# TARGET T0388 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0388.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2152 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.364 0.150 0.270 0.088 0.052 0.017 0.026 0.010 0.012 0.010 0.001 2 N 0.270 0.115 0.214 0.177 0.024 0.071 0.078 0.010 0.037 0.003 0.002 3 L 0.254 0.259 0.279 0.116 0.031 0.031 0.008 0.002 0.018 0.002 0.001 4 Y 0.269 0.259 0.199 0.103 0.062 0.039 0.027 0.006 0.027 0.007 0.001 5 F 0.244 0.225 0.263 0.109 0.038 0.047 0.021 0.004 0.043 0.004 0.002 6 Q 0.364 0.166 0.336 0.048 0.032 0.020 0.008 0.004 0.017 0.004 0.002 7 S 0.375 0.119 0.313 0.046 0.057 0.033 0.018 0.012 0.013 0.010 0.003 8 M 0.500 0.164 0.156 0.108 0.024 0.020 0.006 0.003 0.014 0.002 0.001 9 I 0.463 0.134 0.144 0.117 0.050 0.030 0.024 0.009 0.019 0.008 0.001 10 N 0.411 0.177 0.162 0.084 0.051 0.033 0.034 0.004 0.037 0.004 0.002 11 S 0.460 0.113 0.177 0.158 0.025 0.031 0.012 0.006 0.012 0.002 0.004 12 F 0.162 0.311 0.237 0.111 0.056 0.028 0.030 0.006 0.055 0.003 0.001 13 Y 0.131 0.301 0.379 0.045 0.072 0.025 0.014 0.003 0.022 0.007 0.002 14 A 0.127 0.238 0.365 0.107 0.033 0.075 0.016 0.004 0.028 0.002 0.004 15 F 0.025 0.516 0.258 0.034 0.116 0.020 0.006 0.001 0.021 0.002 0.001 16 E 0.018 0.503 0.342 0.009 0.023 0.072 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 17 V 0.020 0.614 0.224 0.011 0.060 0.034 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 18 K 0.130 0.276 0.485 0.029 0.023 0.040 0.002 0.001 0.012 0.003 0.001 19 D 0.051 0.173 0.502 0.053 0.064 0.082 0.010 0.002 0.060 0.001 0.001 20 A 0.717 0.067 0.057 0.112 0.008 0.016 0.005 0.004 0.012 0.002 0.001 21 K 0.056 0.016 0.055 0.609 0.004 0.011 0.220 0.003 0.022 0.003 0.001 22 G 0.002 0.001 0.007 0.007 0.005 0.001 0.066 0.881 0.001 0.031 0.001 23 R 0.023 0.309 0.589 0.015 0.031 0.013 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 24 T 0.006 0.086 0.858 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 25 V 0.004 0.786 0.139 0.011 0.041 0.012 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 26 S 0.001 0.136 0.755 0.001 0.021 0.072 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 27 L 0.933 0.015 0.009 0.019 0.004 0.012 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 28 E 0.971 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 K 0.543 0.011 0.021 0.415 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 Y 0.206 0.061 0.128 0.439 0.010 0.031 0.090 0.010 0.024 0.002 0.001 31 K 0.059 0.082 0.352 0.165 0.021 0.024 0.271 0.004 0.015 0.006 0.001 32 G 0.003 0.001 0.008 0.007 0.039 0.001 0.030 0.695 0.001 0.217 0.001 33 K 0.004 0.286 0.630 0.005 0.021 0.039 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 34 V 0.002 0.228 0.729 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 35 S 0.008 0.821 0.120 0.003 0.009 0.016 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 36 L 0.001 0.632 0.324 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 37 V 0.003 0.676 0.188 0.001 0.005 0.074 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 38 V 0.008 0.623 0.191 0.002 0.024 0.072 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 39 N 0.032 0.305 0.311 0.016 0.034 0.229 0.010 0.002 0.056 0.002 0.003 40 V 0.049 0.344 0.313 0.043 0.037 0.117 0.017 0.001 0.074 0.001 0.001 41 A 0.178 0.080 0.487 0.072 0.056 0.056 0.021 0.016 0.009 0.019 0.005 42 S 0.291 0.145 0.183 0.205 0.109 0.015 0.019 0.013 0.006 0.014 0.001 43 D 0.088 0.028 0.047 0.380 0.029 0.046 0.279 0.070 0.023 0.010 0.001 44 C 0.042 0.236 0.539 0.019 0.039 0.023 0.014 0.002 0.083 0.003 0.001 45 Q 0.598 0.013 0.306 0.021 0.003 0.017 0.009 0.009 0.002 0.008 0.014 46 L 0.602 0.032 0.133 0.169 0.006 0.031 0.011 0.006 0.007 0.002 0.002 47 T 0.491 0.136 0.230 0.044 0.039 0.028 0.006 0.002 0.021 0.004 0.001 48 D 0.944 0.004 0.018 0.022 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 R 0.952 0.003 0.005 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 N 0.790 0.010 0.012 0.169 0.002 0.007 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 51 Y 0.875 0.013 0.027 0.059 0.002 0.009 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 52 L 0.956 0.002 0.014 0.018 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 53 G 0.967 0.001 0.003 0.017 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 54 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 H 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.956 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 F 0.301 0.006 0.015 0.664 0.001 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 62 G 0.072 0.008 0.058 0.004 0.038 0.002 0.091 0.097 0.016 0.614 0.001 63 P 0.425 0.005 0.345 0.101 0.003 0.027 0.002 0.002 0.001 0.004 0.084 64 S 0.191 0.125 0.096 0.465 0.061 0.013 0.026 0.012 0.007 0.002 0.001 65 H 0.021 0.087 0.051 0.226 0.097 0.055 0.366 0.026 0.067 0.005 0.001 66 F 0.002 0.606 0.288 0.004 0.076 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 67 S 0.001 0.687 0.251 0.001 0.010 0.031 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 68 V 0.001 0.701 0.242 0.001 0.006 0.028 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 69 L 0.009 0.761 0.113 0.006 0.017 0.053 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 70 A 0.004 0.600 0.241 0.004 0.066 0.050 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 71 F 0.006 0.658 0.145 0.003 0.069 0.035 0.003 0.001 0.080 0.001 0.001 72 P 0.018 0.087 0.739 0.006 0.006 0.116 0.001 0.001 0.019 0.002 0.006 73 C 0.512 0.127 0.134 0.129 0.025 0.041 0.007 0.004 0.018 0.003 0.001 74 N 0.330 0.047 0.109 0.273 0.026 0.079 0.082 0.013 0.033 0.007 0.001 75 Q 0.280 0.078 0.103 0.334 0.025 0.037 0.090 0.011 0.038 0.002 0.001 76 F 0.282 0.063 0.216 0.266 0.033 0.013 0.070 0.033 0.009 0.012 0.002 77 G 0.226 0.031 0.109 0.058 0.075 0.005 0.057 0.284 0.003 0.152 0.001 78 E 0.278 0.137 0.171 0.246 0.047 0.030 0.051 0.017 0.015 0.007 0.002 79 S 0.114 0.219 0.383 0.091 0.034 0.051 0.035 0.003 0.067 0.003 0.001 80 E 0.140 0.125 0.625 0.005 0.020 0.022 0.012 0.001 0.042 0.005 0.003 81 P 0.341 0.007 0.417 0.066 0.001 0.046 0.001 0.001 0.002 0.001 0.119 82 R 0.049 0.227 0.457 0.032 0.045 0.065 0.026 0.002 0.096 0.001 0.001 83 P 0.031 0.020 0.857 0.006 0.002 0.066 0.002 0.001 0.010 0.002 0.004 84 S 0.912 0.005 0.038 0.031 0.003 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 85 K 0.966 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 86 E 0.934 0.002 0.009 0.046 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 87 V 0.974 0.001 0.002 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 S 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 F 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.988 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 R 0.990 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.985 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 N 0.790 0.009 0.006 0.182 0.002 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 95 Y 0.063 0.010 0.027 0.792 0.006 0.002 0.085 0.009 0.006 0.001 0.001 96 G 0.004 0.001 0.006 0.010 0.006 0.002 0.563 0.372 0.001 0.036 0.001 97 V 0.009 0.407 0.506 0.004 0.031 0.029 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 98 T 0.103 0.121 0.524 0.079 0.004 0.145 0.004 0.001 0.015 0.001 0.004 99 F 0.014 0.612 0.159 0.004 0.122 0.012 0.006 0.001 0.070 0.001 0.001 100 P 0.044 0.118 0.772 0.002 0.003 0.044 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 101 I 0.088 0.532 0.252 0.021 0.013 0.064 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 102 F 0.114 0.419 0.270 0.055 0.051 0.061 0.005 0.001 0.022 0.002 0.001 103 H 0.116 0.425 0.186 0.049 0.125 0.040 0.015 0.004 0.036 0.005 0.001 104 K 0.191 0.140 0.287 0.102 0.040 0.092 0.072 0.005 0.065 0.003 0.004 105 I 0.335 0.124 0.390 0.059 0.027 0.031 0.012 0.006 0.009 0.004 0.003 106 K 0.458 0.164 0.120 0.146 0.024 0.039 0.023 0.005 0.018 0.002 0.001 107 I 0.195 0.359 0.177 0.103 0.083 0.032 0.012 0.004 0.031 0.003 0.001 108 L 0.151 0.349 0.204 0.164 0.038 0.040 0.015 0.002 0.034 0.002 0.001 109 G 0.177 0.090 0.209 0.061 0.208 0.017 0.053 0.070 0.016 0.099 0.001 110 S 0.621 0.074 0.118 0.116 0.032 0.013 0.006 0.005 0.005 0.008 0.001 111 E 0.369 0.080 0.157 0.277 0.029 0.016 0.046 0.006 0.014 0.005 0.001 112 G 0.203 0.031 0.187 0.155 0.059 0.013 0.080 0.199 0.004 0.066 0.002 113 E 0.161 0.226 0.396 0.005 0.045 0.013 0.008 0.001 0.135 0.010 0.001 114 P 0.598 0.003 0.284 0.012 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 115 A 0.766 0.047 0.065 0.078 0.014 0.011 0.007 0.005 0.007 0.002 0.001 116 F 0.604 0.091 0.095 0.158 0.020 0.017 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 117 R 0.777 0.060 0.051 0.035 0.023 0.008 0.024 0.006 0.010 0.004 0.001 118 F 0.715 0.060 0.099 0.066 0.019 0.018 0.007 0.002 0.011 0.001 0.001 119 L 0.642 0.052 0.139 0.098 0.005 0.039 0.010 0.001 0.010 0.001 0.002 120 V 0.624 0.117 0.077 0.135 0.015 0.013 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 121 D 0.423 0.056 0.100 0.227 0.030 0.039 0.085 0.011 0.024 0.004 0.001 122 S 0.404 0.087 0.138 0.269 0.037 0.016 0.018 0.012 0.014 0.004 0.001 123 S 0.231 0.193 0.266 0.176 0.052 0.034 0.013 0.005 0.025 0.004 0.001 124 K 0.351 0.123 0.248 0.113 0.080 0.014 0.013 0.015 0.007 0.036 0.001 125 K 0.243 0.111 0.183 0.277 0.044 0.043 0.044 0.020 0.025 0.008 0.002 126 E 0.060 0.305 0.336 0.013 0.031 0.031 0.026 0.001 0.195 0.001 0.001 127 P 0.256 0.023 0.618 0.024 0.001 0.036 0.002 0.001 0.002 0.001 0.036 128 R 0.155 0.362 0.147 0.077 0.148 0.027 0.024 0.016 0.034 0.010 0.001 129 W 0.079 0.426 0.296 0.041 0.069 0.043 0.013 0.004 0.022 0.004 0.002 130 N 0.057 0.329 0.222 0.110 0.081 0.083 0.038 0.003 0.074 0.002 0.001 131 F 0.096 0.300 0.162 0.134 0.191 0.043 0.041 0.012 0.017 0.003 0.001 132 W 0.028 0.625 0.211 0.020 0.086 0.020 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 133 K 0.053 0.707 0.077 0.051 0.082 0.010 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 134 Y 0.003 0.788 0.097 0.001 0.068 0.015 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 135 L 0.002 0.799 0.141 0.002 0.016 0.019 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 136 V 0.001 0.762 0.159 0.003 0.040 0.024 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 137 N 0.001 0.078 0.823 0.001 0.024 0.042 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 138 P 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 E 0.071 0.001 0.003 0.915 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 140 G 0.003 0.002 0.032 0.018 0.018 0.001 0.132 0.777 0.001 0.016 0.001 141 Q 0.013 0.241 0.673 0.007 0.006 0.027 0.021 0.001 0.011 0.001 0.001 142 V 0.001 0.030 0.925 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 V 0.504 0.017 0.002 0.474 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 K 0.001 0.469 0.022 0.001 0.503 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 F 0.007 0.866 0.040 0.007 0.052 0.007 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 146 W 0.018 0.598 0.206 0.010 0.085 0.027 0.002 0.001 0.052 0.001 0.001 147 R 0.017 0.286 0.440 0.003 0.046 0.020 0.006 0.001 0.172 0.008 0.001 148 P 0.214 0.006 0.681 0.030 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 149 E 0.170 0.087 0.277 0.304 0.032 0.031 0.050 0.026 0.011 0.008 0.003 150 E 0.010 0.323 0.557 0.002 0.031 0.017 0.007 0.001 0.052 0.001 0.001 151 P 0.013 0.009 0.836 0.001 0.001 0.125 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 152 I 0.952 0.005 0.024 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 E 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 V 0.828 0.004 0.006 0.150 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 155 I 0.834 0.005 0.015 0.120 0.001 0.012 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 156 R 0.956 0.007 0.021 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 157 P 0.986 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 D 0.866 0.001 0.004 0.113 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 159 I 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 L 0.988 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 V 0.977 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 R 0.980 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 Q 0.780 0.002 0.012 0.195 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 166 V 0.479 0.046 0.265 0.155 0.005 0.020 0.012 0.002 0.015 0.001 0.001 167 I 0.495 0.076 0.191 0.108 0.012 0.053 0.036 0.005 0.019 0.004 0.001 168 I 0.395 0.161 0.272 0.095 0.020 0.028 0.006 0.003 0.016 0.004 0.001 169 K 0.391 0.101 0.275 0.095 0.038 0.040 0.021 0.008 0.026 0.005 0.002 170 K 0.428 0.113 0.270 0.096 0.038 0.019 0.011 0.006 0.011 0.007 0.001 171 K 0.418 0.099 0.192 0.158 0.020 0.047 0.029 0.009 0.022 0.003 0.002 172 E 0.278 0.206 0.327 0.069 0.046 0.029 0.012 0.003 0.025 0.004 0.001 173 D 0.154 0.121 0.423 0.104 0.015 0.099 0.022 0.002 0.055 0.001 0.004 174 L 0.307 0.129 0.324 0.128 0.023 0.043 0.017 0.005 0.019 0.003 0.001