# TARGET T0388 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0388.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2152 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.002 0.016 0.549 0.004 0.028 0.086 0.001 0.001 0.004 0.190 0.087 0.017 0.018 2 N 0.003 0.028 0.538 0.004 0.065 0.125 0.002 0.001 0.007 0.075 0.100 0.011 0.041 3 L 0.008 0.028 0.361 0.006 0.088 0.185 0.003 0.002 0.014 0.132 0.100 0.034 0.040 4 Y 0.008 0.024 0.391 0.010 0.073 0.198 0.004 0.002 0.018 0.091 0.108 0.035 0.039 5 F 0.008 0.026 0.406 0.008 0.067 0.212 0.004 0.004 0.025 0.091 0.065 0.022 0.062 6 Q 0.009 0.015 0.376 0.010 0.060 0.206 0.003 0.002 0.020 0.130 0.053 0.070 0.046 7 S 0.006 0.021 0.364 0.007 0.070 0.229 0.003 0.001 0.020 0.098 0.074 0.035 0.072 8 M 0.005 0.027 0.239 0.008 0.093 0.276 0.002 0.002 0.016 0.061 0.205 0.025 0.041 9 I 0.005 0.019 0.301 0.016 0.072 0.131 0.001 0.001 0.006 0.163 0.229 0.018 0.038 10 N 0.003 0.010 0.409 0.011 0.043 0.056 0.001 0.001 0.005 0.293 0.095 0.047 0.026 11 S 0.002 0.015 0.374 0.010 0.053 0.048 0.001 0.001 0.010 0.214 0.209 0.013 0.050 12 F 0.005 0.024 0.516 0.009 0.033 0.018 0.002 0.001 0.012 0.203 0.099 0.027 0.052 13 Y 0.013 0.018 0.563 0.015 0.025 0.010 0.002 0.001 0.014 0.128 0.063 0.098 0.051 14 A 0.053 0.020 0.328 0.040 0.020 0.006 0.010 0.001 0.031 0.089 0.041 0.029 0.331 15 F 0.080 0.005 0.224 0.009 0.004 0.002 0.007 0.001 0.012 0.043 0.009 0.546 0.059 16 E 0.120 0.016 0.139 0.002 0.003 0.002 0.017 0.002 0.029 0.013 0.008 0.036 0.614 17 V 0.092 0.012 0.172 0.013 0.004 0.006 0.014 0.003 0.027 0.036 0.007 0.498 0.117 18 K 0.088 0.041 0.167 0.031 0.004 0.004 0.017 0.002 0.029 0.068 0.038 0.108 0.402 19 D 0.016 0.016 0.518 0.006 0.014 0.005 0.003 0.001 0.011 0.067 0.094 0.045 0.203 20 A 0.007 0.011 0.065 0.008 0.031 0.010 0.001 0.001 0.002 0.114 0.676 0.051 0.025 21 K 0.001 0.001 0.019 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.064 0.897 0.003 0.003 22 G 0.001 0.003 0.176 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.419 0.358 0.003 0.007 23 R 0.002 0.007 0.645 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.092 0.005 0.210 0.026 24 T 0.001 0.117 0.101 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.766 25 V 0.004 0.014 0.100 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.868 0.002 26 S 0.002 0.007 0.127 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.004 0.850 27 L 0.004 0.003 0.060 0.041 0.529 0.251 0.001 0.001 0.001 0.013 0.050 0.031 0.016 28 E 0.005 0.001 0.011 0.010 0.686 0.152 0.001 0.001 0.002 0.020 0.074 0.020 0.016 29 K 0.005 0.003 0.028 0.017 0.657 0.142 0.001 0.002 0.003 0.019 0.103 0.002 0.019 30 Y 0.008 0.068 0.190 0.008 0.280 0.281 0.004 0.005 0.017 0.024 0.086 0.013 0.017 31 K 0.001 0.010 0.088 0.057 0.047 0.024 0.001 0.002 0.013 0.059 0.696 0.003 0.002 32 G 0.001 0.001 0.035 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.908 0.001 0.001 33 K 0.001 0.002 0.550 0.007 0.001 0.001 0.006 0.012 0.188 0.202 0.008 0.018 0.007 34 V 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.009 0.089 0.854 0.004 0.001 0.001 0.004 35 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.836 0.139 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.959 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.971 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 38 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.812 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.090 0.006 0.001 0.001 0.008 0.264 0.607 0.017 0.001 0.002 0.003 40 V 0.001 0.008 0.461 0.009 0.011 0.001 0.003 0.062 0.315 0.075 0.033 0.005 0.015 41 A 0.001 0.029 0.471 0.010 0.062 0.008 0.002 0.013 0.109 0.205 0.070 0.004 0.016 42 S 0.001 0.014 0.425 0.004 0.063 0.009 0.001 0.003 0.042 0.355 0.068 0.011 0.005 43 D 0.001 0.018 0.383 0.001 0.051 0.015 0.001 0.001 0.008 0.392 0.122 0.001 0.010 44 C 0.001 0.025 0.558 0.001 0.015 0.014 0.001 0.001 0.004 0.339 0.036 0.005 0.003 45 Q 0.001 0.019 0.372 0.002 0.057 0.046 0.001 0.001 0.001 0.217 0.280 0.001 0.005 46 L 0.001 0.037 0.306 0.001 0.079 0.084 0.001 0.001 0.002 0.169 0.311 0.003 0.007 47 T 0.001 0.033 0.329 0.001 0.081 0.169 0.001 0.001 0.003 0.199 0.166 0.009 0.008 48 D 0.001 0.010 0.264 0.001 0.140 0.265 0.001 0.001 0.001 0.120 0.192 0.002 0.006 49 R 0.001 0.009 0.094 0.001 0.229 0.286 0.001 0.001 0.001 0.068 0.305 0.002 0.004 50 N 0.001 0.020 0.164 0.001 0.096 0.335 0.001 0.001 0.002 0.115 0.259 0.002 0.006 51 Y 0.001 0.006 0.340 0.001 0.027 0.447 0.001 0.001 0.001 0.138 0.040 0.001 0.001 52 L 0.001 0.002 0.020 0.001 0.038 0.852 0.001 0.001 0.001 0.012 0.076 0.001 0.001 53 G 0.001 0.001 0.015 0.001 0.025 0.902 0.001 0.001 0.001 0.006 0.051 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 58 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 60 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.862 0.001 0.001 0.001 0.005 0.114 0.001 0.001 61 F 0.001 0.005 0.052 0.001 0.033 0.684 0.001 0.001 0.001 0.059 0.165 0.001 0.001 62 G 0.001 0.035 0.438 0.007 0.078 0.137 0.001 0.001 0.004 0.198 0.100 0.001 0.002 63 P 0.001 0.005 0.364 0.003 0.240 0.048 0.001 0.001 0.002 0.097 0.237 0.003 0.001 64 S 0.001 0.004 0.029 0.002 0.156 0.014 0.001 0.002 0.005 0.102 0.683 0.001 0.001 65 H 0.001 0.004 0.088 0.032 0.025 0.002 0.001 0.002 0.016 0.124 0.702 0.002 0.004 66 F 0.002 0.006 0.531 0.042 0.001 0.001 0.012 0.032 0.259 0.068 0.002 0.011 0.034 67 S 0.011 0.004 0.058 0.006 0.001 0.001 0.037 0.064 0.692 0.009 0.001 0.111 0.008 68 V 0.012 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.076 0.204 0.618 0.001 0.001 0.002 0.067 69 L 0.006 0.001 0.011 0.062 0.001 0.001 0.081 0.274 0.533 0.002 0.001 0.027 0.002 70 A 0.021 0.001 0.052 0.005 0.001 0.001 0.125 0.234 0.497 0.006 0.001 0.006 0.053 71 F 0.012 0.004 0.149 0.002 0.001 0.001 0.034 0.060 0.533 0.021 0.001 0.161 0.023 72 P 0.003 0.014 0.537 0.005 0.001 0.001 0.004 0.008 0.220 0.029 0.002 0.016 0.163 73 C 0.002 0.037 0.312 0.023 0.104 0.016 0.002 0.008 0.046 0.106 0.299 0.019 0.026 74 N 0.001 0.006 0.181 0.005 0.164 0.022 0.001 0.001 0.008 0.166 0.432 0.004 0.009 75 Q 0.001 0.023 0.153 0.002 0.305 0.042 0.001 0.001 0.004 0.160 0.299 0.002 0.008 76 F 0.001 0.035 0.236 0.001 0.189 0.074 0.001 0.001 0.004 0.143 0.304 0.006 0.007 77 G 0.001 0.029 0.116 0.004 0.105 0.029 0.001 0.001 0.002 0.228 0.473 0.005 0.008 78 E 0.003 0.022 0.260 0.003 0.040 0.022 0.001 0.001 0.003 0.308 0.306 0.009 0.024 79 S 0.003 0.072 0.400 0.003 0.027 0.018 0.001 0.001 0.003 0.343 0.085 0.018 0.028 80 E 0.001 0.019 0.436 0.002 0.019 0.007 0.001 0.001 0.003 0.369 0.122 0.011 0.011 81 P 0.001 0.024 0.609 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.002 0.151 0.172 0.003 0.014 82 R 0.001 0.063 0.637 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.270 0.017 0.005 0.002 83 P 0.001 0.012 0.815 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.156 0.006 0.001 0.003 84 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 85 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 90 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 92 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 0.644 0.001 0.001 0.001 0.006 0.328 0.001 0.001 95 Y 0.001 0.003 0.075 0.001 0.011 0.176 0.001 0.001 0.002 0.102 0.629 0.001 0.001 96 G 0.001 0.004 0.271 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.158 0.540 0.001 0.001 97 V 0.001 0.007 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.070 0.002 0.031 0.004 98 T 0.001 0.043 0.772 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.013 0.001 0.002 0.133 99 F 0.006 0.024 0.396 0.048 0.044 0.065 0.009 0.018 0.149 0.050 0.016 0.152 0.023 100 P 0.012 0.004 0.127 0.070 0.164 0.268 0.019 0.035 0.072 0.059 0.090 0.014 0.066 101 I 0.053 0.009 0.034 0.010 0.180 0.263 0.066 0.073 0.108 0.014 0.041 0.076 0.073 102 F 0.071 0.013 0.054 0.025 0.040 0.281 0.038 0.067 0.151 0.015 0.033 0.037 0.173 103 H 0.064 0.010 0.116 0.117 0.029 0.254 0.015 0.026 0.117 0.053 0.057 0.094 0.048 104 K 0.054 0.010 0.137 0.036 0.037 0.270 0.011 0.010 0.064 0.100 0.068 0.050 0.152 105 I 0.041 0.009 0.184 0.032 0.033 0.196 0.011 0.006 0.040 0.118 0.126 0.094 0.108 106 K 0.088 0.022 0.214 0.032 0.027 0.131 0.022 0.013 0.041 0.089 0.118 0.078 0.125 107 I 0.096 0.032 0.202 0.011 0.019 0.095 0.029 0.010 0.065 0.093 0.040 0.143 0.167 108 L 0.072 0.044 0.229 0.013 0.022 0.111 0.024 0.012 0.064 0.060 0.075 0.099 0.175 109 G 0.024 0.028 0.355 0.012 0.042 0.145 0.007 0.008 0.030 0.091 0.123 0.047 0.087 110 S 0.008 0.012 0.212 0.005 0.142 0.163 0.002 0.002 0.010 0.069 0.325 0.022 0.030 111 E 0.006 0.013 0.148 0.002 0.155 0.149 0.002 0.001 0.005 0.127 0.361 0.014 0.018 112 G 0.006 0.013 0.247 0.003 0.086 0.229 0.001 0.001 0.004 0.141 0.242 0.008 0.018 113 E 0.001 0.009 0.353 0.002 0.048 0.276 0.001 0.001 0.002 0.206 0.086 0.011 0.006 114 P 0.001 0.005 0.146 0.001 0.089 0.524 0.001 0.001 0.001 0.044 0.173 0.003 0.012 115 A 0.005 0.006 0.054 0.001 0.073 0.736 0.001 0.001 0.002 0.029 0.078 0.004 0.010 116 F 0.005 0.005 0.026 0.002 0.035 0.879 0.001 0.001 0.003 0.012 0.023 0.004 0.007 117 R 0.006 0.002 0.019 0.003 0.035 0.860 0.001 0.001 0.002 0.013 0.035 0.013 0.010 118 F 0.015 0.002 0.032 0.001 0.036 0.825 0.002 0.001 0.002 0.018 0.037 0.008 0.022 119 L 0.015 0.010 0.073 0.002 0.032 0.740 0.002 0.002 0.005 0.028 0.043 0.020 0.029 120 V 0.006 0.009 0.056 0.004 0.058 0.660 0.001 0.001 0.001 0.027 0.149 0.010 0.019 121 D 0.004 0.007 0.129 0.004 0.065 0.379 0.001 0.001 0.001 0.057 0.328 0.012 0.012 122 S 0.002 0.014 0.277 0.001 0.099 0.274 0.001 0.001 0.002 0.059 0.250 0.005 0.015 123 S 0.001 0.021 0.580 0.002 0.027 0.074 0.001 0.001 0.002 0.195 0.083 0.006 0.009 124 K 0.001 0.005 0.680 0.001 0.022 0.027 0.001 0.001 0.001 0.115 0.135 0.006 0.006 125 K 0.001 0.010 0.355 0.004 0.035 0.025 0.001 0.001 0.001 0.355 0.199 0.003 0.011 126 E 0.001 0.009 0.498 0.004 0.014 0.009 0.001 0.001 0.002 0.399 0.041 0.018 0.005 127 P 0.001 0.018 0.448 0.008 0.044 0.020 0.001 0.001 0.006 0.172 0.206 0.004 0.072 128 R 0.018 0.071 0.342 0.011 0.035 0.018 0.005 0.003 0.025 0.123 0.148 0.149 0.050 129 W 0.041 0.069 0.332 0.013 0.025 0.011 0.010 0.003 0.032 0.067 0.039 0.062 0.296 130 N 0.069 0.018 0.269 0.203 0.012 0.004 0.020 0.006 0.042 0.105 0.077 0.096 0.078 131 F 0.177 0.005 0.104 0.009 0.010 0.002 0.027 0.006 0.061 0.057 0.039 0.357 0.149 132 W 0.386 0.002 0.101 0.055 0.003 0.001 0.023 0.003 0.021 0.030 0.006 0.074 0.296 133 K 0.473 0.001 0.011 0.067 0.001 0.001 0.037 0.003 0.012 0.007 0.001 0.315 0.074 134 Y 0.614 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.056 0.004 0.013 0.001 0.001 0.022 0.278 135 L 0.637 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.057 0.001 0.008 0.001 0.001 0.258 0.034 136 V 0.408 0.029 0.012 0.004 0.001 0.001 0.079 0.001 0.014 0.001 0.001 0.027 0.425 137 N 0.013 0.007 0.713 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.003 0.070 0.179 138 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.967 0.001 0.001 139 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.952 0.001 0.001 140 G 0.001 0.001 0.236 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.638 0.108 0.006 0.003 141 Q 0.005 0.025 0.722 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.053 0.006 0.122 0.058 142 V 0.005 0.134 0.030 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.825 143 V 0.005 0.001 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 144 K 0.374 0.001 0.029 0.003 0.002 0.001 0.030 0.001 0.007 0.010 0.002 0.312 0.229 145 F 0.278 0.004 0.022 0.001 0.003 0.001 0.040 0.001 0.009 0.009 0.003 0.115 0.514 146 W 0.078 0.010 0.121 0.044 0.003 0.002 0.035 0.001 0.026 0.031 0.004 0.546 0.100 147 R 0.010 0.013 0.483 0.016 0.014 0.003 0.002 0.001 0.016 0.125 0.060 0.077 0.181 148 P 0.001 0.002 0.229 0.007 0.030 0.002 0.001 0.001 0.002 0.198 0.504 0.004 0.021 149 E 0.001 0.009 0.205 0.003 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.267 0.449 0.004 0.011 150 E 0.001 0.016 0.410 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.531 0.022 0.009 0.002 151 P 0.001 0.018 0.905 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.046 0.004 0.001 0.022 152 I 0.001 0.002 0.033 0.001 0.185 0.719 0.001 0.001 0.001 0.008 0.052 0.001 0.001 153 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.228 0.707 0.001 0.001 0.001 0.003 0.058 0.001 0.001 154 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.270 0.653 0.001 0.001 0.001 0.003 0.063 0.001 0.001 155 I 0.001 0.005 0.033 0.001 0.036 0.856 0.001 0.001 0.001 0.008 0.059 0.001 0.001 156 R 0.001 0.001 0.047 0.001 0.010 0.927 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 157 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 158 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 159 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 164 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.877 0.001 0.001 0.001 0.003 0.111 0.001 0.001 165 Q 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.799 0.001 0.001 0.001 0.013 0.168 0.001 0.001 166 V 0.001 0.001 0.068 0.001 0.016 0.778 0.001 0.001 0.001 0.031 0.105 0.001 0.001 167 I 0.001 0.007 0.178 0.001 0.036 0.625 0.001 0.001 0.001 0.045 0.107 0.001 0.002 168 I 0.001 0.008 0.349 0.001 0.039 0.359 0.001 0.001 0.002 0.137 0.098 0.004 0.003 169 K 0.001 0.006 0.435 0.001 0.057 0.172 0.001 0.001 0.001 0.178 0.140 0.004 0.004 170 K 0.001 0.008 0.408 0.001 0.072 0.211 0.001 0.001 0.001 0.097 0.194 0.003 0.006 171 K 0.001 0.012 0.357 0.001 0.129 0.169 0.001 0.001 0.001 0.118 0.201 0.002 0.009 172 E 0.001 0.010 0.455 0.001 0.066 0.130 0.001 0.001 0.002 0.182 0.139 0.011 0.004 173 D 0.001 0.011 0.789 0.001 0.023 0.055 0.001 0.001 0.001 0.042 0.066 0.001 0.010 174 L 0.001 0.006 0.910 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.048 0.011 0.002 0.001