# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2356 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.446 0.121 0.047 0.075 0.065 0.048 0.068 0.048 0.037 0.026 0.019 2 I 0.188 0.214 0.070 0.186 0.123 0.065 0.068 0.040 0.025 0.013 0.008 3 G 0.134 0.098 0.044 0.100 0.107 0.101 0.128 0.102 0.088 0.063 0.035 4 T 0.234 0.202 0.080 0.194 0.115 0.063 0.055 0.029 0.015 0.007 0.004 5 Q 0.167 0.131 0.089 0.224 0.149 0.083 0.076 0.041 0.021 0.012 0.006 6 I 0.023 0.009 0.010 0.018 0.035 0.054 0.115 0.155 0.195 0.216 0.170 7 V 0.011 0.413 0.095 0.188 0.113 0.071 0.052 0.025 0.016 0.011 0.004 8 T 0.010 0.014 0.020 0.060 0.135 0.212 0.260 0.130 0.092 0.042 0.026 9 E 0.959 0.016 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.009 0.027 0.031 0.223 0.197 0.206 0.221 0.052 0.022 0.008 0.003 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.133 0.264 0.578 12 V 0.001 0.002 0.027 0.063 0.225 0.320 0.278 0.056 0.019 0.008 0.002 13 A 0.001 0.004 0.943 0.043 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.245 0.407 0.122 0.110 0.077 0.013 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.040 0.076 0.284 0.358 0.232 16 E 0.013 0.057 0.449 0.215 0.141 0.067 0.039 0.013 0.005 0.003 0.001 17 S 0.042 0.097 0.598 0.147 0.072 0.026 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 18 G 0.376 0.189 0.035 0.061 0.063 0.066 0.100 0.067 0.022 0.012 0.008 19 T 0.374 0.199 0.023 0.080 0.068 0.059 0.065 0.056 0.034 0.026 0.017 20 E 0.372 0.149 0.083 0.149 0.100 0.054 0.047 0.025 0.011 0.006 0.003 21 K 0.125 0.131 0.090 0.220 0.156 0.107 0.102 0.036 0.019 0.009 0.005 22 V 0.002 0.003 0.006 0.008 0.014 0.030 0.081 0.102 0.251 0.257 0.248 23 L 0.002 0.015 0.021 0.094 0.142 0.187 0.221 0.125 0.101 0.059 0.033 24 L 0.001 0.001 0.008 0.010 0.015 0.023 0.054 0.098 0.207 0.291 0.292 25 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.033 0.077 0.108 0.239 0.296 0.230 26 D 0.003 0.007 0.011 0.043 0.064 0.071 0.165 0.207 0.192 0.144 0.092 27 S 0.001 0.002 0.008 0.008 0.012 0.024 0.059 0.095 0.217 0.275 0.298 28 R 0.010 0.017 0.021 0.069 0.114 0.142 0.228 0.159 0.121 0.073 0.045 29 P 0.150 0.209 0.105 0.173 0.090 0.079 0.083 0.046 0.035 0.021 0.009 30 F 0.075 0.065 0.038 0.131 0.148 0.151 0.183 0.095 0.059 0.033 0.022 31 V 0.323 0.132 0.077 0.127 0.088 0.070 0.084 0.047 0.026 0.017 0.008 32 E 0.072 0.139 0.124 0.240 0.161 0.107 0.083 0.036 0.019 0.011 0.006 33 Y 0.011 0.013 0.018 0.023 0.034 0.066 0.125 0.139 0.193 0.216 0.164 34 N 0.075 0.157 0.100 0.195 0.141 0.107 0.105 0.054 0.035 0.023 0.009 35 T 0.149 0.133 0.166 0.221 0.131 0.082 0.055 0.029 0.018 0.010 0.005 36 S 0.295 0.094 0.065 0.108 0.093 0.091 0.101 0.067 0.040 0.029 0.016 37 H 0.043 0.067 0.029 0.101 0.106 0.124 0.186 0.139 0.106 0.064 0.037 38 I 0.014 0.019 0.018 0.030 0.048 0.064 0.123 0.145 0.178 0.184 0.177 39 L 0.103 0.120 0.136 0.231 0.171 0.089 0.071 0.039 0.023 0.012 0.006 40 E 0.150 0.129 0.084 0.218 0.141 0.093 0.097 0.044 0.025 0.012 0.007 41 A 0.003 0.003 0.004 0.010 0.017 0.023 0.050 0.095 0.197 0.243 0.355 42 I 0.012 0.026 0.024 0.081 0.119 0.146 0.202 0.146 0.120 0.082 0.042 43 N 0.010 0.024 0.071 0.103 0.108 0.117 0.150 0.113 0.123 0.103 0.077 44 I 0.006 0.003 0.009 0.012 0.024 0.051 0.117 0.135 0.213 0.212 0.218 45 N 0.052 0.135 0.066 0.202 0.152 0.095 0.115 0.073 0.056 0.036 0.018 46 C 0.004 0.005 0.008 0.023 0.044 0.071 0.149 0.174 0.207 0.176 0.140 47 S 0.190 0.130 0.099 0.191 0.134 0.095 0.081 0.037 0.023 0.012 0.006 48 K 0.079 0.088 0.122 0.255 0.168 0.111 0.102 0.041 0.020 0.009 0.005 49 L 0.005 0.006 0.010 0.012 0.020 0.043 0.079 0.097 0.201 0.232 0.294 50 M 0.007 0.016 0.020 0.053 0.083 0.093 0.188 0.160 0.162 0.130 0.088 51 K 0.043 0.054 0.179 0.182 0.160 0.138 0.118 0.055 0.038 0.025 0.010 52 R 0.105 0.087 0.182 0.214 0.143 0.106 0.087 0.039 0.021 0.011 0.006 53 R 0.047 0.059 0.046 0.105 0.095 0.127 0.186 0.130 0.100 0.070 0.036 54 L 0.033 0.033 0.022 0.045 0.060 0.085 0.159 0.153 0.159 0.135 0.116 55 Q 0.232 0.252 0.156 0.174 0.094 0.037 0.024 0.014 0.008 0.005 0.003 56 Q 0.285 0.132 0.076 0.138 0.106 0.074 0.079 0.050 0.030 0.019 0.012 57 D 0.271 0.139 0.041 0.114 0.094 0.079 0.094 0.068 0.048 0.031 0.020 58 K 0.182 0.119 0.049 0.150 0.133 0.105 0.113 0.073 0.042 0.022 0.013 59 V 0.096 0.061 0.058 0.106 0.111 0.121 0.150 0.107 0.086 0.060 0.043 60 L 0.026 0.027 0.030 0.059 0.073 0.097 0.174 0.143 0.161 0.121 0.090 61 I 0.045 0.089 0.061 0.132 0.130 0.123 0.161 0.099 0.079 0.054 0.028 62 T 0.118 0.149 0.101 0.196 0.148 0.094 0.087 0.048 0.032 0.018 0.010 63 E 0.430 0.120 0.076 0.139 0.089 0.051 0.049 0.025 0.012 0.006 0.003 64 L 0.132 0.070 0.073 0.143 0.123 0.118 0.153 0.086 0.053 0.033 0.016 65 I 0.028 0.059 0.073 0.119 0.125 0.151 0.180 0.107 0.081 0.053 0.024 66 Q 0.026 0.044 0.100 0.112 0.125 0.134 0.193 0.113 0.079 0.052 0.022 67 H 0.058 0.059 0.264 0.189 0.135 0.107 0.102 0.044 0.024 0.013 0.005 68 S 0.066 0.096 0.284 0.218 0.132 0.087 0.066 0.028 0.013 0.008 0.003 69 A 0.035 0.049 0.090 0.117 0.124 0.129 0.176 0.126 0.078 0.053 0.024 70 K 0.055 0.043 0.078 0.099 0.114 0.129 0.188 0.129 0.080 0.064 0.023 71 H 0.053 0.091 0.297 0.205 0.124 0.093 0.073 0.032 0.017 0.010 0.003 72 K 0.056 0.123 0.219 0.212 0.142 0.101 0.078 0.036 0.017 0.011 0.004 73 V 0.038 0.022 0.026 0.037 0.054 0.103 0.200 0.163 0.162 0.121 0.075 74 D 0.277 0.245 0.121 0.176 0.088 0.036 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 75 I 0.036 0.017 0.031 0.040 0.058 0.106 0.191 0.135 0.162 0.136 0.087 76 D 0.208 0.311 0.101 0.163 0.090 0.048 0.039 0.018 0.011 0.007 0.004 77 C 0.070 0.115 0.046 0.133 0.123 0.147 0.164 0.087 0.059 0.037 0.019 78 S 0.368 0.179 0.052 0.134 0.094 0.058 0.048 0.031 0.017 0.012 0.008 79 Q 0.077 0.078 0.051 0.157 0.137 0.127 0.159 0.099 0.063 0.037 0.015 80 K 0.018 0.050 0.041 0.150 0.163 0.184 0.173 0.091 0.066 0.044 0.020 81 V 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.022 0.058 0.087 0.247 0.315 0.254 82 V 0.002 0.008 0.013 0.044 0.067 0.140 0.200 0.146 0.169 0.126 0.086 83 V 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.007 0.021 0.062 0.171 0.254 0.472 84 Y 0.002 0.003 0.009 0.025 0.054 0.073 0.140 0.185 0.196 0.168 0.144 85 D 0.009 0.012 0.020 0.047 0.060 0.078 0.163 0.169 0.197 0.142 0.103 86 Q 0.058 0.063 0.064 0.165 0.158 0.130 0.141 0.098 0.062 0.035 0.027 87 S 0.124 0.115 0.060 0.127 0.109 0.103 0.147 0.091 0.062 0.037 0.025 88 S 0.234 0.140 0.056 0.129 0.102 0.075 0.094 0.067 0.047 0.031 0.025 89 Q 0.364 0.175 0.061 0.116 0.085 0.055 0.055 0.036 0.024 0.016 0.012 90 D 0.239 0.183 0.076 0.145 0.102 0.066 0.069 0.047 0.034 0.023 0.016 91 V 0.124 0.099 0.045 0.124 0.125 0.106 0.135 0.098 0.067 0.046 0.032 92 A 0.305 0.163 0.089 0.156 0.100 0.057 0.051 0.035 0.023 0.013 0.008 93 S 0.174 0.147 0.077 0.160 0.124 0.091 0.095 0.057 0.037 0.022 0.015 94 L 0.057 0.046 0.035 0.090 0.103 0.086 0.143 0.142 0.125 0.092 0.081 95 S 0.239 0.126 0.071 0.145 0.118 0.083 0.091 0.053 0.037 0.024 0.013 96 S 0.051 0.076 0.082 0.167 0.149 0.112 0.130 0.089 0.070 0.048 0.027 97 D 0.031 0.043 0.037 0.102 0.126 0.128 0.177 0.126 0.107 0.079 0.044 98 C 0.011 0.013 0.020 0.051 0.071 0.100 0.179 0.159 0.171 0.135 0.089 99 F 0.008 0.021 0.040 0.099 0.126 0.138 0.204 0.139 0.109 0.077 0.039 100 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.019 0.059 0.096 0.226 0.285 0.296 101 T 0.001 0.001 0.004 0.008 0.018 0.036 0.078 0.100 0.228 0.261 0.266 102 V 0.003 0.007 0.032 0.056 0.090 0.120 0.221 0.150 0.150 0.113 0.058 103 L 0.001 0.003 0.013 0.024 0.036 0.073 0.157 0.143 0.215 0.206 0.130 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.033 0.051 0.229 0.316 0.354 105 G 0.018 0.026 0.057 0.129 0.164 0.158 0.212 0.103 0.071 0.040 0.022 106 K 0.013 0.048 0.149 0.156 0.136 0.168 0.151 0.073 0.050 0.038 0.018 107 L 0.007 0.009 0.010 0.020 0.030 0.089 0.172 0.145 0.195 0.187 0.135 108 E 0.290 0.227 0.054 0.141 0.080 0.055 0.066 0.040 0.023 0.015 0.008 109 K 0.143 0.115 0.094 0.163 0.127 0.110 0.094 0.058 0.043 0.031 0.021 110 S 0.258 0.243 0.072 0.143 0.102 0.065 0.055 0.031 0.015 0.010 0.007 111 F 0.074 0.074 0.029 0.095 0.111 0.124 0.150 0.129 0.092 0.070 0.052 112 N 0.187 0.105 0.044 0.101 0.106 0.102 0.124 0.098 0.062 0.043 0.026 113 S 0.118 0.127 0.057 0.232 0.156 0.095 0.098 0.055 0.034 0.019 0.010 114 V 0.006 0.004 0.006 0.009 0.015 0.031 0.069 0.090 0.222 0.271 0.278 115 H 0.023 0.055 0.046 0.189 0.200 0.153 0.138 0.084 0.057 0.034 0.022 116 L 0.003 0.008 0.016 0.031 0.045 0.069 0.112 0.143 0.204 0.206 0.161 117 L 0.001 0.002 0.003 0.007 0.015 0.039 0.089 0.110 0.230 0.242 0.262 118 A 0.057 0.060 0.051 0.176 0.171 0.126 0.148 0.087 0.065 0.038 0.021 119 G 0.098 0.044 0.052 0.112 0.118 0.127 0.165 0.106 0.081 0.060 0.036 120 G 0.015 0.032 0.018 0.053 0.062 0.091 0.161 0.132 0.173 0.158 0.105 121 F 0.003 0.004 0.004 0.016 0.029 0.064 0.137 0.153 0.220 0.209 0.161 122 A 0.148 0.131 0.188 0.221 0.140 0.073 0.049 0.024 0.014 0.008 0.005 123 E 0.046 0.056 0.077 0.196 0.174 0.152 0.156 0.073 0.038 0.021 0.012 124 F 0.003 0.003 0.004 0.007 0.010 0.021 0.054 0.081 0.211 0.289 0.317 125 S 0.024 0.034 0.036 0.113 0.159 0.148 0.197 0.118 0.083 0.057 0.032 126 R 0.046 0.084 0.259 0.207 0.129 0.102 0.068 0.039 0.031 0.025 0.012 127 C 0.027 0.029 0.029 0.065 0.084 0.151 0.209 0.134 0.125 0.091 0.055 128 F 0.049 0.058 0.023 0.067 0.066 0.091 0.161 0.147 0.147 0.121 0.070 129 P 0.118 0.087 0.062 0.146 0.138 0.123 0.126 0.081 0.059 0.038 0.023 130 G 0.307 0.149 0.080 0.147 0.103 0.069 0.066 0.036 0.021 0.013 0.008 131 L 0.045 0.035 0.020 0.055 0.063 0.083 0.145 0.135 0.168 0.142 0.110 132 C 0.044 0.057 0.021 0.069 0.086 0.118 0.185 0.135 0.123 0.100 0.063 133 E 0.170 0.240 0.110 0.213 0.121 0.058 0.038 0.022 0.014 0.009 0.005 134 G 0.372 0.146 0.044 0.109 0.082 0.067 0.073 0.047 0.029 0.020 0.011 135 K 0.261 0.183 0.034 0.142 0.093 0.074 0.077 0.052 0.040 0.029 0.015 136 S 0.255 0.161 0.040 0.123 0.095 0.085 0.088 0.061 0.045 0.030 0.016 137 T 0.207 0.161 0.063 0.166 0.117 0.093 0.075 0.048 0.034 0.023 0.013 138 L 0.084 0.077 0.037 0.084 0.082 0.108 0.145 0.115 0.119 0.093 0.055 139 V 0.096 0.125 0.048 0.161 0.135 0.120 0.121 0.079 0.058 0.037 0.021 140 P 0.172 0.112 0.057 0.139 0.115 0.099 0.107 0.077 0.057 0.039 0.024 141 T 0.220 0.110 0.050 0.134 0.110 0.093 0.102 0.072 0.052 0.036 0.021 142 C 0.102 0.121 0.042 0.139 0.112 0.106 0.126 0.093 0.075 0.055 0.029 143 I 0.071 0.056 0.030 0.094 0.103 0.117 0.156 0.127 0.111 0.082 0.052 144 S 0.266 0.196 0.086 0.169 0.101 0.062 0.051 0.031 0.020 0.012 0.007 145 Q 0.094 0.098 0.051 0.129 0.115 0.114 0.134 0.096 0.080 0.053 0.035 146 P 0.135 0.083 0.034 0.094 0.097 0.086 0.127 0.113 0.100 0.073 0.057 147 A 0.260 0.132 0.062 0.141 0.108 0.076 0.083 0.056 0.041 0.024 0.016 148 H 0.175 0.140 0.079 0.160 0.128 0.087 0.095 0.059 0.039 0.023 0.015 149 H 0.133 0.095 0.048 0.132 0.124 0.095 0.131 0.098 0.070 0.046 0.028 150 H 0.220 0.141 0.075 0.157 0.113 0.085 0.092 0.055 0.034 0.020 0.010 151 H 0.167 0.226 0.130 0.198 0.107 0.063 0.050 0.027 0.017 0.010 0.005 152 H 0.166 0.124 0.067 0.137 0.120 0.098 0.115 0.075 0.049 0.031 0.017 153 H 0.381 0.195 0.081 0.131 0.075 0.045 0.041 0.023 0.014 0.008 0.004