# TARGET T0388 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0388.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2152 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.013 0.003 0.009 0.036 0.026 0.036 0.877 2 N 0.053 0.029 0.032 0.064 0.031 0.091 0.700 3 L 0.082 0.033 0.051 0.094 0.119 0.069 0.552 4 Y 0.097 0.017 0.063 0.089 0.070 0.102 0.562 5 F 0.127 0.031 0.110 0.172 0.071 0.057 0.432 6 Q 0.113 0.018 0.107 0.173 0.129 0.047 0.412 7 S 0.106 0.017 0.165 0.202 0.103 0.092 0.316 8 M 0.059 0.024 0.183 0.228 0.086 0.180 0.242 9 I 0.075 0.024 0.156 0.117 0.121 0.265 0.241 10 N 0.101 0.012 0.102 0.072 0.263 0.189 0.261 11 S 0.161 0.025 0.058 0.030 0.284 0.143 0.299 12 F 0.189 0.032 0.020 0.006 0.173 0.034 0.546 13 Y 0.227 0.014 0.013 0.003 0.158 0.052 0.534 14 A 0.525 0.035 0.010 0.002 0.045 0.031 0.352 15 F 0.665 0.012 0.004 0.001 0.036 0.007 0.275 16 E 0.805 0.019 0.003 0.001 0.020 0.004 0.148 17 V 0.857 0.007 0.002 0.001 0.006 0.003 0.123 18 K 0.750 0.065 0.003 0.001 0.035 0.008 0.138 19 D 0.214 0.013 0.006 0.001 0.041 0.015 0.710 20 A 0.050 0.004 0.029 0.002 0.145 0.605 0.165 21 K 0.005 0.001 0.007 0.001 0.084 0.879 0.023 22 G 0.020 0.002 0.009 0.001 0.633 0.234 0.102 23 R 0.121 0.013 0.002 0.001 0.131 0.010 0.722 24 T 0.635 0.147 0.001 0.001 0.015 0.002 0.199 25 V 0.715 0.048 0.001 0.001 0.013 0.001 0.224 26 S 0.402 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.563 27 L 0.081 0.003 0.546 0.178 0.024 0.067 0.101 28 E 0.015 0.002 0.724 0.158 0.017 0.058 0.027 29 K 0.010 0.001 0.730 0.155 0.007 0.063 0.034 30 Y 0.059 0.026 0.338 0.364 0.017 0.124 0.072 31 K 0.025 0.007 0.085 0.125 0.030 0.679 0.048 32 G 0.020 0.001 0.017 0.007 0.102 0.754 0.101 33 K 0.173 0.004 0.001 0.002 0.303 0.016 0.501 34 V 0.850 0.004 0.001 0.001 0.022 0.003 0.120 35 S 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 36 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 37 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 38 V 0.907 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.075 39 N 0.534 0.005 0.010 0.010 0.103 0.014 0.324 40 V 0.275 0.015 0.059 0.061 0.095 0.061 0.434 41 A 0.099 0.017 0.201 0.102 0.097 0.135 0.349 42 S 0.039 0.018 0.230 0.089 0.109 0.386 0.129 43 D 0.021 0.015 0.191 0.115 0.117 0.409 0.131 44 C 0.014 0.008 0.122 0.082 0.230 0.081 0.463 45 Q 0.009 0.010 0.150 0.142 0.149 0.364 0.176 46 L 0.009 0.007 0.116 0.241 0.122 0.314 0.190 47 T 0.023 0.016 0.065 0.375 0.136 0.065 0.320 48 D 0.015 0.008 0.058 0.640 0.070 0.065 0.144 49 R 0.008 0.004 0.104 0.630 0.054 0.162 0.038 50 N 0.013 0.008 0.118 0.581 0.037 0.169 0.074 51 Y 0.020 0.020 0.062 0.401 0.093 0.050 0.353 52 L 0.008 0.008 0.071 0.578 0.064 0.203 0.069 53 G 0.009 0.024 0.042 0.574 0.062 0.154 0.133 54 L 0.001 0.001 0.018 0.957 0.001 0.009 0.014 55 K 0.001 0.001 0.010 0.983 0.001 0.004 0.002 56 E 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.003 0.001 57 L 0.001 0.001 0.012 0.981 0.001 0.004 0.002 58 H 0.001 0.001 0.008 0.985 0.001 0.006 0.001 59 K 0.001 0.001 0.015 0.942 0.001 0.041 0.001 60 E 0.001 0.001 0.015 0.906 0.003 0.071 0.005 61 F 0.003 0.007 0.023 0.743 0.026 0.173 0.025 62 G 0.004 0.005 0.022 0.029 0.347 0.207 0.386 63 P 0.004 0.001 0.260 0.036 0.087 0.495 0.118 64 S 0.005 0.001 0.183 0.011 0.205 0.559 0.037 65 H 0.210 0.011 0.120 0.004 0.133 0.281 0.241 66 F 0.736 0.006 0.001 0.001 0.009 0.002 0.245 67 S 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 68 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 70 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 71 F 0.871 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.108 72 P 0.494 0.004 0.001 0.001 0.029 0.001 0.472 73 C 0.053 0.011 0.212 0.042 0.125 0.052 0.506 74 N 0.017 0.008 0.448 0.120 0.078 0.154 0.174 75 Q 0.010 0.006 0.408 0.082 0.061 0.316 0.117 76 F 0.011 0.037 0.194 0.085 0.093 0.444 0.134 77 G 0.011 0.007 0.070 0.037 0.183 0.557 0.135 78 E 0.019 0.025 0.069 0.020 0.240 0.220 0.407 79 S 0.026 0.114 0.043 0.010 0.249 0.115 0.443 80 E 0.018 0.026 0.017 0.002 0.186 0.090 0.661 81 P 0.009 0.015 0.015 0.002 0.249 0.345 0.365 82 R 0.007 0.022 0.002 0.002 0.608 0.065 0.295 83 P 0.006 0.010 0.002 0.007 0.253 0.011 0.711 84 S 0.001 0.002 0.053 0.837 0.014 0.045 0.048 85 K 0.001 0.001 0.036 0.938 0.003 0.017 0.004 86 E 0.001 0.001 0.030 0.958 0.001 0.005 0.005 87 V 0.001 0.001 0.010 0.983 0.001 0.004 0.003 88 E 0.001 0.001 0.010 0.979 0.001 0.008 0.001 89 S 0.001 0.001 0.007 0.967 0.001 0.023 0.002 90 F 0.004 0.001 0.011 0.932 0.004 0.028 0.019 91 A 0.009 0.004 0.009 0.890 0.018 0.038 0.032 92 R 0.007 0.003 0.008 0.895 0.006 0.061 0.021 93 K 0.001 0.001 0.010 0.733 0.011 0.227 0.017 94 N 0.002 0.001 0.015 0.384 0.030 0.502 0.067 95 Y 0.012 0.015 0.033 0.138 0.109 0.485 0.208 96 G 0.035 0.015 0.017 0.012 0.137 0.362 0.422 97 V 0.085 0.019 0.002 0.003 0.074 0.009 0.808 98 T 0.187 0.059 0.003 0.004 0.063 0.011 0.673 99 F 0.441 0.027 0.035 0.060 0.142 0.026 0.269 100 P 0.418 0.011 0.079 0.071 0.064 0.034 0.323 101 I 0.565 0.019 0.135 0.097 0.038 0.037 0.109 102 F 0.573 0.022 0.065 0.069 0.045 0.055 0.170 103 H 0.446 0.018 0.033 0.056 0.093 0.111 0.242 104 K 0.355 0.010 0.026 0.054 0.198 0.074 0.283 105 I 0.294 0.012 0.063 0.086 0.115 0.177 0.252 106 K 0.425 0.016 0.055 0.078 0.083 0.174 0.169 107 I 0.483 0.037 0.035 0.061 0.101 0.085 0.198 108 L 0.367 0.040 0.027 0.057 0.092 0.111 0.305 109 G 0.202 0.018 0.049 0.056 0.119 0.151 0.404 110 S 0.111 0.014 0.102 0.073 0.118 0.333 0.248 111 E 0.061 0.016 0.102 0.097 0.146 0.425 0.153 112 G 0.053 0.011 0.080 0.150 0.239 0.228 0.239 113 E 0.031 0.015 0.035 0.218 0.297 0.061 0.343 114 P 0.011 0.006 0.074 0.639 0.050 0.109 0.111 115 A 0.010 0.004 0.067 0.762 0.013 0.068 0.076 116 F 0.013 0.004 0.051 0.842 0.006 0.040 0.043 117 R 0.014 0.002 0.028 0.895 0.010 0.026 0.025 118 F 0.013 0.002 0.031 0.878 0.009 0.032 0.035 119 L 0.021 0.006 0.036 0.833 0.014 0.047 0.043 120 V 0.017 0.006 0.035 0.801 0.017 0.093 0.030 121 D 0.013 0.002 0.041 0.575 0.040 0.248 0.080 122 S 0.011 0.005 0.032 0.395 0.062 0.352 0.143 123 S 0.014 0.016 0.026 0.119 0.156 0.257 0.412 124 K 0.017 0.008 0.027 0.022 0.113 0.177 0.635 125 K 0.048 0.038 0.042 0.023 0.254 0.182 0.412 126 E 0.031 0.011 0.024 0.007 0.320 0.037 0.569 127 P 0.049 0.010 0.092 0.023 0.178 0.247 0.401 128 R 0.111 0.030 0.104 0.016 0.165 0.240 0.335 129 W 0.418 0.050 0.032 0.006 0.094 0.039 0.360 130 N 0.467 0.021 0.011 0.003 0.060 0.032 0.406 131 F 0.732 0.018 0.012 0.001 0.070 0.052 0.116 132 W 0.654 0.005 0.012 0.001 0.072 0.037 0.220 133 K 0.776 0.002 0.012 0.001 0.076 0.013 0.121 134 Y 0.927 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.058 135 L 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 136 V 0.910 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 137 N 0.254 0.006 0.001 0.001 0.008 0.003 0.730 138 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.978 0.003 139 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.983 0.001 140 G 0.085 0.002 0.006 0.002 0.540 0.134 0.231 141 Q 0.595 0.054 0.001 0.002 0.031 0.010 0.307 142 V 0.939 0.039 0.001 0.002 0.003 0.001 0.016 143 V 0.952 0.003 0.002 0.003 0.007 0.002 0.032 144 K 0.892 0.002 0.004 0.005 0.017 0.006 0.074 145 F 0.840 0.008 0.007 0.007 0.044 0.009 0.085 146 W 0.668 0.039 0.007 0.008 0.081 0.021 0.176 147 R 0.194 0.023 0.011 0.002 0.210 0.052 0.509 148 P 0.042 0.008 0.022 0.002 0.200 0.427 0.298 149 E 0.031 0.017 0.029 0.003 0.365 0.363 0.191 150 E 0.017 0.032 0.001 0.001 0.725 0.004 0.220 151 P 0.014 0.020 0.003 0.003 0.035 0.006 0.919 152 I 0.004 0.007 0.259 0.604 0.010 0.029 0.086 153 E 0.001 0.001 0.216 0.746 0.010 0.017 0.009 154 V 0.001 0.001 0.223 0.754 0.002 0.014 0.005 155 I 0.001 0.001 0.059 0.906 0.003 0.022 0.008 156 R 0.001 0.001 0.012 0.973 0.002 0.009 0.004 157 P 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.008 0.001 158 D 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.007 0.002 159 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 161 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 163 V 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.007 0.001 164 R 0.001 0.001 0.005 0.966 0.001 0.026 0.001 165 Q 0.001 0.001 0.005 0.918 0.004 0.068 0.004 166 V 0.001 0.001 0.005 0.798 0.021 0.112 0.063 167 I 0.003 0.006 0.012 0.400 0.035 0.227 0.316 168 I 0.009 0.011 0.020 0.115 0.060 0.052 0.733 169 K 0.020 0.005 0.043 0.120 0.087 0.060 0.665 170 K 0.022 0.005 0.097 0.314 0.109 0.192 0.261 171 K 0.026 0.007 0.130 0.153 0.126 0.202 0.356 172 E 0.032 0.016 0.059 0.059 0.262 0.090 0.482 173 D 0.018 0.011 0.005 0.014 0.032 0.022 0.899 174 L 0.003 0.002 0.002 0.003 0.006 0.002 0.983