# TARGET T0389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2356 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.164 0.101 0.111 0.129 0.138 0.119 0.087 0.067 0.037 0.023 0.013 0.006 0.003 0.001 2 I 0.229 0.135 0.135 0.138 0.122 0.084 0.060 0.040 0.028 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 3 G 0.155 0.100 0.108 0.130 0.126 0.112 0.085 0.072 0.049 0.031 0.017 0.008 0.004 0.002 4 T 0.128 0.090 0.102 0.133 0.153 0.123 0.105 0.072 0.045 0.027 0.015 0.005 0.002 0.001 5 Q 0.131 0.098 0.112 0.135 0.147 0.115 0.088 0.071 0.048 0.030 0.015 0.006 0.003 0.002 6 I 0.158 0.081 0.073 0.084 0.114 0.112 0.116 0.119 0.056 0.041 0.026 0.012 0.007 0.002 7 V 0.052 0.062 0.082 0.146 0.176 0.166 0.122 0.081 0.069 0.027 0.009 0.004 0.001 0.001 8 T 0.023 0.033 0.051 0.106 0.171 0.177 0.166 0.133 0.081 0.033 0.017 0.006 0.003 0.001 9 E 0.475 0.246 0.145 0.066 0.032 0.019 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.115 0.199 0.242 0.204 0.120 0.077 0.022 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.006 0.009 0.011 0.050 0.114 0.172 0.301 0.206 0.097 0.018 0.012 0.002 0.002 0.001 12 V 0.045 0.156 0.229 0.236 0.182 0.094 0.031 0.010 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.618 0.281 0.063 0.018 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.025 0.061 0.098 0.295 0.254 0.165 0.068 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.036 0.050 0.069 0.178 0.282 0.184 0.113 0.066 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.554 0.249 0.132 0.037 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 S 0.678 0.164 0.076 0.041 0.022 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.311 0.174 0.303 0.103 0.053 0.029 0.020 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.274 0.192 0.219 0.141 0.091 0.044 0.029 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.179 0.224 0.251 0.133 0.079 0.066 0.038 0.013 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 21 K 0.013 0.037 0.050 0.150 0.243 0.189 0.121 0.104 0.050 0.024 0.007 0.008 0.003 0.001 22 V 0.002 0.002 0.004 0.010 0.026 0.059 0.126 0.134 0.236 0.172 0.100 0.081 0.038 0.010 23 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.023 0.061 0.112 0.146 0.177 0.240 0.131 0.060 0.028 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.031 0.080 0.129 0.196 0.262 0.165 0.114 25 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.020 0.089 0.180 0.143 0.291 0.201 0.060 26 D 0.001 0.003 0.003 0.009 0.023 0.036 0.113 0.159 0.132 0.165 0.167 0.089 0.039 0.061 27 S 0.001 0.002 0.003 0.005 0.013 0.029 0.062 0.098 0.183 0.161 0.248 0.094 0.061 0.040 28 R 0.010 0.025 0.037 0.075 0.112 0.134 0.136 0.155 0.120 0.091 0.048 0.027 0.019 0.010 29 P 0.067 0.110 0.111 0.151 0.128 0.131 0.107 0.068 0.063 0.038 0.017 0.008 0.002 0.002 30 F 0.059 0.094 0.129 0.141 0.174 0.157 0.096 0.063 0.053 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 31 V 0.267 0.156 0.151 0.118 0.110 0.082 0.057 0.026 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 32 E 0.304 0.186 0.140 0.118 0.097 0.071 0.042 0.019 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.121 0.095 0.084 0.144 0.179 0.144 0.092 0.070 0.037 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 34 N 0.299 0.165 0.159 0.118 0.089 0.069 0.045 0.022 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 35 T 0.272 0.158 0.126 0.132 0.107 0.089 0.052 0.028 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 36 S 0.204 0.136 0.101 0.111 0.121 0.117 0.093 0.046 0.032 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 37 H 0.074 0.065 0.087 0.129 0.167 0.153 0.114 0.096 0.051 0.036 0.014 0.009 0.004 0.002 38 I 0.046 0.034 0.037 0.069 0.109 0.127 0.128 0.138 0.117 0.085 0.057 0.031 0.015 0.007 39 L 0.054 0.060 0.074 0.109 0.125 0.121 0.113 0.109 0.082 0.064 0.049 0.025 0.011 0.006 40 E 0.078 0.079 0.087 0.124 0.145 0.113 0.099 0.092 0.063 0.050 0.035 0.020 0.008 0.007 41 A 0.018 0.017 0.022 0.034 0.055 0.091 0.104 0.128 0.162 0.136 0.101 0.066 0.049 0.016 42 I 0.017 0.018 0.027 0.044 0.087 0.113 0.167 0.169 0.123 0.106 0.072 0.033 0.015 0.010 43 N 0.032 0.041 0.050 0.075 0.109 0.115 0.129 0.123 0.123 0.088 0.060 0.029 0.013 0.012 44 I 0.045 0.033 0.038 0.056 0.077 0.099 0.101 0.125 0.126 0.117 0.087 0.051 0.034 0.010 45 N 0.045 0.074 0.088 0.151 0.175 0.144 0.119 0.096 0.052 0.029 0.015 0.007 0.003 0.003 46 C 0.020 0.027 0.040 0.075 0.125 0.151 0.159 0.147 0.134 0.063 0.033 0.016 0.007 0.003 47 S 0.198 0.173 0.163 0.138 0.116 0.083 0.063 0.027 0.025 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 48 K 0.375 0.230 0.163 0.083 0.051 0.054 0.021 0.009 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 49 L 0.059 0.080 0.079 0.167 0.217 0.171 0.110 0.069 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 50 M 0.075 0.100 0.114 0.199 0.202 0.137 0.087 0.051 0.025 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 51 K 0.497 0.199 0.133 0.067 0.043 0.029 0.019 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.484 0.191 0.149 0.074 0.044 0.032 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.271 0.171 0.153 0.149 0.124 0.068 0.040 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.218 0.162 0.117 0.175 0.157 0.088 0.048 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.567 0.185 0.110 0.055 0.037 0.023 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.388 0.196 0.134 0.106 0.070 0.054 0.031 0.009 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 57 D 0.330 0.176 0.130 0.119 0.100 0.065 0.050 0.012 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.275 0.181 0.145 0.120 0.103 0.090 0.044 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 59 V 0.217 0.111 0.094 0.142 0.163 0.110 0.079 0.040 0.020 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 60 L 0.127 0.079 0.081 0.135 0.182 0.130 0.114 0.071 0.039 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 61 I 0.143 0.101 0.117 0.146 0.165 0.114 0.080 0.058 0.037 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 62 T 0.398 0.173 0.102 0.095 0.081 0.053 0.050 0.020 0.012 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 63 E 0.344 0.182 0.124 0.110 0.089 0.066 0.043 0.019 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 64 L 0.328 0.158 0.101 0.130 0.116 0.073 0.050 0.020 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 65 I 0.306 0.164 0.112 0.137 0.122 0.075 0.046 0.018 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 66 Q 0.367 0.180 0.132 0.099 0.090 0.060 0.039 0.013 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 67 H 0.408 0.192 0.135 0.101 0.075 0.045 0.025 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.506 0.218 0.091 0.068 0.048 0.039 0.020 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.212 0.141 0.126 0.148 0.163 0.109 0.059 0.021 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 70 K 0.376 0.173 0.138 0.108 0.088 0.057 0.035 0.011 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 71 H 0.569 0.156 0.105 0.064 0.045 0.030 0.019 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.358 0.200 0.156 0.102 0.077 0.058 0.029 0.008 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.135 0.113 0.118 0.187 0.198 0.130 0.060 0.033 0.015 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 74 D 0.455 0.214 0.138 0.074 0.048 0.035 0.019 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.146 0.122 0.130 0.181 0.178 0.126 0.057 0.033 0.016 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 76 D 0.240 0.205 0.162 0.145 0.106 0.063 0.044 0.012 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 77 C 0.093 0.140 0.137 0.206 0.156 0.141 0.062 0.034 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 78 S 0.077 0.125 0.157 0.170 0.155 0.113 0.095 0.045 0.035 0.014 0.011 0.002 0.001 0.001 79 Q 0.008 0.025 0.040 0.081 0.125 0.168 0.134 0.149 0.126 0.068 0.035 0.023 0.011 0.006 80 K 0.001 0.002 0.004 0.012 0.032 0.063 0.111 0.151 0.194 0.182 0.093 0.091 0.040 0.025 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 0.032 0.111 0.168 0.280 0.211 0.107 0.065 82 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.061 0.118 0.251 0.246 0.173 0.126 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.048 0.114 0.197 0.303 0.205 0.119 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.037 0.105 0.182 0.192 0.215 0.141 0.106 85 D 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.019 0.051 0.095 0.145 0.182 0.243 0.121 0.067 0.063 86 Q 0.002 0.010 0.018 0.042 0.059 0.087 0.104 0.167 0.145 0.127 0.119 0.054 0.036 0.030 87 S 0.011 0.040 0.060 0.106 0.129 0.146 0.123 0.133 0.111 0.064 0.037 0.022 0.009 0.007 88 S 0.090 0.130 0.155 0.131 0.124 0.106 0.097 0.060 0.059 0.029 0.012 0.004 0.001 0.001 89 Q 0.241 0.196 0.190 0.120 0.084 0.067 0.046 0.024 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 90 D 0.191 0.175 0.134 0.149 0.133 0.086 0.066 0.033 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 91 V 0.208 0.172 0.137 0.156 0.125 0.081 0.058 0.035 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 92 A 0.501 0.189 0.104 0.078 0.049 0.032 0.025 0.009 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 93 S 0.382 0.194 0.112 0.104 0.078 0.059 0.037 0.014 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 94 L 0.137 0.109 0.100 0.162 0.172 0.138 0.080 0.050 0.023 0.017 0.005 0.004 0.002 0.001 95 S 0.257 0.150 0.137 0.134 0.114 0.077 0.062 0.030 0.019 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 96 S 0.125 0.086 0.093 0.128 0.145 0.139 0.109 0.072 0.049 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 97 D 0.052 0.057 0.071 0.127 0.170 0.166 0.131 0.102 0.057 0.037 0.015 0.009 0.004 0.002 98 C 0.062 0.042 0.049 0.073 0.107 0.122 0.147 0.130 0.096 0.075 0.043 0.032 0.017 0.006 99 F 0.056 0.063 0.075 0.097 0.131 0.136 0.136 0.117 0.084 0.049 0.029 0.017 0.007 0.004 100 L 0.015 0.012 0.017 0.032 0.064 0.103 0.152 0.170 0.147 0.109 0.105 0.039 0.024 0.012 101 T 0.028 0.046 0.049 0.104 0.136 0.152 0.154 0.138 0.080 0.052 0.030 0.015 0.010 0.006 102 V 0.110 0.109 0.115 0.152 0.154 0.120 0.087 0.063 0.040 0.024 0.013 0.007 0.003 0.002 103 L 0.020 0.037 0.053 0.116 0.186 0.184 0.165 0.128 0.063 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 104 L 0.025 0.030 0.043 0.083 0.148 0.175 0.184 0.148 0.087 0.035 0.026 0.008 0.006 0.002 105 G 0.232 0.232 0.188 0.145 0.084 0.070 0.026 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 K 0.292 0.190 0.213 0.130 0.076 0.057 0.023 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.084 0.085 0.098 0.201 0.235 0.161 0.073 0.041 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.452 0.220 0.169 0.073 0.038 0.027 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.407 0.184 0.118 0.115 0.080 0.050 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.391 0.164 0.215 0.095 0.061 0.029 0.025 0.007 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.143 0.139 0.149 0.181 0.156 0.111 0.056 0.033 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 112 N 0.169 0.170 0.143 0.168 0.117 0.090 0.067 0.032 0.023 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 113 S 0.069 0.103 0.095 0.176 0.191 0.149 0.085 0.072 0.031 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 114 V 0.012 0.012 0.017 0.035 0.065 0.111 0.146 0.153 0.156 0.114 0.077 0.059 0.033 0.009 115 H 0.024 0.017 0.030 0.042 0.077 0.103 0.136 0.162 0.140 0.114 0.082 0.046 0.019 0.009 116 L 0.020 0.015 0.020 0.032 0.058 0.066 0.112 0.130 0.130 0.126 0.135 0.081 0.044 0.030 117 L 0.009 0.007 0.008 0.016 0.028 0.054 0.058 0.087 0.170 0.183 0.138 0.144 0.076 0.024 118 A 0.034 0.049 0.049 0.093 0.135 0.125 0.153 0.135 0.083 0.069 0.039 0.017 0.008 0.010 119 G 0.037 0.032 0.035 0.051 0.086 0.107 0.128 0.143 0.122 0.101 0.092 0.038 0.017 0.009 120 G 0.036 0.049 0.069 0.106 0.161 0.160 0.143 0.115 0.082 0.045 0.022 0.007 0.004 0.003 121 F 0.035 0.038 0.050 0.097 0.130 0.147 0.149 0.132 0.106 0.058 0.031 0.017 0.006 0.003 122 A 0.245 0.183 0.173 0.126 0.096 0.073 0.044 0.025 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 123 E 0.215 0.181 0.179 0.160 0.113 0.078 0.034 0.019 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 124 F 0.058 0.053 0.056 0.125 0.191 0.178 0.141 0.104 0.053 0.022 0.010 0.005 0.003 0.001 125 S 0.231 0.169 0.156 0.144 0.118 0.087 0.048 0.022 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 126 R 0.527 0.176 0.116 0.062 0.043 0.036 0.019 0.008 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 127 C 0.153 0.120 0.129 0.161 0.159 0.129 0.069 0.039 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 128 F 0.129 0.101 0.121 0.164 0.182 0.127 0.083 0.044 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 129 P 0.272 0.149 0.136 0.130 0.108 0.083 0.052 0.034 0.020 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 130 G 0.329 0.167 0.148 0.122 0.093 0.060 0.036 0.020 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 131 L 0.120 0.086 0.090 0.133 0.169 0.141 0.104 0.076 0.039 0.022 0.010 0.006 0.003 0.001 132 C 0.171 0.116 0.122 0.144 0.149 0.106 0.079 0.054 0.030 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 133 E 0.362 0.168 0.119 0.120 0.082 0.059 0.043 0.023 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 134 G 0.357 0.165 0.127 0.114 0.084 0.060 0.044 0.020 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 135 K 0.245 0.146 0.140 0.136 0.115 0.091 0.055 0.033 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 136 S 0.286 0.136 0.108 0.124 0.109 0.085 0.066 0.036 0.022 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 137 T 0.199 0.117 0.102 0.123 0.131 0.110 0.081 0.056 0.036 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 138 L 0.099 0.064 0.079 0.100 0.130 0.125 0.112 0.102 0.068 0.055 0.036 0.019 0.008 0.004 139 V 0.106 0.075 0.090 0.113 0.134 0.114 0.098 0.092 0.067 0.052 0.031 0.018 0.006 0.004 140 P 0.129 0.083 0.084 0.103 0.113 0.103 0.089 0.086 0.073 0.058 0.041 0.022 0.010 0.006 141 T 0.107 0.074 0.081 0.101 0.122 0.113 0.103 0.099 0.068 0.058 0.040 0.020 0.009 0.005 142 C 0.089 0.071 0.080 0.108 0.136 0.119 0.110 0.100 0.071 0.055 0.032 0.017 0.007 0.005 143 I 0.075 0.056 0.063 0.091 0.117 0.122 0.109 0.108 0.095 0.075 0.041 0.029 0.012 0.005 144 S 0.194 0.131 0.117 0.111 0.107 0.095 0.083 0.055 0.044 0.032 0.020 0.007 0.002 0.002 145 Q 0.102 0.081 0.101 0.110 0.134 0.129 0.101 0.087 0.063 0.041 0.029 0.014 0.006 0.003 146 P 0.108 0.090 0.096 0.127 0.148 0.123 0.096 0.081 0.057 0.040 0.018 0.010 0.004 0.002 147 A 0.176 0.113 0.105 0.133 0.121 0.110 0.086 0.063 0.041 0.027 0.014 0.006 0.002 0.001 148 H 0.179 0.124 0.125 0.135 0.143 0.101 0.075 0.052 0.032 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 149 H 0.224 0.139 0.129 0.130 0.124 0.091 0.065 0.043 0.026 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 150 H 0.337 0.153 0.120 0.127 0.098 0.063 0.049 0.024 0.013 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 151 H 0.428 0.174 0.119 0.094 0.071 0.048 0.035 0.014 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 152 H 0.328 0.149 0.126 0.114 0.102 0.074 0.052 0.025 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 153 H 0.449 0.163 0.123 0.093 0.067 0.042 0.033 0.012 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001