# TARGET T0388 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0388.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2152 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.447 0.154 0.085 0.114 0.066 0.048 0.036 0.020 0.015 0.009 0.006 2 N 0.298 0.209 0.079 0.168 0.101 0.054 0.045 0.021 0.013 0.007 0.003 3 L 0.062 0.039 0.022 0.054 0.069 0.092 0.158 0.161 0.153 0.118 0.071 4 Y 0.171 0.277 0.074 0.159 0.123 0.074 0.059 0.027 0.019 0.011 0.006 5 F 0.088 0.051 0.043 0.074 0.067 0.078 0.126 0.118 0.139 0.119 0.097 6 Q 0.140 0.084 0.054 0.162 0.136 0.110 0.128 0.071 0.056 0.036 0.022 7 S 0.287 0.228 0.140 0.153 0.076 0.044 0.032 0.016 0.012 0.006 0.004 8 M 0.102 0.068 0.042 0.084 0.086 0.122 0.167 0.119 0.098 0.069 0.043 9 I 0.132 0.076 0.052 0.095 0.106 0.112 0.154 0.095 0.078 0.056 0.045 10 N 0.151 0.196 0.193 0.202 0.114 0.062 0.043 0.018 0.012 0.006 0.003 11 S 0.195 0.192 0.096 0.227 0.146 0.071 0.042 0.016 0.009 0.004 0.003 12 F 0.007 0.007 0.005 0.021 0.035 0.062 0.139 0.187 0.213 0.190 0.134 13 Y 0.016 0.024 0.017 0.067 0.111 0.159 0.239 0.150 0.113 0.067 0.038 14 A 0.073 0.099 0.112 0.267 0.167 0.112 0.082 0.040 0.026 0.013 0.009 15 F 0.005 0.004 0.005 0.011 0.017 0.037 0.114 0.166 0.233 0.240 0.166 16 E 0.076 0.194 0.129 0.306 0.158 0.065 0.042 0.015 0.009 0.004 0.002 17 V 0.005 0.004 0.003 0.009 0.014 0.023 0.088 0.132 0.228 0.265 0.228 18 K 0.107 0.225 0.158 0.271 0.138 0.060 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 19 D 0.104 0.112 0.043 0.162 0.161 0.131 0.149 0.067 0.042 0.020 0.010 20 A 0.143 0.079 0.033 0.080 0.086 0.104 0.133 0.098 0.095 0.081 0.066 21 K 0.361 0.326 0.070 0.142 0.060 0.021 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 22 G 0.440 0.093 0.029 0.083 0.074 0.066 0.073 0.049 0.044 0.029 0.020 23 R 0.171 0.252 0.087 0.220 0.133 0.071 0.039 0.014 0.006 0.004 0.002 24 T 0.129 0.166 0.091 0.272 0.171 0.090 0.052 0.015 0.008 0.003 0.002 25 V 0.007 0.007 0.005 0.020 0.044 0.094 0.196 0.202 0.206 0.139 0.079 26 S 0.126 0.407 0.126 0.218 0.082 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 27 L 0.006 0.005 0.003 0.016 0.025 0.042 0.115 0.150 0.220 0.223 0.193 28 E 0.185 0.165 0.074 0.215 0.154 0.098 0.062 0.022 0.013 0.006 0.005 29 K 0.117 0.186 0.113 0.321 0.131 0.067 0.041 0.013 0.006 0.002 0.002 30 Y 0.008 0.007 0.006 0.019 0.029 0.063 0.145 0.143 0.181 0.184 0.214 31 K 0.067 0.109 0.075 0.228 0.175 0.139 0.123 0.040 0.027 0.012 0.006 32 G 0.447 0.186 0.077 0.138 0.061 0.030 0.027 0.012 0.010 0.006 0.004 33 K 0.010 0.036 0.045 0.170 0.181 0.146 0.184 0.107 0.068 0.038 0.017 34 V 0.001 0.006 0.007 0.048 0.111 0.209 0.289 0.162 0.094 0.045 0.027 35 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.075 0.182 0.253 0.240 0.227 36 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.078 0.214 0.257 0.247 0.185 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.092 0.251 0.305 0.329 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.038 0.106 0.226 0.292 0.328 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.046 0.147 0.268 0.302 0.225 40 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.030 0.118 0.221 0.264 0.208 0.135 41 A 0.001 0.002 0.003 0.008 0.012 0.024 0.087 0.174 0.254 0.225 0.210 42 S 0.004 0.005 0.005 0.030 0.052 0.079 0.168 0.219 0.208 0.140 0.089 43 D 0.046 0.098 0.033 0.174 0.171 0.151 0.145 0.085 0.055 0.028 0.014 44 C 0.004 0.008 0.005 0.023 0.035 0.053 0.110 0.156 0.216 0.211 0.179 45 Q 0.372 0.191 0.052 0.139 0.092 0.057 0.045 0.022 0.015 0.009 0.006 46 L 0.031 0.042 0.012 0.064 0.094 0.125 0.208 0.148 0.139 0.086 0.051 47 T 0.018 0.036 0.015 0.045 0.054 0.069 0.126 0.133 0.182 0.162 0.160 48 D 0.123 0.111 0.065 0.260 0.212 0.121 0.066 0.022 0.012 0.005 0.003 49 R 0.164 0.123 0.116 0.191 0.148 0.096 0.076 0.039 0.026 0.014 0.008 50 N 0.007 0.033 0.020 0.062 0.067 0.116 0.220 0.174 0.146 0.096 0.059 51 Y 0.001 0.002 0.002 0.011 0.033 0.089 0.254 0.207 0.177 0.129 0.095 52 L 0.257 0.169 0.306 0.136 0.060 0.032 0.022 0.009 0.005 0.003 0.002 53 G 0.002 0.020 0.030 0.161 0.230 0.228 0.195 0.074 0.036 0.016 0.007 54 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.057 0.181 0.295 0.444 55 K 0.002 0.003 0.020 0.151 0.261 0.286 0.192 0.048 0.023 0.009 0.003 56 E 0.020 0.045 0.677 0.169 0.060 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.038 0.259 0.251 0.209 0.151 0.083 58 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.085 0.176 0.291 0.272 0.162 59 K 0.006 0.025 0.629 0.232 0.081 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.036 0.104 0.393 0.202 0.128 0.092 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 61 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.093 0.178 0.264 0.263 0.185 62 G 0.281 0.330 0.038 0.139 0.073 0.064 0.047 0.014 0.008 0.003 0.003 63 P 0.295 0.129 0.298 0.135 0.066 0.036 0.020 0.009 0.006 0.003 0.003 64 S 0.209 0.195 0.065 0.222 0.129 0.090 0.062 0.018 0.006 0.002 0.001 65 H 0.067 0.142 0.059 0.251 0.204 0.157 0.080 0.021 0.011 0.004 0.003 66 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.028 0.103 0.261 0.308 0.293 67 S 0.001 0.007 0.012 0.087 0.178 0.304 0.271 0.090 0.032 0.011 0.008 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.118 0.246 0.305 0.304 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.075 0.159 0.225 0.246 0.281 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.063 0.190 0.307 0.418 71 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.048 0.122 0.235 0.288 0.291 72 P 0.001 0.004 0.003 0.015 0.025 0.046 0.151 0.242 0.230 0.171 0.114 73 C 0.003 0.005 0.005 0.028 0.052 0.076 0.156 0.194 0.187 0.173 0.121 74 N 0.037 0.049 0.029 0.152 0.151 0.137 0.146 0.119 0.091 0.052 0.037 75 Q 0.013 0.024 0.013 0.078 0.129 0.162 0.208 0.156 0.121 0.066 0.030 76 F 0.008 0.010 0.006 0.022 0.032 0.049 0.121 0.158 0.211 0.200 0.182 77 G 0.127 0.099 0.034 0.132 0.133 0.118 0.155 0.084 0.063 0.035 0.020 78 E 0.329 0.149 0.066 0.157 0.114 0.083 0.058 0.021 0.012 0.007 0.004 79 S 0.025 0.045 0.015 0.072 0.103 0.101 0.179 0.146 0.143 0.105 0.066 80 E 0.086 0.067 0.025 0.076 0.093 0.109 0.172 0.121 0.108 0.087 0.056 81 P 0.375 0.120 0.044 0.114 0.094 0.068 0.094 0.041 0.028 0.015 0.007 82 R 0.121 0.090 0.032 0.097 0.129 0.142 0.180 0.104 0.059 0.035 0.012 83 P 0.104 0.602 0.072 0.119 0.047 0.024 0.014 0.007 0.005 0.004 0.003 84 S 0.103 0.084 0.036 0.178 0.238 0.192 0.109 0.034 0.017 0.006 0.002 85 K 0.896 0.073 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.027 0.116 0.098 0.364 0.207 0.109 0.061 0.013 0.004 0.001 0.001 87 V 0.003 0.002 0.002 0.004 0.007 0.021 0.101 0.176 0.245 0.257 0.184 88 E 0.009 0.022 0.111 0.281 0.262 0.197 0.087 0.019 0.008 0.003 0.001 89 S 0.010 0.042 0.658 0.197 0.055 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 90 F 0.001 0.002 0.008 0.017 0.036 0.124 0.330 0.209 0.146 0.083 0.043 91 A 0.002 0.002 0.007 0.009 0.014 0.036 0.169 0.198 0.218 0.200 0.147 92 R 0.005 0.051 0.306 0.229 0.200 0.110 0.062 0.019 0.010 0.004 0.002 93 K 0.039 0.076 0.297 0.252 0.166 0.102 0.045 0.013 0.005 0.003 0.002 94 N 0.309 0.227 0.148 0.152 0.084 0.039 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 95 Y 0.005 0.012 0.007 0.053 0.102 0.205 0.324 0.169 0.076 0.033 0.014 96 G 0.480 0.292 0.082 0.103 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.058 0.119 0.251 0.275 0.280 98 T 0.117 0.330 0.130 0.282 0.099 0.030 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 0.074 0.133 0.251 0.243 0.273 100 P 0.084 0.104 0.051 0.195 0.165 0.166 0.126 0.050 0.030 0.016 0.013 101 I 0.003 0.008 0.003 0.024 0.042 0.066 0.159 0.174 0.220 0.172 0.130 102 F 0.002 0.004 0.003 0.017 0.023 0.042 0.102 0.133 0.201 0.215 0.257 103 H 0.019 0.033 0.028 0.099 0.140 0.156 0.212 0.134 0.093 0.054 0.034 104 K 0.208 0.217 0.100 0.257 0.119 0.050 0.029 0.011 0.005 0.003 0.001 105 I 0.038 0.034 0.021 0.070 0.092 0.116 0.173 0.148 0.138 0.106 0.064 106 K 0.285 0.248 0.107 0.202 0.084 0.037 0.022 0.007 0.004 0.002 0.002 107 I 0.023 0.032 0.031 0.080 0.100 0.130 0.199 0.139 0.126 0.088 0.052 108 L 0.080 0.157 0.068 0.158 0.138 0.115 0.111 0.064 0.051 0.034 0.025 109 G 0.071 0.051 0.025 0.055 0.057 0.072 0.131 0.120 0.152 0.138 0.127 110 S 0.085 0.058 0.037 0.112 0.128 0.133 0.171 0.099 0.084 0.056 0.036 111 E 0.280 0.169 0.129 0.194 0.097 0.053 0.035 0.017 0.013 0.008 0.005 112 G 0.040 0.060 0.034 0.092 0.093 0.115 0.166 0.124 0.124 0.090 0.063 113 E 0.023 0.024 0.017 0.047 0.064 0.109 0.177 0.159 0.168 0.132 0.080 114 P 0.286 0.175 0.096 0.141 0.094 0.070 0.064 0.030 0.022 0.014 0.007 115 A 0.014 0.019 0.017 0.050 0.053 0.068 0.140 0.146 0.198 0.165 0.130 116 F 0.009 0.008 0.013 0.029 0.035 0.062 0.136 0.152 0.220 0.188 0.147 117 R 0.035 0.043 0.099 0.221 0.170 0.139 0.123 0.073 0.054 0.028 0.014 118 F 0.011 0.027 0.117 0.103 0.117 0.142 0.182 0.123 0.098 0.054 0.026 119 L 0.007 0.007 0.018 0.030 0.035 0.063 0.154 0.170 0.194 0.188 0.134 120 V 0.016 0.027 0.037 0.092 0.110 0.141 0.231 0.147 0.114 0.062 0.023 121 D 0.063 0.092 0.269 0.180 0.117 0.094 0.080 0.045 0.033 0.018 0.009 122 S 0.085 0.072 0.044 0.095 0.109 0.109 0.181 0.115 0.091 0.070 0.030 123 S 0.212 0.118 0.031 0.075 0.054 0.057 0.094 0.090 0.106 0.095 0.067 124 K 0.138 0.094 0.037 0.124 0.135 0.136 0.129 0.084 0.066 0.037 0.020 125 K 0.439 0.163 0.062 0.112 0.066 0.049 0.043 0.025 0.020 0.013 0.008 126 E 0.196 0.135 0.038 0.136 0.118 0.095 0.112 0.071 0.052 0.033 0.013 127 P 0.248 0.069 0.023 0.078 0.067 0.078 0.102 0.092 0.103 0.087 0.054 128 R 0.114 0.134 0.082 0.211 0.137 0.109 0.099 0.048 0.034 0.019 0.012 129 W 0.019 0.027 0.037 0.094 0.082 0.115 0.197 0.151 0.139 0.088 0.051 130 N 0.012 0.027 0.026 0.124 0.140 0.153 0.201 0.131 0.099 0.058 0.029 131 F 0.005 0.006 0.011 0.027 0.035 0.045 0.119 0.175 0.245 0.209 0.123 132 W 0.002 0.007 0.016 0.073 0.116 0.143 0.233 0.175 0.134 0.069 0.031 133 K 0.001 0.006 0.012 0.055 0.076 0.141 0.230 0.194 0.151 0.095 0.039 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.029 0.122 0.222 0.269 0.224 0.115 135 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.011 0.020 0.086 0.168 0.258 0.278 0.169 136 V 0.001 0.001 0.002 0.011 0.017 0.026 0.098 0.163 0.264 0.239 0.179 137 N 0.002 0.010 0.008 0.068 0.101 0.130 0.233 0.210 0.158 0.059 0.022 138 P 0.094 0.109 0.046 0.200 0.172 0.161 0.130 0.057 0.020 0.008 0.002 139 E 0.417 0.332 0.061 0.139 0.039 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 140 G 0.031 0.027 0.007 0.051 0.067 0.094 0.178 0.176 0.182 0.118 0.068 141 Q 0.052 0.269 0.090 0.328 0.167 0.066 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 142 V 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.014 0.071 0.147 0.267 0.256 0.232 143 V 0.005 0.011 0.015 0.117 0.179 0.243 0.215 0.109 0.063 0.030 0.015 144 K 0.019 0.062 0.054 0.187 0.204 0.154 0.154 0.078 0.055 0.023 0.010 145 F 0.010 0.023 0.034 0.112 0.123 0.153 0.228 0.139 0.107 0.050 0.022 146 W 0.015 0.018 0.012 0.052 0.088 0.116 0.224 0.175 0.140 0.104 0.055 147 R 0.076 0.202 0.067 0.189 0.155 0.100 0.109 0.049 0.032 0.016 0.006 148 P 0.304 0.114 0.065 0.127 0.112 0.093 0.092 0.045 0.027 0.015 0.006 149 E 0.636 0.149 0.034 0.086 0.046 0.020 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 150 E 0.063 0.078 0.025 0.077 0.107 0.143 0.199 0.140 0.093 0.056 0.020 151 P 0.109 0.570 0.062 0.127 0.065 0.033 0.017 0.007 0.005 0.003 0.002 152 I 0.027 0.021 0.012 0.061 0.141 0.219 0.257 0.131 0.082 0.036 0.014 153 E 0.759 0.125 0.056 0.042 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 V 0.058 0.167 0.110 0.338 0.190 0.084 0.040 0.009 0.003 0.001 0.001 155 I 0.001 0.003 0.001 0.004 0.009 0.030 0.097 0.172 0.213 0.250 0.220 156 R 0.009 0.039 0.050 0.160 0.274 0.259 0.157 0.034 0.012 0.004 0.002 157 P 0.242 0.136 0.527 0.078 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 D 0.008 0.022 0.023 0.164 0.208 0.252 0.229 0.061 0.020 0.008 0.004 159 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.097 0.240 0.300 0.322 160 A 0.002 0.004 0.074 0.195 0.289 0.289 0.117 0.020 0.007 0.002 0.001 161 A 0.018 0.031 0.845 0.084 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.096 0.431 0.232 0.124 0.066 0.029 163 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.061 0.135 0.245 0.293 0.253 164 R 0.002 0.014 0.622 0.181 0.114 0.045 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 165 Q 0.028 0.043 0.747 0.116 0.045 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 166 V 0.013 0.011 0.020 0.021 0.037 0.096 0.336 0.187 0.150 0.088 0.042 167 I 0.069 0.071 0.111 0.102 0.092 0.127 0.195 0.099 0.072 0.042 0.020 168 I 0.031 0.064 0.298 0.090 0.088 0.089 0.131 0.076 0.062 0.044 0.027 169 K 0.224 0.199 0.300 0.142 0.071 0.032 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 170 K 0.329 0.189 0.102 0.113 0.083 0.059 0.063 0.028 0.018 0.011 0.006 171 K 0.291 0.127 0.111 0.154 0.103 0.081 0.065 0.028 0.021 0.012 0.007 172 E 0.220 0.108 0.163 0.137 0.103 0.092 0.089 0.041 0.027 0.014 0.007 173 D 0.240 0.263 0.180 0.155 0.072 0.035 0.029 0.012 0.007 0.004 0.002 174 L 0.270 0.104 0.072 0.079 0.077 0.078 0.097 0.073 0.067 0.052 0.032