# TARGET T0388 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0388.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2152 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.027 0.009 0.026 0.056 0.249 0.632 2 N 0.050 0.016 0.046 0.103 0.225 0.561 3 L 0.058 0.025 0.059 0.135 0.233 0.491 4 Y 0.082 0.031 0.057 0.132 0.227 0.471 5 F 0.115 0.015 0.079 0.153 0.200 0.437 6 Q 0.131 0.019 0.082 0.166 0.186 0.416 7 S 0.128 0.017 0.091 0.179 0.263 0.321 8 M 0.102 0.015 0.092 0.215 0.298 0.278 9 I 0.117 0.022 0.070 0.116 0.343 0.332 10 N 0.167 0.027 0.061 0.068 0.335 0.341 11 S 0.165 0.018 0.043 0.040 0.292 0.442 12 F 0.165 0.016 0.054 0.020 0.290 0.456 13 Y 0.256 0.011 0.039 0.012 0.253 0.428 14 A 0.546 0.010 0.024 0.013 0.153 0.254 15 F 0.700 0.010 0.009 0.008 0.083 0.190 16 E 0.839 0.010 0.003 0.004 0.045 0.100 17 V 0.828 0.016 0.006 0.004 0.053 0.094 18 K 0.680 0.033 0.007 0.007 0.110 0.163 19 D 0.278 0.024 0.021 0.011 0.560 0.106 20 A 0.038 0.006 0.093 0.011 0.811 0.041 21 K 0.040 0.011 0.073 0.012 0.779 0.085 22 G 0.023 0.004 0.025 0.002 0.859 0.087 23 R 0.040 0.002 0.001 0.001 0.154 0.804 24 T 0.615 0.047 0.001 0.001 0.026 0.311 25 V 0.735 0.065 0.001 0.001 0.020 0.178 26 S 0.679 0.034 0.002 0.001 0.034 0.250 27 L 0.053 0.001 0.788 0.038 0.089 0.030 28 E 0.035 0.001 0.856 0.022 0.071 0.015 29 K 0.020 0.001 0.864 0.026 0.081 0.008 30 Y 0.096 0.035 0.209 0.040 0.585 0.035 31 K 0.092 0.023 0.022 0.034 0.743 0.086 32 G 0.033 0.002 0.004 0.008 0.773 0.180 33 K 0.637 0.010 0.001 0.002 0.205 0.145 34 V 0.969 0.002 0.001 0.001 0.004 0.023 35 S 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 37 V 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 38 V 0.974 0.001 0.001 0.009 0.006 0.011 39 N 0.791 0.003 0.001 0.017 0.054 0.134 40 V 0.303 0.018 0.011 0.021 0.246 0.401 41 A 0.110 0.025 0.128 0.037 0.458 0.243 42 S 0.052 0.021 0.248 0.041 0.515 0.124 43 D 0.034 0.012 0.304 0.058 0.498 0.094 44 C 0.043 0.028 0.165 0.071 0.554 0.138 45 Q 0.041 0.022 0.119 0.111 0.483 0.223 46 L 0.027 0.029 0.072 0.183 0.391 0.298 47 T 0.018 0.024 0.060 0.210 0.374 0.314 48 D 0.006 0.008 0.134 0.392 0.316 0.144 49 R 0.003 0.007 0.176 0.554 0.200 0.060 50 N 0.007 0.012 0.226 0.469 0.208 0.077 51 Y 0.004 0.005 0.320 0.321 0.275 0.075 52 L 0.002 0.004 0.211 0.340 0.290 0.153 53 G 0.003 0.004 0.168 0.413 0.246 0.166 54 L 0.004 0.005 0.060 0.782 0.085 0.064 55 K 0.003 0.001 0.041 0.889 0.038 0.029 56 E 0.001 0.001 0.014 0.968 0.010 0.005 57 L 0.001 0.001 0.008 0.982 0.005 0.003 58 H 0.001 0.001 0.012 0.976 0.007 0.004 59 K 0.001 0.001 0.018 0.966 0.011 0.005 60 E 0.001 0.001 0.007 0.970 0.013 0.008 61 F 0.001 0.002 0.008 0.927 0.025 0.037 62 G 0.003 0.004 0.021 0.100 0.390 0.482 63 P 0.003 0.002 0.216 0.025 0.601 0.153 64 S 0.008 0.002 0.221 0.006 0.681 0.083 65 H 0.051 0.005 0.087 0.002 0.649 0.207 66 F 0.546 0.010 0.003 0.001 0.121 0.320 67 S 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.043 68 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 69 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 70 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 71 F 0.909 0.002 0.001 0.001 0.012 0.076 72 P 0.568 0.009 0.002 0.001 0.097 0.324 73 C 0.170 0.025 0.008 0.007 0.250 0.539 74 N 0.031 0.010 0.033 0.010 0.558 0.358 75 Q 0.014 0.010 0.181 0.072 0.620 0.103 76 F 0.012 0.015 0.147 0.121 0.617 0.088 77 G 0.018 0.010 0.124 0.111 0.627 0.109 78 E 0.020 0.011 0.035 0.053 0.519 0.362 79 S 0.035 0.059 0.029 0.043 0.544 0.291 80 E 0.029 0.032 0.014 0.013 0.578 0.334 81 P 0.011 0.015 0.015 0.013 0.456 0.491 82 R 0.009 0.014 0.004 0.008 0.323 0.642 83 P 0.004 0.006 0.002 0.034 0.119 0.837 84 S 0.001 0.001 0.013 0.958 0.014 0.015 85 K 0.001 0.001 0.014 0.976 0.008 0.002 86 E 0.001 0.001 0.024 0.952 0.017 0.005 87 V 0.002 0.001 0.007 0.979 0.006 0.006 88 E 0.002 0.001 0.004 0.983 0.004 0.005 89 S 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.004 90 F 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.004 91 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 92 R 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.003 93 K 0.001 0.001 0.010 0.964 0.011 0.014 94 N 0.001 0.001 0.011 0.935 0.017 0.035 95 Y 0.001 0.002 0.017 0.756 0.051 0.173 96 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.965 97 V 0.012 0.004 0.001 0.001 0.050 0.932 98 T 0.059 0.006 0.002 0.001 0.069 0.863 99 F 0.271 0.015 0.013 0.010 0.120 0.571 100 P 0.453 0.010 0.026 0.018 0.135 0.358 101 I 0.711 0.011 0.040 0.031 0.070 0.137 102 F 0.736 0.013 0.028 0.055 0.073 0.095 103 H 0.608 0.010 0.034 0.075 0.115 0.158 104 K 0.401 0.008 0.034 0.077 0.295 0.185 105 I 0.224 0.009 0.054 0.106 0.384 0.223 106 K 0.185 0.008 0.032 0.070 0.396 0.308 107 I 0.243 0.035 0.028 0.113 0.335 0.245 108 L 0.200 0.034 0.023 0.128 0.212 0.403 109 G 0.163 0.027 0.063 0.092 0.336 0.319 110 S 0.085 0.013 0.172 0.113 0.369 0.249 111 E 0.074 0.019 0.199 0.114 0.371 0.223 112 G 0.062 0.024 0.082 0.120 0.401 0.311 113 E 0.040 0.028 0.046 0.122 0.406 0.358 114 P 0.020 0.014 0.089 0.308 0.345 0.224 115 A 0.021 0.014 0.067 0.584 0.193 0.122 116 F 0.016 0.005 0.068 0.768 0.099 0.044 117 R 0.016 0.004 0.054 0.814 0.074 0.038 118 F 0.021 0.008 0.044 0.818 0.076 0.035 119 L 0.031 0.012 0.046 0.743 0.114 0.055 120 V 0.025 0.006 0.056 0.651 0.152 0.111 121 D 0.022 0.005 0.086 0.391 0.220 0.276 122 S 0.021 0.015 0.082 0.280 0.225 0.377 123 S 0.023 0.023 0.020 0.067 0.318 0.550 124 K 0.013 0.011 0.012 0.050 0.369 0.546 125 K 0.023 0.019 0.012 0.038 0.418 0.490 126 E 0.062 0.025 0.025 0.045 0.430 0.413 127 P 0.105 0.031 0.069 0.082 0.361 0.353 128 R 0.179 0.068 0.077 0.042 0.336 0.298 129 W 0.245 0.033 0.109 0.035 0.381 0.197 130 N 0.276 0.018 0.056 0.022 0.428 0.201 131 F 0.424 0.011 0.040 0.016 0.391 0.118 132 W 0.591 0.004 0.011 0.013 0.216 0.165 133 K 0.846 0.004 0.008 0.013 0.067 0.062 134 Y 0.937 0.004 0.003 0.009 0.018 0.030 135 L 0.978 0.002 0.001 0.002 0.004 0.013 136 V 0.945 0.008 0.001 0.002 0.006 0.038 137 N 0.509 0.009 0.001 0.001 0.466 0.015 138 P 0.020 0.001 0.013 0.001 0.962 0.003 139 E 0.002 0.001 0.010 0.001 0.985 0.002 140 G 0.039 0.005 0.006 0.001 0.946 0.004 141 Q 0.594 0.013 0.001 0.001 0.112 0.279 142 V 0.948 0.017 0.001 0.001 0.007 0.027 143 V 0.961 0.003 0.001 0.003 0.009 0.023 144 K 0.949 0.001 0.001 0.002 0.011 0.035 145 F 0.848 0.004 0.003 0.003 0.036 0.106 146 W 0.533 0.025 0.006 0.006 0.103 0.328 147 R 0.180 0.018 0.007 0.006 0.293 0.495 148 P 0.036 0.006 0.007 0.004 0.401 0.546 149 E 0.033 0.014 0.011 0.005 0.417 0.520 150 E 0.036 0.057 0.011 0.012 0.414 0.470 151 P 0.014 0.018 0.020 0.032 0.323 0.592 152 I 0.001 0.001 0.494 0.440 0.044 0.021 153 E 0.001 0.001 0.547 0.401 0.041 0.010 154 V 0.001 0.001 0.635 0.319 0.038 0.006 155 I 0.003 0.003 0.064 0.854 0.037 0.039 156 R 0.004 0.003 0.020 0.925 0.022 0.027 157 P 0.001 0.001 0.010 0.971 0.012 0.005 158 D 0.001 0.001 0.006 0.979 0.007 0.007 159 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 160 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 161 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 162 L 0.001 0.001 0.002 0.980 0.008 0.009 163 V 0.001 0.001 0.005 0.958 0.018 0.018 164 R 0.002 0.001 0.010 0.939 0.024 0.025 165 Q 0.003 0.001 0.016 0.871 0.043 0.067 166 V 0.007 0.002 0.020 0.753 0.072 0.146 167 I 0.021 0.005 0.030 0.586 0.110 0.249 168 I 0.030 0.007 0.026 0.640 0.085 0.212 169 K 0.020 0.005 0.029 0.598 0.103 0.245 170 K 0.018 0.003 0.053 0.528 0.135 0.264 171 K 0.028 0.010 0.036 0.242 0.155 0.528 172 E 0.031 0.022 0.021 0.156 0.138 0.633 173 D 0.013 0.010 0.004 0.024 0.091 0.857 174 L 0.005 0.003 0.004 0.013 0.074 0.902