205 96 S 0.035 0.819 0.002 0.001 0.003 0.018 0.047 0.074 97 D 0.006 0.033 0.006 0.001 0.002 0.016 0.907 0.028 98 C 0.002 0.762 0.011 0.011 0.003 0.017 0.150 0.044 99 F 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 100 L 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 101 T 0.003 0.937 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.008 102 V 0.014 0.919 0.003 0.001 0.001 0.002 0.050 0.010 103 L 0.066 0.704 0.010 0.002 0.003 0.007 0.176 0.033 104 L 0.064 0.280 0.028 0.016 0.005 0.052 0.393 0.162 105 G 0.397 0.146 0.006 0.002 0.004 0.040 0.064 0.341 106 K 0.092 0.021 0.026 0.002 0.003 0.106 0.044 0.707 107 L 0.040 0.021 0.018 0.003 0.003 0.096 0.026 0.793 108 E 0.168 0.014 0.006 0.002 0.002 0.096 0.026 0.686 109 K 0.046 0.005 0.021 0.003 0.003 0.115 0.033 0.773 110 S 0.033 0.007 0.025 0.002 0.004 0.102 0.025 0.802 111 F 0.078 0.019 0.050 0.004 0.004 0.106 0.051 0.689 112 N 0.005 0.008 0.181 0.009 0.014 0.117 0.045 0.620 113 S 0.003 0.019 0.499 0.042 0.073 0.055 0.074 0.234 114 V 0.003 0.008 0.496 0.047 0.053 0.047 0.024 0.322 115 H 0.007 0.009 0.805 0.046 0.041 0.016 0.037 0.039 116 L 0.062 0.026 0.415 0.029 0.051 0.051 0.096 0.269 117 L 0.114 0.130 0.314 0.026 0.040 0.053 0.074 0.249 118 A 0.101 0.105 0.113 0.015 0.026 0.098 0.055 0.487 119 G 0.022 0.177 0.083 0.023 0.046 0.104 0.078 0.468 120 G 0.051 0.668 0.022 0.010 0.023 0.040 0.067 0.119 121 F 0.084 0.627 0.010 0.016 0.011 0.028 0.137 0.087 122 A 0.038 0.578 0.011 0.029 0.015 0.038 0.112 0.179 123 E 0.080 0.631 0.022 0.010 0.023 0.024 0.078 0.133 124 F 0.258 0.249 0.047 0.026 0.017 0.049 0.172 0.182 125 S 0.431 0.041 0.008 0.011 0.014 0.056 0.075 0.365 126 R 0.024 0.013 0.014 0.006 0.019 0.116 0.020 0.786 127 C 0.020 0.020 0.019 0.008 0.017 0.108 0.015 0.791 128 F 0.258 0.073 0.008 0.015 0.012 0.100 0.072 0.461 129 P 0.074 0.022 0.013 0.011 0.013 0.103 0.031 0.734 130 G 0.042 0.014 0.061 0.018 0.056 0.103 0.102 0.604 131 L 0.043 0.006 0.046 0.031 0.031 0.109 0.036 0.697 132 C 0.155 0.007 0.055 0.024 0.051 0.097 0.056 0.554 133 E 0.027 0.003 0.025 0.022 0.037 0.107 0.029 0.749 134 G 0.030 0.004 0.026 0.020 0.035 0.127 0.035 0.723 135 K 0.053 0.008 0.037 0.064 0.062 0.128 0.055 0.593 136 S 0.042 0.004 0.032 0.030 0.057 0.110 0.045 0.680 137 T 0.008 0.003 0.047 0.062 0.082 0.151 0.057 0.590 138 L 0.013 0.004 0.046 0.041 0.056 0.129 0.031 0.681 139 V 0.170 0.020 0.040 0.077 0.073 0.096 0.074 0.449 140 P 0.083 0.007 0.032 0.025 0.039 0.113 0.079 0.621 141 T 0.036 0.011 0.069 0.050 0.075 0.124 0.065 0.570 142 C 0.070 0.006 0.033 0.024 0.060 0.114 0.050 0.643 143 I 0.015 0.009 0.050 0.089 0.085 0.139 0.034 0.580 144 S 0.024 0.009 0.020 0.030 0.068 0.125 0.032 0.691 145 Q 0.053 0.034 0.028 0.081 0.072 0.121 0.061 0.551 146 P 0.154 0.042 0.020 0.034 0.054 0.088 0.058 0.550 147 A 0.093 0.038 0.031 0.059 0.073 0.086 0.084 0.537 148 H 0.111 0.020 0.027 0.039 0.070 0.083 0.052 0.599 149 H 0.098 0.010 0.031 0.055 0.080 0.086 0.055 0.586 150 H 0.086 0.005 0.019 0.034 0.054 0.076 0.027 0.699 151 H 0.116 0.005 0.012 0.021 0.042 0.084 0.028 0.692 152 H 0.029 0.003 0.015 0.024 0.037 0.114 0.019 0.758 153 H 0.048 0.006 0.015 0.036 0.060 0.109 0.030 0.697