# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2356 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.316 0.282 0.047 0.146 0.032 0.032 0.009 0.041 0.012 0.002 2 I 0.118 0.257 0.388 0.083 0.037 0.029 0.044 0.002 0.035 0.003 0.004 3 G 0.101 0.084 0.344 0.033 0.173 0.047 0.040 0.080 0.014 0.079 0.004 4 T 0.243 0.290 0.270 0.097 0.040 0.035 0.011 0.002 0.010 0.001 0.001 5 Q 0.106 0.400 0.277 0.045 0.040 0.071 0.045 0.002 0.012 0.001 0.001 6 I 0.142 0.471 0.240 0.028 0.034 0.064 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 7 V 0.041 0.146 0.530 0.014 0.039 0.131 0.002 0.001 0.094 0.002 0.001 8 T 0.949 0.001 0.036 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.992 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.991 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.944 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.948 0.003 0.012 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.820 0.008 0.012 0.123 0.002 0.003 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 17 S 0.236 0.022 0.070 0.547 0.004 0.004 0.101 0.006 0.009 0.001 0.001 18 G 0.017 0.002 0.017 0.010 0.013 0.002 0.113 0.735 0.002 0.089 0.001 19 T 0.088 0.138 0.564 0.114 0.016 0.035 0.025 0.003 0.013 0.003 0.002 20 E 0.199 0.146 0.456 0.151 0.011 0.022 0.005 0.001 0.007 0.001 0.002 21 K 0.107 0.321 0.157 0.240 0.086 0.027 0.042 0.004 0.014 0.001 0.001 22 V 0.002 0.755 0.109 0.004 0.110 0.006 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 23 L 0.003 0.634 0.265 0.001 0.037 0.049 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 24 L 0.003 0.538 0.300 0.004 0.008 0.133 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 25 I 0.016 0.808 0.084 0.012 0.033 0.032 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 26 D 0.019 0.296 0.313 0.022 0.125 0.101 0.050 0.003 0.059 0.008 0.003 27 S 0.067 0.255 0.345 0.092 0.084 0.075 0.046 0.009 0.017 0.005 0.005 28 R 0.016 0.428 0.276 0.004 0.145 0.013 0.003 0.001 0.106 0.008 0.001 29 P 0.069 0.006 0.820 0.006 0.004 0.065 0.001 0.001 0.004 0.004 0.022 30 F 0.718 0.048 0.128 0.050 0.011 0.024 0.005 0.005 0.009 0.002 0.001 31 V 0.854 0.056 0.053 0.024 0.003 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 32 E 0.795 0.074 0.041 0.059 0.011 0.008 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 33 Y 0.615 0.077 0.102 0.134 0.034 0.010 0.008 0.002 0.016 0.002 0.001 34 N 0.678 0.048 0.079 0.111 0.017 0.016 0.027 0.009 0.009 0.004 0.002 35 T 0.515 0.074 0.058 0.272 0.024 0.008 0.034 0.005 0.008 0.001 0.001 36 S 0.268 0.087 0.140 0.227 0.029 0.029 0.173 0.032 0.011 0.003 0.001 37 H 0.144 0.272 0.273 0.120 0.044 0.068 0.053 0.006 0.019 0.001 0.001 38 I 0.111 0.255 0.465 0.031 0.004 0.104 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 39 L 0.516 0.076 0.178 0.183 0.010 0.020 0.005 0.001 0.007 0.002 0.001 40 E 0.250 0.094 0.076 0.113 0.228 0.020 0.098 0.062 0.026 0.031 0.002 41 A 0.212 0.270 0.285 0.042 0.118 0.029 0.018 0.005 0.018 0.002 0.002 42 I 0.224 0.537 0.125 0.041 0.031 0.017 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 43 N 0.052 0.183 0.353 0.028 0.036 0.235 0.085 0.005 0.018 0.002 0.002 44 I 0.098 0.537 0.167 0.033 0.111 0.032 0.003 0.001 0.013 0.003 0.001 45 N 0.040 0.072 0.478 0.017 0.015 0.307 0.015 0.001 0.047 0.006 0.003 46 C 0.680 0.038 0.155 0.061 0.013 0.032 0.003 0.001 0.011 0.003 0.002 47 S 0.848 0.025 0.043 0.060 0.005 0.006 0.006 0.002 0.003 0.002 0.001 48 K 0.849 0.023 0.020 0.087 0.008 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 49 L 0.778 0.022 0.038 0.140 0.005 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 50 M 0.800 0.036 0.047 0.089 0.005 0.006 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 51 K 0.734 0.041 0.082 0.087 0.009 0.011 0.022 0.003 0.007 0.002 0.001 52 R 0.625 0.062 0.092 0.161 0.020 0.011 0.012 0.004 0.011 0.002 0.001 53 R 0.470 0.075 0.191 0.153 0.011 0.029 0.041 0.005 0.022 0.002 0.002 54 L 0.380 0.113 0.314 0.084 0.023 0.029 0.029 0.004 0.018 0.004 0.002 55 Q 0.431 0.090 0.239 0.111 0.026 0.036 0.033 0.007 0.014 0.009 0.004 56 Q 0.369 0.157 0.225 0.127 0.056 0.021 0.011 0.005 0.022 0.005 0.002 57 D 0.297 0.065 0.137 0.320 0.035 0.051 0.051 0.019 0.014 0.007 0.004 58 K 0.257 0.134 0.144 0.229 0.065 0.034 0.089 0.022 0.020 0.004 0.001 59 V 0.183 0.273 0.293 0.135 0.021 0.049 0.027 0.002 0.014 0.001 0.001 60 L 0.107 0.261 0.413 0.065 0.028 0.069 0.029 0.001 0.024 0.002 0.001 61 I 0.222 0.127 0.455 0.076 0.033 0.056 0.008 0.002 0.015 0.005 0.003 62 T 0.148 0.108 0.476 0.042 0.048 0.090 0.008 0.002 0.069 0.008 0.001 63 E 0.916 0.003 0.056 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.948 0.007 0.011 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 I 0.924 0.015 0.012 0.042 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 Q 0.962 0.006 0.011 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 H 0.974 0.006 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.964 0.004 0.006 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.888 0.004 0.015 0.086 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 K 0.875 0.010 0.027 0.076 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 71 H 0.735 0.024 0.038 0.140 0.013 0.006 0.031 0.007 0.004 0.002 0.001 72 K 0.557 0.062 0.112 0.200 0.011 0.022 0.019 0.004 0.010 0.001 0.001 73 V 0.260 0.183 0.173 0.322 0.021 0.012 0.012 0.001 0.015 0.001 0.001 74 D 0.096 0.106 0.214 0.072 0.051 0.130 0.241 0.042 0.027 0.016 0.004 75 I 0.107 0.434 0.306 0.063 0.043 0.022 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 76 D 0.058 0.189 0.417 0.063 0.033 0.110 0.042 0.006 0.062 0.013 0.006 77 C 0.421 0.097 0.218 0.121 0.046 0.014 0.045 0.010 0.016 0.009 0.004 78 S 0.064 0.080 0.081 0.281 0.036 0.023 0.382 0.040 0.009 0.003 0.001 79 Q 0.015 0.382 0.423 0.047 0.069 0.021 0.025 0.002 0.016 0.001 0.001 80 K 0.015 0.363 0.516 0.032 0.011 0.042 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 81 V 0.005 0.751 0.167 0.006 0.025 0.037 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 82 V 0.006 0.679 0.208 0.004 0.033 0.060 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 83 V 0.011 0.672 0.152 0.009 0.049 0.089 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 84 Y 0.013 0.628 0.141 0.010 0.126 0.045 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 85 D 0.038 0.260 0.348 0.019 0.091 0.140 0.017 0.003 0.066 0.014 0.004 86 Q 0.437 0.120 0.157 0.162 0.044 0.025 0.019 0.005 0.018 0.009 0.004 87 S 0.226 0.114 0.092 0.339 0.083 0.015 0.074 0.022 0.017 0.018 0.002 88 S 0.154 0.077 0.131 0.227 0.094 0.022 0.197 0.054 0.019 0.023 0.003 89 Q 0.337 0.110 0.218 0.146 0.063 0.018 0.045 0.026 0.013 0.020 0.004 90 D 0.229 0.118 0.352 0.089 0.036 0.096 0.023 0.005 0.043 0.008 0.002 91 V 0.843 0.019 0.076 0.049 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 92 A 0.810 0.042 0.049 0.071 0.006 0.006 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 93 S 0.656 0.046 0.065 0.154 0.031 0.017 0.014 0.004 0.011 0.002 0.001 94 L 0.708 0.036 0.096 0.128 0.007 0.009 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 95 S 0.722 0.037 0.080 0.094 0.014 0.012 0.023 0.006 0.007 0.005 0.001 96 S 0.699 0.025 0.065 0.142 0.026 0.013 0.015 0.005 0.005 0.005 0.001 97 D 0.882 0.008 0.034 0.049 0.007 0.008 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 98 C 0.989 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.969 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 G 0.975 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 106 K 0.928 0.002 0.003 0.062 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.368 0.008 0.025 0.570 0.003 0.003 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 108 E 0.103 0.011 0.034 0.078 0.023 0.013 0.475 0.224 0.007 0.031 0.001 109 K 0.204 0.212 0.365 0.112 0.033 0.032 0.019 0.005 0.013 0.004 0.001 110 S 0.185 0.144 0.295 0.256 0.016 0.053 0.020 0.005 0.017 0.004 0.004 111 F 0.121 0.197 0.222 0.188 0.095 0.042 0.063 0.019 0.041 0.010 0.002 112 N 0.176 0.170 0.345 0.090 0.091 0.025 0.052 0.016 0.017 0.015 0.003 113 S 0.100 0.276 0.261 0.106 0.140 0.028 0.059 0.010 0.015 0.003 0.002 114 V 0.016 0.723 0.173 0.008 0.053 0.013 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 115 H 0.017 0.637 0.234 0.005 0.053 0.039 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 116 L 0.020 0.545 0.292 0.008 0.019 0.091 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 117 L 0.134 0.564 0.161 0.024 0.025 0.052 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 118 A 0.291 0.144 0.286 0.107 0.037 0.030 0.057 0.005 0.024 0.014 0.005 119 G 0.077 0.017 0.059 0.082 0.157 0.007 0.132 0.277 0.008 0.182 0.001 120 G 0.222 0.033 0.151 0.057 0.158 0.018 0.025 0.145 0.008 0.181 0.002 121 F 0.724 0.063 0.119 0.062 0.006 0.014 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 122 A 0.921 0.019 0.036 0.012 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.935 0.020 0.014 0.019 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 124 F 0.927 0.010 0.017 0.035 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 125 S 0.950 0.014 0.016 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 126 R 0.917 0.011 0.011 0.048 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 127 C 0.372 0.011 0.024 0.577 0.004 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 128 F 0.110 0.084 0.287 0.034 0.026 0.019 0.081 0.007 0.344 0.008 0.001 129 P 0.482 0.006 0.427 0.040 0.003 0.006 0.009 0.001 0.002 0.005 0.021 130 G 0.377 0.038 0.202 0.077 0.050 0.024 0.037 0.150 0.009 0.033 0.003 131 L 0.301 0.152 0.379 0.110 0.014 0.024 0.004 0.001 0.012 0.001 0.002 132 C 0.207 0.309 0.195 0.167 0.030 0.038 0.009 0.002 0.040 0.002 0.002 133 E 0.143 0.195 0.291 0.175 0.036 0.028 0.088 0.004 0.030 0.006 0.004 134 G 0.022 0.011 0.050 0.018 0.093 0.014 0.092 0.465 0.006 0.227 0.002 135 K 0.125 0.212 0.497 0.062 0.044 0.017 0.013 0.003 0.019 0.005 0.004 136 S 0.176 0.171 0.424 0.082 0.040 0.048 0.017 0.007 0.019 0.007 0.008 137 T 0.129 0.367 0.299 0.066 0.061 0.029 0.012 0.002 0.032 0.002 0.002 138 L 0.150 0.235 0.439 0.057 0.019 0.060 0.013 0.001 0.019 0.001 0.005 139 V 0.032 0.314 0.413 0.005 0.062 0.027 0.004 0.001 0.138 0.004 0.001 140 P 0.238 0.007 0.656 0.015 0.004 0.029 0.002 0.001 0.002 0.006 0.040 141 T 0.299 0.151 0.237 0.137 0.052 0.042 0.025 0.027 0.021 0.006 0.002 142 C 0.262 0.183 0.198 0.204 0.042 0.034 0.034 0.008 0.029 0.004 0.002 143 I 0.217 0.305 0.291 0.090 0.027 0.024 0.019 0.002 0.020 0.002 0.003 144 S 0.151 0.191 0.233 0.265 0.045 0.044 0.040 0.008 0.016 0.003 0.005 145 Q 0.007 0.369 0.276 0.004 0.108 0.008 0.003 0.001 0.224 0.002 0.001 146 P 0.068 0.007 0.820 0.005 0.003 0.036 0.001 0.001 0.003 0.003 0.055 147 A 0.286 0.165 0.359 0.077 0.044 0.028 0.011 0.008 0.016 0.003 0.002 148 H 0.201 0.220 0.321 0.099 0.048 0.054 0.019 0.006 0.026 0.005 0.002 149 H 0.194 0.297 0.227 0.132 0.059 0.044 0.013 0.003 0.026 0.003 0.002 150 H 0.247 0.196 0.198 0.193 0.055 0.040 0.033 0.007 0.021 0.006 0.003 151 H 0.192 0.176 0.172 0.221 0.065 0.047 0.078 0.016 0.027 0.005 0.002 152 H 0.149 0.304 0.276 0.127 0.057 0.029 0.027 0.004 0.023 0.003 0.001 153 H 0.146 0.266 0.348 0.087 0.045 0.040 0.029 0.004 0.028 0.004 0.002