# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2356 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.178 0.011 0.007 0.034 0.066 0.074 0.054 0.002 0.001 0.004 0.570 2 I 0.008 0.001 0.001 0.023 0.017 0.023 0.024 0.001 0.001 0.001 0.903 3 G 0.032 0.002 0.003 0.106 0.053 0.122 0.034 0.001 0.001 0.002 0.647 4 T 0.034 0.004 0.001 0.180 0.100 0.100 0.127 0.001 0.001 0.005 0.449 5 Q 0.103 0.003 0.003 0.064 0.033 0.079 0.059 0.001 0.001 0.004 0.652 6 I 0.077 0.014 0.007 0.439 0.042 0.089 0.134 0.001 0.001 0.004 0.194 7 V 0.017 0.013 0.001 0.048 0.020 0.034 0.361 0.001 0.001 0.002 0.503 8 T 0.011 0.018 0.001 0.043 0.007 0.023 0.073 0.001 0.001 0.001 0.824 9 E 0.002 0.011 0.001 0.004 0.001 0.004 0.368 0.001 0.001 0.002 0.608 10 R 0.033 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.844 0.001 0.001 0.001 0.092 11 L 0.010 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.034 12 V 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 13 A 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 14 L 0.016 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 15 L 0.008 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 16 E 0.014 0.923 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.004 17 S 0.125 0.585 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.001 0.001 0.027 18 G 0.509 0.143 0.038 0.001 0.002 0.002 0.005 0.152 0.001 0.001 0.148 19 T 0.106 0.013 0.564 0.021 0.005 0.005 0.062 0.013 0.001 0.004 0.206 20 E 0.127 0.004 0.115 0.105 0.052 0.054 0.159 0.004 0.001 0.018 0.361 21 K 0.018 0.001 0.009 0.317 0.036 0.029 0.239 0.001 0.001 0.010 0.340 22 V 0.030 0.001 0.002 0.668 0.023 0.037 0.037 0.001 0.001 0.001 0.201 23 L 0.001 0.001 0.001 0.943 0.016 0.021 0.008 0.001 0.001 0.001 0.012 24 L 0.001 0.001 0.001 0.830 0.051 0.072 0.007 0.001 0.001 0.001 0.039 25 I 0.001 0.001 0.001 0.908 0.037 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 26 D 0.001 0.001 0.001 0.566 0.089 0.148 0.025 0.001 0.001 0.002 0.168 27 S 0.003 0.001 0.001 0.416 0.028 0.090 0.093 0.001 0.001 0.003 0.365 28 R 0.010 0.001 0.001 0.156 0.052 0.042 0.475 0.001 0.001 0.008 0.256 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 30 F 0.006 0.001 0.001 0.021 0.018 0.118 0.112 0.001 0.001 0.001 0.722 31 V 0.051 0.004 0.001 0.014 0.010 0.030 0.126 0.001 0.001 0.009 0.756 32 E 0.303 0.049 0.001 0.016 0.020 0.031 0.068 0.001 0.001 0.005 0.505 33 Y 0.340 0.160 0.010 0.033 0.031 0.045 0.053 0.005 0.001 0.006 0.316 34 N 0.168 0.243 0.009 0.045 0.042 0.055 0.067 0.010 0.001 0.004 0.358 35 T 0.135 0.231 0.011 0.062 0.027 0.045 0.062 0.012 0.001 0.008 0.407 36 S 0.259 0.110 0.020 0.075 0.048 0.079 0.081 0.015 0.001 0.019 0.295 37 H 0.256 0.040 0.024 0.053 0.049 0.041 0.166 0.010 0.001 0.009 0.352 38 I 0.056 0.036 0.048 0.136 0.065 0.094 0.068 0.003 0.001 0.004 0.489 39 L 0.008 0.012 0.002 0.159 0.088 0.231 0.097 0.001 0.001 0.002 0.399 40 E 0.027 0.009 0.002 0.195 0.077 0.127 0.128 0.001 0.001 0.005 0.430 41 A 0.235 0.034 0.007 0.149 0.064 0.122 0.047 0.002 0.001 0.007 0.333 42 I 0.067 0.056 0.009 0.318 0.119 0.137 0.078 0.004 0.001 0.004 0.207 43 N 0.060 0.035 0.011 0.159 0.100 0.158 0.078 0.007 0.001 0.008 0.384 44 I 0.054 0.034 0.011 0.253 0.096 0.135 0.087 0.004 0.001 0.005 0.321 45 N 0.003 0.003 0.001 0.027 0.016 0.016 0.261 0.001 0.001 0.001 0.672 46 C 0.014 0.008 0.003 0.016 0.009 0.018 0.140 0.001 0.001 0.005 0.786 47 S 0.014 0.037 0.002 0.017 0.006 0.020 0.521 0.001 0.001 0.017 0.366 48 K 0.135 0.077 0.002 0.008 0.005 0.008 0.390 0.001 0.001 0.010 0.365 49 L 0.090 0.711 0.005 0.004 0.004 0.006 0.058 0.002 0.001 0.002 0.117 50 M 0.029 0.846 0.003 0.003 0.005 0.010 0.031 0.004 0.001 0.001 0.068 51 K 0.041 0.855 0.003 0.002 0.004 0.007 0.014 0.010 0.001 0.001 0.064 52 R 0.065 0.795 0.005 0.002 0.006 0.008 0.010 0.020 0.001 0.001 0.089 53 R 0.105 0.618 0.016 0.003 0.009 0.011 0.023 0.036 0.001 0.001 0.179 54 L 0.102 0.481 0.057 0.004 0.011 0.016 0.043 0.036 0.001 0.002 0.247 55 Q 0.086 0.404 0.052 0.008 0.020 0.030 0.087 0.025 0.001 0.005 0.281 56 Q 0.145 0.238 0.028 0.009 0.014 0.016 0.077 0.013 0.001 0.006 0.455 57 D 0.108 0.141 0.020 0.014 0.010 0.011 0.094 0.006 0.001 0.008 0.588 58 K 0.270 0.096 0.038 0.019 0.023 0.028 0.142 0.006 0.001 0.017 0.360 59 V 0.111 0.114 0.018 0.029 0.017 0.015 0.243 0.004 0.001 0.006 0.442 60 L 0.084 0.122 0.015 0.037 0.055 0.091 0.096 0.005 0.001 0.004 0.490 61 I 0.042 0.175 0.011 0.038 0.038 0.070 0.147 0.004 0.001 0.004 0.470 62 T 0.036 0.135 0.003 0.015 0.019 0.033 0.150 0.002 0.001 0.003 0.604 63 E 0.049 0.094 0.002 0.005 0.006 0.015 0.060 0.001 0.001 0.002 0.765 64 L 0.055 0.190 0.005 0.004 0.004 0.011 0.304 0.002 0.001 0.005 0.420 65 I 0.137 0.404 0.005 0.002 0.002 0.003 0.239 0.004 0.001 0.004 0.200 66 Q 0.040 0.869 0.005 0.001 0.001 0.002 0.018 0.005 0.001 0.001 0.059 67 H 0.020 0.892 0.005 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.067 68 S 0.024 0.837 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.006 0.001 0.001 0.115 69 A 0.087 0.806 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.012 0.001 0.001 0.075 70 K 0.111 0.791 0.009 0.002 0.001 0.003 0.006 0.019 0.001 0.001 0.057 71 H 0.088 0.746 0.036 0.004 0.003 0.006 0.011 0.028 0.001 0.001 0.076 72 K 0.213 0.522 0.023 0.006 0.004 0.008 0.012 0.037 0.001 0.001 0.175 73 V 0.284 0.373 0.024 0.016 0.013 0.022 0.018 0.035 0.001 0.003 0.211 74 D 0.158 0.095 0.019 0.017 0.030 0.044 0.063 0.056 0.001 0.005 0.513 75 I 0.234 0.045 0.065 0.033 0.018 0.046 0.045 0.016 0.001 0.005 0.492 76 D 0.022 0.010 0.005 0.108 0.020 0.020 0.330 0.004 0.001 0.003 0.477 77 C 0.152 0.009 0.009 0.024 0.020 0.014 0.108 0.002 0.001 0.016 0.646 78 S 0.031 0.003 0.012 0.074 0.015 0.028 0.418 0.001 0.001 0.120 0.298 79 Q 0.435 0.001 0.009 0.047 0.023 0.032 0.274 0.001 0.001 0.075 0.105 80 K 0.018 0.001 0.001 0.212 0.023 0.030 0.407 0.001 0.001 0.004 0.304 81 V 0.007 0.001 0.001 0.410 0.129 0.145 0.084 0.001 0.001 0.001 0.224 82 V 0.001 0.001 0.001 0.708 0.060 0.099 0.028 0.001 0.001 0.001 0.105 83 V 0.001 0.001 0.001 0.654 0.096 0.132 0.019 0.001 0.001 0.001 0.097 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.606 0.126 0.113 0.041 0.001 0.001 0.001 0.111 85 D 0.001 0.001 0.001 0.262 0.116 0.162 0.094 0.001 0.001 0.003 0.361 86 Q 0.003 0.001 0.001 0.157 0.048 0.097 0.198 0.001 0.001 0.005 0.490 87 S 0.003 0.001 0.001 0.042 0.007 0.011 0.503 0.001 0.001 0.008 0.426 88 S 0.168 0.003 0.003 0.026 0.012 0.014 0.260 0.001 0.001 0.070 0.444 89 Q 0.069 0.013 0.003 0.014 0.007 0.009 0.377 0.001 0.001 0.035 0.472 90 D 0.039 0.009 0.002 0.010 0.008 0.012 0.588 0.001 0.001 0.017 0.315 91 V 0.140 0.059 0.004 0.015 0.013 0.023 0.143 0.002 0.001 0.016 0.584 92 A 0.024 0.093 0.003 0.013 0.018 0.033 0.401 0.001 0.001 0.012 0.402 93 S 0.243 0.075 0.005 0.010 0.011 0.017 0.232 0.004 0.001 0.015 0.387 94 L 0.271 0.366 0.026 0.011 0.012 0.020 0.067 0.009 0.001 0.007 0.211 95 S 0.076 0.315 0.016 0.018 0.018 0.025 0.181 0.008 0.001 0.004 0.340 96 S 0.064 0.167 0.009 0.008 0.008 0.014 0.116 0.005 0.001 0.004 0.607 97 D 0.085 0.261 0.011 0.008 0.009 0.017 0.144 0.003 0.001 0.005 0.458 98 C 0.044 0.246 0.006 0.004 0.004 0.007 0.240 0.001 0.001 0.002 0.445 99 F 0.035 0.489 0.006 0.005 0.005 0.009 0.154 0.002 0.001 0.001 0.294 100 L 0.008 0.882 0.003 0.003 0.002 0.004 0.034 0.001 0.001 0.001 0.063 101 T 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.022 102 V 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 103 L 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 104 L 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 105 G 0.008 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.003 106 K 0.022 0.931 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.011 107 L 0.087 0.797 0.015 0.001 0.001 0.002 0.004 0.056 0.001 0.001 0.036 108 E 0.306 0.332 0.030 0.003 0.005 0.010 0.014 0.134 0.001 0.002 0.164 109 K 0.248 0.172 0.270 0.011 0.006 0.009 0.034 0.051 0.001 0.003 0.196 110 S 0.060 0.037 0.020 0.016 0.007 0.007 0.110 0.013 0.001 0.002 0.728 111 F 0.151 0.034 0.062 0.036 0.022 0.028 0.069 0.007 0.001 0.008 0.583 112 N 0.077 0.025 0.016 0.115 0.051 0.081 0.234 0.003 0.001 0.023 0.375 113 S 0.091 0.008 0.007 0.109 0.044 0.050 0.274 0.002 0.001 0.017 0.400 114 V 0.105 0.009 0.015 0.350 0.044 0.082 0.056 0.001 0.001 0.007 0.331 115 H 0.011 0.004 0.002 0.699 0.081 0.070 0.058 0.001 0.001 0.002 0.074 116 L 0.003 0.002 0.001 0.448 0.075 0.102 0.051 0.001 0.001 0.001 0.316 117 L 0.002 0.003 0.001 0.652 0.092 0.130 0.027 0.001 0.001 0.001 0.092 118 A 0.011 0.005 0.001 0.323 0.040 0.106 0.093 0.001 0.001 0.004 0.417 119 G 0.024 0.005 0.001 0.228 0.018 0.032 0.181 0.001 0.001 0.007 0.503 120 G 0.145 0.009 0.005 0.054 0.019 0.033 0.246 0.001 0.001 0.013 0.476 121 F 0.044 0.030 0.005 0.070 0.014 0.028 0.228 0.001 0.001 0.005 0.575 122 A 0.013 0.047 0.001 0.021 0.024 0.082 0.175 0.001 0.001 0.003 0.633 123 E 0.042 0.152 0.002 0.028 0.010 0.024 0.220 0.001 0.001 0.003 0.517 124 F 0.103 0.584 0.003 0.016 0.012 0.026 0.035 0.004 0.001 0.002 0.215 125 S 0.045 0.824 0.005 0.008 0.009 0.016 0.009 0.009 0.001 0.001 0.075 126 R 0.058 0.809 0.004 0.008 0.005 0.009 0.007 0.016 0.001 0.001 0.083 127 C 0.219 0.544 0.010 0.006 0.004 0.008 0.014 0.055 0.001 0.001 0.139 128 F 0.304 0.386 0.048 0.005 0.012 0.012 0.022 0.049 0.001 0.002 0.160 129 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.988 130 G 0.012 0.006 0.003 0.010 0.007 0.016 0.069 0.001 0.001 0.001 0.875 131 L 0.289 0.043 0.008 0.020 0.017 0.023 0.060 0.003 0.001 0.007 0.530 132 C 0.171 0.129 0.010 0.050 0.042 0.057 0.086 0.005 0.001 0.006 0.444 133 E 0.084 0.081 0.020 0.044 0.033 0.060 0.111 0.004 0.001 0.009 0.554 134 G 0.099 0.029 0.005 0.057 0.022 0.051 0.088 0.003 0.001 0.012 0.634 135 K 0.359 0.021 0.011 0.042 0.040 0.050 0.070 0.002 0.001 0.007 0.398 136 S 0.018 0.006 0.001 0.038 0.012 0.013 0.078 0.001 0.001 0.001 0.831 137 T 0.075 0.009 0.015 0.046 0.090 0.127 0.072 0.002 0.001 0.009 0.555 138 L 0.055 0.008 0.007 0.050 0.026 0.061 0.085 0.001 0.001 0.005 0.702 139 V 0.029 0.006 0.003 0.042 0.106 0.116 0.175 0.001 0.001 0.004 0.518 140 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.986 141 T 0.023 0.004 0.001 0.053 0.082 0.238 0.090 0.001 0.001 0.003 0.506 142 C 0.257 0.008 0.002 0.026 0.021 0.030 0.072 0.001 0.001 0.010 0.573 143 I 0.156 0.030 0.006 0.061 0.042 0.065 0.103 0.002 0.001 0.005 0.530 144 S 0.075 0.010 0.011 0.049 0.043 0.081 0.121 0.002 0.001 0.009 0.597 145 Q 0.093 0.008 0.004 0.030 0.078 0.066 0.070 0.001 0.001 0.005 0.645 146 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.986 147 A 0.020 0.003 0.002 0.050 0.067 0.200 0.060 0.001 0.001 0.001 0.597 148 H 0.061 0.008 0.001 0.041 0.028 0.050 0.091 0.001 0.001 0.005 0.714 149 H 0.132 0.019 0.003 0.047 0.055 0.097 0.063 0.001 0.001 0.005 0.578 150 H 0.095 0.019 0.004 0.061 0.046 0.082 0.099 0.001 0.001 0.006 0.587 151 H 0.098 0.018 0.004 0.038 0.040 0.067 0.108 0.002 0.001 0.008 0.617 152 H 0.116 0.023 0.005 0.050 0.035 0.066 0.089 0.002 0.001 0.006 0.608 153 H 0.051 0.018 0.003 0.038 0.034 0.060 0.147 0.002 0.001 0.005 0.642