# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2356 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.016 0.064 0.069 0.096 0.070 0.012 0.595 2 I 0.039 0.003 0.024 0.023 0.040 0.084 0.004 0.784 3 G 0.012 0.002 0.046 0.023 0.041 0.040 0.002 0.833 4 T 0.038 0.004 0.100 0.045 0.082 0.125 0.004 0.601 5 Q 0.050 0.005 0.080 0.018 0.035 0.083 0.003 0.727 6 I 0.060 0.015 0.254 0.068 0.099 0.104 0.003 0.397 7 V 0.012 0.010 0.048 0.017 0.026 0.265 0.001 0.621 8 T 0.003 0.008 0.009 0.003 0.007 0.031 0.001 0.938 9 E 0.003 0.040 0.008 0.001 0.004 0.278 0.001 0.664 10 R 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.869 0.001 0.103 11 L 0.035 0.929 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.027 12 V 0.004 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 A 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 14 L 0.032 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 15 L 0.106 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 16 E 0.094 0.768 0.009 0.002 0.001 0.005 0.091 0.030 17 S 0.183 0.354 0.012 0.004 0.001 0.020 0.216 0.210 18 G 0.479 0.048 0.021 0.002 0.001 0.012 0.108 0.329 19 T 0.190 0.033 0.186 0.022 0.005 0.128 0.031 0.405 20 E 0.053 0.009 0.119 0.031 0.011 0.146 0.009 0.622 21 K 0.132 0.006 0.128 0.022 0.019 0.178 0.007 0.508 22 V 0.047 0.004 0.526 0.035 0.044 0.032 0.003 0.311 23 L 0.005 0.001 0.851 0.045 0.052 0.019 0.001 0.026 24 L 0.002 0.001 0.861 0.036 0.038 0.005 0.001 0.057 25 I 0.001 0.001 0.954 0.017 0.015 0.006 0.001 0.008 26 D 0.001 0.001 0.722 0.047 0.051 0.017 0.001 0.162 27 S 0.001 0.001 0.723 0.022 0.065 0.074 0.001 0.114 28 R 0.010 0.001 0.174 0.020 0.031 0.494 0.002 0.269 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 30 F 0.012 0.002 0.014 0.009 0.036 0.133 0.002 0.793 31 V 0.107 0.015 0.023 0.010 0.024 0.096 0.003 0.721 32 E 0.189 0.083 0.009 0.011 0.031 0.099 0.011 0.567 33 Y 0.341 0.315 0.018 0.015 0.038 0.037 0.015 0.221 34 N 0.142 0.513 0.031 0.019 0.031 0.044 0.022 0.197 35 T 0.149 0.455 0.042 0.014 0.019 0.032 0.042 0.247 36 S 0.262 0.247 0.101 0.017 0.021 0.047 0.058 0.245 37 H 0.253 0.119 0.124 0.030 0.028 0.104 0.041 0.300 38 I 0.062 0.079 0.317 0.058 0.065 0.087 0.011 0.321 39 L 0.024 0.024 0.151 0.036 0.044 0.116 0.005 0.600 40 E 0.041 0.028 0.147 0.033 0.056 0.164 0.009 0.523 41 A 0.156 0.040 0.372 0.024 0.043 0.055 0.015 0.295 42 I 0.050 0.057 0.533 0.073 0.072 0.064 0.009 0.142 43 N 0.055 0.033 0.366 0.048 0.081 0.072 0.011 0.334 44 I 0.052 0.026 0.484 0.068 0.076 0.104 0.006 0.185 45 N 0.010 0.011 0.095 0.023 0.034 0.220 0.007 0.599 46 C 0.022 0.013 0.074 0.014 0.032 0.224 0.006 0.614 47 S 0.028 0.021 0.024 0.005 0.009 0.289 0.007 0.616 48 K 0.082 0.066 0.016 0.005 0.009 0.171 0.011 0.641 49 L 0.134 0.267 0.020 0.005 0.012 0.171 0.012 0.379 50 M 0.070 0.599 0.013 0.008 0.021 0.105 0.009 0.175 51 K 0.105 0.625 0.015 0.008 0.020 0.043 0.015 0.171 52 R 0.116 0.644 0.021 0.008 0.013 0.023 0.019 0.157 53 R 0.084 0.610 0.027 0.012 0.014 0.027 0.024 0.202 54 L 0.085 0.472 0.027 0.017 0.020 0.041 0.028 0.309 55 Q 0.092 0.332 0.036 0.020 0.024 0.087 0.032 0.378 56 Q 0.153 0.239 0.058 0.020 0.022 0.071 0.033 0.404 57 D 0.108 0.218 0.064 0.016 0.018 0.075 0.041 0.459 58 K 0.222 0.120 0.061 0.017 0.020 0.092 0.036 0.433 59 V 0.118 0.112 0.079 0.022 0.025 0.170 0.012 0.463 60 L 0.068 0.112 0.062 0.063 0.087 0.119 0.010 0.479 61 I 0.056 0.119 0.055 0.032 0.065 0.134 0.006 0.533 62 T 0.034 0.176 0.030 0.018 0.029 0.215 0.005 0.493 63 E 0.022 0.141 0.012 0.002 0.007 0.043 0.003 0.771 64 L 0.020 0.205 0.005 0.001 0.003 0.233 0.004 0.528 65 I 0.062 0.402 0.002 0.001 0.002 0.371 0.007 0.153 66 Q 0.056 0.886 0.003 0.001 0.001 0.010 0.004 0.039 67 H 0.019 0.949 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 68 S 0.015 0.901 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.067 69 A 0.043 0.889 0.002 0.001 0.001 0.005 0.013 0.045 70 K 0.068 0.837 0.011 0.002 0.003 0.005 0.021 0.053 71 H 0.064 0.779 0.026 0.008 0.005 0.023 0.033 0.061 72 K 0.235 0.418 0.029 0.008 0.006 0.018 0.067 0.218 73 V 0.215 0.339 0.090 0.023 0.015 0.026 0.051 0.240 74 D 0.146 0.090 0.081 0.090 0.059 0.043 0.038 0.453 75 I 0.081 0.043 0.123 0.111 0.091 0.062 0.010 0.480 76 D 0.030 0.026 0.059 0.145 0.094 0.167 0.008 0.471 77 C 0.020 0.003 0.014 0.010 0.015 0.038 0.002 0.897 78 S 0.036 0.003 0.028 0.014 0.014 0.683 0.010 0.213 79 Q 0.584 0.002 0.033 0.018 0.012 0.178 0.034 0.139 80 K 0.085 0.002 0.272 0.046 0.049 0.106 0.007 0.434 81 V 0.003 0.001 0.543 0.102 0.179 0.036 0.001 0.136 82 V 0.002 0.001 0.826 0.046 0.081 0.018 0.001 0.027 83 V 0.001 0.001 0.799 0.064 0.089 0.006 0.001 0.042 84 Y 0.001 0.001 0.915 0.020 0.032 0.016 0.001 0.017 85 D 0.001 0.001 0.612 0.096 0.099 0.062 0.001 0.130 86 Q 0.002 0.001 0.344 0.041 0.093 0.254 0.002 0.263 87 S 0.012 0.001 0.046 0.010 0.020 0.601 0.006 0.306 88 S 0.147 0.002 0.014 0.006 0.011 0.144 0.048 0.629 89 Q 0.103 0.008 0.013 0.007 0.008 0.387 0.014 0.460 90 D 0.076 0.019 0.012 0.012 0.020 0.291 0.011 0.559 91 V 0.088 0.095 0.027 0.025 0.078 0.146 0.009 0.532 92 A 0.035 0.116 0.011 0.013 0.028 0.410 0.006 0.382 93 S 0.154 0.209 0.011 0.008 0.017 0.228 0.019 0.353 94 L 0.308 0.366 0.022 0.006 0.012 0.043 0.028 0.215 95 S 0.091 0.473 0.028 0.008 0.013 0.105 0.016 0.265 96 S 0.073 0.360 0.011 0.006 0.012 0.113 0.014 0.411 97 D 0.055 0.434 0.010 0.002 0.006 0.073 0.011 0.408 98 C 0.050 0.389 0.010 0.002 0.003 0.128 0.012 0.407 99 F 0.026 0.580 0.008 0.002 0.002 0.142 0.005 0.235 100 L 0.011 0.888 0.007 0.002 0.002 0.029 0.001 0.060 101 T 0.005 0.969 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 102 V 0.002 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 103 L 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 104 L 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 G 0.022 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 106 K 0.092 0.834 0.005 0.002 0.002 0.002 0.037 0.027 107 L 0.069 0.724 0.011 0.004 0.003 0.016 0.090 0.082 108 E 0.274 0.303 0.031 0.015 0.011 0.016 0.112 0.237 109 K 0.095 0.133 0.315 0.038 0.021 0.040 0.018 0.339 110 S 0.054 0.064 0.051 0.048 0.022 0.135 0.016 0.610 111 F 0.162 0.041 0.051 0.021 0.026 0.057 0.019 0.623 112 N 0.126 0.031 0.129 0.029 0.030 0.173 0.022 0.459 113 S 0.095 0.013 0.138 0.057 0.067 0.203 0.017 0.409 114 V 0.066 0.013 0.290 0.085 0.096 0.057 0.006 0.388 115 H 0.014 0.007 0.284 0.309 0.215 0.060 0.002 0.110 116 L 0.011 0.006 0.289 0.087 0.162 0.071 0.002 0.373 117 L 0.008 0.011 0.243 0.199 0.347 0.076 0.002 0.114 118 A 0.007 0.009 0.059 0.029 0.064 0.065 0.002 0.765 119 G 0.025 0.015 0.036 0.016 0.039 0.208 0.007 0.654 120 G 0.198 0.023 0.020 0.007 0.017 0.280 0.020 0.435 121 F 0.094 0.157 0.041 0.026 0.041 0.146 0.010 0.486 122 A 0.024 0.137 0.015 0.014 0.033 0.148 0.004 0.624 123 E 0.053 0.372 0.015 0.008 0.018 0.137 0.006 0.391 124 F 0.069 0.765 0.010 0.004 0.013 0.023 0.009 0.107 125 S 0.031 0.913 0.005 0.004 0.006 0.004 0.004 0.033 126 R 0.052 0.859 0.009 0.004 0.005 0.006 0.014 0.051 127 C 0.253 0.496 0.009 0.004 0.008 0.011 0.103 0.116 128 F 0.461 0.191 0.033 0.013 0.013 0.025 0.097 0.166 129 P 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.985 130 G 0.014 0.006 0.022 0.013 0.020 0.050 0.004 0.870 131 L 0.305 0.016 0.061 0.031 0.029 0.062 0.008 0.487 132 C 0.151 0.066 0.095 0.083 0.079 0.115 0.007 0.404 133 E 0.052 0.038 0.066 0.044 0.066 0.080 0.006 0.649 134 G 0.061 0.021 0.045 0.021 0.047 0.059 0.012 0.735 135 K 0.192 0.016 0.047 0.044 0.053 0.120 0.018 0.510 136 S 0.031 0.009 0.028 0.023 0.028 0.046 0.006 0.829 137 T 0.070 0.012 0.050 0.064 0.098 0.113 0.009 0.583 138 L 0.069 0.009 0.047 0.029 0.062 0.074 0.005 0.704 139 V 0.048 0.010 0.053 0.077 0.132 0.117 0.004 0.560 140 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 141 T 0.029 0.007 0.041 0.062 0.139 0.127 0.004 0.592 142 C 0.217 0.006 0.019 0.019 0.030 0.044 0.007 0.658 143 I 0.161 0.023 0.060 0.062 0.085 0.076 0.009 0.524 144 S 0.074 0.016 0.039 0.032 0.061 0.114 0.010 0.654 145 Q 0.139 0.015 0.050 0.039 0.064 0.129 0.010 0.555 146 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 147 A 0.026 0.007 0.026 0.033 0.066 0.119 0.003 0.720 148 H 0.072 0.007 0.012 0.011 0.020 0.044 0.003 0.832 149 H 0.158 0.046 0.034 0.043 0.086 0.081 0.010 0.542 150 H 0.131 0.054 0.050 0.043 0.068 0.086 0.010 0.558 151 H 0.100 0.042 0.027 0.026 0.046 0.096 0.013 0.651 152 H 0.139 0.059 0.045 0.037 0.065 0.076 0.016 0.563 153 H 0.050 0.034 0.030 0.025 0.040 0.088 0.009 0.724