# TARGET T0388 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0388.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 960 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.067 0.007 0.011 0.055 0.145 0.715 2 N 0.118 0.015 0.026 0.063 0.170 0.609 3 L 0.214 0.018 0.071 0.139 0.200 0.358 4 Y 0.450 0.018 0.069 0.155 0.113 0.195 5 F 0.729 0.012 0.028 0.079 0.057 0.095 6 Q 0.589 0.011 0.037 0.108 0.117 0.139 7 S 0.446 0.016 0.031 0.086 0.199 0.222 8 M 0.252 0.006 0.034 0.086 0.318 0.303 9 I 0.148 0.009 0.033 0.050 0.445 0.314 10 N 0.157 0.029 0.041 0.055 0.417 0.300 11 S 0.207 0.037 0.022 0.028 0.305 0.400 12 F 0.180 0.020 0.123 0.020 0.477 0.179 13 Y 0.160 0.010 0.132 0.009 0.497 0.194 14 A 0.336 0.004 0.125 0.009 0.352 0.174 15 F 0.651 0.020 0.019 0.004 0.141 0.165 16 E 0.755 0.009 0.004 0.002 0.049 0.181 17 V 0.883 0.006 0.006 0.002 0.033 0.071 18 K 0.901 0.022 0.002 0.001 0.025 0.048 19 D 0.615 0.023 0.006 0.004 0.312 0.040 20 A 0.070 0.002 0.013 0.008 0.887 0.021 21 K 0.017 0.003 0.007 0.003 0.954 0.016 22 G 0.029 0.010 0.007 0.004 0.917 0.032 23 R 0.418 0.014 0.002 0.003 0.173 0.388 24 T 0.872 0.037 0.002 0.001 0.023 0.066 25 V 0.870 0.036 0.001 0.001 0.022 0.069 26 S 0.620 0.025 0.009 0.009 0.139 0.197 27 L 0.018 0.001 0.757 0.041 0.157 0.025 28 E 0.016 0.001 0.777 0.026 0.155 0.025 29 K 0.027 0.003 0.698 0.030 0.220 0.022 30 Y 0.084 0.012 0.070 0.022 0.639 0.173 31 K 0.099 0.014 0.011 0.004 0.594 0.279 32 G 0.318 0.007 0.006 0.002 0.441 0.226 33 K 0.854 0.002 0.001 0.001 0.067 0.075 34 V 0.974 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 35 S 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 36 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 37 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 38 V 0.873 0.002 0.001 0.005 0.034 0.085 39 N 0.405 0.005 0.008 0.015 0.245 0.322 40 V 0.265 0.017 0.020 0.025 0.379 0.294 41 A 0.215 0.018 0.058 0.043 0.409 0.257 42 S 0.122 0.020 0.123 0.055 0.538 0.142 43 D 0.057 0.009 0.111 0.069 0.595 0.160 44 C 0.027 0.008 0.064 0.038 0.628 0.235 45 Q 0.025 0.006 0.018 0.023 0.575 0.351 46 L 0.028 0.021 0.020 0.024 0.377 0.530 47 T 0.035 0.023 0.018 0.046 0.322 0.556 48 D 0.013 0.003 0.177 0.338 0.266 0.203 49 R 0.007 0.005 0.268 0.405 0.217 0.098 50 N 0.004 0.003 0.184 0.540 0.184 0.085 51 Y 0.001 0.001 0.046 0.878 0.056 0.018 52 L 0.001 0.001 0.023 0.891 0.065 0.021 53 G 0.001 0.001 0.014 0.947 0.020 0.017 54 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 55 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 56 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 58 H 0.001 0.001 0.004 0.985 0.007 0.002 59 K 0.001 0.001 0.003 0.980 0.011 0.006 60 E 0.001 0.001 0.005 0.966 0.017 0.012 61 F 0.003 0.008 0.009 0.926 0.032 0.022 62 G 0.007 0.004 0.071 0.498 0.290 0.130 63 P 0.006 0.002 0.121 0.346 0.438 0.086 64 S 0.020 0.003 0.074 0.160 0.565 0.177 65 H 0.071 0.004 0.005 0.005 0.438 0.478 66 F 0.573 0.002 0.001 0.001 0.070 0.354 67 S 0.977 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 68 V 0.985 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 69 L 0.954 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 70 A 0.940 0.002 0.001 0.001 0.010 0.048 71 F 0.876 0.005 0.001 0.001 0.029 0.088 72 P 0.668 0.016 0.002 0.001 0.149 0.164 73 C 0.302 0.054 0.004 0.002 0.263 0.375 74 N 0.081 0.034 0.018 0.005 0.719 0.143 75 Q 0.020 0.003 0.109 0.023 0.796 0.049 76 F 0.017 0.005 0.118 0.023 0.774 0.062 77 G 0.031 0.027 0.088 0.024 0.742 0.088 78 E 0.055 0.030 0.023 0.020 0.400 0.471 79 S 0.091 0.195 0.024 0.021 0.277 0.392 80 E 0.063 0.048 0.018 0.020 0.448 0.402 81 P 0.033 0.019 0.014 0.027 0.444 0.464 82 R 0.015 0.016 0.008 0.043 0.449 0.470 83 P 0.014 0.009 0.006 0.082 0.355 0.534 84 S 0.005 0.002 0.010 0.718 0.119 0.146 85 K 0.002 0.001 0.006 0.930 0.038 0.024 86 E 0.002 0.001 0.007 0.942 0.033 0.015 87 V 0.004 0.002 0.005 0.940 0.023 0.025 88 E 0.002 0.001 0.004 0.976 0.010 0.008 89 S 0.003 0.001 0.007 0.966 0.017 0.007 90 F 0.001 0.001 0.004 0.976 0.012 0.007 91 A 0.001 0.001 0.007 0.973 0.013 0.005 92 R 0.001 0.001 0.012 0.969 0.014 0.003 93 K 0.002 0.001 0.017 0.945 0.027 0.009 94 N 0.003 0.001 0.017 0.871 0.067 0.042 95 Y 0.007 0.003 0.013 0.473 0.162 0.342 96 G 0.010 0.003 0.002 0.022 0.168 0.795 97 V 0.048 0.007 0.002 0.009 0.204 0.730 98 T 0.163 0.014 0.005 0.007 0.165 0.647 99 F 0.571 0.027 0.016 0.012 0.115 0.259 100 P 0.591 0.007 0.037 0.022 0.115 0.228 101 I 0.650 0.011 0.066 0.035 0.093 0.145 102 F 0.723 0.010 0.031 0.029 0.082 0.124 103 H 0.688 0.013 0.019 0.024 0.099 0.157 104 K 0.516 0.014 0.024 0.036 0.179 0.231 105 I 0.465 0.035 0.028 0.037 0.186 0.250 106 K 0.328 0.034 0.034 0.035 0.282 0.287 107 I 0.196 0.041 0.028 0.033 0.358 0.344 108 L 0.104 0.025 0.033 0.030 0.341 0.468 109 G 0.043 0.015 0.105 0.044 0.632 0.161 110 S 0.008 0.002 0.184 0.064 0.643 0.100 111 E 0.007 0.008 0.210 0.069 0.583 0.123 112 G 0.023 0.014 0.040 0.202 0.487 0.235 113 E 0.019 0.009 0.007 0.219 0.178 0.568 114 P 0.005 0.003 0.004 0.932 0.023 0.032 115 A 0.004 0.001 0.005 0.980 0.006 0.004 116 F 0.002 0.001 0.005 0.988 0.003 0.002 117 R 0.001 0.001 0.008 0.986 0.003 0.001 118 F 0.001 0.001 0.007 0.989 0.002 0.001 119 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 120 V 0.001 0.001 0.014 0.975 0.009 0.002 121 D 0.001 0.001 0.016 0.935 0.034 0.013 122 S 0.001 0.001 0.026 0.722 0.140 0.109 123 S 0.004 0.013 0.040 0.150 0.460 0.333 124 K 0.010 0.007 0.047 0.034 0.663 0.239 125 K 0.019 0.006 0.066 0.030 0.559 0.321 126 E 0.064 0.011 0.044 0.010 0.433 0.438 127 P 0.196 0.012 0.023 0.007 0.260 0.502 128 R 0.418 0.030 0.009 0.007 0.155 0.381 129 W 0.546 0.042 0.006 0.007 0.115 0.283 130 N 0.530 0.017 0.005 0.006 0.154 0.288 131 F 0.545 0.008 0.023 0.008 0.177 0.240 132 W 0.746 0.004 0.024 0.005 0.117 0.104 133 K 0.866 0.013 0.017 0.002 0.051 0.051 134 Y 0.871 0.006 0.005 0.002 0.037 0.079 135 L 0.869 0.008 0.006 0.002 0.038 0.078 136 V 0.849 0.066 0.001 0.001 0.026 0.058 137 N 0.272 0.022 0.002 0.002 0.684 0.017 138 P 0.023 0.001 0.003 0.001 0.961 0.011 139 E 0.015 0.001 0.001 0.001 0.972 0.011 140 G 0.100 0.014 0.001 0.001 0.853 0.032 141 Q 0.329 0.006 0.001 0.001 0.041 0.624 142 V 0.924 0.029 0.001 0.001 0.008 0.038 143 V 0.957 0.004 0.001 0.001 0.010 0.028 144 K 0.925 0.005 0.002 0.001 0.020 0.047 145 F 0.753 0.010 0.004 0.003 0.064 0.165 146 W 0.476 0.034 0.009 0.007 0.132 0.342 147 R 0.203 0.015 0.014 0.005 0.412 0.351 148 P 0.064 0.005 0.023 0.006 0.553 0.350 149 E 0.076 0.020 0.031 0.011 0.476 0.385 150 E 0.104 0.076 0.013 0.025 0.406 0.376 151 P 0.047 0.014 0.008 0.039 0.204 0.689 152 I 0.006 0.002 0.137 0.685 0.108 0.063 153 E 0.003 0.001 0.146 0.731 0.083 0.037 154 V 0.001 0.001 0.137 0.784 0.057 0.020 155 I 0.001 0.002 0.029 0.903 0.032 0.033 156 R 0.001 0.001 0.010 0.947 0.023 0.019 157 P 0.001 0.001 0.010 0.936 0.022 0.032 158 D 0.001 0.001 0.010 0.975 0.007 0.007 159 I 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 160 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.003 161 A 0.001 0.001 0.005 0.972 0.014 0.009 162 L 0.001 0.001 0.007 0.963 0.019 0.012 163 V 0.001 0.001 0.008 0.957 0.024 0.011 164 R 0.001 0.001 0.011 0.915 0.048 0.024 165 Q 0.002 0.001 0.015 0.835 0.085 0.061 166 V 0.009 0.003 0.025 0.676 0.137 0.150 167 I 0.029 0.014 0.030 0.574 0.164 0.189 168 I 0.032 0.012 0.039 0.625 0.113 0.179 169 K 0.037 0.003 0.031 0.335 0.182 0.411 170 K 0.084 0.007 0.035 0.301 0.147 0.426 171 K 0.138 0.033 0.029 0.199 0.141 0.460 172 E 0.081 0.020 0.016 0.161 0.128 0.594 173 D 0.027 0.013 0.009 0.098 0.098 0.755 174 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.968