# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2356 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.150 0.221 0.078 0.023 0.282 0.023 0.034 0.049 0.035 0.051 0.054 2 I 0.133 0.169 0.078 0.064 0.206 0.057 0.076 0.062 0.047 0.062 0.045 3 G 0.137 0.123 0.103 0.097 0.176 0.044 0.041 0.064 0.071 0.090 0.054 4 T 0.094 0.230 0.052 0.015 0.309 0.027 0.056 0.079 0.050 0.048 0.038 5 Q 0.245 0.137 0.022 0.003 0.401 0.004 0.011 0.029 0.012 0.042 0.095 6 I 0.066 0.400 0.141 0.010 0.242 0.020 0.016 0.019 0.007 0.021 0.058 7 V 0.075 0.552 0.197 0.002 0.138 0.001 0.001 0.009 0.002 0.006 0.018 8 T 0.003 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.696 0.276 0.006 0.002 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.904 0.090 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.040 0.010 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.040 0.019 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.076 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.977 0.014 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.941 0.036 0.013 0.001 15 L 0.004 0.003 0.002 0.001 0.005 0.002 0.015 0.736 0.206 0.025 0.003 16 E 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.018 0.085 0.711 0.132 0.040 0.002 17 S 0.006 0.443 0.317 0.018 0.025 0.014 0.091 0.042 0.019 0.022 0.003 18 G 0.059 0.017 0.025 0.024 0.019 0.009 0.007 0.008 0.017 0.442 0.374 19 T 0.206 0.215 0.068 0.024 0.253 0.020 0.025 0.035 0.060 0.044 0.049 20 E 0.073 0.077 0.046 0.048 0.093 0.132 0.239 0.075 0.095 0.084 0.039 21 K 0.180 0.077 0.024 0.020 0.214 0.051 0.081 0.015 0.022 0.203 0.113 22 V 0.125 0.091 0.001 0.001 0.778 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 23 L 0.104 0.047 0.001 0.001 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 24 L 0.477 0.019 0.002 0.001 0.464 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 25 I 0.213 0.154 0.023 0.017 0.427 0.044 0.020 0.005 0.006 0.014 0.079 26 D 0.162 0.211 0.103 0.009 0.414 0.007 0.007 0.004 0.005 0.011 0.069 27 S 0.184 0.172 0.035 0.015 0.188 0.015 0.042 0.040 0.063 0.152 0.095 28 R 0.012 0.280 0.520 0.053 0.050 0.015 0.015 0.011 0.012 0.014 0.015 29 P 0.042 0.460 0.234 0.033 0.076 0.008 0.013 0.064 0.036 0.019 0.014 30 F 0.022 0.060 0.023 0.004 0.043 0.008 0.020 0.443 0.323 0.040 0.012 31 V 0.014 0.067 0.013 0.004 0.044 0.009 0.023 0.633 0.170 0.018 0.006 32 E 0.038 0.020 0.006 0.003 0.042 0.005 0.038 0.681 0.096 0.059 0.013 33 Y 0.042 0.032 0.017 0.008 0.060 0.014 0.039 0.561 0.128 0.080 0.018 34 N 0.031 0.035 0.020 0.016 0.035 0.033 0.071 0.526 0.136 0.079 0.019 35 T 0.038 0.145 0.046 0.019 0.078 0.030 0.082 0.297 0.134 0.103 0.028 36 S 0.062 0.192 0.081 0.035 0.142 0.022 0.040 0.134 0.071 0.166 0.056 37 H 0.147 0.122 0.067 0.024 0.140 0.015 0.043 0.110 0.063 0.169 0.100 38 I 0.112 0.254 0.144 0.029 0.202 0.019 0.022 0.081 0.051 0.039 0.047 39 L 0.035 0.139 0.072 0.066 0.062 0.102 0.161 0.208 0.100 0.039 0.017 40 E 0.070 0.050 0.048 0.036 0.067 0.038 0.044 0.134 0.119 0.312 0.082 41 A 0.152 0.159 0.018 0.005 0.421 0.007 0.015 0.085 0.057 0.049 0.033 42 I 0.100 0.244 0.065 0.009 0.347 0.018 0.048 0.078 0.029 0.023 0.039 43 N 0.302 0.101 0.030 0.005 0.273 0.004 0.011 0.029 0.013 0.060 0.172 44 I 0.060 0.385 0.058 0.015 0.249 0.030 0.031 0.068 0.035 0.039 0.029 45 N 0.144 0.298 0.137 0.010 0.230 0.007 0.008 0.070 0.020 0.039 0.037 46 C 0.021 0.030 0.007 0.002 0.028 0.003 0.005 0.483 0.357 0.054 0.011 47 S 0.004 0.014 0.006 0.003 0.008 0.008 0.012 0.771 0.153 0.017 0.003 48 K 0.004 0.010 0.003 0.001 0.007 0.002 0.013 0.826 0.105 0.027 0.003 49 L 0.007 0.006 0.003 0.001 0.008 0.003 0.016 0.813 0.095 0.045 0.004 50 M 0.008 0.017 0.007 0.004 0.012 0.014 0.023 0.665 0.178 0.064 0.007 51 K 0.012 0.026 0.013 0.006 0.023 0.017 0.064 0.597 0.165 0.068 0.009 52 R 0.026 0.092 0.056 0.011 0.059 0.019 0.071 0.388 0.125 0.138 0.016 53 R 0.078 0.091 0.041 0.013 0.088 0.015 0.046 0.226 0.127 0.215 0.061 54 L 0.073 0.190 0.060 0.019 0.138 0.019 0.047 0.220 0.109 0.087 0.039 55 Q 0.091 0.102 0.071 0.028 0.112 0.030 0.053 0.203 0.100 0.153 0.057 56 Q 0.070 0.133 0.066 0.030 0.111 0.042 0.074 0.241 0.120 0.081 0.032 57 D 0.062 0.088 0.043 0.035 0.087 0.051 0.070 0.215 0.152 0.154 0.044 58 K 0.076 0.135 0.051 0.025 0.163 0.018 0.039 0.172 0.136 0.140 0.045 59 V 0.102 0.146 0.051 0.013 0.204 0.017 0.046 0.141 0.088 0.122 0.070 60 L 0.095 0.298 0.128 0.012 0.195 0.010 0.028 0.078 0.027 0.062 0.067 61 I 0.031 0.377 0.242 0.031 0.066 0.025 0.026 0.061 0.030 0.082 0.030 62 T 0.059 0.481 0.144 0.007 0.178 0.003 0.004 0.086 0.016 0.012 0.010 63 E 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.680 0.297 0.009 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.902 0.085 0.005 0.001 65 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.905 0.060 0.024 0.001 66 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.890 0.068 0.025 0.001 67 H 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.903 0.069 0.010 0.001 68 S 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.019 0.923 0.036 0.009 0.001 69 A 0.005 0.006 0.003 0.001 0.004 0.002 0.008 0.812 0.120 0.036 0.002 70 K 0.007 0.007 0.002 0.001 0.009 0.004 0.018 0.741 0.186 0.021 0.004 71 H 0.003 0.010 0.007 0.002 0.008 0.014 0.067 0.633 0.184 0.068 0.004 72 K 0.026 0.019 0.014 0.005 0.027 0.013 0.154 0.409 0.129 0.183 0.021 73 V 0.025 0.594 0.102 0.012 0.138 0.011 0.027 0.038 0.022 0.020 0.011 74 D 0.178 0.035 0.032 0.033 0.085 0.018 0.020 0.048 0.043 0.314 0.193 75 I 0.115 0.200 0.075 0.025 0.277 0.024 0.044 0.067 0.072 0.065 0.035 76 D 0.171 0.123 0.120 0.075 0.223 0.040 0.030 0.046 0.057 0.059 0.056 77 C 0.033 0.061 0.055 0.057 0.047 0.061 0.192 0.167 0.246 0.063 0.019 78 S 0.096 0.030 0.024 0.018 0.055 0.029 0.048 0.024 0.058 0.468 0.149 79 Q 0.081 0.434 0.017 0.006 0.392 0.008 0.013 0.004 0.005 0.017 0.025 80 K 0.222 0.078 0.004 0.001 0.652 0.003 0.004 0.001 0.001 0.007 0.025 81 V 0.144 0.047 0.001 0.001 0.805 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 82 V 0.168 0.025 0.001 0.001 0.801 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 83 V 0.357 0.026 0.002 0.001 0.583 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 84 Y 0.220 0.094 0.022 0.015 0.413 0.026 0.010 0.004 0.003 0.022 0.171 85 D 0.140 0.222 0.154 0.021 0.356 0.009 0.005 0.006 0.005 0.008 0.074 86 Q 0.041 0.049 0.022 0.021 0.049 0.047 0.094 0.262 0.270 0.112 0.032 87 S 0.034 0.201 0.097 0.050 0.069 0.057 0.116 0.112 0.099 0.133 0.033 88 S 0.077 0.120 0.048 0.044 0.096 0.019 0.020 0.115 0.109 0.261 0.089 89 Q 0.036 0.146 0.079 0.052 0.083 0.058 0.063 0.181 0.123 0.143 0.037 90 D 0.161 0.166 0.052 0.009 0.326 0.007 0.012 0.123 0.054 0.050 0.039 91 V 0.023 0.028 0.011 0.004 0.032 0.009 0.014 0.419 0.394 0.054 0.012 92 A 0.013 0.035 0.016 0.008 0.020 0.022 0.053 0.545 0.202 0.074 0.011 93 S 0.041 0.067 0.025 0.009 0.067 0.010 0.026 0.410 0.124 0.191 0.031 94 L 0.042 0.065 0.028 0.011 0.059 0.014 0.035 0.437 0.142 0.133 0.034 95 S 0.025 0.111 0.057 0.013 0.052 0.015 0.029 0.509 0.119 0.050 0.019 96 S 0.018 0.051 0.030 0.008 0.026 0.010 0.022 0.614 0.128 0.078 0.015 97 D 0.007 0.017 0.006 0.002 0.011 0.002 0.006 0.850 0.076 0.020 0.005 98 C 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.939 0.045 0.003 0.001 99 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.953 0.035 0.003 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.018 0.003 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.006 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.025 0.002 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.869 0.119 0.006 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.730 0.209 0.037 0.001 106 K 0.005 0.009 0.009 0.002 0.007 0.005 0.186 0.615 0.094 0.065 0.003 107 L 0.019 0.616 0.138 0.007 0.086 0.006 0.026 0.041 0.028 0.024 0.009 108 E 0.096 0.021 0.018 0.020 0.038 0.018 0.019 0.075 0.079 0.375 0.241 109 K 0.093 0.160 0.081 0.021 0.172 0.021 0.052 0.170 0.103 0.092 0.036 110 S 0.098 0.089 0.044 0.025 0.122 0.046 0.116 0.146 0.106 0.150 0.056 111 F 0.137 0.141 0.064 0.050 0.177 0.042 0.051 0.106 0.107 0.077 0.047 112 N 0.060 0.076 0.056 0.062 0.085 0.115 0.124 0.148 0.109 0.120 0.044 113 S 0.219 0.097 0.028 0.011 0.341 0.014 0.025 0.047 0.031 0.116 0.069 114 V 0.213 0.124 0.004 0.001 0.610 0.002 0.004 0.012 0.005 0.008 0.017 115 H 0.123 0.133 0.012 0.001 0.703 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.019 116 L 0.376 0.094 0.022 0.003 0.373 0.003 0.007 0.023 0.008 0.011 0.081 117 L 0.172 0.113 0.059 0.038 0.192 0.059 0.061 0.104 0.038 0.059 0.103 118 A 0.034 0.129 0.069 0.113 0.060 0.126 0.104 0.133 0.061 0.129 0.042 119 G 0.012 0.072 0.124 0.374 0.024 0.065 0.028 0.065 0.034 0.160 0.041 120 G 0.029 0.180 0.220 0.076 0.042 0.020 0.011 0.129 0.063 0.193 0.037 121 F 0.019 0.053 0.016 0.004 0.033 0.005 0.009 0.592 0.218 0.040 0.011 122 A 0.008 0.021 0.013 0.006 0.011 0.009 0.014 0.764 0.136 0.014 0.004 123 E 0.007 0.016 0.004 0.001 0.007 0.001 0.019 0.863 0.063 0.015 0.003 124 F 0.004 0.004 0.002 0.001 0.006 0.003 0.004 0.747 0.179 0.048 0.002 125 S 0.005 0.006 0.003 0.002 0.006 0.006 0.018 0.693 0.241 0.017 0.003 126 R 0.008 0.017 0.008 0.004 0.021 0.014 0.076 0.528 0.198 0.119 0.006 127 C 0.041 0.094 0.077 0.012 0.068 0.020 0.158 0.205 0.088 0.221 0.018 128 F 0.133 0.197 0.118 0.030 0.150 0.016 0.023 0.052 0.048 0.134 0.099 129 P 0.046 0.232 0.102 0.042 0.098 0.034 0.064 0.163 0.150 0.047 0.023 130 G 0.078 0.104 0.069 0.023 0.139 0.020 0.047 0.183 0.141 0.150 0.044 131 L 0.119 0.143 0.053 0.011 0.207 0.016 0.067 0.155 0.094 0.090 0.044 132 C 0.127 0.135 0.088 0.038 0.206 0.047 0.057 0.112 0.052 0.072 0.067 133 E 0.036 0.247 0.131 0.123 0.090 0.079 0.101 0.072 0.042 0.053 0.027 134 G 0.052 0.044 0.076 0.160 0.046 0.041 0.024 0.037 0.045 0.358 0.116 135 K 0.095 0.305 0.131 0.033 0.217 0.016 0.027 0.044 0.045 0.057 0.030 136 S 0.131 0.196 0.078 0.028 0.207 0.030 0.047 0.059 0.066 0.090 0.068 137 T 0.104 0.288 0.097 0.024 0.297 0.013 0.031 0.033 0.036 0.040 0.039 138 L 0.118 0.264 0.196 0.034 0.208 0.013 0.025 0.026 0.026 0.049 0.042 139 V 0.054 0.390 0.280 0.016 0.170 0.007 0.013 0.018 0.016 0.011 0.025 140 P 0.096 0.234 0.083 0.024 0.173 0.026 0.061 0.105 0.094 0.059 0.045 141 T 0.072 0.215 0.089 0.029 0.160 0.030 0.068 0.094 0.099 0.099 0.045 142 C 0.148 0.146 0.071 0.026 0.224 0.021 0.029 0.064 0.071 0.133 0.066 143 I 0.109 0.183 0.060 0.021 0.219 0.025 0.051 0.109 0.106 0.077 0.041 144 S 0.113 0.134 0.074 0.037 0.169 0.035 0.055 0.086 0.081 0.152 0.063 145 Q 0.081 0.309 0.176 0.037 0.192 0.014 0.027 0.048 0.036 0.046 0.034 146 P 0.095 0.265 0.184 0.028 0.176 0.014 0.024 0.065 0.056 0.048 0.044 147 A 0.072 0.279 0.073 0.015 0.194 0.019 0.056 0.134 0.094 0.035 0.029 148 H 0.107 0.145 0.071 0.019 0.188 0.024 0.058 0.130 0.092 0.108 0.058 149 H 0.129 0.139 0.055 0.020 0.191 0.023 0.047 0.116 0.093 0.124 0.062 150 H 0.078 0.177 0.085 0.040 0.171 0.047 0.065 0.121 0.084 0.088 0.045 151 H 0.141 0.117 0.063 0.030 0.184 0.023 0.032 0.105 0.077 0.151 0.077 152 H 0.096 0.144 0.057 0.023 0.170 0.027 0.043 0.152 0.119 0.120 0.049 153 H 0.105 0.154 0.072 0.028 0.172 0.029 0.040 0.156 0.088 0.100 0.055