# TARGET T0388 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0388.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 960 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.108 0.199 0.099 0.038 0.209 0.041 0.048 0.083 0.052 0.075 0.048 2 N 0.165 0.163 0.069 0.018 0.367 0.009 0.012 0.051 0.039 0.054 0.055 3 L 0.215 0.114 0.025 0.011 0.325 0.013 0.021 0.092 0.072 0.056 0.056 4 Y 0.107 0.221 0.050 0.011 0.385 0.008 0.015 0.086 0.043 0.047 0.027 5 F 0.283 0.085 0.017 0.006 0.302 0.007 0.021 0.081 0.036 0.083 0.078 6 Q 0.060 0.356 0.177 0.033 0.236 0.013 0.019 0.048 0.019 0.021 0.017 7 S 0.107 0.289 0.223 0.027 0.189 0.011 0.014 0.056 0.025 0.025 0.034 8 M 0.045 0.234 0.134 0.040 0.116 0.039 0.097 0.164 0.071 0.039 0.019 9 I 0.066 0.130 0.108 0.092 0.078 0.042 0.052 0.082 0.077 0.194 0.077 10 N 0.044 0.324 0.185 0.057 0.131 0.029 0.050 0.066 0.051 0.047 0.018 11 S 0.101 0.221 0.123 0.032 0.185 0.014 0.028 0.068 0.067 0.098 0.061 12 F 0.097 0.253 0.127 0.033 0.220 0.028 0.038 0.059 0.064 0.052 0.028 13 Y 0.115 0.276 0.126 0.023 0.253 0.016 0.023 0.049 0.039 0.040 0.039 14 A 0.294 0.090 0.036 0.012 0.287 0.033 0.036 0.025 0.035 0.054 0.098 15 F 0.177 0.273 0.031 0.006 0.410 0.004 0.002 0.006 0.013 0.037 0.041 16 E 0.232 0.213 0.063 0.003 0.437 0.002 0.002 0.003 0.003 0.010 0.032 17 V 0.198 0.352 0.055 0.002 0.327 0.002 0.002 0.006 0.003 0.010 0.044 18 K 0.054 0.306 0.018 0.011 0.482 0.016 0.011 0.030 0.009 0.029 0.034 19 D 0.033 0.162 0.711 0.047 0.019 0.006 0.002 0.009 0.004 0.002 0.004 20 A 0.001 0.001 0.006 0.017 0.001 0.038 0.049 0.634 0.251 0.004 0.001 21 K 0.001 0.722 0.228 0.038 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 22 G 0.003 0.004 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.010 0.733 0.234 23 R 0.010 0.693 0.068 0.001 0.213 0.001 0.003 0.005 0.002 0.003 0.002 24 T 0.507 0.047 0.007 0.001 0.285 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.140 25 V 0.031 0.438 0.335 0.016 0.165 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 26 S 0.014 0.791 0.124 0.002 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 27 L 0.024 0.010 0.005 0.002 0.035 0.002 0.003 0.138 0.727 0.038 0.016 28 E 0.003 0.005 0.002 0.001 0.007 0.005 0.026 0.431 0.512 0.008 0.001 29 K 0.028 0.016 0.002 0.001 0.032 0.004 0.050 0.361 0.252 0.241 0.013 30 Y 0.071 0.013 0.013 0.013 0.055 0.020 0.013 0.079 0.058 0.568 0.098 31 K 0.006 0.035 0.023 0.160 0.017 0.166 0.281 0.202 0.081 0.023 0.006 32 G 0.009 0.010 0.025 0.029 0.007 0.002 0.001 0.012 0.022 0.781 0.101 33 K 0.005 0.692 0.150 0.003 0.123 0.002 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 34 V 0.407 0.013 0.001 0.001 0.562 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 35 S 0.076 0.107 0.004 0.008 0.709 0.025 0.052 0.012 0.001 0.001 0.005 36 L 0.213 0.030 0.001 0.001 0.729 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 37 V 0.438 0.039 0.005 0.002 0.420 0.003 0.003 0.007 0.002 0.003 0.078 38 V 0.138 0.139 0.030 0.017 0.315 0.040 0.053 0.044 0.030 0.092 0.104 39 N 0.374 0.111 0.044 0.007 0.307 0.004 0.008 0.017 0.007 0.011 0.112 40 V 0.056 0.092 0.044 0.065 0.080 0.089 0.053 0.077 0.131 0.257 0.055 41 A 0.031 0.160 0.100 0.154 0.067 0.042 0.034 0.079 0.223 0.080 0.029 42 S 0.018 0.080 0.055 0.030 0.040 0.027 0.151 0.244 0.283 0.066 0.006 43 D 0.021 0.026 0.018 0.018 0.026 0.034 0.234 0.096 0.128 0.353 0.046 44 C 0.091 0.248 0.155 0.060 0.214 0.033 0.024 0.042 0.041 0.046 0.045 45 Q 0.016 0.088 0.176 0.150 0.038 0.113 0.110 0.121 0.092 0.073 0.023 46 L 0.064 0.157 0.106 0.018 0.100 0.023 0.062 0.103 0.093 0.209 0.065 47 T 0.020 0.405 0.295 0.018 0.089 0.004 0.006 0.059 0.052 0.041 0.012 48 D 0.004 0.013 0.008 0.006 0.010 0.008 0.019 0.455 0.428 0.044 0.007 49 R 0.005 0.015 0.005 0.001 0.012 0.003 0.033 0.693 0.206 0.023 0.004 50 N 0.007 0.016 0.011 0.003 0.008 0.005 0.021 0.532 0.193 0.196 0.009 51 Y 0.015 0.032 0.009 0.002 0.032 0.002 0.006 0.674 0.192 0.032 0.007 52 L 0.001 0.008 0.003 0.002 0.002 0.005 0.017 0.859 0.098 0.003 0.001 53 G 0.002 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.005 0.846 0.076 0.050 0.003 54 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.902 0.080 0.012 0.001 55 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.936 0.054 0.002 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.037 0.003 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.901 0.078 0.011 0.001 58 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.778 0.182 0.024 0.002 59 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.038 0.821 0.117 0.010 0.001 60 E 0.005 0.017 0.004 0.002 0.018 0.010 0.131 0.637 0.097 0.077 0.003 61 F 0.123 0.101 0.049 0.015 0.133 0.016 0.028 0.175 0.079 0.182 0.100 62 G 0.028 0.049 0.067 0.066 0.022 0.046 0.086 0.404 0.186 0.033 0.012 63 P 0.005 0.019 0.025 0.044 0.010 0.046 0.073 0.463 0.236 0.073 0.007 64 S 0.008 0.437 0.249 0.059 0.064 0.027 0.042 0.050 0.036 0.024 0.004 65 H 0.043 0.019 0.014 0.044 0.027 0.024 0.027 0.037 0.083 0.415 0.267 66 F 0.164 0.237 0.013 0.001 0.535 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 0.026 67 S 0.143 0.089 0.011 0.002 0.733 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 68 V 0.413 0.039 0.002 0.001 0.524 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 69 L 0.217 0.079 0.011 0.016 0.534 0.028 0.028 0.008 0.004 0.015 0.062 70 A 0.238 0.141 0.036 0.006 0.470 0.002 0.003 0.006 0.004 0.023 0.069 71 F 0.140 0.269 0.085 0.018 0.335 0.008 0.014 0.019 0.014 0.044 0.053 72 P 0.118 0.296 0.118 0.020 0.329 0.010 0.013 0.020 0.011 0.021 0.043 73 C 0.068 0.116 0.041 0.046 0.154 0.048 0.092 0.172 0.126 0.098 0.040 74 N 0.070 0.132 0.203 0.076 0.097 0.038 0.053 0.073 0.068 0.139 0.051 75 Q 0.061 0.080 0.084 0.056 0.080 0.057 0.064 0.213 0.153 0.106 0.046 76 F 0.032 0.201 0.165 0.130 0.078 0.060 0.068 0.079 0.049 0.108 0.031 77 G 0.036 0.094 0.097 0.153 0.061 0.097 0.060 0.058 0.052 0.221 0.072 78 E 0.120 0.081 0.055 0.025 0.154 0.022 0.036 0.098 0.100 0.199 0.112 79 S 0.113 0.174 0.151 0.060 0.146 0.033 0.037 0.074 0.068 0.077 0.066 80 E 0.056 0.244 0.241 0.058 0.163 0.035 0.037 0.060 0.033 0.048 0.026 81 P 0.070 0.166 0.079 0.033 0.123 0.045 0.084 0.152 0.092 0.114 0.042 82 R 0.033 0.143 0.174 0.098 0.076 0.048 0.037 0.083 0.052 0.201 0.055 83 P 0.048 0.363 0.179 0.020 0.115 0.011 0.014 0.117 0.048 0.056 0.029 84 S 0.035 0.075 0.045 0.006 0.050 0.004 0.005 0.487 0.181 0.087 0.025 85 K 0.004 0.011 0.004 0.002 0.007 0.004 0.008 0.817 0.127 0.013 0.003 86 E 0.003 0.011 0.003 0.001 0.008 0.001 0.004 0.895 0.064 0.009 0.002 87 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.056 0.006 0.001 88 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.068 0.004 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.932 0.057 0.002 0.001 90 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.933 0.046 0.009 0.001 91 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.899 0.085 0.006 0.001 92 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.834 0.135 0.012 0.001 93 K 0.001 0.005 0.004 0.003 0.003 0.008 0.123 0.730 0.112 0.012 0.001 94 N 0.007 0.027 0.011 0.009 0.012 0.020 0.250 0.493 0.116 0.051 0.004 95 Y 0.025 0.595 0.164 0.010 0.134 0.003 0.004 0.012 0.014 0.025 0.014 96 G 0.166 0.034 0.024 0.035 0.077 0.019 0.013 0.023 0.050 0.300 0.260 97 V 0.122 0.357 0.062 0.004 0.387 0.002 0.003 0.012 0.012 0.016 0.022 98 T 0.189 0.116 0.035 0.025 0.251 0.026 0.052 0.042 0.049 0.099 0.117 99 F 0.089 0.337 0.229 0.026 0.248 0.005 0.003 0.012 0.013 0.016 0.020 100 P 0.163 0.246 0.063 0.008 0.342 0.010 0.021 0.062 0.030 0.018 0.037 101 I 0.166 0.109 0.034 0.016 0.241 0.022 0.037 0.138 0.106 0.078 0.054 102 F 0.130 0.077 0.034 0.037 0.169 0.025 0.045 0.143 0.116 0.155 0.068 103 H 0.080 0.202 0.110 0.052 0.177 0.030 0.049 0.117 0.071 0.081 0.029 104 K 0.120 0.168 0.074 0.026 0.200 0.014 0.023 0.107 0.089 0.109 0.069 105 I 0.088 0.190 0.056 0.029 0.200 0.029 0.048 0.167 0.111 0.047 0.035 106 K 0.162 0.105 0.043 0.017 0.214 0.020 0.049 0.115 0.085 0.116 0.075 107 I 0.188 0.117 0.044 0.025 0.211 0.035 0.054 0.095 0.061 0.097 0.074 108 L 0.060 0.153 0.116 0.120 0.118 0.046 0.050 0.091 0.056 0.134 0.056 109 G 0.040 0.122 0.144 0.149 0.084 0.028 0.017 0.120 0.128 0.127 0.042 110 S 0.009 0.049 0.032 0.036 0.022 0.063 0.119 0.402 0.217 0.043 0.009 111 E 0.035 0.033 0.022 0.014 0.042 0.011 0.040 0.262 0.187 0.301 0.054 112 G 0.046 0.081 0.055 0.024 0.052 0.013 0.024 0.234 0.204 0.226 0.041 113 E 0.016 0.312 0.201 0.026 0.084 0.011 0.020 0.226 0.075 0.021 0.009 114 P 0.015 0.060 0.014 0.002 0.041 0.002 0.017 0.687 0.138 0.017 0.007 115 A 0.003 0.004 0.003 0.001 0.004 0.003 0.009 0.783 0.153 0.034 0.002 116 F 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.844 0.128 0.011 0.002 117 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.904 0.075 0.003 0.001 118 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.877 0.085 0.016 0.001 119 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.752 0.187 0.034 0.003 120 V 0.004 0.014 0.004 0.003 0.008 0.005 0.038 0.683 0.210 0.029 0.003 121 D 0.009 0.030 0.006 0.003 0.024 0.008 0.143 0.547 0.129 0.094 0.007 122 S 0.058 0.118 0.090 0.036 0.089 0.035 0.123 0.171 0.089 0.146 0.046 123 S 0.070 0.233 0.214 0.085 0.113 0.046 0.048 0.079 0.037 0.041 0.033 124 K 0.033 0.111 0.055 0.086 0.053 0.088 0.097 0.180 0.139 0.118 0.039 125 K 0.047 0.104 0.093 0.063 0.087 0.027 0.034 0.051 0.093 0.321 0.081 126 E 0.098 0.202 0.159 0.048 0.202 0.020 0.025 0.039 0.068 0.080 0.059 127 P 0.228 0.160 0.033 0.009 0.356 0.009 0.017 0.035 0.036 0.050 0.068 128 R 0.116 0.148 0.102 0.042 0.318 0.027 0.057 0.045 0.033 0.070 0.042 129 W 0.234 0.154 0.037 0.018 0.329 0.026 0.025 0.020 0.020 0.059 0.078 130 N 0.148 0.173 0.053 0.008 0.528 0.004 0.004 0.007 0.009 0.030 0.038 131 F 0.293 0.069 0.014 0.004 0.247 0.005 0.013 0.044 0.089 0.119 0.103 132 W 0.112 0.081 0.067 0.056 0.163 0.143 0.129 0.067 0.071 0.072 0.038 133 K 0.208 0.219 0.025 0.005 0.431 0.012 0.017 0.016 0.015 0.018 0.034 134 Y 0.179 0.227 0.027 0.002 0.534 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.018 135 L 0.314 0.118 0.016 0.001 0.478 0.002 0.002 0.003 0.001 0.006 0.060 136 V 0.042 0.332 0.019 0.017 0.507 0.006 0.001 0.001 0.001 0.033 0.042 137 N 0.001 0.076 0.891 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 P 0.001 0.001 0.020 0.006 0.001 0.013 0.045 0.637 0.277 0.002 0.001 139 E 0.001 0.800 0.173 0.011 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 140 G 0.003 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.378 0.607 141 Q 0.002 0.832 0.021 0.001 0.120 0.004 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 142 V 0.773 0.003 0.001 0.001 0.203 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 143 V 0.006 0.010 0.004 0.231 0.013 0.634 0.095 0.002 0.001 0.001 0.002 144 K 0.190 0.236 0.044 0.003 0.470 0.001 0.002 0.004 0.004 0.007 0.039 145 F 0.205 0.125 0.050 0.006 0.349 0.004 0.016 0.014 0.023 0.069 0.139 146 W 0.141 0.230 0.104 0.037 0.327 0.018 0.040 0.008 0.010 0.045 0.039 147 R 0.071 0.377 0.200 0.043 0.201 0.019 0.020 0.019 0.024 0.012 0.014 148 P 0.042 0.142 0.097 0.037 0.120 0.032 0.091 0.129 0.185 0.092 0.034 149 E 0.095 0.079 0.045 0.008 0.110 0.010 0.032 0.048 0.125 0.346 0.103 150 E 0.024 0.397 0.314 0.022 0.117 0.011 0.020 0.018 0.017 0.044 0.016 151 P 0.020 0.623 0.237 0.004 0.095 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.008 152 I 0.018 0.020 0.005 0.002 0.075 0.004 0.009 0.373 0.467 0.022 0.005 153 E 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.012 0.038 0.618 0.292 0.029 0.003 154 V 0.008 0.025 0.003 0.001 0.023 0.001 0.026 0.513 0.165 0.229 0.008 155 I 0.004 0.017 0.009 0.001 0.004 0.001 0.004 0.547 0.222 0.185 0.007 156 R 0.002 0.009 0.003 0.001 0.008 0.001 0.004 0.839 0.129 0.005 0.001 157 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.901 0.072 0.002 0.001 158 D 0.003 0.004 0.003 0.001 0.005 0.001 0.027 0.859 0.071 0.026 0.001 159 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.837 0.129 0.028 0.002 160 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.890 0.098 0.002 0.001 161 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.911 0.056 0.009 0.001 162 L 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.003 0.025 0.754 0.124 0.078 0.003 163 V 0.024 0.017 0.001 0.001 0.023 0.001 0.006 0.598 0.195 0.098 0.036 164 R 0.001 0.011 0.006 0.006 0.003 0.012 0.026 0.814 0.108 0.013 0.001 165 Q 0.002 0.004 0.004 0.004 0.005 0.003 0.020 0.708 0.126 0.118 0.006 166 V 0.013 0.012 0.002 0.001 0.025 0.004 0.025 0.768 0.120 0.023 0.006 167 I 0.014 0.006 0.002 0.002 0.018 0.005 0.032 0.728 0.134 0.048 0.011 168 I 0.024 0.071 0.017 0.009 0.065 0.012 0.067 0.529 0.097 0.089 0.020 169 K 0.075 0.216 0.106 0.022 0.144 0.009 0.028 0.168 0.063 0.133 0.036 170 K 0.041 0.353 0.178 0.016 0.121 0.005 0.015 0.156 0.045 0.048 0.023 171 K 0.024 0.083 0.034 0.015 0.066 0.024 0.065 0.461 0.185 0.031 0.011 172 E 0.015 0.056 0.043 0.023 0.034 0.048 0.096 0.448 0.165 0.053 0.018 173 D 0.107 0.045 0.015 0.005 0.121 0.010 0.041 0.257 0.126 0.202 0.070 174 L 0.041 0.105 0.045 0.016 0.093 0.014 0.021 0.266 0.206 0.161 0.032