# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2356 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.650 0.169 0.121 0.041 0.015 0.004 0.001 2 I 0.576 0.222 0.136 0.046 0.015 0.005 0.001 3 G 0.302 0.223 0.193 0.179 0.072 0.029 0.002 4 T 0.405 0.263 0.199 0.082 0.034 0.015 0.001 5 Q 0.178 0.260 0.239 0.184 0.096 0.038 0.004 6 I 0.043 0.072 0.140 0.249 0.268 0.208 0.019 7 V 0.061 0.163 0.180 0.237 0.221 0.120 0.018 8 T 0.032 0.074 0.172 0.317 0.266 0.124 0.015 9 E 0.248 0.398 0.246 0.077 0.022 0.007 0.001 10 R 0.018 0.116 0.315 0.358 0.157 0.033 0.003 11 L 0.002 0.004 0.007 0.044 0.357 0.545 0.042 12 V 0.015 0.108 0.351 0.373 0.125 0.026 0.002 13 A 0.140 0.518 0.274 0.051 0.012 0.004 0.001 14 L 0.011 0.071 0.242 0.448 0.192 0.036 0.001 15 L 0.012 0.024 0.055 0.220 0.502 0.181 0.006 16 E 0.231 0.419 0.270 0.065 0.014 0.002 0.001 17 S 0.618 0.290 0.072 0.016 0.002 0.001 0.001 18 G 0.418 0.357 0.173 0.040 0.011 0.001 0.001 19 T 0.231 0.372 0.214 0.151 0.027 0.005 0.001 20 E 0.317 0.356 0.226 0.071 0.025 0.004 0.001 21 K 0.046 0.247 0.295 0.271 0.113 0.027 0.002 22 V 0.001 0.003 0.019 0.079 0.417 0.457 0.025 23 L 0.001 0.001 0.006 0.027 0.133 0.582 0.251 24 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.252 0.729 25 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.199 0.788 26 D 0.001 0.002 0.008 0.056 0.149 0.318 0.466 27 S 0.001 0.001 0.003 0.010 0.086 0.441 0.460 28 R 0.005 0.029 0.095 0.238 0.279 0.282 0.072 29 P 0.078 0.248 0.277 0.190 0.116 0.079 0.012 30 F 0.040 0.121 0.182 0.342 0.222 0.087 0.006 31 V 0.301 0.308 0.197 0.122 0.049 0.022 0.002 32 E 0.152 0.276 0.237 0.201 0.108 0.027 0.001 33 Y 0.116 0.107 0.190 0.287 0.224 0.072 0.004 34 N 0.325 0.316 0.201 0.113 0.034 0.010 0.001 35 T 0.541 0.265 0.125 0.051 0.014 0.005 0.001 36 S 0.258 0.261 0.239 0.130 0.079 0.031 0.002 37 H 0.047 0.116 0.225 0.263 0.226 0.110 0.014 38 I 0.029 0.054 0.096 0.179 0.264 0.312 0.067 39 L 0.062 0.190 0.217 0.262 0.179 0.075 0.016 40 E 0.037 0.141 0.257 0.296 0.159 0.082 0.028 41 A 0.007 0.012 0.029 0.071 0.232 0.473 0.176 42 I 0.008 0.029 0.056 0.140 0.230 0.365 0.172 43 N 0.014 0.056 0.107 0.168 0.237 0.304 0.114 44 I 0.013 0.038 0.079 0.168 0.244 0.330 0.128 45 N 0.016 0.064 0.121 0.210 0.256 0.245 0.089 46 C 0.013 0.032 0.065 0.161 0.309 0.337 0.083 47 S 0.080 0.217 0.301 0.242 0.102 0.049 0.008 48 K 0.146 0.326 0.289 0.144 0.063 0.027 0.004 49 L 0.031 0.055 0.105 0.256 0.354 0.183 0.017 50 M 0.052 0.105 0.165 0.279 0.274 0.116 0.008 51 K 0.265 0.346 0.235 0.113 0.034 0.008 0.001 52 R 0.413 0.351 0.147 0.064 0.020 0.005 0.001 53 R 0.283 0.278 0.205 0.144 0.067 0.022 0.001 54 L 0.212 0.209 0.203 0.239 0.108 0.028 0.002 55 Q 0.494 0.282 0.147 0.055 0.017 0.005 0.001 56 Q 0.391 0.275 0.173 0.099 0.048 0.013 0.002 57 D 0.394 0.325 0.139 0.100 0.030 0.010 0.001 58 K 0.256 0.251 0.195 0.161 0.097 0.035 0.003 59 V 0.147 0.178 0.224 0.227 0.152 0.065 0.006 60 L 0.092 0.097 0.151 0.223 0.280 0.140 0.018 61 I 0.136 0.209 0.233 0.242 0.133 0.042 0.005 62 T 0.296 0.296 0.182 0.126 0.067 0.029 0.004 63 E 0.389 0.269 0.181 0.099 0.043 0.016 0.003 64 L 0.313 0.283 0.168 0.145 0.066 0.022 0.003 65 I 0.159 0.241 0.205 0.214 0.136 0.042 0.003 66 Q 0.188 0.175 0.217 0.214 0.146 0.057 0.004 67 H 0.361 0.321 0.182 0.093 0.033 0.008 0.001 68 S 0.270 0.390 0.155 0.132 0.043 0.010 0.001 69 A 0.172 0.192 0.208 0.220 0.161 0.045 0.002 70 K 0.239 0.248 0.233 0.202 0.063 0.014 0.001 71 H 0.467 0.335 0.122 0.060 0.014 0.002 0.001 72 K 0.431 0.331 0.149 0.065 0.021 0.004 0.001 73 V 0.170 0.172 0.223 0.273 0.133 0.029 0.001 74 D 0.425 0.393 0.137 0.037 0.007 0.002 0.001 75 I 0.109 0.197 0.235 0.310 0.132 0.017 0.001 76 D 0.389 0.407 0.135 0.054 0.012 0.002 0.001 77 C 0.154 0.273 0.240 0.223 0.099 0.010 0.001 78 S 0.331 0.376 0.195 0.079 0.015 0.004 0.001 79 Q 0.086 0.248 0.322 0.206 0.113 0.025 0.001 80 K 0.006 0.057 0.205 0.392 0.266 0.069 0.006 81 V 0.001 0.001 0.006 0.025 0.184 0.673 0.110 82 V 0.001 0.002 0.006 0.022 0.079 0.471 0.419 83 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.291 0.678 84 Y 0.001 0.002 0.006 0.027 0.097 0.313 0.554 85 D 0.003 0.013 0.030 0.097 0.181 0.342 0.334 86 Q 0.030 0.069 0.120 0.160 0.195 0.272 0.153 87 S 0.078 0.130 0.161 0.204 0.187 0.183 0.056 88 S 0.167 0.191 0.172 0.201 0.154 0.094 0.019 89 Q 0.413 0.256 0.147 0.097 0.054 0.028 0.006 90 D 0.395 0.249 0.144 0.107 0.064 0.034 0.008 91 V 0.309 0.220 0.157 0.151 0.101 0.050 0.013 92 A 0.344 0.266 0.128 0.138 0.074 0.039 0.010 93 S 0.261 0.194 0.177 0.159 0.117 0.071 0.020 94 L 0.120 0.108 0.141 0.202 0.206 0.165 0.057 95 S 0.120 0.149 0.163 0.189 0.173 0.139 0.068 96 S 0.085 0.113 0.133 0.179 0.190 0.184 0.116 97 D 0.051 0.068 0.087 0.133 0.177 0.258 0.227 98 C 0.028 0.047 0.064 0.113 0.195 0.315 0.238 99 F 0.019 0.047 0.070 0.132 0.203 0.271 0.258 100 L 0.004 0.007 0.009 0.022 0.066 0.328 0.564 101 T 0.005 0.010 0.022 0.051 0.124 0.299 0.489 102 V 0.011 0.032 0.056 0.106 0.162 0.283 0.349 103 L 0.010 0.027 0.072 0.152 0.258 0.313 0.167 104 L 0.005 0.006 0.017 0.051 0.215 0.517 0.190 105 G 0.027 0.116 0.206 0.261 0.228 0.139 0.024 106 K 0.088 0.232 0.243 0.225 0.135 0.067 0.010 107 L 0.052 0.097 0.176 0.332 0.244 0.093 0.006 108 E 0.386 0.366 0.142 0.076 0.020 0.008 0.001 109 K 0.372 0.272 0.189 0.107 0.048 0.011 0.001 110 S 0.419 0.338 0.153 0.063 0.021 0.006 0.001 111 F 0.097 0.191 0.224 0.298 0.139 0.046 0.004 112 N 0.222 0.260 0.247 0.157 0.081 0.030 0.003 113 S 0.084 0.226 0.291 0.239 0.104 0.046 0.009 114 V 0.007 0.016 0.045 0.106 0.328 0.425 0.074 115 H 0.007 0.038 0.097 0.215 0.293 0.280 0.070 116 L 0.003 0.006 0.013 0.038 0.113 0.430 0.396 117 L 0.002 0.006 0.014 0.039 0.134 0.443 0.363 118 A 0.008 0.070 0.170 0.319 0.207 0.140 0.086 119 G 0.007 0.038 0.108 0.179 0.266 0.302 0.100 120 G 0.002 0.009 0.027 0.083 0.275 0.452 0.152 121 F 0.006 0.023 0.073 0.172 0.339 0.327 0.060 122 A 0.091 0.333 0.289 0.182 0.079 0.022 0.004 123 E 0.056 0.258 0.322 0.248 0.084 0.028 0.004 124 F 0.013 0.020 0.046 0.154 0.426 0.314 0.027 125 S 0.052 0.192 0.258 0.301 0.150 0.044 0.004 126 R 0.318 0.426 0.155 0.070 0.022 0.007 0.001 127 C 0.083 0.165 0.249 0.291 0.162 0.047 0.004 128 F 0.078 0.126 0.177 0.244 0.228 0.134 0.013 129 P 0.190 0.294 0.241 0.182 0.070 0.020 0.002 130 G 0.326 0.362 0.194 0.081 0.028 0.008 0.001 131 L 0.078 0.098 0.175 0.275 0.260 0.109 0.005 132 C 0.163 0.207 0.230 0.238 0.124 0.036 0.002 133 E 0.482 0.311 0.133 0.056 0.015 0.004 0.001 134 G 0.516 0.279 0.118 0.060 0.022 0.005 0.001 135 K 0.411 0.263 0.172 0.103 0.038 0.012 0.001 136 S 0.423 0.287 0.152 0.095 0.033 0.009 0.001 137 T 0.322 0.252 0.201 0.135 0.066 0.022 0.002 138 L 0.165 0.163 0.199 0.222 0.170 0.074 0.007 139 V 0.210 0.227 0.212 0.183 0.110 0.051 0.007 140 P 0.304 0.244 0.193 0.148 0.075 0.030 0.005 141 T 0.250 0.233 0.195 0.166 0.100 0.048 0.008 142 C 0.190 0.182 0.173 0.179 0.152 0.105 0.019 143 I 0.156 0.149 0.193 0.238 0.175 0.076 0.014 144 S 0.361 0.332 0.163 0.094 0.033 0.014 0.003 145 Q 0.194 0.176 0.196 0.207 0.152 0.067 0.008 146 P 0.193 0.140 0.153 0.186 0.192 0.120 0.016 147 A 0.300 0.272 0.209 0.141 0.055 0.020 0.002 148 H 0.346 0.264 0.188 0.117 0.063 0.019 0.001 149 H 0.319 0.259 0.194 0.141 0.063 0.023 0.001 150 H 0.507 0.243 0.138 0.080 0.026 0.006 0.001 151 H 0.683 0.222 0.064 0.024 0.006 0.001 0.001 152 H 0.644 0.202 0.095 0.043 0.013 0.002 0.001 153 H 0.784 0.158 0.042 0.012 0.002 0.001 0.001