# TARGET T0388 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0388.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 960 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.369 0.017 0.066 0.054 0.157 0.065 0.272 2 N 0.514 0.016 0.053 0.062 0.068 0.044 0.243 3 L 0.639 0.012 0.030 0.056 0.042 0.038 0.183 4 Y 0.698 0.010 0.034 0.066 0.034 0.031 0.126 5 F 0.740 0.015 0.030 0.056 0.031 0.023 0.105 6 Q 0.669 0.020 0.029 0.035 0.041 0.020 0.186 7 S 0.423 0.015 0.060 0.042 0.088 0.053 0.318 8 M 0.243 0.017 0.081 0.030 0.170 0.162 0.296 9 I 0.165 0.012 0.110 0.011 0.188 0.231 0.282 10 N 0.226 0.020 0.065 0.008 0.257 0.092 0.332 11 S 0.222 0.058 0.035 0.005 0.154 0.053 0.473 12 F 0.189 0.024 0.088 0.009 0.189 0.137 0.364 13 Y 0.176 0.017 0.066 0.006 0.193 0.206 0.336 14 A 0.271 0.007 0.026 0.001 0.236 0.098 0.361 15 F 0.533 0.008 0.004 0.001 0.061 0.011 0.382 16 E 0.801 0.033 0.001 0.001 0.013 0.001 0.151 17 V 0.810 0.005 0.001 0.001 0.015 0.002 0.167 18 K 0.826 0.052 0.002 0.001 0.026 0.005 0.087 19 D 0.337 0.038 0.008 0.002 0.021 0.012 0.581 20 A 0.087 0.002 0.026 0.002 0.091 0.654 0.139 21 K 0.010 0.002 0.012 0.002 0.057 0.904 0.012 22 G 0.017 0.001 0.008 0.001 0.376 0.501 0.096 23 R 0.231 0.015 0.002 0.001 0.167 0.014 0.569 24 T 0.675 0.102 0.001 0.001 0.017 0.001 0.204 25 V 0.701 0.022 0.001 0.001 0.027 0.001 0.248 26 S 0.642 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.333 27 L 0.040 0.001 0.406 0.408 0.019 0.075 0.052 28 E 0.003 0.001 0.543 0.251 0.022 0.175 0.005 29 K 0.002 0.001 0.554 0.196 0.017 0.224 0.007 30 Y 0.025 0.021 0.268 0.367 0.027 0.149 0.143 31 K 0.031 0.009 0.044 0.087 0.049 0.701 0.080 32 G 0.023 0.002 0.013 0.009 0.086 0.810 0.056 33 K 0.205 0.009 0.003 0.005 0.200 0.023 0.555 34 V 0.538 0.004 0.001 0.001 0.042 0.002 0.413 35 S 0.935 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.031 36 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 37 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 38 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 39 N 0.764 0.004 0.009 0.005 0.020 0.008 0.191 40 V 0.266 0.009 0.046 0.010 0.142 0.037 0.490 41 A 0.073 0.005 0.184 0.017 0.146 0.087 0.488 42 S 0.024 0.024 0.361 0.023 0.165 0.242 0.161 43 D 0.025 0.037 0.250 0.029 0.273 0.230 0.156 44 C 0.012 0.017 0.082 0.023 0.328 0.088 0.450 45 Q 0.008 0.012 0.044 0.041 0.303 0.270 0.323 46 L 0.009 0.025 0.046 0.050 0.224 0.260 0.385 47 T 0.006 0.026 0.026 0.090 0.222 0.041 0.589 48 D 0.001 0.004 0.115 0.687 0.040 0.093 0.059 49 R 0.001 0.002 0.179 0.513 0.034 0.223 0.047 50 N 0.001 0.003 0.112 0.662 0.044 0.116 0.062 51 Y 0.002 0.007 0.019 0.658 0.051 0.036 0.227 52 L 0.001 0.001 0.021 0.892 0.011 0.060 0.014 53 G 0.001 0.001 0.018 0.907 0.007 0.055 0.011 54 L 0.001 0.001 0.008 0.976 0.004 0.007 0.004 55 K 0.001 0.001 0.003 0.987 0.002 0.004 0.003 56 E 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.009 0.002 57 L 0.001 0.001 0.003 0.981 0.002 0.010 0.002 58 H 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.011 0.002 59 K 0.001 0.001 0.008 0.954 0.002 0.033 0.002 60 E 0.001 0.001 0.007 0.905 0.004 0.077 0.005 61 F 0.005 0.004 0.014 0.752 0.060 0.105 0.060 62 G 0.010 0.011 0.058 0.445 0.067 0.267 0.141 63 P 0.013 0.006 0.079 0.227 0.152 0.402 0.121 64 S 0.019 0.004 0.034 0.067 0.258 0.519 0.099 65 H 0.054 0.002 0.005 0.004 0.217 0.388 0.331 66 F 0.399 0.008 0.001 0.001 0.080 0.007 0.505 67 S 0.921 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.066 68 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 69 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 70 A 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 71 F 0.948 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 72 P 0.764 0.005 0.001 0.001 0.017 0.002 0.211 73 C 0.295 0.025 0.005 0.003 0.139 0.035 0.498 74 N 0.101 0.031 0.016 0.006 0.288 0.081 0.477 75 Q 0.021 0.008 0.056 0.015 0.294 0.399 0.206 76 F 0.009 0.013 0.079 0.032 0.247 0.401 0.218 77 G 0.009 0.009 0.080 0.034 0.337 0.328 0.202 78 E 0.014 0.010 0.058 0.040 0.253 0.259 0.366 79 S 0.018 0.073 0.049 0.055 0.363 0.124 0.318 80 E 0.017 0.035 0.023 0.041 0.217 0.059 0.609 81 P 0.013 0.015 0.037 0.063 0.174 0.248 0.451 82 R 0.008 0.019 0.038 0.091 0.221 0.204 0.419 83 P 0.003 0.011 0.021 0.114 0.228 0.060 0.562 84 S 0.002 0.002 0.020 0.728 0.062 0.044 0.143 85 K 0.001 0.001 0.014 0.943 0.009 0.022 0.011 86 E 0.001 0.001 0.009 0.967 0.005 0.011 0.008 87 V 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.006 0.004 88 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.003 89 S 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.011 0.002 90 F 0.002 0.001 0.003 0.969 0.003 0.019 0.005 91 A 0.003 0.001 0.005 0.957 0.004 0.020 0.009 92 R 0.004 0.001 0.011 0.943 0.007 0.027 0.007 93 K 0.004 0.001 0.013 0.861 0.013 0.098 0.010 94 N 0.007 0.003 0.018 0.623 0.060 0.234 0.054 95 Y 0.016 0.009 0.012 0.233 0.198 0.378 0.155 96 G 0.017 0.008 0.010 0.032 0.164 0.395 0.374 97 V 0.054 0.017 0.004 0.028 0.162 0.043 0.691 98 T 0.119 0.019 0.003 0.010 0.122 0.034 0.692 99 F 0.211 0.034 0.008 0.043 0.131 0.015 0.559 100 P 0.444 0.024 0.011 0.050 0.032 0.017 0.422 101 I 0.463 0.035 0.047 0.070 0.039 0.055 0.292 102 F 0.486 0.023 0.055 0.077 0.077 0.064 0.218 103 H 0.340 0.018 0.069 0.113 0.143 0.067 0.250 104 K 0.256 0.017 0.063 0.137 0.152 0.075 0.301 105 I 0.231 0.031 0.061 0.139 0.125 0.092 0.321 106 K 0.230 0.038 0.052 0.131 0.141 0.117 0.292 107 I 0.157 0.029 0.042 0.115 0.211 0.168 0.278 108 L 0.050 0.017 0.030 0.106 0.211 0.204 0.382 109 G 0.011 0.006 0.086 0.224 0.213 0.167 0.293 110 S 0.005 0.003 0.192 0.282 0.140 0.248 0.130 111 E 0.004 0.003 0.233 0.284 0.065 0.335 0.077 112 G 0.004 0.007 0.119 0.559 0.087 0.118 0.105 113 E 0.004 0.006 0.025 0.641 0.077 0.035 0.212 114 P 0.002 0.002 0.016 0.907 0.010 0.030 0.031 115 A 0.002 0.001 0.009 0.948 0.006 0.022 0.013 116 F 0.002 0.001 0.006 0.973 0.004 0.007 0.007 117 R 0.002 0.001 0.005 0.979 0.003 0.007 0.005 118 F 0.001 0.001 0.005 0.974 0.002 0.016 0.002 119 L 0.001 0.001 0.006 0.961 0.004 0.023 0.004 120 V 0.001 0.001 0.010 0.924 0.005 0.053 0.006 121 D 0.002 0.001 0.015 0.771 0.021 0.168 0.022 122 S 0.003 0.002 0.023 0.585 0.082 0.220 0.083 123 S 0.008 0.010 0.024 0.139 0.190 0.193 0.435 124 K 0.009 0.006 0.063 0.053 0.187 0.334 0.347 125 K 0.021 0.007 0.105 0.043 0.226 0.316 0.283 126 E 0.044 0.009 0.064 0.024 0.275 0.143 0.442 127 P 0.167 0.048 0.042 0.019 0.120 0.077 0.527 128 R 0.301 0.042 0.033 0.009 0.114 0.062 0.439 129 W 0.363 0.063 0.022 0.008 0.172 0.066 0.306 130 N 0.295 0.025 0.011 0.003 0.124 0.043 0.499 131 F 0.330 0.008 0.028 0.008 0.185 0.070 0.371 132 W 0.644 0.003 0.009 0.001 0.231 0.018 0.094 133 K 0.941 0.006 0.004 0.001 0.006 0.004 0.039 134 Y 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 135 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 136 V 0.921 0.033 0.001 0.001 0.009 0.001 0.035 137 N 0.192 0.007 0.001 0.001 0.015 0.004 0.781 138 P 0.019 0.002 0.006 0.001 0.104 0.818 0.051 139 E 0.008 0.003 0.005 0.001 0.142 0.828 0.014 140 G 0.064 0.002 0.001 0.001 0.698 0.046 0.188 141 Q 0.274 0.023 0.001 0.002 0.052 0.006 0.642 142 V 0.846 0.070 0.001 0.001 0.005 0.001 0.076 143 V 0.916 0.007 0.002 0.002 0.007 0.001 0.064 144 K 0.927 0.003 0.004 0.002 0.010 0.002 0.053 145 F 0.880 0.007 0.007 0.005 0.016 0.004 0.081 146 W 0.772 0.021 0.010 0.009 0.030 0.006 0.152 147 R 0.364 0.006 0.018 0.008 0.106 0.024 0.473 148 P 0.066 0.004 0.040 0.006 0.277 0.275 0.332 149 E 0.074 0.017 0.043 0.005 0.307 0.213 0.341 150 E 0.039 0.083 0.010 0.003 0.379 0.017 0.468 151 P 0.017 0.016 0.003 0.003 0.075 0.005 0.881 152 I 0.001 0.001 0.403 0.371 0.035 0.125 0.065 153 E 0.001 0.001 0.354 0.441 0.033 0.146 0.023 154 V 0.001 0.004 0.359 0.480 0.023 0.094 0.039 155 I 0.001 0.003 0.043 0.803 0.027 0.045 0.077 156 R 0.001 0.001 0.010 0.926 0.013 0.030 0.020 157 P 0.001 0.001 0.003 0.968 0.007 0.014 0.006 158 D 0.001 0.001 0.002 0.981 0.003 0.009 0.005 159 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.002 160 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 161 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.011 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.019 0.002 163 V 0.001 0.001 0.003 0.963 0.003 0.025 0.006 164 R 0.001 0.001 0.008 0.905 0.006 0.075 0.005 165 Q 0.001 0.001 0.013 0.862 0.014 0.096 0.015 166 V 0.002 0.005 0.027 0.811 0.030 0.061 0.064 167 I 0.009 0.010 0.022 0.777 0.023 0.065 0.093 168 I 0.016 0.004 0.047 0.712 0.029 0.094 0.097 169 K 0.020 0.004 0.036 0.652 0.044 0.167 0.077 170 K 0.017 0.004 0.037 0.544 0.114 0.082 0.200 171 K 0.018 0.006 0.077 0.506 0.127 0.082 0.184 172 E 0.029 0.002 0.102 0.303 0.101 0.355 0.108 173 D 0.011 0.005 0.088 0.229 0.006 0.321 0.339 174 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996