# TARGET T0388 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0388.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 138.916 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.244 0.149 0.071 0.134 0.095 0.086 0.084 0.050 0.040 0.028 0.018 2 N 0.049 0.096 0.054 0.168 0.150 0.124 0.138 0.089 0.068 0.042 0.023 3 L 0.053 0.025 0.017 0.039 0.049 0.066 0.131 0.158 0.187 0.161 0.113 4 Y 0.037 0.065 0.054 0.153 0.173 0.145 0.156 0.089 0.066 0.039 0.023 5 F 0.024 0.036 0.045 0.076 0.067 0.079 0.139 0.136 0.157 0.137 0.104 6 Q 0.041 0.043 0.050 0.151 0.147 0.137 0.152 0.099 0.086 0.058 0.035 7 S 0.181 0.148 0.124 0.139 0.095 0.082 0.089 0.055 0.045 0.026 0.015 8 M 0.112 0.098 0.088 0.132 0.112 0.116 0.136 0.080 0.063 0.041 0.022 9 I 0.141 0.080 0.063 0.102 0.099 0.099 0.146 0.088 0.078 0.057 0.046 10 N 0.152 0.178 0.165 0.203 0.126 0.075 0.051 0.023 0.015 0.008 0.004 11 S 0.228 0.198 0.102 0.189 0.124 0.070 0.047 0.019 0.012 0.006 0.004 12 F 0.017 0.014 0.011 0.036 0.049 0.073 0.141 0.167 0.193 0.174 0.124 13 Y 0.041 0.049 0.032 0.091 0.126 0.157 0.212 0.124 0.086 0.052 0.029 14 A 0.106 0.123 0.115 0.279 0.163 0.093 0.061 0.028 0.018 0.009 0.006 15 F 0.010 0.007 0.008 0.015 0.022 0.045 0.122 0.162 0.231 0.224 0.153 16 E 0.096 0.218 0.155 0.311 0.137 0.046 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 17 V 0.007 0.006 0.005 0.012 0.018 0.027 0.096 0.136 0.229 0.254 0.210 18 K 0.075 0.189 0.145 0.275 0.166 0.084 0.044 0.012 0.006 0.002 0.002 19 D 0.090 0.112 0.050 0.165 0.153 0.127 0.148 0.071 0.048 0.023 0.013 20 A 0.129 0.085 0.047 0.092 0.098 0.110 0.135 0.093 0.086 0.069 0.056 21 K 0.387 0.329 0.073 0.128 0.051 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 22 G 0.595 0.098 0.026 0.068 0.056 0.045 0.043 0.025 0.021 0.014 0.009 23 R 0.143 0.243 0.087 0.221 0.142 0.081 0.049 0.018 0.009 0.005 0.003 24 T 0.156 0.162 0.083 0.232 0.158 0.097 0.067 0.022 0.014 0.006 0.004 25 V 0.017 0.018 0.014 0.042 0.080 0.143 0.233 0.180 0.145 0.085 0.042 26 S 0.181 0.414 0.109 0.182 0.070 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 27 L 0.008 0.008 0.005 0.021 0.033 0.053 0.129 0.150 0.213 0.204 0.176 28 E 0.184 0.152 0.073 0.199 0.154 0.105 0.077 0.027 0.016 0.007 0.005 29 K 0.108 0.169 0.152 0.330 0.131 0.060 0.033 0.010 0.004 0.002 0.001 30 Y 0.010 0.010 0.011 0.028 0.041 0.084 0.184 0.160 0.175 0.158 0.141 31 K 0.055 0.091 0.078 0.235 0.194 0.145 0.117 0.041 0.027 0.012 0.007 32 G 0.435 0.199 0.094 0.134 0.057 0.030 0.027 0.010 0.007 0.004 0.002 33 K 0.013 0.043 0.054 0.194 0.201 0.161 0.169 0.079 0.048 0.026 0.011 34 V 0.001 0.004 0.005 0.025 0.050 0.099 0.227 0.204 0.182 0.121 0.083 35 S 0.001 0.002 0.003 0.013 0.027 0.055 0.175 0.236 0.222 0.154 0.112 36 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.016 0.084 0.210 0.265 0.250 0.162 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.035 0.125 0.269 0.299 0.263 38 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 0.064 0.139 0.246 0.267 0.261 39 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.057 0.157 0.279 0.296 0.193 40 V 0.001 0.002 0.002 0.012 0.019 0.037 0.128 0.222 0.255 0.197 0.126 41 A 0.001 0.003 0.004 0.011 0.017 0.030 0.100 0.176 0.251 0.216 0.191 42 S 0.006 0.008 0.008 0.048 0.085 0.116 0.209 0.213 0.163 0.092 0.052 43 D 0.102 0.194 0.056 0.242 0.174 0.103 0.070 0.031 0.016 0.007 0.003 44 C 0.006 0.009 0.006 0.027 0.040 0.060 0.127 0.168 0.214 0.196 0.147 45 Q 0.478 0.208 0.051 0.121 0.064 0.033 0.023 0.009 0.006 0.003 0.003 46 L 0.026 0.037 0.011 0.057 0.087 0.126 0.218 0.154 0.145 0.088 0.052 47 T 0.020 0.042 0.017 0.047 0.053 0.067 0.120 0.128 0.176 0.159 0.169 48 D 0.230 0.159 0.074 0.231 0.156 0.080 0.043 0.014 0.007 0.003 0.002 49 R 0.264 0.147 0.100 0.176 0.128 0.076 0.056 0.025 0.015 0.008 0.004 50 N 0.022 0.085 0.045 0.121 0.106 0.138 0.181 0.117 0.092 0.057 0.035 51 Y 0.002 0.004 0.003 0.015 0.042 0.102 0.270 0.195 0.166 0.116 0.087 52 L 0.313 0.181 0.262 0.122 0.055 0.029 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 53 G 0.008 0.043 0.048 0.216 0.246 0.210 0.146 0.048 0.021 0.009 0.004 54 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.069 0.196 0.291 0.410 55 K 0.003 0.004 0.023 0.171 0.267 0.273 0.176 0.047 0.023 0.010 0.004 56 E 0.024 0.050 0.685 0.158 0.056 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.051 0.289 0.248 0.190 0.133 0.076 58 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.095 0.184 0.280 0.268 0.156 59 K 0.005 0.025 0.567 0.254 0.110 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.042 0.113 0.446 0.191 0.111 0.066 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 61 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 0.163 0.226 0.257 0.202 0.111 62 G 0.300 0.325 0.034 0.128 0.071 0.062 0.049 0.016 0.009 0.004 0.003 63 P 0.309 0.147 0.238 0.144 0.073 0.042 0.025 0.010 0.006 0.003 0.003 64 S 0.373 0.240 0.071 0.169 0.073 0.041 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 65 H 0.070 0.134 0.053 0.248 0.202 0.160 0.088 0.025 0.012 0.005 0.003 66 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.045 0.133 0.285 0.290 0.232 67 S 0.001 0.011 0.020 0.121 0.208 0.291 0.233 0.073 0.026 0.009 0.007 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.141 0.247 0.303 0.267 69 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.100 0.188 0.242 0.223 0.222 70 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.028 0.079 0.206 0.299 0.376 71 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.056 0.134 0.250 0.285 0.252 72 P 0.002 0.006 0.005 0.023 0.036 0.060 0.174 0.239 0.214 0.144 0.097 73 C 0.005 0.007 0.005 0.024 0.036 0.054 0.126 0.181 0.198 0.212 0.153 74 N 0.018 0.029 0.017 0.102 0.120 0.131 0.169 0.151 0.130 0.076 0.056 75 Q 0.014 0.020 0.012 0.058 0.092 0.122 0.183 0.174 0.161 0.109 0.055 76 F 0.022 0.025 0.011 0.045 0.060 0.076 0.152 0.165 0.178 0.152 0.114 77 G 0.090 0.065 0.026 0.102 0.114 0.117 0.176 0.115 0.099 0.062 0.035 78 E 0.204 0.114 0.050 0.147 0.135 0.128 0.106 0.049 0.033 0.021 0.013 79 S 0.027 0.056 0.022 0.091 0.106 0.096 0.160 0.141 0.137 0.102 0.064 80 E 0.061 0.050 0.020 0.061 0.081 0.096 0.171 0.138 0.134 0.115 0.074 81 P 0.253 0.136 0.051 0.157 0.115 0.077 0.098 0.050 0.034 0.020 0.009 82 R 0.180 0.091 0.033 0.105 0.130 0.128 0.145 0.087 0.055 0.034 0.012 83 P 0.185 0.451 0.081 0.142 0.061 0.034 0.021 0.010 0.008 0.005 0.003 84 S 0.248 0.194 0.054 0.156 0.129 0.096 0.069 0.027 0.017 0.008 0.003 85 K 0.847 0.094 0.023 0.022 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.111 0.138 0.094 0.236 0.152 0.106 0.096 0.036 0.019 0.007 0.004 87 V 0.004 0.005 0.005 0.015 0.020 0.053 0.186 0.208 0.225 0.183 0.096 88 E 0.005 0.012 0.061 0.187 0.226 0.244 0.162 0.059 0.029 0.011 0.004 89 S 0.013 0.044 0.618 0.201 0.069 0.031 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 90 F 0.003 0.008 0.030 0.074 0.104 0.213 0.286 0.143 0.087 0.037 0.015 91 A 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.016 0.084 0.146 0.243 0.275 0.217 92 R 0.002 0.013 0.122 0.173 0.245 0.205 0.153 0.052 0.025 0.008 0.003 93 K 0.006 0.037 0.348 0.259 0.179 0.101 0.046 0.015 0.007 0.003 0.001 94 N 0.120 0.149 0.122 0.196 0.159 0.115 0.087 0.030 0.014 0.005 0.003 95 Y 0.008 0.014 0.008 0.048 0.078 0.163 0.306 0.206 0.104 0.047 0.019 96 G 0.457 0.304 0.077 0.113 0.038 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.061 0.128 0.259 0.271 0.256 98 T 0.120 0.354 0.116 0.255 0.104 0.035 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 99 F 0.002 0.003 0.001 0.008 0.014 0.032 0.113 0.162 0.254 0.213 0.197 100 P 0.142 0.137 0.060 0.177 0.143 0.128 0.103 0.047 0.030 0.018 0.014 101 I 0.007 0.012 0.006 0.037 0.061 0.087 0.180 0.173 0.192 0.141 0.104 102 F 0.006 0.007 0.006 0.025 0.033 0.055 0.123 0.144 0.195 0.199 0.207 103 H 0.036 0.052 0.044 0.140 0.163 0.157 0.179 0.101 0.064 0.039 0.025 104 K 0.141 0.193 0.108 0.258 0.142 0.074 0.048 0.019 0.010 0.005 0.003 105 I 0.013 0.012 0.010 0.027 0.042 0.068 0.148 0.162 0.198 0.185 0.137 106 K 0.265 0.256 0.124 0.225 0.081 0.028 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 107 I 0.011 0.019 0.018 0.045 0.065 0.090 0.185 0.165 0.171 0.141 0.090 108 L 0.033 0.088 0.045 0.143 0.145 0.141 0.158 0.094 0.071 0.047 0.036 109 G 0.123 0.093 0.042 0.085 0.082 0.089 0.135 0.094 0.102 0.084 0.071 110 S 0.228 0.134 0.073 0.173 0.125 0.090 0.082 0.039 0.028 0.018 0.010 111 E 0.472 0.168 0.071 0.131 0.067 0.038 0.025 0.012 0.009 0.005 0.003 112 G 0.053 0.070 0.022 0.073 0.071 0.090 0.150 0.128 0.144 0.113 0.085 113 E 0.014 0.027 0.016 0.062 0.094 0.152 0.213 0.150 0.134 0.088 0.049 114 P 0.130 0.127 0.087 0.157 0.127 0.113 0.112 0.059 0.044 0.028 0.016 115 A 0.004 0.008 0.005 0.030 0.041 0.062 0.159 0.178 0.220 0.179 0.113 116 F 0.002 0.002 0.003 0.012 0.018 0.035 0.097 0.145 0.238 0.247 0.200 117 R 0.012 0.024 0.070 0.202 0.170 0.153 0.147 0.091 0.073 0.039 0.019 118 F 0.002 0.008 0.043 0.080 0.124 0.187 0.236 0.153 0.102 0.048 0.018 119 L 0.001 0.001 0.003 0.007 0.010 0.024 0.095 0.161 0.225 0.267 0.206 120 V 0.003 0.007 0.013 0.056 0.105 0.152 0.278 0.175 0.134 0.058 0.020 121 D 0.038 0.098 0.327 0.238 0.120 0.080 0.053 0.024 0.013 0.006 0.003 122 S 0.064 0.072 0.044 0.138 0.150 0.150 0.187 0.094 0.058 0.033 0.010 123 S 0.243 0.134 0.042 0.086 0.059 0.069 0.105 0.088 0.079 0.057 0.038 124 K 0.316 0.192 0.066 0.154 0.102 0.068 0.052 0.024 0.014 0.007 0.004 125 K 0.426 0.170 0.063 0.117 0.073 0.058 0.044 0.022 0.015 0.008 0.005 126 E 0.223 0.209 0.039 0.146 0.113 0.082 0.082 0.045 0.033 0.019 0.008 127 P 0.083 0.026 0.009 0.039 0.042 0.062 0.111 0.126 0.175 0.178 0.147 128 R 0.057 0.117 0.059 0.221 0.187 0.145 0.118 0.047 0.028 0.013 0.007 129 W 0.014 0.021 0.025 0.074 0.076 0.111 0.198 0.168 0.153 0.100 0.060 130 N 0.010 0.025 0.020 0.119 0.148 0.157 0.191 0.127 0.098 0.065 0.039 131 F 0.004 0.003 0.004 0.013 0.019 0.029 0.107 0.193 0.267 0.236 0.126 132 W 0.004 0.013 0.018 0.107 0.157 0.169 0.215 0.143 0.097 0.051 0.025 133 K 0.001 0.002 0.005 0.017 0.025 0.057 0.169 0.215 0.227 0.189 0.092 134 Y 0.001 0.001 0.002 0.011 0.024 0.048 0.159 0.247 0.248 0.172 0.087 135 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.015 0.073 0.143 0.255 0.303 0.194 136 V 0.001 0.002 0.003 0.019 0.030 0.039 0.114 0.181 0.258 0.211 0.142 137 N 0.004 0.016 0.009 0.070 0.098 0.131 0.237 0.207 0.148 0.056 0.022 138 P 0.097 0.112 0.048 0.208 0.184 0.152 0.116 0.054 0.019 0.008 0.002 139 E 0.425 0.344 0.058 0.128 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 140 G 0.042 0.030 0.009 0.058 0.075 0.098 0.175 0.166 0.170 0.112 0.065 141 Q 0.079 0.313 0.094 0.304 0.137 0.051 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 142 V 0.001 0.003 0.002 0.009 0.015 0.028 0.112 0.180 0.263 0.221 0.166 143 V 0.006 0.012 0.016 0.113 0.167 0.222 0.207 0.120 0.076 0.039 0.021 144 K 0.015 0.052 0.044 0.169 0.202 0.163 0.168 0.089 0.063 0.026 0.011 145 F 0.017 0.030 0.040 0.135 0.135 0.145 0.203 0.127 0.099 0.049 0.021 146 W 0.017 0.020 0.013 0.050 0.087 0.105 0.214 0.171 0.156 0.108 0.058 147 R 0.089 0.225 0.073 0.208 0.157 0.090 0.087 0.036 0.022 0.009 0.003 148 P 0.246 0.103 0.049 0.120 0.109 0.098 0.117 0.069 0.047 0.029 0.014 149 E 0.491 0.192 0.053 0.116 0.069 0.033 0.029 0.010 0.005 0.002 0.001 150 E 0.158 0.175 0.049 0.117 0.122 0.121 0.123 0.067 0.038 0.021 0.008 151 P 0.160 0.498 0.064 0.137 0.067 0.035 0.019 0.009 0.005 0.004 0.002 152 I 0.057 0.037 0.018 0.080 0.157 0.208 0.237 0.107 0.064 0.025 0.009 153 E 0.668 0.166 0.088 0.055 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 154 V 0.072 0.163 0.121 0.320 0.179 0.088 0.044 0.010 0.003 0.001 0.001 155 I 0.003 0.007 0.007 0.013 0.023 0.060 0.150 0.193 0.201 0.200 0.143 156 R 0.021 0.081 0.143 0.239 0.236 0.165 0.089 0.017 0.006 0.002 0.001 157 P 0.183 0.147 0.504 0.130 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 158 D 0.017 0.042 0.058 0.178 0.192 0.223 0.206 0.054 0.018 0.007 0.003 159 I 0.001 0.001 0.012 0.005 0.006 0.017 0.117 0.167 0.252 0.233 0.191 160 A 0.005 0.011 0.229 0.238 0.217 0.190 0.087 0.016 0.004 0.001 0.001 161 A 0.009 0.032 0.761 0.150 0.034 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 162 L 0.002 0.003 0.048 0.020 0.030 0.100 0.390 0.199 0.121 0.061 0.027 163 V 0.002 0.002 0.122 0.021 0.017 0.028 0.172 0.174 0.189 0.170 0.104 164 R 0.001 0.007 0.777 0.120 0.056 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 165 Q 0.006 0.023 0.677 0.150 0.080 0.044 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 166 V 0.041 0.036 0.288 0.044 0.045 0.078 0.265 0.107 0.064 0.024 0.007 167 I 0.030 0.031 0.567 0.110 0.062 0.063 0.090 0.026 0.013 0.006 0.002 168 I 0.009 0.020 0.730 0.068 0.052 0.040 0.049 0.018 0.008 0.004 0.001 169 K 0.022 0.053 0.550 0.183 0.102 0.045 0.028 0.010 0.004 0.001 0.001 170 K 0.071 0.122 0.401 0.116 0.102 0.069 0.070 0.027 0.014 0.007 0.002 171 K 0.040 0.066 0.482 0.148 0.111 0.069 0.054 0.016 0.009 0.004 0.001 172 E 0.093 0.071 0.541 0.106 0.073 0.042 0.045 0.015 0.008 0.004 0.001 173 D 0.049 0.109 0.421 0.200 0.109 0.047 0.038 0.015 0.007 0.004 0.001 174 L 0.156 0.139 0.272 0.108 0.087 0.059 0.069 0.042 0.034 0.024 0.011