# TARGET T0388 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0388.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 960 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.010 0.048 0.319 0.015 0.054 0.102 0.003 0.002 0.016 0.166 0.042 0.178 0.045 2 N 0.011 0.044 0.467 0.037 0.060 0.073 0.004 0.001 0.035 0.033 0.039 0.023 0.173 3 L 0.060 0.013 0.283 0.042 0.143 0.082 0.017 0.003 0.031 0.047 0.083 0.062 0.133 4 Y 0.250 0.020 0.082 0.007 0.074 0.050 0.050 0.013 0.041 0.027 0.059 0.210 0.117 5 F 0.223 0.023 0.059 0.009 0.114 0.063 0.057 0.007 0.021 0.034 0.035 0.027 0.329 6 Q 0.129 0.009 0.137 0.074 0.031 0.099 0.026 0.005 0.031 0.084 0.034 0.274 0.066 7 S 0.036 0.010 0.299 0.012 0.037 0.055 0.007 0.002 0.023 0.117 0.079 0.099 0.224 8 M 0.014 0.017 0.288 0.014 0.065 0.056 0.002 0.002 0.014 0.171 0.197 0.033 0.128 9 I 0.009 0.024 0.271 0.030 0.089 0.043 0.001 0.001 0.007 0.187 0.277 0.021 0.039 10 N 0.003 0.014 0.274 0.013 0.067 0.031 0.001 0.001 0.005 0.376 0.158 0.039 0.021 11 S 0.002 0.043 0.474 0.019 0.068 0.020 0.001 0.001 0.009 0.176 0.104 0.011 0.072 12 F 0.004 0.028 0.482 0.012 0.097 0.015 0.001 0.002 0.016 0.191 0.062 0.038 0.053 13 Y 0.006 0.017 0.314 0.056 0.117 0.008 0.001 0.001 0.010 0.236 0.130 0.056 0.048 14 A 0.014 0.021 0.302 0.074 0.123 0.005 0.004 0.001 0.040 0.095 0.122 0.029 0.169 15 F 0.072 0.014 0.294 0.028 0.014 0.005 0.012 0.002 0.036 0.103 0.026 0.254 0.140 16 E 0.137 0.017 0.181 0.027 0.003 0.002 0.038 0.002 0.086 0.016 0.006 0.101 0.385 17 V 0.209 0.023 0.114 0.002 0.002 0.001 0.046 0.006 0.087 0.009 0.002 0.325 0.174 18 K 0.163 0.110 0.119 0.007 0.002 0.001 0.084 0.008 0.166 0.017 0.005 0.056 0.262 19 D 0.008 0.023 0.657 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.072 0.031 0.019 0.024 0.158 20 A 0.001 0.001 0.021 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.907 0.002 0.002 21 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.949 0.001 0.001 22 G 0.001 0.001 0.135 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.638 0.213 0.001 0.006 23 R 0.005 0.021 0.791 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.079 0.006 0.052 0.041 24 T 0.007 0.086 0.043 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.008 0.001 0.004 0.838 25 V 0.006 0.027 0.050 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.877 0.015 26 S 0.001 0.028 0.411 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.005 0.538 27 L 0.001 0.001 0.124 0.008 0.393 0.210 0.001 0.001 0.001 0.025 0.225 0.003 0.009 28 E 0.001 0.001 0.024 0.002 0.495 0.170 0.001 0.001 0.001 0.051 0.254 0.001 0.002 29 K 0.001 0.002 0.057 0.001 0.598 0.196 0.001 0.001 0.001 0.036 0.102 0.002 0.006 30 Y 0.004 0.019 0.259 0.001 0.135 0.228 0.003 0.001 0.006 0.077 0.199 0.018 0.050 31 K 0.001 0.021 0.054 0.002 0.013 0.025 0.001 0.001 0.001 0.032 0.839 0.007 0.005 32 G 0.001 0.001 0.049 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.062 0.880 0.001 0.001 33 K 0.006 0.012 0.731 0.002 0.001 0.007 0.004 0.001 0.011 0.153 0.034 0.014 0.025 34 V 0.014 0.028 0.500 0.012 0.001 0.005 0.055 0.008 0.177 0.026 0.002 0.020 0.152 35 S 0.040 0.002 0.073 0.125 0.001 0.004 0.380 0.114 0.159 0.008 0.001 0.064 0.028 36 L 0.025 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.619 0.232 0.084 0.001 0.001 0.007 0.024 37 V 0.034 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.613 0.285 0.041 0.001 0.001 0.010 0.011 38 V 0.027 0.001 0.029 0.019 0.001 0.004 0.306 0.306 0.249 0.005 0.002 0.027 0.026 39 N 0.029 0.006 0.184 0.038 0.002 0.009 0.159 0.068 0.304 0.039 0.026 0.038 0.099 40 V 0.014 0.009 0.311 0.014 0.011 0.018 0.042 0.030 0.266 0.160 0.030 0.039 0.056 41 A 0.011 0.056 0.219 0.015 0.050 0.058 0.016 0.010 0.254 0.086 0.098 0.019 0.109 42 S 0.004 0.025 0.326 0.035 0.122 0.056 0.006 0.005 0.066 0.171 0.133 0.028 0.022 43 D 0.001 0.024 0.221 0.013 0.118 0.044 0.002 0.001 0.012 0.317 0.215 0.006 0.026 44 C 0.001 0.014 0.277 0.002 0.091 0.051 0.001 0.001 0.004 0.369 0.180 0.004 0.008 45 Q 0.001 0.015 0.312 0.001 0.050 0.057 0.001 0.001 0.003 0.331 0.221 0.003 0.006 46 L 0.001 0.053 0.522 0.001 0.040 0.066 0.001 0.001 0.002 0.216 0.093 0.002 0.004 47 T 0.001 0.019 0.730 0.001 0.019 0.066 0.001 0.001 0.002 0.144 0.016 0.001 0.003 48 D 0.001 0.002 0.028 0.001 0.372 0.433 0.001 0.001 0.001 0.017 0.147 0.001 0.001 49 R 0.001 0.001 0.014 0.001 0.457 0.265 0.001 0.001 0.001 0.027 0.236 0.001 0.001 50 N 0.001 0.005 0.038 0.001 0.429 0.353 0.001 0.001 0.002 0.036 0.136 0.001 0.001 51 Y 0.001 0.003 0.158 0.001 0.035 0.703 0.001 0.001 0.002 0.073 0.026 0.001 0.001 52 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.911 0.001 0.001 0.001 0.004 0.070 0.001 0.001 53 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.941 0.001 0.001 0.001 0.005 0.045 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 58 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 60 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 61 F 0.001 0.001 0.035 0.001 0.004 0.879 0.001 0.001 0.001 0.022 0.058 0.001 0.001 62 G 0.001 0.003 0.156 0.001 0.054 0.482 0.001 0.001 0.001 0.065 0.233 0.001 0.002 63 P 0.001 0.001 0.093 0.001 0.156 0.182 0.001 0.001 0.001 0.116 0.444 0.002 0.002 64 S 0.001 0.001 0.033 0.001 0.087 0.015 0.001 0.001 0.001 0.105 0.756 0.001 0.001 65 H 0.001 0.001 0.126 0.011 0.020 0.001 0.001 0.001 0.015 0.145 0.674 0.003 0.003 66 F 0.002 0.005 0.523 0.003 0.001 0.001 0.015 0.014 0.313 0.064 0.003 0.008 0.050 67 S 0.003 0.001 0.039 0.008 0.001 0.001 0.022 0.059 0.806 0.014 0.001 0.038 0.009 68 V 0.004 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.076 0.350 0.528 0.001 0.001 0.002 0.025 69 L 0.007 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.138 0.555 0.270 0.001 0.001 0.015 0.002 70 A 0.009 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.150 0.427 0.365 0.002 0.001 0.002 0.030 71 F 0.004 0.002 0.137 0.009 0.001 0.001 0.039 0.134 0.567 0.018 0.001 0.081 0.007 72 P 0.006 0.009 0.356 0.007 0.002 0.001 0.020 0.037 0.404 0.051 0.008 0.009 0.090 73 C 0.005 0.043 0.432 0.021 0.047 0.003 0.007 0.005 0.103 0.198 0.092 0.008 0.036 74 N 0.009 0.047 0.463 0.004 0.095 0.007 0.003 0.002 0.031 0.153 0.127 0.031 0.028 75 Q 0.001 0.024 0.258 0.002 0.165 0.014 0.001 0.001 0.007 0.231 0.275 0.004 0.020 76 F 0.001 0.011 0.156 0.001 0.124 0.020 0.001 0.001 0.002 0.232 0.445 0.004 0.004 77 G 0.001 0.012 0.194 0.002 0.083 0.021 0.001 0.001 0.001 0.298 0.383 0.002 0.005 78 E 0.001 0.020 0.265 0.002 0.061 0.025 0.001 0.001 0.001 0.325 0.292 0.004 0.005 79 S 0.002 0.080 0.393 0.002 0.040 0.026 0.001 0.001 0.003 0.270 0.150 0.006 0.027 80 E 0.002 0.047 0.662 0.001 0.018 0.018 0.001 0.001 0.005 0.162 0.038 0.027 0.020 81 P 0.001 0.032 0.543 0.002 0.032 0.037 0.001 0.001 0.003 0.135 0.180 0.005 0.031 82 R 0.001 0.042 0.449 0.001 0.024 0.055 0.001 0.001 0.002 0.236 0.179 0.006 0.007 83 P 0.001 0.012 0.637 0.001 0.007 0.089 0.001 0.001 0.001 0.218 0.030 0.001 0.005 84 S 0.001 0.001 0.051 0.001 0.011 0.867 0.001 0.001 0.001 0.035 0.034 0.001 0.001 85 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 86 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 87 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 90 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 92 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.937 0.001 0.001 0.001 0.004 0.048 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.018 0.001 0.004 0.824 0.001 0.001 0.001 0.016 0.136 0.001 0.001 95 Y 0.001 0.001 0.108 0.001 0.005 0.217 0.001 0.001 0.002 0.122 0.542 0.001 0.001 96 G 0.001 0.003 0.288 0.002 0.008 0.021 0.001 0.001 0.004 0.154 0.517 0.001 0.002 97 V 0.001 0.008 0.816 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.012 0.113 0.019 0.009 0.012 98 T 0.001 0.017 0.769 0.006 0.006 0.005 0.001 0.001 0.033 0.114 0.014 0.006 0.029 99 F 0.001 0.020 0.472 0.013 0.011 0.019 0.002 0.004 0.085 0.242 0.011 0.096 0.023 100 P 0.004 0.015 0.473 0.052 0.037 0.034 0.013 0.011 0.073 0.047 0.051 0.008 0.182 101 I 0.021 0.025 0.372 0.031 0.053 0.044 0.029 0.034 0.122 0.073 0.065 0.066 0.063 102 F 0.042 0.044 0.293 0.017 0.045 0.047 0.033 0.054 0.143 0.057 0.053 0.056 0.116 103 H 0.033 0.024 0.346 0.026 0.045 0.053 0.013 0.022 0.073 0.120 0.069 0.087 0.088 104 K 0.013 0.010 0.361 0.031 0.070 0.083 0.004 0.008 0.036 0.174 0.111 0.033 0.067 105 I 0.014 0.028 0.237 0.031 0.096 0.112 0.005 0.005 0.033 0.182 0.128 0.044 0.085 106 K 0.012 0.017 0.260 0.040 0.105 0.089 0.004 0.002 0.022 0.156 0.175 0.046 0.072 107 I 0.016 0.030 0.362 0.006 0.065 0.089 0.005 0.003 0.025 0.157 0.100 0.067 0.074 108 L 0.010 0.049 0.405 0.006 0.042 0.056 0.005 0.001 0.017 0.179 0.108 0.035 0.087 109 G 0.003 0.016 0.418 0.003 0.058 0.095 0.001 0.001 0.011 0.220 0.126 0.023 0.025 110 S 0.002 0.017 0.309 0.002 0.069 0.100 0.001 0.001 0.005 0.208 0.266 0.007 0.014 111 E 0.001 0.032 0.379 0.001 0.063 0.098 0.001 0.001 0.008 0.126 0.268 0.007 0.016 112 G 0.001 0.016 0.825 0.001 0.014 0.074 0.001 0.001 0.004 0.034 0.026 0.001 0.006 113 E 0.001 0.005 0.438 0.001 0.013 0.394 0.001 0.001 0.002 0.128 0.016 0.002 0.002 114 P 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.944 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 116 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 117 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 118 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 120 V 0.001 0.001 0.012 0.001 0.013 0.907 0.001 0.001 0.001 0.005 0.058 0.001 0.001 121 D 0.001 0.001 0.018 0.001 0.014 0.780 0.001 0.001 0.001 0.018 0.167 0.001 0.001 122 S 0.001 0.002 0.090 0.001 0.022 0.452 0.001 0.001 0.001 0.074 0.356 0.001 0.002 123 S 0.001 0.007 0.287 0.001 0.042 0.192 0.001 0.001 0.001 0.201 0.265 0.001 0.003 124 K 0.001 0.002 0.297 0.003 0.135 0.079 0.001 0.001 0.001 0.224 0.254 0.001 0.004 125 K 0.001 0.008 0.187 0.007 0.197 0.064 0.001 0.001 0.005 0.312 0.208 0.006 0.006 126 E 0.001 0.019 0.396 0.013 0.137 0.035 0.001 0.001 0.020 0.215 0.118 0.024 0.021 127 P 0.002 0.026 0.590 0.012 0.040 0.012 0.003 0.003 0.077 0.058 0.031 0.011 0.135 128 R 0.009 0.043 0.347 0.052 0.023 0.008 0.012 0.021 0.107 0.086 0.047 0.193 0.054 129 W 0.009 0.076 0.253 0.011 0.024 0.004 0.018 0.027 0.115 0.173 0.043 0.033 0.213 130 N 0.003 0.019 0.669 0.018 0.009 0.003 0.004 0.008 0.073 0.087 0.016 0.048 0.043 131 F 0.014 0.007 0.327 0.077 0.029 0.010 0.005 0.001 0.013 0.180 0.211 0.022 0.105 132 W 0.068 0.008 0.241 0.057 0.025 0.006 0.015 0.002 0.035 0.126 0.110 0.201 0.106 133 K 0.281 0.004 0.132 0.017 0.005 0.005 0.038 0.005 0.027 0.069 0.007 0.073 0.338 134 Y 0.494 0.005 0.068 0.009 0.001 0.002 0.100 0.006 0.041 0.004 0.001 0.116 0.154 135 L 0.568 0.005 0.035 0.001 0.001 0.001 0.071 0.008 0.068 0.003 0.001 0.094 0.146 136 V 0.470 0.072 0.062 0.005 0.001 0.001 0.063 0.003 0.064 0.007 0.002 0.046 0.203 137 N 0.011 0.013 0.736 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.038 0.019 0.015 0.137 138 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.958 0.001 0.001 139 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.973 0.001 0.001 140 G 0.001 0.002 0.162 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.585 0.215 0.012 0.018 141 Q 0.028 0.056 0.687 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.065 0.005 0.056 0.098 142 V 0.018 0.053 0.059 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.003 0.001 0.008 0.848 143 V 0.007 0.001 0.008 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.005 144 K 0.072 0.004 0.060 0.011 0.002 0.004 0.015 0.001 0.002 0.034 0.003 0.485 0.308 145 F 0.109 0.007 0.112 0.011 0.012 0.009 0.043 0.001 0.002 0.024 0.006 0.047 0.617 146 W 0.044 0.021 0.269 0.004 0.005 0.008 0.016 0.001 0.004 0.043 0.007 0.494 0.086 147 R 0.012 0.019 0.499 0.005 0.006 0.008 0.002 0.001 0.006 0.077 0.044 0.030 0.292 148 P 0.002 0.004 0.225 0.011 0.017 0.016 0.001 0.001 0.003 0.271 0.426 0.013 0.013 149 E 0.001 0.020 0.284 0.005 0.021 0.011 0.001 0.001 0.003 0.323 0.309 0.009 0.013 150 E 0.001 0.025 0.707 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.003 0.227 0.009 0.010 0.008 151 P 0.001 0.018 0.891 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.002 0.058 0.003 0.001 0.015 152 I 0.001 0.001 0.027 0.001 0.149 0.700 0.001 0.001 0.001 0.020 0.103 0.001 0.001 153 E 0.001 0.001 0.017 0.001 0.174 0.657 0.001 0.001 0.001 0.021 0.131 0.001 0.001 154 V 0.001 0.002 0.033 0.001 0.167 0.713 0.001 0.001 0.001 0.025 0.058 0.001 0.001 155 I 0.001 0.003 0.049 0.001 0.017 0.891 0.001 0.001 0.001 0.016 0.021 0.001 0.001 156 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 157 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 158 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 159 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 161 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 164 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 165 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.875 0.001 0.001 0.001 0.009 0.096 0.001 0.001 166 V 0.001 0.003 0.030 0.001 0.012 0.875 0.001 0.001 0.001 0.031 0.044 0.001 0.003 167 I 0.001 0.005 0.049 0.001 0.012 0.874 0.001 0.001 0.002 0.013 0.039 0.001 0.005 168 I 0.001 0.001 0.059 0.005 0.013 0.819 0.001 0.001 0.002 0.038 0.059 0.002 0.002 169 K 0.001 0.004 0.128 0.001 0.029 0.652 0.001 0.001 0.002 0.081 0.090 0.006 0.005 170 K 0.001 0.013 0.183 0.001 0.031 0.604 0.001 0.001 0.002 0.081 0.078 0.001 0.007 171 K 0.001 0.008 0.121 0.001 0.089 0.589 0.001 0.001 0.002 0.071 0.112 0.003 0.003 172 E 0.002 0.007 0.174 0.001 0.122 0.436 0.001 0.001 0.011 0.091 0.144 0.005 0.007 173 D 0.001 0.012 0.291 0.001 0.096 0.348 0.001 0.001 0.013 0.024 0.200 0.003 0.012 174 L 0.001 0.005 0.712 0.001 0.012 0.189 0.001 0.001 0.003 0.049 0.025 0.001 0.004